165 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0016 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0016  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  100 
 
 
244 aa  505  1e-142  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0731  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  85.25 
 
 
244 aa  449  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0943795  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0019  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  88.11 
 
 
244 aa  439  1e-122  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0014  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  81.48 
 
 
245 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2793  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  78.69 
 
 
244 aa  423  1e-117  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.550913 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0460  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  70.61 
 
 
248 aa  357  7e-98  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.512946  normal  0.123138 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2438  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  69.83 
 
 
247 aa  355  3e-97  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0948451  normal  0.890644 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3660  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  67.21 
 
 
255 aa  351  6e-96  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.512565 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6267  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  64.75 
 
 
243 aa  343  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0877464 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5934  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  64.75 
 
 
243 aa  343  2e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.632943  normal  0.24446 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4961  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  65.43 
 
 
244 aa  343  2e-93  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.995298  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3271  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  69.42 
 
 
249 aa  342  3e-93  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.515672  normal  0.254671 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0662  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  65.29 
 
 
241 aa  338  4e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5231  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  68.31 
 
 
247 aa  337  1e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.380966  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2112  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  68.31 
 
 
247 aa  337  1e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2544  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  64.61 
 
 
242 aa  335  6e-91  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.775283  normal  0.821949 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2577  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  66.38 
 
 
249 aa  333  2e-90  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0535  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  65 
 
 
241 aa  332  4e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.425306  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2350  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  63.87 
 
 
241 aa  331  7e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.240778  normal  0.357955 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0695  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  63.87 
 
 
241 aa  331  7e-90  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5016  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  66.26 
 
 
244 aa  331  8e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0362  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  61.89 
 
 
243 aa  330  1e-89  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2093  cytochrome c oxidase cbb3-type subunit II  63.93 
 
 
243 aa  329  2e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0892141  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1150  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  64.37 
 
 
252 aa  330  2e-89  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.261187  normal  0.149629 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1847  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  61.57 
 
 
241 aa  328  5e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.661997  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0468  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  60.66 
 
 
243 aa  327  1e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00661006  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1675  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  65.07 
 
 
254 aa  326  2e-88  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0378  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  63.36 
 
 
245 aa  322  4e-87  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3331  cytochrome C oxidase, mono-heme subunit/FixO  62.45 
 
 
247 aa  317  1e-85  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.272833  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1531  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  63.52 
 
 
243 aa  305  3e-82  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.841289 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3856  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  59.24 
 
 
240 aa  302  3e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2251  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  60.96 
 
 
250 aa  283  2e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2354  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  56.02 
 
 
245 aa  280  1e-74  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00967506  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0159  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  56.25 
 
 
244 aa  280  2e-74  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.494786 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1800  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  58.62 
 
 
241 aa  276  2e-73  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0339  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  56.45 
 
 
248 aa  275  4e-73  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0264874 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0630  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  56.67 
 
 
244 aa  275  4e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.207999  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2999  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  56.67 
 
 
244 aa  275  5e-73  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0377102  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5925  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  57.63 
 
 
250 aa  275  7e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.102013  normal  0.377487 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1879  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  57.26 
 
 
243 aa  273  2e-72  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0368251  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2819  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  54.26 
 
 
209 aa  256  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.165011  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4304  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  53.81 
 
 
215 aa  252  3e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.038125  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1085  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  52.91 
 
 
210 aa  250  1e-65  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.318856  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1001  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  52.91 
 
 
210 aa  250  1e-65  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0632  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  51.97 
 
 
202 aa  249  2e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3781  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  52.91 
 
 
208 aa  250  2e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.166717  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1524  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  53.81 
 
 
209 aa  249  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.659852  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1169  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  53.36 
 
 
210 aa  243  2e-63  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3570  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  51.74 
 
 
202 aa  242  4e-63  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2778  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  51.79 
 
 
209 aa  241  5e-63  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000140321 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44350  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.87 
 
 
202 aa  240  1e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1617  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.43 
 
 
202 aa  240  1e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.121983  normal  0.0468746 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4251  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.43 
 
 
202 aa  240  1e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.806894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3774  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.87 
 
 
202 aa  240  1e-62  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20000  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  50.43 
 
 
202 aa  239  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1826  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.43 
 
 
202 aa  240  2e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3817  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  51.3 
 
 
202 aa  239  3e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2776  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  53.1 
 
 
210 aa  239  3e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.640265  normal  0.226916 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44380  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.66 
 
 
203 aa  237  1e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3778  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.66 
 
 
203 aa  237  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1198  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  53.12 
 
 
227 aa  237  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2605  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50 
 
 
202 aa  237  1e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  4.72747e-05  normal  0.716492 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1105  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  53.12 
 
 
227 aa  237  1e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.13009  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1792  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  51.57 
 
 
201 aa  237  2e-61  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0336938  normal  0.113266 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3574  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.87 
 
 
202 aa  236  3e-61  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2600  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  51.74 
 
 
202 aa  235  5e-61  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.000341052  normal  0.740342 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1277  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  52.23 
 
 
223 aa  234  6e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.782574 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02055  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.44 
 
 
201 aa  233  2e-60  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0396695  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3821  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  49.57 
 
 
202 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553857  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1612  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  49.57 
 
 
202 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.00163772  decreased coverage  0.00565404 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1822  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50 
 
 
202 aa  233  3e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1881  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  48.25 
 
 
203 aa  231  6e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.72557  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4256  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  49.13 
 
 
202 aa  231  6e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.561703 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1931  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  53.54 
 
 
208 aa  231  7e-60  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00642611  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1052  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  48.67 
 
 
206 aa  231  7e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.281252  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1986  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.67 
 
 
201 aa  231  9e-60  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000734773  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1994  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  52.44 
 
 
214 aa  231  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.315866  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003468  cytochrome c oxidase subunit CcoO  48.67 
 
 
206 aa  230  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.196623  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1785  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  49.57 
 
 
202 aa  229  2e-59  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2421  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  48.47 
 
 
203 aa  229  3e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.287657  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02302  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  49.12 
 
 
206 aa  228  7e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2003  cytochrome c oxidase, cbb3-type, subunit II  46.96 
 
 
202 aa  228  9e-59  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2072  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.44 
 
 
201 aa  228  1e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.322625  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0454  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.67 
 
 
216 aa  226  2e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2477  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  53.1 
 
 
209 aa  225  4e-58  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.544196  normal  0.0808089 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1564  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.44 
 
 
203 aa  225  6e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.53403  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2043  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  49.78 
 
 
221 aa  224  9e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0112069  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2040  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.22 
 
 
220 aa  224  1e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0412251  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2363  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  52.47 
 
 
208 aa  224  1e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1964  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  42.62 
 
 
276 aa  223  2e-57  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.658843  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1968  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  52.47 
 
 
208 aa  223  2e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  8.43485e-05  hitchhiker  0.00784562 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2108  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  52.47 
 
 
208 aa  223  2e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00716502  normal  0.474949 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2007  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  52.47 
 
 
208 aa  223  2e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.043331  hitchhiker  2.01585e-08 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1745  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50 
 
 
212 aa  223  2e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.0547485 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2202  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  51.57 
 
 
208 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0009845  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2215  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  51.57 
 
 
208 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  1.888e-07  normal  0.560992 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4488  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  51.57 
 
 
208 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1958  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  52.02 
 
 
208 aa  223  3e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3414  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  48.26 
 
 
202 aa  222  4e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0597614 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2169  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit II  50.22 
 
 
208 aa  221  6e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0440261  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>