More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_0325 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007952  Bxe_B1806  major facilitator superfamily metabolite(phthalate/hexuronate)/H(+) symporter  75.35 
 
 
433 aa  645  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0119934 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4857  major facilitator superfamily MFS_1  74.54 
 
 
430 aa  639  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0133188  normal  0.643957 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5219  MFS transporter, phthalate permease family  95.87 
 
 
436 aa  800  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0325  general substrate transporter:TonB box, N-terminal  100 
 
 
436 aa  884  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  2.82343e-05  normal  0.265981 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4247  major facilitator transporter  84.71 
 
 
429 aa  724  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4445  major facilitator superfamily MFS_1  62.24 
 
 
433 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0453314  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4579  major facilitator superfamily MFS_1  62.24 
 
 
433 aa  553  1e-156  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.571903 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0834  hexuronate transporter transmembrane protein  60.84 
 
 
435 aa  528  1e-149  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00560856 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0528  d-galactonate transporter  57.97 
 
 
433 aa  515  1e-145  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.888492  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0745  d-galactonate transporter  57.49 
 
 
433 aa  514  1e-144  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3386  d-galactonate transporter  56.21 
 
 
434 aa  512  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3512  d-galactonate transporter  56.05 
 
 
433 aa  510  1e-143  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3561  putative hexuronate transporter  54.88 
 
 
432 aa  506  1e-142  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1105  putative hexuronate MFS transporter ExuT  56.31 
 
 
434 aa  507  1e-142  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  9.98284e-11  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0490  putative hexuronate MFS transporter ExuT  56.31 
 
 
433 aa  507  1e-142  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  2.40951e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0553  d-galactonate transporter  56.31 
 
 
434 aa  507  1e-142  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.351291  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02913  hypothetical protein  54.88 
 
 
472 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02962  hexuronate transporter  54.88 
 
 
472 aa  504  1e-141  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3529  hexuronate transporter  54.67 
 
 
432 aa  499  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4322  d-galactonate transporter  54.44 
 
 
432 aa  497  1e-139  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.743401 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0607  d-galactonate transporter  54.65 
 
 
432 aa  494  1e-138  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3385  hexuronate transporter  54.91 
 
 
432 aa  493  1e-138  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0608  d-galactonate transporter  54.65 
 
 
432 aa  494  1e-138  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4408  hexuronate transporter  54.65 
 
 
432 aa  494  1e-138  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.591703 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3276  putative hexuronate transporter  54.65 
 
 
432 aa  494  1e-138  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3547  d-galactonate transporter  56.07 
 
 
474 aa  492  1e-138  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.48586 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1012  major facilitator superfamily MFS_1  53.22 
 
 
430 aa  446  1e-124  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.318414  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0947  major facilitator superfamily MFS_1  52.72 
 
 
430 aa  443  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.35328  normal  0.0858315 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3128  major facilitator transporter  50 
 
 
435 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1080  putative hexuronate transporter transmembrane protein  51.44 
 
 
432 aa  422  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.503694  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1871  major facilitator transporter  50.5 
 
 
423 aa  416  1e-115  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.00153919  normal  0.351915 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3386  hexuronate transporter  47.32 
 
 
434 aa  415  1e-115  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.333246  normal  0.392835 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3479  hexuronate transporter  47.32 
 
 
434 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.474263  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3306  hexuronate transporter  47.32 
 
 
434 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.123622  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3316  hexuronate transporter  47.32 
 
 
434 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.433687  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3380  hexuronate transporter  47.32 
 
 
434 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.586322  normal  0.6284 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0610  major facilitator transporter  50.13 
 
 
430 aa  404  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.400877  normal  0.0253848 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0935  major facilitator transporter  49.88 
 
 
427 aa  400  1e-110  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.881993  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3357  major facilitator transporter  50.5 
 
 
423 aa  397  1e-109  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0473601  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4207  major facilitator transporter  50.25 
 
 
423 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0961062  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3566  major facilitator transporter  50.87 
 
 
443 aa  392  1e-108  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000684429  normal  0.364964 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4159  major facilitator transporter  50.25 
 
 
423 aa  393  1e-108  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.718979  decreased coverage  0.00263409 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4048  major facilitator transporter  50.62 
 
 
423 aa  390  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0187179  normal  0.633628 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3670  major facilitator transporter  48.65 
 
 
411 aa  389  1e-107  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04033  hypothetical protein  44.74 
 
 
425 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04071  Hexuronate transporter  44.74 
 
 
425 aa  380  1e-104  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2353  major facilitator superfamily MFS_1  43.53 
 
 
436 aa  342  9e-93  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2627  major facilitator superfamily MFS_1  42.79 
 
 
436 aa  338  1e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3599  major facilitator transporter  43.81 
 
 
435 aa  333  3e-90  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00583195  normal  0.308839 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3361  putative hexuronate transporter  43.54 
 
 
435 aa  333  4e-90  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0978  major facilitator transporter  43.54 
 
 
435 aa  333  4e-90  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0926  putative hexuronate transporter  43.54 
 
 
435 aa  333  4e-90  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1611  major facilitator superfamily MFS_1  42.89 
 
 
433 aa  328  1e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.585379  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1642  major facilitator superfamily MFS_1  43 
 
 
432 aa  320  4e-86  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.3142  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1313  major facilitator transporter  41.04 
 
 
433 aa  317  3e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.720769  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03471  hypothetical protein  40.55 
 
 
452 aa  315  7e-85  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03520  conserved hypothetical protein  40.55 
 
 
452 aa  315  7e-85  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3106  major facilitator transporter  34.94 
 
 
428 aa  249  6e-65  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3282  putative hexuronate transporter  32.94 
 
 
424 aa  244  2e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0854544  normal  0.252683 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3116  major facilitator superfamily MFS_1  33.49 
 
 
430 aa  242  1e-62  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  unclonable  1.15925e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1766  major facilitator transporter  35.05 
 
 
424 aa  236  4e-61  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.601014  normal  0.308968 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3658  major facilitator transporter  33.26 
 
 
432 aa  236  5e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2843  major facilitator superfamily MFS_1  35.93 
 
 
426 aa  232  1e-59  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.088157  normal  0.111913 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2068  major facilitator superfamily MFS_1  34.94 
 
 
434 aa  229  7e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1023  major facilitator superfamily MFS_1  34.99 
 
 
431 aa  229  9e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0652623  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3510  major facilitator transporter  34.74 
 
 
427 aa  228  2e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.935373  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2219  major facilitator superfamily MFS_1  32.1 
 
 
441 aa  226  6e-58  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.200056 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1017  major facilitator superfamily MFS_1  33.33 
 
 
431 aa  218  1e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.451459  normal  0.743333 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5749  major facilitator superfamily MFS_1  31.65 
 
 
436 aa  217  3e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0258  major facilitator transporter  33.33 
 
 
440 aa  217  3e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11473  putative hexuronate transport protein (MFS family)  30.35 
 
 
424 aa  217  4e-55  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.485615  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3956  major facilitator superfamily MFS_1  32.71 
 
 
449 aa  216  9e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.621866  normal  0.612872 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0404  major facilitator superfamily MFS_1  33.73 
 
 
432 aa  215  1e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.90763  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1244  major facilitator superfamily MFS_1  34.92 
 
 
439 aa  211  1e-53  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.477377  normal  0.0341715 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4307  major facilitator transporter  31.48 
 
 
430 aa  211  3e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.622363  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2910  major facilitator transporter  35.42 
 
 
441 aa  210  5e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1161  major facilitator transporter  32.4 
 
 
435 aa  206  5e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.531017  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3400  major facilitator transporter  31.33 
 
 
430 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5234  major facilitator transporter  31.33 
 
 
430 aa  204  3e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2718  major facilitator transporter  32.21 
 
 
430 aa  202  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03865  hexuranate transporter  32.32 
 
 
433 aa  202  7e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4070  major facilitator transporter  32.21 
 
 
430 aa  202  1e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3451  major facilitator transporter  32.21 
 
 
430 aa  202  1e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.225334  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5166  major facilitator transporter  31.95 
 
 
429 aa  202  1e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.733081 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0456  major facilitator superfamily MFS_1  29.66 
 
 
415 aa  202  1e-50  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.317164  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5675  major facilitator transporter  31.01 
 
 
429 aa  199  6e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1170  major facilitator superfamily MFS_1  31.92 
 
 
425 aa  197  3e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1058  major facilitator superfamily MFS_1  31.54 
 
 
449 aa  194  4e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.494018  normal  0.557281 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6194  major facilitator superfamily MFS_1  32.81 
 
 
453 aa  193  5e-48  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5030  major facilitator transporter  31.74 
 
 
441 aa  191  2e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.580497  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6829  major facilitator superfamily MFS_1  29.37 
 
 
454 aa  191  2e-47  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4271  major facilitator transporter  30.62 
 
 
468 aa  187  4e-46  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0659968  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4288  major facilitator transporter  31.73 
 
 
457 aa  182  7e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS02171  transport transmembrane protein  30.05 
 
 
448 aa  182  7e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.115532  normal  0.0335477 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3045  major facilitator transporter  33.24 
 
 
435 aa  182  1e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.116198 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4907  major facilitator transporter  31.13 
 
 
445 aa  180  3e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3121  major facilitator transporter  31.39 
 
 
441 aa  180  4e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2604  major facilitator family transporter  31.39 
 
 
480 aa  180  5e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0399959 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4383  major facilitator superfamily MFS_1  31.3 
 
 
420 aa  179  8e-44  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.00326845  normal  0.997814 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6282  major facilitator superfamily MFS_1  31.33 
 
 
429 aa  179  8e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>