More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3098 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_3098  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  100 
 
 
303 aa  619  1e-176  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3599  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  99.67 
 
 
303 aa  617  1e-175  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.815897  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  99.34 
 
 
303 aa  615  1e-175  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.612252  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2814  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  97.36 
 
 
303 aa  605  1e-172  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0827  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  93.07 
 
 
303 aa  579  1e-164  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0328842  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4549  dihydrodipicolinate synthetase family protein  91.42 
 
 
303 aa  564  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.301477  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4227  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  91.42 
 
 
303 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.881982  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1215  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  85.15 
 
 
303 aa  528  1e-149  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.589934  normal  0.0261102 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05220  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  80.53 
 
 
303 aa  507  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3408  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.83 
 
 
304 aa  487  1e-137  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.996701 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4951  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.17 
 
 
304 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.551688  normal  0.0100534 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3688  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.5 
 
 
304 aa  484  1e-135  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3049  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.17 
 
 
304 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.62883  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5317  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  75.17 
 
 
304 aa  481  1e-135  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.435902 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0332  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.5 
 
 
304 aa  479  1e-134  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5204  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.17 
 
 
304 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.484805  normal  0.145003 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4676  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.17 
 
 
304 aa  478  1e-134  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4103  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.92 
 
 
305 aa  474  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4736  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  73.84 
 
 
304 aa  476  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.473225 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1802  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.92 
 
 
305 aa  469  1e-131  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0287622  hitchhiker  0.00208874 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4864  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  74.92 
 
 
305 aa  468  1e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.556224  normal  0.0460344 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6531  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  72.61 
 
 
305 aa  458  1e-128  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0893919  normal  0.142305 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1596  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.95 
 
 
303 aa  455  1e-127  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1729  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  71.29 
 
 
303 aa  450  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  9.52381e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0251  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.65 
 
 
303 aa  441  1e-123  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2587  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.98 
 
 
303 aa  437  1e-122  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0233222  hitchhiker  0.00609542 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1993  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.55 
 
 
303 aa  434  1e-120  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0280124  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1793  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  67.55 
 
 
303 aa  434  1e-120  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.133683  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1117  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  68.32 
 
 
303 aa  427  1e-118  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3419  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  63.91 
 
 
328 aa  412  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.269003  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.33 
 
 
313 aa  341  7e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603765  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4452  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.67 
 
 
312 aa  339  4e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4586  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.67 
 
 
312 aa  339  4e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.546959  normal  0.879793 
 
 
-
 
NC_003296  RS05369  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.19 
 
 
311 aa  337  1e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.288036  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0185  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  56.19 
 
 
336 aa  337  1e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1875  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55.15 
 
 
307 aa  324  1e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.207996  normal  0.131652 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1689  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  55 
 
 
308 aa  322  5e-87  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.448176  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5345  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.88 
 
 
301 aa  319  4e-86  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.456657 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1947  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.86 
 
 
301 aa  318  9e-86  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.357262  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5701  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.67 
 
 
301 aa  316  3e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3371  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  52.19 
 
 
301 aa  307  1e-82  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3655  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.67 
 
 
301 aa  306  2e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3393  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.34 
 
 
301 aa  306  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  46.82 
 
 
307 aa  293  3e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5081  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.34 
 
 
301 aa  287  2e-76  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.302501  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5150  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.18 
 
 
304 aa  286  4e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.951524  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0351  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51.35 
 
 
304 aa  277  2e-73  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2499  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  49.67 
 
 
304 aa  272  6e-72  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0037  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  50.68 
 
 
304 aa  271  1e-71  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2392  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  51 
 
 
304 aa  268  6e-71  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.088042  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5157  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  45.79 
 
 
321 aa  233  3e-60  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0414541  hitchhiker  0.0087046 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1718  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  42.96 
 
 
301 aa  224  1e-57  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2020  dihydrodipicolinate synthetase  43.1 
 
 
301 aa  223  2e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.874189  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4039  dihydrodipicolinate synthetase  40.67 
 
 
321 aa  218  8e-56  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1084  dihydrodipicolinate synthetase  41.44 
 
 
301 aa  211  1e-53  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  decreased coverage  0.00262766  hitchhiker  0.00208818 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4201  dihydrodipicolinate synthetase  39.79 
 
 
308 aa  206  5e-52  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0755  dihydrodipicolinate synthetase  42.32 
 
 
311 aa  204  1e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1487  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.31 
 
 
330 aa  201  1e-50  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7513  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  39.8 
 
 
326 aa  198  1e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1030  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  40 
 
 
313 aa  193  4e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.113729  normal  0.255193 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3337  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.8 
 
 
301 aa  186  4e-46  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0788  dihydrodipicolinate synthetase  40.8 
 
 
306 aa  180  2e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.049848 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3137  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  37.46 
 
 
300 aa  175  9e-43  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.321867 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1237  dihydrodipicolinate synthetase  58.33 
 
 
199 aa  152  8e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1498  5-dehydro-4-deoxyglucarate dehydratase  38.89 
 
 
291 aa  147  3e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0464  dihydrodipicolinate synthase  29.39 
 
 
294 aa  126  6e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.145976  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0673  dihydrodipicolinate synthase  31.36 
 
 
294 aa  114  2e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.517741  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0848  dihydrodipicolinate synthase  34.04 
 
 
298 aa  114  2e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.538248 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3387  dihydrodipicolinate synthase  33.19 
 
 
296 aa  113  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2184  dihydrodipicolinate synthase  27.12 
 
 
297 aa  112  6e-24  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35340  dihydrodipicolinate synthase  29.73 
 
 
287 aa  112  7e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0941  dihydrodipicolinate synthase  28.86 
 
 
293 aa  112  8e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0386855  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1531  dihydrodipicolinate synthetase family protein  28.83 
 
 
304 aa  112  9e-24  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00114549  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1663  dihydrodipicolinate synthase  30 
 
 
292 aa  111  1e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0989  dihydrodipicolinate synthase  29.74 
 
 
294 aa  111  1e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.484172  normal  0.862392 
 
 
-
 
NC_004310  BR0646  dihydrodipicolinate synthase  27.52 
 
 
293 aa  110  2e-23  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1142  dihydrodipicolinate synthase  30.63 
 
 
294 aa  110  4e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.530915  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0640  dihydrodipicolinate synthase  29.41 
 
 
293 aa  110  4e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.997412  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3191  dihydrodipicolinate synthase  32.6 
 
 
296 aa  110  4e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.393919  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3515  dihydrodipicolinate synthase  32.6 
 
 
296 aa  109  4e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.142026 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1762  dihydrodipicolinate synthase  28.72 
 
 
304 aa  108  1e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  1.63874e-07  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1432  dihydrodipicolinate synthase  29.66 
 
 
294 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.230305  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2641  dihydrodipicolinate synthase  26.51 
 
 
293 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.553276  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2362  dihydrodipicolinate synthase  28.92 
 
 
304 aa  107  2e-22  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  1.17821e-06  normal  0.484255 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2629  dihydrodipicolinate synthase  30.31 
 
 
319 aa  105  1e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.121971 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1929  dihydrodipicolinate synthase  28.92 
 
 
296 aa  105  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.712934 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0697  dihydrodipicolinate synthase  29.83 
 
 
300 aa  104  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.31564  normal  0.111382 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1908  dihydrodipicolinate synthase  28.23 
 
 
292 aa  104  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.316994  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1484  dihydrodipicolinate synthase  29.91 
 
 
300 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.853225  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4436  dihydrodipicolinate synthetase  28.35 
 
 
311 aa  103  4e-21  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0722382  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5061  dihydrodipicolinate synthase  28.57 
 
 
297 aa  103  5e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1402  dihydrodipicolinate synthase  25.86 
 
 
292 aa  103  5e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  7.02013e-05  hitchhiker  4.69848e-20 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3897  dihydrodipicolinate synthase  25.86 
 
 
292 aa  103  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.0082714  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3111  2,4-dihydroxyhept-2-ene-1,7-dioic acid aldolase  28.87 
 
 
313 aa  102  6e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1170  dihydrodipicolinate synthase  27.97 
 
 
290 aa  102  6e-21  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  2.6647e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3650  dihydrodipicolinate synthase  25.86 
 
 
292 aa  102  8e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.109215  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3935  dihydrodipicolinate synthase  25.86 
 
 
292 aa  102  8e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  7.21965e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3558  dihydrodipicolinate synthase  25.86 
 
 
292 aa  102  8e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.238358  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3810  dihydrodipicolinate synthase  25.86 
 
 
292 aa  102  8e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.27976e-50 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3540  dihydrodipicolinate synthase  25.86 
 
 
292 aa  102  8e-21  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00322291  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>