More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_3005 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3342  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  97.34 
 
 
524 aa  956  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3005  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  100 
 
 
488 aa  995  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.441724 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  56.39 
 
 
526 aa  573  1e-162  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  56.39 
 
 
526 aa  573  1e-162  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  55.17 
 
 
526 aa  564  1e-159  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6076  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  54.66 
 
 
524 aa  541  1e-152  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.814144  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2277  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding  54.36 
 
 
553 aa  526  1e-148  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0883096  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2402  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  53.13 
 
 
538 aa  520  1e-146  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3760  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  50.92 
 
 
524 aa  512  1e-144  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0240  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  50.51 
 
 
524 aa  513  1e-144  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0239  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  50.51 
 
 
524 aa  513  1e-144  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3958  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  50.51 
 
 
524 aa  513  1e-144  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3675  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  50.92 
 
 
524 aa  514  1e-144  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  51.02 
 
 
532 aa  514  1e-144  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4816  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  50.51 
 
 
524 aa  513  1e-144  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03278  hypothetical protein  50.31 
 
 
524 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03325  nickel transporter subunit  50.31 
 
 
524 aa  511  1e-143  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3845  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein NikA  50.31 
 
 
524 aa  510  1e-143  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1834  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  49.39 
 
 
523 aa  490  1e-137  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.250373  hitchhiker  0.0023879 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1321  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  46.52 
 
 
513 aa  456  1e-127  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  4.77414e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1032  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  46.2 
 
 
544 aa  448  1e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  unclonable  5.91223e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  43.61 
 
 
539 aa  405  1e-111  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  43.36 
 
 
524 aa  392  1e-108  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  44.83 
 
 
525 aa  391  1e-107  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  40.73 
 
 
530 aa  372  1e-102  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1518  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  39.29 
 
 
538 aa  354  2e-96  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.000374669  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  34.34 
 
 
532 aa  302  8e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  34.34 
 
 
532 aa  302  8e-81  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  34.07 
 
 
532 aa  286  8e-76  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3973  extracellular solute-binding protein family 5  32.11 
 
 
549 aa  227  3e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0542  extracellular solute-binding protein family 5  31.29 
 
 
537 aa  218  2e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.578152 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5619  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 
526 aa  215  1e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.4089  normal 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  32.12 
 
 
547 aa  214  3e-54  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  32.12 
 
 
544 aa  214  3e-54  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0062  ABC nickel transporter, periplasmic ligand binding protein  33.68 
 
 
511 aa  212  1e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0473  nickel ABC transporter, solute-binding protein  32.1 
 
 
538 aa  210  4e-53  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  30.29 
 
 
516 aa  189  7e-47  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  29.38 
 
 
512 aa  186  7e-46  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  33.5 
 
 
546 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  33.5 
 
 
546 aa  171  3e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  33.59 
 
 
546 aa  171  4e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12520  dipeptide ABC transporter, periplasmic substrate-binding component  30.96 
 
 
537 aa  167  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0296833  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4615  4-phytase  30.95 
 
 
502 aa  162  2e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  29.95 
 
 
524 aa  160  4e-38  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  30.41 
 
 
551 aa  159  8e-38  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0844  extracellular solute-binding protein  29.88 
 
 
531 aa  157  3e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_48060  extracellular solute-binding protein  28.32 
 
 
525 aa  157  4e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0453  4-phytase  27.56 
 
 
526 aa  155  1e-36  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.32073e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  26.62 
 
 
559 aa  155  2e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0450  extracellular solute-binding protein family 5  26.68 
 
 
519 aa  155  2e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.15126 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0381  extracellular solute-binding protein  27.08 
 
 
531 aa  154  3e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.265556 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  29.14 
 
 
520 aa  154  3e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  29.01 
 
 
546 aa  153  7e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5193  extracellular solute-binding protein  28.78 
 
 
529 aa  152  2e-35  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0587295  normal  0.27415 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0645  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  25.27 
 
 
524 aa  151  3e-35  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5111  ABC transporter periplasmic binding protein  28.34 
 
 
532 aa  150  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.914948  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58360  putative binding protein component of ABC transpor  28.48 
 
 
532 aa  149  1e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  28.23 
 
 
555 aa  149  1e-34  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  30.6 
 
 
550 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  34.43 
 
 
535 aa  147  3e-34  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70200  putative binding protein component of ABC dipeptide transporter  28.14 
 
 
526 aa  147  4e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5116  ABC transporter periplasmic binding protein  29.94 
 
 
531 aa  146  7e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3677  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  27.77 
 
 
520 aa  146  7e-34  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.969921  normal  0.0940549 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0584  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.73 
 
 
528 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.542939  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0187  extracellular solute-binding protein  27.87 
 
 
529 aa  145  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  1.20375e-06 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2938  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 
531 aa  146  1e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6093  putative dipeptide ABC transporter binding protein subunit  28.14 
 
 
526 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.500432  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58420  putative binding protein component of ABC dipeptid  29.51 
 
 
533 aa  145  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.851894  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2923  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 
534 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2309  extracellular solute-binding protein  26.88 
 
 
534 aa  145  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6266  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  26.46 
 
 
531 aa  145  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.857663  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  26.27 
 
 
535 aa  145  2e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0091  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.53 
 
 
528 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2005  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.53 
 
 
528 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3091  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.53 
 
 
528 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2283  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.53 
 
 
528 aa  144  5e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0708849  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  27.89 
 
 
517 aa  143  6e-33  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  29.21 
 
 
541 aa  143  7e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0402  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  26.53 
 
 
528 aa  143  7e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.882442  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  30.7 
 
 
519 aa  143  7e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  26.07 
 
 
535 aa  143  8e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0422  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  26.33 
 
 
528 aa  143  9e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537378  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1977  extracellular solute-binding protein  27.17 
 
 
506 aa  142  1e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.719795 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0349  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.07 
 
 
528 aa  142  1e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.827651  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2760  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 
544 aa  142  1e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  27.58 
 
 
537 aa  142  2e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2972  extracellular solute-binding protein  27.25 
 
 
531 aa  142  2e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1652  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.25 
 
 
511 aa  142  2e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.2387  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  26.1 
 
 
536 aa  141  2e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  26.62 
 
 
535 aa  141  3e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1935  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  25.38 
 
 
511 aa  141  3e-32  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  28.08 
 
 
541 aa  141  3e-32  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  6.66118e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  26.27 
 
 
535 aa  141  3e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0468  extracellular solute-binding protein family 5  26.21 
 
 
528 aa  141  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4250  peptide ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26 
 
 
528 aa  140  4e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.146199 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0183  extracellular solute-binding protein  25.79 
 
 
532 aa  140  6e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4056  periplasmic dipeptide transport protein  26.22 
 
 
535 aa  139  8e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  30.6 
 
 
551 aa  139  8e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0088  4-phytase  26.22 
 
 
535 aa  139  8e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.534677  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4075  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.22 
 
 
535 aa  139  8e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>