More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_2781 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_2781  two component LuxR family transcriptional regulator  100 
 
 
204 aa  414  1e-115  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2350  two component LuxR family transcriptional regulator  83.74 
 
 
204 aa  324  7e-88  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3412  LuxR family DNA-binding response regulator  83.25 
 
 
204 aa  322  2e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.338288 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2528  two component LuxR family transcriptional regulator  84.24 
 
 
204 aa  322  3e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0522002 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2101  LuxR family DNA-binding response regulator  44.06 
 
 
207 aa  191  5e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  decreased coverage  0.00862279  normal  0.220235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3638  two component LuxR family transcriptional regulator  44.06 
 
 
205 aa  191  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.489861 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12780  putative two-component response regulator  44.93 
 
 
209 aa  191  9e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  4.36161e-10  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1643  two component LuxR family transcriptional regulator  43.07 
 
 
205 aa  189  3e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.003137  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3974  two component LuxR family transcriptional regulator  44.88 
 
 
208 aa  189  3e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1160  putative two-component response regulator  44.93 
 
 
209 aa  188  4e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0122525  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3890  LuxR response regulator receiver  45.85 
 
 
208 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.330128 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0036  putative two-component response regulator  48.54 
 
 
207 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.035019  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4151  DNA-binding response regulator, LuxR family  45.85 
 
 
208 aa  187  1e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.35782  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00430  putative two-component response regulator  48.54 
 
 
207 aa  187  1e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.247974 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1131  two component LuxR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
236 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.796271  normal  0.799889 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4515  two component LuxR family transcriptional regulator  45.37 
 
 
208 aa  186  2e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00786387 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0174  two component transcriptional regulator, LuxR family  45.81 
 
 
208 aa  186  2e-46  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1090  LuxR family DNA-binding response regulator  44.93 
 
 
207 aa  186  2e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4322  two component LuxR family transcriptional regulator  45.1 
 
 
207 aa  184  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0304  two component LuxR family transcriptional regulator  44.06 
 
 
207 aa  183  1e-45  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1620  two component LuxR family transcriptional regulator  41.87 
 
 
206 aa  183  1e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0222153 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2114  LuxR response regulator receiver  42.51 
 
 
212 aa  182  3e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.22828 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_24710  putative two-component response regulator  45.15 
 
 
207 aa  182  4e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2093  putative two-component response regulator  45.15 
 
 
207 aa  181  5e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1119  two component LuxR family transcriptional regulator  44.29 
 
 
208 aa  181  5e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2519  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.83 
 
 
204 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1300  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.83 
 
 
204 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2655  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.83 
 
 
204 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2506  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.83 
 
 
204 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00265649  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3600  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34.83 
 
 
204 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0441797 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02240  hypothetical protein  34.83 
 
 
204 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02279  DNA-binding response regulator in two-component regulatory system with EvgS  34.83 
 
 
204 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1288  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.83 
 
 
204 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2738  DNA-binding transcriptional activator EvgA  34 
 
 
204 aa  148  5e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4470  two component LuxR family transcriptional regulator  36.06 
 
 
232 aa  147  1e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.370568  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1863  two component LuxR family transcriptional regulator  41.75 
 
 
209 aa  146  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.207146  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2928  two component LuxR family transcriptional regulator  34.76 
 
 
213 aa  141  5e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6883  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.81 
 
 
213 aa  140  1e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.239531  normal  0.170628 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5940  LuxR family response regulator  34.43 
 
 
220 aa  140  1e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  7.81929e-07  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4331  two component LuxR family transcriptional regulator  33.82 
 
 
212 aa  140  1e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.748519  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2160  LuxR family DNA-binding response regulator  36.89 
 
 
210 aa  139  4e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2269  two component LuxR family transcriptional regulator  36.89 
 
 
210 aa  139  4e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5714  two component LuxR family transcriptional regulator  34.29 
 
 
210 aa  139  4e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2113  LuxR family DNA-binding response regulator  36.89 
 
 
210 aa  137  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.616678 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0659  transcriptional regulator FimZ  36.59 
 
 
210 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.611229  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0598  transcriptional regulator FimZ  36.59 
 
 
210 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.110504 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0594  transcriptional regulator FimZ  36.59 
 
 
210 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.627077  hitchhiker  0.00790766 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0595  transcriptional regulator FimZ  36.59 
 
 
210 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447967  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0602  transcriptional regulator FimZ  36.59 
 
 
210 aa  137  1e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.379869  normal  0.0923244 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5536  LuxR response regulator receiver  34.12 
 
 
209 aa  133  2e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.882777  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0610  transcriptional regulator FimZ  33.17 
 
 
210 aa  131  8e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00485  predicted DNA-binding transcriptional regulator  33.17 
 
 
210 aa  131  8e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3087  transcriptional regulator FimZ  33.17 
 
 
210 aa  131  8e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00490  hypothetical protein  33.17 
 
 
210 aa  131  8e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0993  transcriptional regulator FimZ  36.23 
 
 
210 aa  131  9e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000287084 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0636  transcriptional regulator FimZ  33.17 
 
 
210 aa  130  1e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.931873  normal  0.250092 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3078  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.17 
 
 
210 aa  130  1e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0580  transcriptional regulator FimZ  33.17 
 
 
210 aa  130  1e-29  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0577  transcriptional regulator FimZ  33.17 
 
 
210 aa  130  1e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4516  two component LuxR family transcriptional regulator  38.12 
 
 
214 aa  130  1e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0463384  normal  0.0270495 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4334  two component LuxR family transcriptional regulator  35.29 
 
 
209 aa  129  2e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.255025  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4559  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.98 
 
 
215 aa  129  3e-29  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0669727  normal  0.0839611 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4426  two component transcriptional regulator, LuxR family  37.98 
 
 
215 aa  129  3e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1385  two component LuxR family transcriptional regulator  35.41 
 
 
212 aa  128  4e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1216  two component LuxR family transcriptional regulator  35.58 
 
 
215 aa  126  2e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0192  response regulator transcription regulator protein  37.5 
 
 
215 aa  125  6e-28  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.028731 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5126  two component LuxR family transcriptional regulator  34.62 
 
 
209 aa  124  9e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.135043  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0896  LuxR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
214 aa  123  2e-27  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3271  response regulator  33.01 
 
 
214 aa  122  3e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0222898  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0998  response regulator  34.48 
 
 
214 aa  122  3e-27  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4250  two component LuxR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
246 aa  122  4e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.59923 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0560  DNA-binding response regulator, LuxR family  34.13 
 
 
209 aa  122  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4715  Two component LuxR family transcriptional regulator  33.01 
 
 
264 aa  122  5e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1429  two component LuxR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
211 aa  121  6e-27  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal  0.85494 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0677  two component LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
211 aa  120  2e-26  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  hitchhiker  0.00533706  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0703  LuxR family transcriptional regulator  33.02 
 
 
211 aa  120  2e-26  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.000151408  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0663  LuxR family DNA-binding response regulator  35.29 
 
 
224 aa  119  3e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0697  LuxR family DNA-binding response regulator  35.29 
 
 
224 aa  119  3e-26  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0300  two component transcriptional regulator, LuxR family  33.84 
 
 
224 aa  119  4e-26  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2132  two component LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
214 aa  118  5e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0449794  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6866  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.84 
 
 
202 aa  118  5e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140006  normal  0.169631 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0983  two component LuxR family transcriptional regulator  32.84 
 
 
213 aa  118  5e-26  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_601  DNA-binding response regulator, LuxR family  35.29 
 
 
224 aa  118  5e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3764  response regulator receiver  33 
 
 
217 aa  118  6e-26  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.321181  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0830  transcriptional regulator  32.85 
 
 
211 aa  117  9e-26  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2141  response regulator  32.54 
 
 
214 aa  117  9e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.126922  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4618  LuxR response regulator receiver  33.65 
 
 
209 aa  117  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.601025 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0462  transcriptional regulator FimZ  31.91 
 
 
199 aa  117  1e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.739138  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1824  response regulator  32.21 
 
 
229 aa  117  1e-25  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.152948  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1850  two component LuxR family transcriptional regulator  33.65 
 
 
216 aa  117  1e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2685  two component LuxR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
222 aa  116  2e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.120511  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0726  response regulator  32.85 
 
 
211 aa  117  2e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2613  response regulator GacA  32.85 
 
 
214 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.466832  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2649  response regulator  31.73 
 
 
214 aa  116  3e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30650  response regulator GacA  32.85 
 
 
214 aa  116  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00700013 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2906  two component LuxR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
203 aa  115  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0127  LuxR family DNA-binding response regulator  33.17 
 
 
215 aa  115  4e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.914848  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1808  two component LuxR family transcriptional regulator  29.85 
 
 
207 aa  115  4e-25  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.000516369  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1551  LuxR family DNA-binding response regulator  33.17 
 
 
215 aa  115  4e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1634  LuxR family DNA-binding response regulator  33.17 
 
 
215 aa  115  4e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>