More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_3136 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_3136  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 263 aa  513  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2667  ABC transporter  97.72 
 
 		 263 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0137793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3096  ABC-2 type transporter  97.34 
 
 		 263 aa  475  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1945  ABC-2 type transporter  85.06 
 
 		 263 aa  384  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0850168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5948  ABC transporter permease  63.08 
 
 		 284 aa  330  1e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0673459  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1894  putative daunorubicin resistance ABC transporter, permease protein  66.8 
 
 		 260 aa  327  1.0000000000000001e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00976323  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2261  ABC-2 type transporter  66.15 
 
 		 260 aa  321  7e-87  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121091  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1861  ABC-2 type transporter  63.75 
 
 		 258 aa  318  6e-86  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0249  hypothetical protein  62.99 
 
 		 281 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.112673 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0030  ABC-2 type transporter  63.18 
 
 		 272 aa  314  9.999999999999999e-85  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0010  ABC-2 type transporter  60.62 
 
 		 280 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0025  ABC-2 type transporter  64.11 
 
 		 290 aa  311  4.999999999999999e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1936  ABC-2 type transporter  62.26 
 
 		 286 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1281  ABC transporter, permease protein  63.95 
 
 		 267 aa  306  2.0000000000000002e-82  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.640698  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3931  ABC-2 type transporter  62.45 
 
 		 263 aa  305  4.0000000000000004e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.284935  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2587  ABC multidrug efflux transporter, inner membrane subunit  60.31 
 
 		 286 aa  304  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1245  ABC-2 type transporter  60.31 
 
 		 292 aa  303  1.0000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0464218  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5312  ABC-2 type transporter  58.08 
 
 		 292 aa  298  8e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.91396  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1802  ABC-2 type transporter  59.13 
 
 		 293 aa  297  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.217297  normal  0.454939 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2668  putative ABC-2 type transporter  63.6 
 
 		 263 aa  296  2e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.149875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5008  ABC-2 type transporter  58.08 
 
 		 290 aa  295  5e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0701746  normal  0.113041 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1851  ABC-2 type transporter  57.53 
 
 		 297 aa  295  6e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.894723 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2186  ABC-2 type transporter  57.53 
 
 		 297 aa  294  1e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.189047 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2613  ABC-2 type transporter  57.36 
 
 		 270 aa  290  2e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.937981  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2716  ABC-2 type transporter  57.53 
 
 		 297 aa  288  6e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.722099  normal  0.404026 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0010  ABC-2 type transporter  58.02 
 
 		 277 aa  282  4.0000000000000003e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0265688  normal  0.974707 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2845  ABC-2 type transporter  61.04 
 
 		 269 aa  271  1e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0354167  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3036  ABC-2 type transporter  60.39 
 
 		 295 aa  261  6e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.309565  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1796  ABC-2 type transporter  54.58 
 
 		 280 aa  259  4e-68  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000116393 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0723  ABC-2 type transporter  51.36 
 
 		 272 aa  236  3e-61  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0756908 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4979  ABC-2 type transporter  57.77 
 
 		 274 aa  227  2e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2590  efflux ABC transporter, permease protein  57.65 
 
 		 275 aa  202  3e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2407  ABC-2 type transporter  35.32 
 
 		 288 aa  127  1.0000000000000001e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000146811  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2157  ABC transporter protein  31.84 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1126  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  32.09 
 
 		 254 aa  122  6e-27  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.339371  normal  0.562201 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0223  hypothetical protein  31.92 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.587044  normal  0.793487 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2298  daunorubicin resistance ABC transporter membrane protein  31.46 
 
 		 264 aa  116  3e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.207913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0300  ABC-2 type transporter  32.03 
 
 		 270 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2893  ABC-2 type transporter  28.85 
 
 		 270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0906  ABC-2 type transporter  30.04 
 
 		 253 aa  110  2.0000000000000002e-23  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000570099 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4739  ABC-2 type transporter  32.13 
 
 		 285 aa  110  3e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0327  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  28.04 
 
 		 249 aa  104  1e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.315936  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5103  ABC-2 type transporter  31.36 
 
 		 281 aa  104  1e-21  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00233057  normal  0.427918 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3245  multidrug ABC transporter, permease protein  27.98 
 
 		 250 aa  103  2e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.234725  normal  0.0779856 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0559  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  31.4 
 
 		 264 aa  104  2e-21  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0215  ABC-2 type transporter  27.24 
 
 		 275 aa  102  9e-21  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.716105  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1125  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  33.8 
 
 		 260 aa  97.4  2e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.742933  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2221  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  29.95 
 
 		 273 aa  97.1  3e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000454003  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1020  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  27.44 
 
 		 249 aa  96.7  4e-19  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0552463  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1593  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  27.82 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.327285  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0388  ABC efflux pump, inner membrane subunit  25.42 
 
 		 249 aa  93.6  3e-18  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.169706  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0426  ABC-2 type transporter  27.54 
 
 		 256 aa  92.8  5e-18  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4031  ABC-2 type transporter  29.36 
 
 		 289 aa  91.7  1e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.246164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0242  ABC-2 type transporter  31.3 
 
 		 278 aa  91.3  1e-17  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1426  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  22.86 
 
 		 256 aa  90.5  3e-17  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0562869  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1380  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  22.86 
 
 		 256 aa  90.5  3e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000932687  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1528  hypothetical protein  25.42 
 
 		 249 aa  89.7  4e-17  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.102699 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1510  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  25.69 
 
 		 253 aa  89.4  5e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.525568  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0476  ABC transporter  30 
 
 		 261 aa  87.8  1e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0918062 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1766  multidrug ABC transporter, permease protein  33.49 
 
 		 242 aa  88.2  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2328  transporter, putative  33.17 
 
 		 246 aa  87.4  2e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.117528  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1165  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  25.45 
 
 		 253 aa  87.4  2e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2561  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  25 
 
 		 249 aa  87  3e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.760407 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0785  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  25.34 
 
 		 253 aa  86.7  3e-16  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0062  ABC-2 type transporter  29.46 
 
 		 260 aa  86.7  4e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000566487  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3574  ABC transporter, permease protein  24.79 
 
 		 254 aa  86.3  5e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.426841  normal  0.115682 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1170  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  27.4 
 
 		 253 aa  84.7  0.000000000000001  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1459  ABC-2 type transporter  27.1 
 
 		 249 aa  84.7  0.000000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1478  ABC-2 type transporter  24.55 
 
 		 254 aa  82.8  0.000000000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2171  ABC-2 type transporter  31.34 
 
 		 256 aa  82.4  0.000000000000006  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2250  ABC-2 type transporter  32 
 
 		 256 aa  82  0.000000000000008  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.239998  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0037  ABC-2 type transporter  28.04 
 
 		 255 aa  81.6  0.00000000000001  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1750  putative multidrug efflux ABC transporter  31.88 
 
 		 277 aa  80.9  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0190039  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2515  ABC transporter, permease protein  31.74 
 
 		 278 aa  80.1  0.00000000000003  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0230  ABC-2 type transporter  28.5 
 
 		 256 aa  79.7  0.00000000000005  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.214662 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1034  ABC-2 type transporter  32.24 
 
 		 256 aa  79.3  0.00000000000006  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.150436 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2499  ABC-2 transporter component  29.95 
 
 		 276 aa  79  0.00000000000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4150  hypothetical protein  29.06 
 
 		 261 aa  77.4  0.0000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000233601  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_2013  ABC-2 type transporter  31.31 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.0000119274  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2864  ABC-2 type transporter  25.96 
 
 		 290 aa  77  0.0000000000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0427  ABC-2 type transporter  28.57 
 
 		 278 aa  75.9  0.0000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.469533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_04481  putative multidrug efflux ABC transporter  29.6 
 
 		 284 aa  74.7  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.86864  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0966  ABC-2 type transporter  29 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0380  ABC-2 type transporter  29.88 
 
 		 280 aa  73.2  0.000000000004  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1781  putative multidrug efflux ABC transporter  28.1 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_05041  putative multidrug efflux ABC transporter  28.1 
 
 		 284 aa  73.2  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.112221 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2056  ABC-2 type transporter  28.5 
 
 		 241 aa  72.8  0.000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.794734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2794  hypothetical protein  24.56 
 
 		 276 aa  69.7  0.00000000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0995371 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05051  putative multidrug efflux ABC transporter  24.77 
 
 		 274 aa  69.3  0.00000000006  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.507008  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3547  ABC-2 type transporter  32 
 
 		 259 aa  68.9  0.00000000008  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.369986 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1203  ABC-2 type transporter  27.01 
 
 		 251 aa  68.2  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0595438 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0685  ABC transporter, permease protein  25 
 
 		 277 aa  68.2  0.0000000001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.537478  normal  0.14182 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4106  ABC-2 type transporter  25.43 
 
 		 293 aa  68.2  0.0000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2149  ABC-2 type transport system permease protein  29.56 
 
 		 286 aa  68.2  0.0000000001  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.157353 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1789  ABC-2 type transporter  28.19 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0251  ABC-2 type transporter  28.21 
 
 		 255 aa  67.8  0.0000000002  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.452318 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4873  ABC-2 type transporter  29.25 
 
 		 298 aa  66.6  0.0000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3408  ABC-2 type transporter, permease protein  29.63 
 
 		 243 aa  66.6  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.184246  normal  0.618546 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_05121  putative multidrug efflux ABC transporter  23.87 
 
 		 274 aa  66.6  0.0000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_04741  putative multidrug efflux ABC transporter  23.87 
 
 		 274 aa  65.9  0.0000000007  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>