More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_1796 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_1796  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 280 aa  558  1e-158  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000116393 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3036  ABC-2 type transporter  79.31 
 
 		 295 aa  389  1e-107  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.309565  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2590  efflux ABC transporter, permease protein  73.61 
 
 		 275 aa  328  5.0000000000000004e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2613  ABC-2 type transporter  61.71 
 
 		 270 aa  322  3e-87  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.937981  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0723  ABC-2 type transporter  60.45 
 
 		 272 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0756908 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2845  ABC-2 type transporter  64.93 
 
 		 269 aa  302  4.0000000000000003e-81  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0354167  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4979  ABC-2 type transporter  61.65 
 
 		 274 aa  284  1.0000000000000001e-75  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5948  ABC transporter permease  55.19 
 
 		 284 aa  271  9e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0673459  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3136  ABC-2 type transporter  57.31 
 
 		 263 aa  270  1e-71  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2186  ABC-2 type transporter  54.89 
 
 		 297 aa  270  1e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.189047 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1281  ABC transporter, permease protein  56.72 
 
 		 267 aa  270  2e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.640698  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0010  ABC-2 type transporter  55.6 
 
 		 280 aa  270  2e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1851  ABC-2 type transporter  54.89 
 
 		 297 aa  270  2e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.894723 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1802  ABC-2 type transporter  54.89 
 
 		 293 aa  270  2.9999999999999997e-71  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.217297  normal  0.454939 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3931  ABC-2 type transporter  56.32 
 
 		 263 aa  270  2.9999999999999997e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.284935  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2667  ABC transporter  57.31 
 
 		 263 aa  268  5e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0137793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3096  ABC-2 type transporter  57.31 
 
 		 263 aa  268  8.999999999999999e-71  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5312  ABC-2 type transporter  54.51 
 
 		 292 aa  268  8.999999999999999e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.91396  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2261  ABC-2 type transporter  53.58 
 
 		 260 aa  265  5.999999999999999e-70  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121091  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2668  putative ABC-2 type transporter  55.84 
 
 		 263 aa  263  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.149875  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5008  ABC-2 type transporter  54.89 
 
 		 290 aa  263  3e-69  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0701746  normal  0.113041 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0249  hypothetical protein  54.1 
 
 		 281 aa  261  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.112673 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1861  ABC-2 type transporter  54.29 
 
 		 258 aa  259  3e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1245  ABC-2 type transporter  54.55 
 
 		 292 aa  258  6e-68  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0464218  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2716  ABC-2 type transporter  53.18 
 
 		 297 aa  258  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.722099  normal  0.404026 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2587  ABC multidrug efflux transporter, inner membrane subunit  54.55 
 
 		 286 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1936  ABC-2 type transporter  53.9 
 
 		 286 aa  258  1e-67  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1894  putative daunorubicin resistance ABC transporter, permease protein  53.99 
 
 		 260 aa  257  2e-67  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00976323  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0025  ABC-2 type transporter  55.87 
 
 		 290 aa  255  4e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0030  ABC-2 type transporter  52.24 
 
 		 272 aa  254  1.0000000000000001e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1945  ABC-2 type transporter  57.47 
 
 		 263 aa  240  2e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0850168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0010  ABC-2 type transporter  50.19 
 
 		 277 aa  217  1e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0265688  normal  0.974707 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0906  ABC-2 type transporter  30.53 
 
 		 253 aa  120  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000570099 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2407  ABC-2 type transporter  30.64 
 
 		 288 aa  115  6e-25  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000146811  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3245  multidrug ABC transporter, permease protein  28.95 
 
 		 250 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.234725  normal  0.0779856 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2157  ABC transporter protein  28.76 
 
 		 284 aa  112  7.000000000000001e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2298  daunorubicin resistance ABC transporter membrane protein  28.99 
 
 		 264 aa  112  7.000000000000001e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.207913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1126  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  30.3 
 
 		 254 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.339371  normal  0.562201 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5103  ABC-2 type transporter  29 
 
 		 281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00233057  normal  0.427918 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0300  ABC-2 type transporter  30.13 
 
 		 270 aa  109  6e-23  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0223  hypothetical protein  28.63 
 
 		 251 aa  106  3e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.587044  normal  0.793487 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0062  ABC-2 type transporter  30.13 
 
 		 260 aa  103  3e-21  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000566487  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1593  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  25.1 
 
 		 255 aa  100  3e-20  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.327285  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2893  ABC-2 type transporter  27.94 
 
 		 270 aa  98.6  1e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0037  ABC-2 type transporter  28.76 
 
 		 255 aa  97.8  2e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0242  ABC-2 type transporter  27.71 
 
 		 278 aa  96.7  4e-19  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1426  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  26.41 
 
 		 256 aa  96.7  4e-19  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0562869  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1380  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  26.41 
 
 		 256 aa  96.3  5e-19  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000932687  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0559  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  26.47 
 
 		 264 aa  95.5  8e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1478  ABC-2 type transporter  24.08 
 
 		 254 aa  95.5  9e-19  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4031  ABC-2 type transporter  27.75 
 
 		 289 aa  94.7  1e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.246164  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3574  ABC transporter, permease protein  27.08 
 
 		 254 aa  93.6  3e-18  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.426841  normal  0.115682 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2864  ABC-2 type transporter  25.96 
 
 		 290 aa  93.2  4e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4739  ABC-2 type transporter  27.23 
 
 		 285 aa  92.4  7e-18  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0327  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  25.81 
 
 		 249 aa  92.4  8e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.315936  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1170  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  24.7 
 
 		 253 aa  92  9e-18  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0785  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  27.43 
 
 		 253 aa  91.7  1e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0966  ABC-2 type transporter  28.51 
 
 		 259 aa  90.9  2e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1165  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  26.99 
 
 		 253 aa  90.9  2e-17  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1020  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  24.57 
 
 		 249 aa  90.9  2e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0552463  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1125  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  27.48 
 
 		 260 aa  89.7  4e-17  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.742933  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0476  ABC transporter  25.37 
 
 		 261 aa  90.1  4e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0918062 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1510  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  27.43 
 
 		 253 aa  89.7  4e-17  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.525568  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0363  ABC-2 type transporter  27.24 
 
 		 289 aa  89.4  7e-17  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2250  ABC-2 type transporter  26.67 
 
 		 256 aa  88.6  9e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.239998  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1766  multidrug ABC transporter, permease protein  26.96 
 
 		 242 aa  87.8  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0426  ABC-2 type transporter  26.41 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0427  ABC-2 type transporter  28.82 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.469533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2328  transporter, putative  31.3 
 
 		 246 aa  86.7  4e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.117528  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0230  ABC-2 type transporter  27.23 
 
 		 256 aa  86.7  4e-16  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.214662 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2515  ABC transporter, permease protein  28.26 
 
 		 278 aa  85.9  7e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1528  hypothetical protein  25.22 
 
 		 249 aa  85.5  0.000000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.102699 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0388  ABC efflux pump, inner membrane subunit  25 
 
 		 249 aa  84.3  0.000000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.169706  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0215  ABC-2 type transporter  28.24 
 
 		 275 aa  84.7  0.000000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.716105  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4150  hypothetical protein  25.23 
 
 		 261 aa  83.2  0.000000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000233601  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0685  ABC transporter, permease protein  25.64 
 
 		 277 aa  82.8  0.000000000000006  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.537478  normal  0.14182 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1358  ABC-2 type transporter  28.57 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.624692  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1459  ABC-2 type transporter  26.09 
 
 		 249 aa  81.6  0.00000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2171  ABC-2 type transporter  27.5 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4106  ABC-2 type transporter  24.68 
 
 		 293 aa  80.5  0.00000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2499  ABC-2 transporter component  29.57 
 
 		 276 aa  80.1  0.00000000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0014  ABC-2 type transporter  25.83 
 
 		 304 aa  79.3  0.00000000000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2561  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  23.36 
 
 		 249 aa  79.3  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.760407 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4873  ABC-2 type transporter  28.63 
 
 		 298 aa  79.3  0.00000000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0251  ABC-2 type transporter  24.69 
 
 		 255 aa  79.3  0.00000000000007  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.452318 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1079  ABC-2 type transporter  30.08 
 
 		 296 aa  79  0.00000000000009  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1203  ABC-2 type transporter  29 
 
 		 251 aa  78.2  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0595438 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2056  ABC-2 type transporter  24.7 
 
 		 241 aa  78.6  0.0000000000001  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.794734  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0243  hypothetical protein  26.59 
 
 		 259 aa  78.2  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.113541 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2221  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  25.79 
 
 		 273 aa  78.2  0.0000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000454003  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_2013  ABC-2 type transporter  25.97 
 
 		 256 aa  77.8  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.0000119274  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3861  ABC-2 type transporter  28.8 
 
 		 291 aa  77.4  0.0000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.92497  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1034  ABC-2 type transporter  25.97 
 
 		 256 aa  77  0.0000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.150436 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3518  ABC-2 type transporter  28.99 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2588  ABC-2 type transporter  29.29 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2794  hypothetical protein  24.02 
 
 		 276 aa  75.5  0.0000000000008  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0995371 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0192  hypothetical protein  28.45 
 
 		 295 aa  74.7  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.144906 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1561  ABC-2 type transporter  25.44 
 
 		 252 aa  74.3  0.000000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.403911  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0945  ABC transporter related  30.14 
 
 		 665 aa  74.7  0.000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0449  putative multidrug efflux ABC transporter  30.25 
 
 		 274 aa  73.2  0.000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.603097  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>