More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_3931 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_3931  ABC-2 type transporter  100 
 
 		 263 aa  516  1.0000000000000001e-145  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.284935  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2668  putative ABC-2 type transporter  74.14 
 
 		 263 aa  368  1e-101  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.149875  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0030  ABC-2 type transporter  67.68 
 
 		 272 aa  357  1.9999999999999998e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5948  ABC transporter permease  66.15 
 
 		 284 aa  341  7e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0673459  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1936  ABC-2 type transporter  67.05 
 
 		 286 aa  338  4e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1245  ABC-2 type transporter  66.54 
 
 		 292 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0464218  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2587  ABC multidrug efflux transporter, inner membrane subunit  66.54 
 
 		 286 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0249  hypothetical protein  64.71 
 
 		 281 aa  327  9e-89  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.112673 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0010  ABC-2 type transporter  64.23 
 
 		 280 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0025  ABC-2 type transporter  64 
 
 		 290 aa  320  9.999999999999999e-87  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.792877 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1281  ABC transporter, permease protein  66.54 
 
 		 267 aa  319  3e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.640698  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5312  ABC-2 type transporter  61.98 
 
 		 292 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.91396  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5008  ABC-2 type transporter  63.22 
 
 		 290 aa  318  7.999999999999999e-86  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0701746  normal  0.113041 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1802  ABC-2 type transporter  62.07 
 
 		 293 aa  315  6e-85  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.217297  normal  0.454939 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1851  ABC-2 type transporter  62.07 
 
 		 297 aa  313  9.999999999999999e-85  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.894723 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2186  ABC-2 type transporter  61.83 
 
 		 297 aa  313  1.9999999999999998e-84  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.189047 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2613  ABC-2 type transporter  60.47 
 
 		 270 aa  300  2e-80  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.937981  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2716  ABC-2 type transporter  59 
 
 		 297 aa  299  2e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.722099  normal  0.404026 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2845  ABC-2 type transporter  61.92 
 
 		 269 aa  292  5e-78  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0354167  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3136  ABC-2 type transporter  62.45 
 
 		 263 aa  290  1e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2667  ABC transporter  62.45 
 
 		 263 aa  289  2e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0137793  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3096  ABC-2 type transporter  62.45 
 
 		 263 aa  289  3e-77  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0010  ABC-2 type transporter  60.61 
 
 		 277 aa  287  1e-76  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0265688  normal  0.974707 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2261  ABC-2 type transporter  59.92 
 
 		 260 aa  286  2e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.121091  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1894  putative daunorubicin resistance ABC transporter, permease protein  62.82 
 
 		 260 aa  285  8e-76  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00976323  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1861  ABC-2 type transporter  60 
 
 		 258 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1945  ABC-2 type transporter  62.74 
 
 		 263 aa  270  1e-71  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0850168  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3036  ABC-2 type transporter  58.2 
 
 		 295 aa  254  1.0000000000000001e-66  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.309565  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1796  ABC-2 type transporter  56.54 
 
 		 280 aa  252  3e-66  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000116393 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4979  ABC-2 type transporter  57.42 
 
 		 274 aa  239  4e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0723  ABC-2 type transporter  51.15 
 
 		 272 aa  238  6.999999999999999e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0756908 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2590  efflux ABC transporter, permease protein  54.69 
 
 		 275 aa  203  2e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.717698  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2298  daunorubicin resistance ABC transporter membrane protein  32.17 
 
 		 264 aa  129  5.0000000000000004e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.207913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1126  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  32.88 
 
 		 254 aa  125  5e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.339371  normal  0.562201 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2157  ABC transporter protein  31.72 
 
 		 284 aa  124  1e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2407  ABC-2 type transporter  31.6 
 
 		 288 aa  123  3e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.000146811  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0300  ABC-2 type transporter  31 
 
 		 270 aa  120  3e-26  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1020  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  30.36 
 
 		 249 aa  110  3e-23  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0552463  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5103  ABC-2 type transporter  31.82 
 
 		 281 aa  109  4.0000000000000004e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  hitchhiker  0.00233057  normal  0.427918 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0906  ABC-2 type transporter  30.36 
 
 		 253 aa  106  5e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000570099 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0223  hypothetical protein  31.54 
 
 		 251 aa  106  5e-22  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.587044  normal  0.793487 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0388  ABC efflux pump, inner membrane subunit  29.11 
 
 		 249 aa  103  2e-21  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.169706  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4739  ABC-2 type transporter  29.73 
 
 		 285 aa  102  5e-21  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3245  multidrug ABC transporter, permease protein  29.03 
 
 		 250 aa  102  9e-21  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.234725  normal  0.0779856 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0327  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  29.44 
 
 		 249 aa  101  1e-20  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.315936  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0559  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  29.77 
 
 		 264 aa  98.6  8e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0037  ABC-2 type transporter  29.18 
 
 		 255 aa  95.9  6e-19  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2893  ABC-2 type transporter  28.83 
 
 		 270 aa  95.1  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0242  ABC-2 type transporter  30.87 
 
 		 278 aa  95.1  1e-18  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1528  hypothetical protein  28.14 
 
 		 249 aa  93.6  3e-18  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.102699 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4031  ABC-2 type transporter  27.71 
 
 		 289 aa  93.2  4e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.246164  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0215  ABC-2 type transporter  27.91 
 
 		 275 aa  93.2  4e-18  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.716105  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1125  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  29.28 
 
 		 260 aa  92  8e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.742933  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0426  ABC-2 type transporter  30.43 
 
 		 256 aa  91.3  1e-17  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0476  ABC transporter  28.02 
 
 		 261 aa  90.9  2e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.0918062 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0427  ABC-2 type transporter  30.29 
 
 		 278 aa  90.9  2e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.469533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1593  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  27.12 
 
 		 255 aa  90.5  3e-17  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.327285  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2561  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  27.8 
 
 		 249 aa  89.4  5e-17  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  0.760407 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1478  ABC-2 type transporter  26.61 
 
 		 254 aa  89.4  5e-17  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_0230  ABC-2 type transporter  29.2 
 
 		 256 aa  89.4  6e-17  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.214662 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0785  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  26.58 
 
 		 253 aa  89  7e-17  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1165  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  25.23 
 
 		 253 aa  88.6  1e-16  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3574  ABC transporter, permease protein  26.24 
 
 		 254 aa  88.2  1e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.426841  normal  0.115682 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1380  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  26.99 
 
 		 256 aa  87.8  1e-16  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000932687  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_1459  ABC-2 type transporter  29.77 
 
 		 249 aa  88.6  1e-16  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1426  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  26.67 
 
 		 256 aa  87.4  2e-16  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.0562869  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2515  ABC transporter, permease protein  32.23 
 
 		 278 aa  87.8  2e-16  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.551545 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1510  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  24.43 
 
 		 253 aa  87.4  2e-16  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.525568  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_2171  ABC-2 type transporter  30.22 
 
 		 256 aa  87  3e-16  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2499  ABC-2 transporter component  27.65 
 
 		 276 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1034  ABC-2 type transporter  29.6 
 
 		 256 aa  83.2  0.000000000000004  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  0.150436 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2864  ABC-2 type transporter  25.21 
 
 		 290 aa  82.4  0.000000000000007  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0251  ABC-2 type transporter  28.11 
 
 		 255 aa  82  0.000000000000008  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  0.452318 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2250  ABC-2 type transporter  28.57 
 
 		 256 aa  82  0.00000000000001  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.239998  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1766  multidrug ABC transporter, permease protein  27.35 
 
 		 242 aa  80.9  0.00000000000002  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2328  transporter, putative  30.41 
 
 		 246 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.117528  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2221  ABC multidrug efflux pump, inner membrane subunit  26.39 
 
 		 273 aa  80.9  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.000454003  normal  0.343798 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_2013  ABC-2 type transporter  28.7 
 
 		 256 aa  80.9  0.00000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  decreased coverage  0.0000119274  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1170  daunorubicin resistance ABC transporter, inner membrane subunit B  24.77 
 
 		 253 aa  80.5  0.00000000000003  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.780816  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_2056  ABC-2 type transporter  29.22 
 
 		 241 aa  79.3  0.00000000000006  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.794734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0497  ABC-2 type transporter  27.75 
 
 		 286 aa  79  0.00000000000007  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.779296  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1789  ABC-2 type transporter  27.05 
 
 		 261 aa  79  0.00000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4106  ABC-2 type transporter  28.7 
 
 		 293 aa  78.6  0.00000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0380  ABC-2 type transporter  26.67 
 
 		 280 aa  77.8  0.0000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0685  ABC transporter, permease protein  26.1 
 
 		 277 aa  76.6  0.0000000000004  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.537478  normal  0.14182 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0062  ABC-2 type transporter  26.11 
 
 		 260 aa  75.5  0.0000000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000566487  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2794  hypothetical protein  24.89 
 
 		 276 aa  75.1  0.000000000001  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  0.0995371 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1123  ABC-2 type transporter  29.95 
 
 		 257 aa  73.9  0.000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1203  ABC-2 type transporter  24.38 
 
 		 251 aa  73.9  0.000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0595438 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0966  ABC-2 type transporter  28.23 
 
 		 259 aa  73.6  0.000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3518  ABC-2 type transporter  29.22 
 
 		 298 aa  72.8  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2588  ABC-2 type transporter  29.22 
 
 		 298 aa  73.2  0.000000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0800  hypothetical protein  29.94 
 
 		 251 aa  72.8  0.000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.200073  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2743  hypothetical protein  28.57 
 
 		 251 aa  72  0.000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0692  ABC-2 type transporter  30.51 
 
 		 251 aa  70.1  0.00000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.815374  normal  0.797242 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0827  putative transmembrane protein  29.87 
 
 		 251 aa  69.3  0.00000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.366259  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4150  hypothetical protein  26.77 
 
 		 261 aa  68.2  0.0000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00000233601  normal  0.0693377 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0850  ABC-2 type transporter, permease protein  30.81 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0192  hypothetical protein  28.31 
 
 		 295 aa  67.8  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.144906 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0878  ABC-2 type transporter, permease protein  30.81 
 
 		 368 aa  67.8  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>