More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnec_0313 on replicon NC_010531
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010531  Pnec_0313  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
158 aa  323  5e-88  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0285  biopolymer transport protein ExbD/TolR  75.5 
 
 
149 aa  237  5e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3571  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.26 
 
 
141 aa  118  3.9999999999999996e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.161015  decreased coverage  0.00354496 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.8 
 
 
142 aa  115  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2642  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.62 
 
 
147 aa  114  3.9999999999999997e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.333418  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  44.53 
 
 
143 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2565  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.31 
 
 
141 aa  113  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0403619  hitchhiker  0.00490818 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.53 
 
 
143 aa  113  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.0000000395657  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.7 
 
 
141 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.7 
 
 
141 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.27 
 
 
144 aa  111  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.27 
 
 
142 aa  110  6e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.75 
 
 
143 aa  110  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000196939  hitchhiker  0.000000905807 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.38 
 
 
141 aa  110  1.0000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2948  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.04 
 
 
142 aa  108  2.0000000000000002e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.61 
 
 
141 aa  108  3e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.04 
 
 
144 aa  105  2e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  41.86 
 
 
147 aa  100  7e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.79 
 
 
142 aa  100  1e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1509  biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  42.97 
 
 
138 aa  98.6  3e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.171101  normal  0.278773 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.64 
 
 
137 aa  94.7  4e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000537129  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.22 
 
 
138 aa  94.7  5e-19  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  0.0000374903  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.83 
 
 
140 aa  91.3  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.87 
 
 
142 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2091  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.4 
 
 
140 aa  88.2  4e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0833564  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  37.12 
 
 
146 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  36.36 
 
 
146 aa  85.5  3e-16  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  35.07 
 
 
141 aa  83.6  9e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.39 
 
 
143 aa  83.2  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  36.52 
 
 
143 aa  81.6  0.000000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.26 
 
 
137 aa  79.3  0.00000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.45 
 
 
140 aa  78.2  0.00000000000004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.04 
 
 
142 aa  77.4  0.00000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.5 
 
 
132 aa  77  0.00000000000008  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  33.6 
 
 
154 aa  75.9  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.39 
 
 
141 aa  75.1  0.0000000000004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.28 
 
 
140 aa  74.7  0.0000000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  35.65 
 
 
142 aa  73.9  0.0000000000007  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.15 
 
 
140 aa  72.8  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.04 
 
 
141 aa  71.6  0.000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  34.19 
 
 
145 aa  70.5  0.000000000008  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.19 
 
 
145 aa  70.5  0.000000000008  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.52 
 
 
140 aa  70.5  0.00000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  29.37 
 
 
139 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  32.06 
 
 
143 aa  67  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30 
 
 
135 aa  65.9  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1407  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
139 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.757544  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.01 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  29.01 
 
 
134 aa  64.3  0.0000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1847  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.8 
 
 
130 aa  63.5  0.000000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.730316  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.15 
 
 
144 aa  62.8  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0395  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
151 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30482  hitchhiker  0.000338676 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1543  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
135 aa  62.8  0.000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4033  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.6 
 
 
158 aa  62.8  0.000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.439813  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0784  protein TolR  30.83 
 
 
138 aa  62.4  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0363173  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0244  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.79 
 
 
149 aa  62  0.000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2462  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.62 
 
 
141 aa  61.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0870388  normal  0.859311 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.3 
 
 
143 aa  61.2  0.000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.9 
 
 
131 aa  61.6  0.000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.376121  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.66 
 
 
136 aa  60.8  0.000000007  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2024  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.56 
 
 
155 aa  59.7  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.34025 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1532  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
141 aa  59.3  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.98 
 
 
137 aa  59.3  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.41 
 
 
138 aa  58.5  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.54 
 
 
133 aa  58.2  0.00000005  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1317  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
143 aa  57  0.00000009  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.893415  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0592  biopolymer transport protein ExbD  29.27 
 
 
143 aa  57  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0267  biopolymer transport protein ExbD  29.27 
 
 
143 aa  57  0.0000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.134786  normal  0.162508 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.85 
 
 
138 aa  57  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0673  biopolymer transport protein ExbD  29.27 
 
 
143 aa  56.6  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.717059  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1061  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.33 
 
 
158 aa  56.6  0.0000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1400  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.35 
 
 
130 aa  56.2  0.0000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.377979  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  26.52 
 
 
142 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1656  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.51 
 
 
151 aa  55.8  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3905  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.33 
 
 
133 aa  56.2  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.396754  normal  0.163087 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1573  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.99 
 
 
139 aa  55.8  0.0000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.320463 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0573  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 
139 aa  55.5  0.0000003  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.234389  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4274  TonB system transport protein ExbD type-1  32.03 
 
 
164 aa  55.5  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  decreased coverage  0.0093154 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.81 
 
 
141 aa  55.1  0.0000004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  28.46 
 
 
141 aa  55.1  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1522  ExbDTolR family transport protein  31.01 
 
 
130 aa  54.7  0.0000005  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00000205974  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.61 
 
 
143 aa  54.7  0.0000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0534  protein TolR  29.03 
 
 
151 aa  54.3  0.0000006  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.156343  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3121  protein TolR  25.95 
 
 
142 aa  54.3  0.0000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  25.76 
 
 
140 aa  54.3  0.0000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  25.76 
 
 
142 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4149  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
159 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0136307  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  25.76 
 
 
142 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  25.76 
 
 
142 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1908  ExbD/TolR family protein  23.88 
 
 
141 aa  53.9  0.0000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  25.76 
 
 
142 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4176  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.77 
 
 
158 aa  53.9  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0919098  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  25.76 
 
 
142 aa  53.9  0.0000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0467  TonB system transport protein ExbD  25.83 
 
 
129 aa  53.9  0.0000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  25.76 
 
 
142 aa  53.9  0.0000009  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  24.06 
 
 
143 aa  53.5  0.000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  24.6 
 
 
139 aa  53.9  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1714  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
143 aa  53.1  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0748  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.31 
 
 
152 aa  53.5  0.000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1249  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.26 
 
 
133 aa  53.1  0.000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.368012 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>