More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1532 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007908  Rfer_1532  biopolymer transport protein ExbD/TolR  100 
 
 
141 aa  288  2e-77  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.42595  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1756  biopolymer transport ExbD protein  58.46 
 
 
143 aa  169  1e-41  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.439399 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1937  biopolymer transport protein ExbD/TolR  60.63 
 
 
139 aa  169  1e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.218457 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1119  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.17 
 
 
144 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4354  biopolymer transport protein ExbD/TolR  54.35 
 
 
143 aa  157  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0813  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.54 
 
 
136 aa  155  2e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3233  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.4 
 
 
142 aa  151  2.9999999999999998e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0689  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.17 
 
 
140 aa  144  3e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.828997  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4694  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.55 
 
 
141 aa  142  2e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2089  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.92 
 
 
141 aa  139  9e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0440021  normal  0.632014 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1442  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.55 
 
 
140 aa  137  7e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0997  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.39 
 
 
141 aa  137  7e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.975721 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2998  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.83 
 
 
140 aa  135  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5006  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.24 
 
 
140 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.108407 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1715  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.61 
 
 
140 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6363  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.61 
 
 
140 aa  134  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0283531  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1730  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.61 
 
 
140 aa  134  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.245052  normal  0.398781 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0383  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.38 
 
 
141 aa  134  4e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0787741 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1805  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.93 
 
 
137 aa  131  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.654076  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.1 
 
 
140 aa  130  6e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.880013 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3142  biopolymer transport transmembrane protein, ExbD/TolR like  45.26 
 
 
139 aa  130  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.421775  normal  0.0460891 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5529  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.46 
 
 
140 aa  129  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3074  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.15 
 
 
136 aa  128  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.00262954  normal  0.170197 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2225  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.46 
 
 
142 aa  128  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.361252  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2200  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.46 
 
 
140 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5877  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.46 
 
 
140 aa  127  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1440  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.21 
 
 
136 aa  125  1.0000000000000001e-28  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2408  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.93 
 
 
136 aa  125  1.0000000000000001e-28  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.692692  normal  0.803966 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1143  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.34 
 
 
137 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2026  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.62 
 
 
142 aa  125  2.0000000000000002e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.597145  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2570  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.64 
 
 
136 aa  125  2.0000000000000002e-28  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00988954  hitchhiker  0.000963498 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2064  ExbD/TolR family transport energizing protein  44.62 
 
 
142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132783  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1803  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.62 
 
 
142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.831218  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1930  biopolymer ExbD/TolR family transporter  44.62 
 
 
142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0800  ExbD/TolR family transport energizing protein  44.62 
 
 
140 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1092  ExbD/TolR family transport energizing protein  44.62 
 
 
142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0617  ExbD/TolR family transport energizing protein  44.62 
 
 
142 aa  124  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.843085  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0520  ExbD/TolR family transport energizing protein  45.31 
 
 
142 aa  124  5e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2118  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.92 
 
 
142 aa  124  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2279  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.52 
 
 
137 aa  124  6e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.079959  normal  0.0276297 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2239  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.92 
 
 
140 aa  123  8.000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1947  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.99 
 
 
139 aa  123  9e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.81805  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1965  biopolymer transport transmembrane protein  53.44 
 
 
137 aa  120  7e-27  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.393052 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0711  putative biopolymer transport protein  42.34 
 
 
140 aa  119  9.999999999999999e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0310861 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.39 
 
 
143 aa  119  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3053  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.67 
 
 
136 aa  119  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2237  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.77 
 
 
137 aa  119  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0575  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.03 
 
 
143 aa  117  7.999999999999999e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.523101  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1407  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.53 
 
 
139 aa  116  9e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.757544  normal  0.100791 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3381  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.86 
 
 
143 aa  115  3e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000113024 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3520  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.88 
 
 
138 aa  113  8.999999999999998e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.127703  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4624  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.76 
 
 
137 aa  113  8.999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000994253 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0863  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.72 
 
 
138 aa  113  1.0000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0638904  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3313  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.62 
 
 
135 aa  112  1.0000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.93238  normal  0.758523 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2589  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.71 
 
 
158 aa  111  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.382062  hitchhiker  0.000000237185 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2477  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.8 
 
 
140 aa  111  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0883915  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0119  biopolymer transport-like protein  41.89 
 
 
160 aa  110  7.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0532523  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6111  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.74 
 
 
140 aa  106  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1936  biopolymer transport protein ExbD/TolR  40.3 
 
 
142 aa  106  9.000000000000001e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.211581 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1512  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.09 
 
 
133 aa  104  4e-22  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2454  biopolymer ExbD/TolR family transporter  40.98 
 
 
176 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1230  biopolymer ExbD/TolR family transporter  40.98 
 
 
176 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2641  biopolymer ExbD/TolR family transporter  40.98 
 
 
176 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0371  biopolymer ExbD/TolR family transporter  40.98 
 
 
176 aa  103  9e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0806  biopolymer transport ExbD protein  38.32 
 
 
173 aa  103  9e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274891 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3720  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.04 
 
 
139 aa  103  1e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.334783  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1794  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.18 
 
 
136 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0946301  normal  0.726356 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2118  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.18 
 
 
136 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0526178  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1147  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.42 
 
 
140 aa  102  2e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0573  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.55 
 
 
139 aa  102  2e-21  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.234389  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3453  biopolymer ExbD/TolR family transporter  40.16 
 
 
176 aa  101  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1052  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.1 
 
 
156 aa  101  3e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1114  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.62 
 
 
141 aa  101  4e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.809728  normal  0.285485 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2733  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 
153 aa  101  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0812  biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.04 
 
 
142 aa  100  6e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0620  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.97 
 
 
151 aa  100  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0653  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.97 
 
 
151 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0170  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.97 
 
 
151 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0011  biopolymer transport ExbD1 protein  37.4 
 
 
139 aa  98.2  3e-20  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0548  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 
151 aa  97.4  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268527  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.69 
 
 
139 aa  97.4  6e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  37.59 
 
 
139 aa  96.7  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1210  biopolymer ExbD/TolR family transporter  38.52 
 
 
178 aa  96.7  1e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3451  ExbD/TolR family transport energizing protein  39.34 
 
 
176 aa  95.9  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.141094  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 
151 aa  95.9  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.340528 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3416  ExbD/TolR family transport energizing protein  39.34 
 
 
172 aa  95.9  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1662  iopolymer transport protein ExbD/TolR  37.98 
 
 
133 aa  95.9  2e-19  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00365164  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0751  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.5 
 
 
107 aa  94.7  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.784453 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1904  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.43 
 
 
133 aa  94.7  4e-19  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.358326  normal  0.205106 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3739  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.01 
 
 
152 aa  94.4  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.220249 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  37.41 
 
 
139 aa  94  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2090  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  38.24 
 
 
144 aa  94  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.0249583  normal  0.766976 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0478  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.09 
 
 
146 aa  93.6  8e-19  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0010  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.96 
 
 
141 aa  93.2  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041719 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1714  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.15 
 
 
143 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6364  biopolymer transport protein ExbD/TolR  42.15 
 
 
143 aa  92.8  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00896769  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0878  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.09 
 
 
141 aa  92.4  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0295235  normal  0.0766117 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1022  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.09 
 
 
141 aa  92.4  2e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0335138  normal  0.0307792 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1573  biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.77 
 
 
139 aa  92  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.320463 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  36.69 
 
 
139 aa  92.4  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>