More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3409 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008781  Pnap_3409  Holliday junction resolvase  100 
 
 
182 aa  367  1e-101  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.102403  normal  0.125842 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1083  Holliday junction resolvase  82.22 
 
 
182 aa  288  2e-77  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00107185  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3417  Holliday junction resolvase  74.73 
 
 
182 aa  269  2e-71  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.124566  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0833  Holliday junction resolvase  72.38 
 
 
182 aa  265  3e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0886896 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0930  Holliday junction resolvase  70.88 
 
 
182 aa  262  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.515185  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2947  Holliday junction resolvase  71.82 
 
 
182 aa  261  3e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.977877  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2968  Holliday junction resolvase  69.73 
 
 
186 aa  252  2e-66  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3658  Holliday junction resolvase  69.19 
 
 
186 aa  252  2e-66  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1480  Holliday junction resolvase  66.11 
 
 
182 aa  245  2e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.303273  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0531  Holliday junction resolvase  64.04 
 
 
183 aa  229  1e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0482  Holliday junction resolvase  64.8 
 
 
184 aa  227  7e-59  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0464061 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0379  Holliday junction resolvase  62.58 
 
 
181 aa  200  8e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0394  Holliday junction resolvase  62.58 
 
 
181 aa  200  9e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.638558 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0503  Holliday junction resolvase  63.19 
 
 
181 aa  200  9e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.46163 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1249  Holliday junction resolvase  58.33 
 
 
180 aa  198  4e-50  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3343  Holliday junction resolvase  56.11 
 
 
180 aa  197  5e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00888007 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0486  Holliday junction resolvase  61.31 
 
 
181 aa  197  8e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2354  Holliday junction resolvase  59.52 
 
 
180 aa  196  1e-49  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.542113 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0617  Holliday junction resolvase  55.56 
 
 
180 aa  196  2e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.481352 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3405  Holliday junction resolvase  57.78 
 
 
180 aa  196  2e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1130  Holliday junction resolvase  57.78 
 
 
275 aa  196  2e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2355  Holliday junction resolvase  57.78 
 
 
180 aa  196  2e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0268  Holliday junction resolvase  57.78 
 
 
284 aa  196  2e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2534  Holliday junction resolvase  57.78 
 
 
180 aa  196  2e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3399  Holliday junction resolvase  57.78 
 
 
180 aa  196  2e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3856  Holliday junction resolvase  65.79 
 
 
183 aa  194  5e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3364  Holliday junction resolvase  57.22 
 
 
180 aa  194  6e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2694  Holliday junction resolvase  60.49 
 
 
180 aa  192  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.218252  normal  0.976349 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0609  Holliday junction resolvase  61.01 
 
 
183 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.385188  normal  0.439523 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0583  Holliday junction resolvase  61.01 
 
 
183 aa  192  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3776  Holliday junction resolvase  55.56 
 
 
180 aa  191  6e-48  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.518042  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0426  Holliday junction resolvase  60.12 
 
 
181 aa  189  1e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.633574  normal  0.046933 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0207  Holliday junction resolvase  59.26 
 
 
180 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0690  Holliday junction resolvase  59.26 
 
 
180 aa  189  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0657  Holliday junction resolvase  59.26 
 
 
180 aa  187  5e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2554  Holliday junction resolvase  59.74 
 
 
180 aa  186  2e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.250708  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1878  Holliday junction resolvase  59.74 
 
 
172 aa  185  4e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.00784729  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2214  Holliday junction resolvase  59.2 
 
 
171 aa  178  3e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0307344 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4063  Holliday junction resolvase  60.34 
 
 
179 aa  177  6e-44  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1582  Holliday junction resolvase  56.49 
 
 
168 aa  174  6e-43  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.330429  normal  0.489243 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1887  Holliday junction resolvase  50.29 
 
 
173 aa  169  2e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.903201  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003924  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  49.71 
 
 
173 aa  166  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00124897  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01598  Holliday junction resolvase  49.71 
 
 
173 aa  164  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1433  Holliday junction resolvase  47.83 
 
 
194 aa  162  2e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0671  Holliday junction resolvase  46.49 
 
 
194 aa  162  3e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.674635  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0699  Holliday junction resolvase  46.49 
 
 
194 aa  160  6e-39  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.207762  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2364  Holliday junction resolvase  48.57 
 
 
173 aa  155  3e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.00103097  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1438  Holliday junction resolvase  47.43 
 
 
173 aa  155  3e-37  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  7.86785e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2042  Holliday junction resolvase  49.14 
 
 
173 aa  153  1e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000214475  hitchhiker  5.71856e-08 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2040  Holliday junction resolvase  49.14 
 
 
173 aa  153  1e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  8.85772e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2032  Holliday junction resolvase  50.86 
 
 
173 aa  153  1e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00302461  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2305  Holliday junction resolvase  49.14 
 
 
173 aa  153  1e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00234267  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2421  Holliday junction resolvase  49.14 
 
 
173 aa  153  1e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  5.04743e-05  normal  0.0281023 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0716  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  47.43 
 
 
173 aa  152  2e-36  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.075927  normal  0.655045 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2672  Holliday junction resolvase  51.3 
 
 
176 aa  152  3e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00163378  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3314  Holliday junction resolvase  51.3 
 
 
164 aa  151  5e-36  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0932  Holliday junction resolvase  51.3 
 
 
164 aa  151  5e-36  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.74044e-15 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2182  Holliday junction resolvase  45.14 
 
 
173 aa  150  8e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.64085  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2573  Holliday junction resolvase  49.71 
 
 
173 aa  149  3e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00104649  hitchhiker  0.00130455 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1415  Holliday junction resolvase  46.15 
 
 
171 aa  148  5e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  5.23238e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1937  Holliday junction resolvase  47.43 
 
 
173 aa  147  8e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00155576  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2077  Holliday junction resolvase  48 
 
 
173 aa  146  2e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.414118  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0744  Holliday junction resolvase  48.7 
 
 
164 aa  144  7e-34  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000123972  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2078  Holliday junction resolvase  47.43 
 
 
173 aa  144  9e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000308371  hitchhiker  0.00162508 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1900  Holliday junction resolvase  47.43 
 
 
173 aa  144  9e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  3.00533e-05  hitchhiker  0.000114763 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1885  Holliday junction resolvase  47.43 
 
 
173 aa  143  2e-33  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.94551  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1955  Holliday junction resolvase  47.43 
 
 
173 aa  142  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.873797 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1408  Holliday junction resolvase  47.67 
 
 
174 aa  142  3e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0741674  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1075  Holliday junction resolvase  47.4 
 
 
164 aa  142  3e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.228203  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2431  Holliday junction resolvase  46.86 
 
 
173 aa  141  5e-33  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4409  Holliday junction resolvase  49.37 
 
 
175 aa  140  1e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.049138  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4543  Holliday junction resolvase  52.63 
 
 
174 aa  140  1e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51800  Holliday junction resolvase  52.63 
 
 
174 aa  139  2e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  4.86306e-05 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3979  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  47.67 
 
 
176 aa  139  2e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.175883  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2157  Holliday junction resolvase  50 
 
 
173 aa  139  2e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1270  Holliday junction resolvase  48.26 
 
 
174 aa  138  4e-32  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.460583  normal  0.748169 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2145  Holliday junction resolvase  48.75 
 
 
173 aa  137  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.25841  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2423  Holliday junction resolvase  48.75 
 
 
173 aa  137  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0385722  normal  0.655907 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2032  Holliday junction resolvase  48.75 
 
 
173 aa  137  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000234301  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2336  Holliday junction resolvase  48.05 
 
 
161 aa  136  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0868617  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2778  Holliday junction resolvase  48.45 
 
 
173 aa  136  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0426005  normal  0.0283844 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0180  Holliday junction resolvase  43.23 
 
 
162 aa  136  2e-31  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1841  Holliday junction resolvase  48 
 
 
173 aa  135  4e-31  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.291427 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2259  Holliday junction resolvase  47.83 
 
 
173 aa  134  5e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01822  hypothetical protein  49.4 
 
 
173 aa  132  2e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.621329  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1109  Holliday junction resolvase  49.4 
 
 
173 aa  132  2e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1323  Holliday junction resolvase  49.4 
 
 
173 aa  132  2e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2112  Holliday junction resolvase  50 
 
 
173 aa  133  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0214105 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1225  Holliday junction resolvase  50 
 
 
173 aa  133  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.177509  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01834  Holliday junction resolvase  49.4 
 
 
173 aa  132  2e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.837934  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2599  Holliday junction resolvase  49.4 
 
 
173 aa  132  2e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.109079  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2052  Holliday junction resolvase  50 
 
 
173 aa  133  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1777  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  49.4 
 
 
173 aa  132  2e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00202932  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1349  Holliday junction resolvase  50 
 
 
173 aa  133  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00353939 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2057  Holliday junction resolvase  50 
 
 
173 aa  133  2e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0681914 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2493  Holliday junction resolvase  50 
 
 
165 aa  132  2e-30  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1769  Holliday junction resolvase  49.4 
 
 
173 aa  132  2e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0125353  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1956  Holliday junction resolvase  49.4 
 
 
173 aa  132  2e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.396234  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2093  Holliday junction resolvase  48.81 
 
 
173 aa  132  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00029798  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1660  crossover junction endodeoxyribonuclease RuvC  44.44 
 
 
163 aa  131  5e-30  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.183319  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>