More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3361 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_3361  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  100 
 
 		 402 aa  840    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.941975  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1015  radical SAM family Fe-S protein  64.18 
 
 		 366 aa  483  1e-135  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0391907  normal  0.466336 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3249  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  63.61 
 
 		 338 aa  459  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.792504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2847  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  63.61 
 
 		 338 aa  459  9.999999999999999e-129  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0826  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  61.95 
 
 		 337 aa  456  1e-127  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.256838 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0220  radical SAM family protein  63.21 
 
 		 340 aa  444  1.0000000000000001e-124  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.4632 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1219  radical SAM family protein  64.47 
 
 		 338 aa  438  9.999999999999999e-123  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3457  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  62.39 
 
 		 339 aa  438  9.999999999999999e-123  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.483459 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1745  oxidoreductase  57.06 
 
 		 372 aa  420  1e-116  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2267  Fe-S oxidoreductase  59.81 
 
 		 389 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.249542 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2560  radical SAM family protein  54.57 
 
 		 369 aa  405  1.0000000000000001e-112  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.0538253  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0060  radical SAM family protein  58.75 
 
 		 387 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0850532  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0017  MoaA/NifB/PqqE family protein  57.45 
 
 		 384 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5307  radical SAM family protein  57.23 
 
 		 386 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.201529  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5553  radical SAM domain-containing protein  57.23 
 
 		 386 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.702436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4719  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  57.23 
 
 		 386 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1268  radical SAM domain-containing protein  56.79 
 
 		 386 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1963  radical SAM domain-containing protein  56.79 
 
 		 386 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5424  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  56.35 
 
 		 386 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.795895  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2243  radical SAM domain-containing protein  56.79 
 
 		 386 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3055  radical SAM domain-containing protein  56.79 
 
 		 386 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.615551  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3252  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  57.1 
 
 		 386 aa  404  1e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.309315 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0981  radical SAM domain-containing protein  56.79 
 
 		 386 aa  403  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820842  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3571  radical SAM family protein  57.89 
 
 		 386 aa  402  1e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.22168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2680  radical SAM family protein  59.81 
 
 		 389 aa  404  1e-111  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.150776  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2930  radical SAM domain-containing protein  56.79 
 
 		 386 aa  403  1e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4877  radical SAM domain-containing protein  56.35 
 
 		 386 aa  402  1e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.481897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2971  hypothetical protein  59.49 
 
 		 382 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0553904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7035  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  56.83 
 
 		 384 aa  402  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000165617 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20630  MoaA, NifB, PqqE, radical SAM superfamily protein  53.47 
 
 		 377 aa  398  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0105  radical SAM oxidoreductase  56.04 
 
 		 386 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1725  radical SAM family protein  59.49 
 
 		 383 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0670141 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4131  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  56.83 
 
 		 381 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1831  radical SAM domain-containing protein  55.39 
 
 		 383 aa  397  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3245  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  56.97 
 
 		 382 aa  396  1e-109  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.207112 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0815  MoaA/NifB/PqqE family protein  53.56 
 
 		 371 aa  395  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4899  radical SAM family protein  55.11 
 
 		 386 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.152748  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6662  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  55.25 
 
 		 334 aa  393  1e-108  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.549457  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4168  putative hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein  54.94 
 
 		 388 aa  393  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.159717  normal  0.0664961 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1287  radical SAM domain-containing protein  58.12 
 
 		 371 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4256  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  57.59 
 
 		 386 aa  389  1e-107  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.59824  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2244  radical SAM domain-containing protein  57.79 
 
 		 371 aa  390  1e-107  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1728  radical SAM family protein  58.82 
 
 		 388 aa  390  1e-107  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.791785  normal  0.0366359 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4083  radical SAM domain-containing protein  55.62 
 
 		 336 aa  391  1e-107  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.179922 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2115  radical SAM domain protein  51.64 
 
 		 367 aa  386  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1774  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  51.64 
 
 		 367 aa  386  1e-106  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1699  radical SAM domain-containing protein  54.14 
 
 		 334 aa  386  1e-106  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.440195  hitchhiker  0.000169379 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1288  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  54.28 
 
 		 392 aa  384  1e-105  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  50.54 
 
 		 382 aa  382  1e-105  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2079  MoaA/NifB/PqqE family Fe-S oxidoreductase  52.66 
 
 		 336 aa  380  1e-104  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2595  radical SAM family protein  54.01 
 
 		 332 aa  379  1e-104  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.90136  normal  0.0805169 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0969  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  53.85 
 
 		 387 aa  379  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3460  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  53.25 
 
 		 387 aa  377  1e-103  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.258623  normal  0.56 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6192  radical SAM domain-containing protein  53.7 
 
 		 332 aa  377  1e-103  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0225613 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3768  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  53.25 
 
 		 387 aa  377  1e-103  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3658  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  53.25 
 
 		 387 aa  377  1e-103  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.100669 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0827  radical SAM family protein  53.09 
 
 		 334 aa  373  1e-102  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.731351  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7158  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  54.01 
 
 		 384 aa  374  1e-102  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6342  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  54.01 
 
 		 384 aa  374  1e-102  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00364932 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5711  radical SAM domain-containing protein  53.09 
 
 		 335 aa  361  1e-98  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.848752 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23060  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  54.32 
 
 		 334 aa  356  5e-97  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.1711 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1017  radical SAM domain-containing protein  42.9 
 
 		 332 aa  315  9.999999999999999e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1192  radical SAM domain-containing protein  41.39 
 
 		 332 aa  310  2e-83  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2446  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  46.1 
 
 		 336 aa  310  4e-83  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0685  radical SAM domain-containing protein  42.3 
 
 		 332 aa  308  2.0000000000000002e-82  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.460157  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2823  radical SAM family protein  41.69 
 
 		 332 aa  306  3e-82  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0411588 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3363  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  41.28 
 
 		 332 aa  303  4.0000000000000003e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0882  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  41.28 
 
 		 332 aa  301  1e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000626988 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0865  radical SAM domain-containing protein  42.06 
 
 		 331 aa  298  1e-79  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2236  hopanoid biosynthesis associated radical SAM protein HpnH  41.69 
 
 		 333 aa  292  6e-78  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3273  radical SAM domain-containing protein  62.31 
 
 		 157 aa  177  4e-43  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.347908  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06670  heme d1 biosynthesis protein NirJ  29.55 
 
 		 387 aa  79.3  0.0000000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.196876  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0612  heme d1 biosynthesis protein NirJ  27.98 
 
 		 387 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.481896  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3130  radical SAM domain-containing protein  28.83 
 
 		 404 aa  70.5  0.00000000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3261  radical SAM family protein  26.07 
 
 		 379 aa  68.2  0.0000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1448  radical SAM domain-containing protein  29.76 
 
 		 418 aa  67.8  0.0000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0775  Radical SAM domain protein  30.72 
 
 		 405 aa  67.4  0.0000000005  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2430  radical SAM domain-containing protein  26.49 
 
 		 347 aa  66.6  0.0000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.943222  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13126  molybdenum cofactor biosynthesis protein A moaA1  28.49 
 
 		 359 aa  66.2  0.0000000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.0851136 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3778  Radical SAM domain protein  29.94 
 
 		 429 aa  66.6  0.0000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.347874  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0919  radical SAM domain-containing protein  24.84 
 
 		 338 aa  65.9  0.000000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0323  Radical SAM domain protein  30.52 
 
 		 265 aa  65.9  0.000000001  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12330  predicted Fe-S oxidoreductase  30.95 
 
 		 561 aa  66.2  0.000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0101  radical SAM domain-containing protein  28.65 
 
 		 323 aa  65.9  0.000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2352  Radical SAM domain protein  27.27 
 
 		 565 aa  65.1  0.000000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2319  radical SAM domain-containing protein  28.09 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.111929  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4227  putative heme biosynthesis protein  29.08 
 
 		 410 aa  64.7  0.000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.363592  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0102  radical SAM domain-containing protein  28.09 
 
 		 323 aa  64.7  0.000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0071  Elongator protein 3/MiaB/NifB  25.75 
 
 		 399 aa  64.7  0.000000003  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.180935  normal  0.590405 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0011  Radical SAM domain protein  26.92 
 
 		 338 aa  64.3  0.000000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0122  Radical SAM domain protein  23.58 
 
 		 344 aa  63.5  0.000000006  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1476  molybdenum cofactor biosynthesis protein A  25.68 
 
 		 299 aa  61.6  0.00000002  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3864  Radical SAM domain protein  29.53 
 
 		 319 aa  62  0.00000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0170641  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2032  radical SAM domain-containing protein  28.18 
 
 		 411 aa  61.6  0.00000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.744875 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0734  GTP cyclohydrolase subunit MoaA  28.07 
 
 		 333 aa  61.6  0.00000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1984  Radical SAM domain protein  25.4 
 
 		 407 aa  61.2  0.00000003  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.519712 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2126  radical SAM domain-containing protein  30.43 
 
 		 393 aa  61.2  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.117429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2362  Radical SAM domain protein  28.14 
 
 		 409 aa  60.1  0.00000006  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00000000979641  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1793  metallo cofactor biosynthesis protein  27.39 
 
 		 399 aa  60.1  0.00000007  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.91522  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2068  Radical SAM domain protein  29.38 
 
 		 399 aa  59.7  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.184452  hitchhiker  0.00128487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>