219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4400 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_4400  hypothetical protein  100 
 
 
279 aa  555  1e-157  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.374202  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1253  Tol-Pal system, YbgF  81.72 
 
 
268 aa  405  1e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0226612  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1224  hypothetical protein  81.72 
 
 
268 aa  405  1e-112  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.899362 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3991  tol-pal system protein YbgF  82.44 
 
 
271 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.721689  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4194  tol-pal system protein YbgF  81 
 
 
268 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.90283  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3970  hypothetical protein  76.34 
 
 
272 aa  353  1e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.178755  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1417  TPR repeat-containing protein  79.58 
 
 
248 aa  339  2e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.210206  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1279  TPR repeat-containing protein  69.53 
 
 
270 aa  317  1e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.131544  normal  0.407975 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51690  hypothetical protein  67.38 
 
 
274 aa  313  2e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  1.28207e-08  hitchhiker  0.000871943 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4534  TPR repeat-containing protein  66.31 
 
 
274 aa  310  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36620  tol-pal system YbgF-like protein  66.8 
 
 
273 aa  301  7e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  29.97 
 
 
322 aa  135  7e-31  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1855  tetratricopeptide TPR_2  34.75 
 
 
254 aa  132  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  29.02 
 
 
322 aa  131  1e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2196  Tol-Pal system YbgF  35.71 
 
 
262 aa  130  2e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.114347  normal  0.506103 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  35.59 
 
 
271 aa  127  2e-28  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  35.59 
 
 
271 aa  127  3e-28  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  34.38 
 
 
285 aa  119  5e-26  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1697  tetratricopeptide domain-containing protein  33.33 
 
 
258 aa  116  3e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  5.38849e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  36.09 
 
 
268 aa  115  6e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  35.43 
 
 
272 aa  106  3e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0877  tol-pal system protein YbgF  36.49 
 
 
262 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  6.91126e-05  normal  0.439363 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0813  tol-pal system protein YbgF  36.49 
 
 
262 aa  106  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0133975  normal  0.688577 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0786  tol-pal system protein YbgF  36.02 
 
 
262 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  1.80184e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0846  tol-pal system protein YbgF  36.02 
 
 
262 aa  105  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00125289  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0729  TPR repeat-containing protein  31.63 
 
 
255 aa  102  5e-21  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.032974  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1240  tol-pal system protein YbgF  34.78 
 
 
264 aa  102  9e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  2.29086e-08  normal  0.061063 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1627  transmembrane protein  31.31 
 
 
284 aa  101  1e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4051  hypothetical protein  32.88 
 
 
243 aa  101  1e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2893  tol-pal system protein YbgF  34.3 
 
 
263 aa  101  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  7.77215e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0845  tol-pal system protein YbgF  34.3 
 
 
263 aa  101  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.28041e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0765  tol-pal system protein YbgF  34.3 
 
 
263 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  1.35641e-09  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  29.44 
 
 
257 aa  100  2e-20  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0900  TPR repeat-containing protein  32.74 
 
 
269 aa  100  3e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  1.1862e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0909  tol-pal system protein YbgF  35.24 
 
 
262 aa  99.8  4e-20  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  1.19726e-05  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2913  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
263 aa  100  4e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  3.29093e-08  normal  0.329929 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0771  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
263 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  9.73622e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0664  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
263 aa  100  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  1.23566e-15  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00702  hypothetical protein  33.33 
 
 
263 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  4.22433e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0796  tol-pal system protein YbgF  33.33 
 
 
263 aa  100  4e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.27837e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00691  hypothetical protein  33.33 
 
 
263 aa  100  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  6.12768e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2527  hypothetical protein  35.38 
 
 
255 aa  99.4  5e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000191168  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0797  TPR repeat-containing protein  31.6 
 
 
252 aa  99  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.146467  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3085  tol-pal system protein YbgF  35.2 
 
 
258 aa  98.2  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  2.995e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1158  tol-pal system protein YbgF  34.5 
 
 
269 aa  96.7  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1733  TPR domain-containing protein  30.33 
 
 
263 aa  95.9  7e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.402225  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1251  tol-pal system protein YbgF  35.03 
 
 
258 aa  95.5  9e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  6.56344e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0686  tol-pal system protein YbgF  30.66 
 
 
261 aa  94.7  1e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.379534  normal  0.398306 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2712  hypothetical protein  31.36 
 
 
304 aa  94  2e-18  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.228832  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0730  tol-pal system protein YbgF  30.66 
 
 
261 aa  94.7  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.18828  normal  0.147951 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  40.8 
 
 
265 aa  93.2  4e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2673  TPR repeat-containing protein  30.66 
 
 
252 aa  93.2  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00423772  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0737  hypothetical protein  29.25 
 
 
274 aa  92.8  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.790435  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  27.2 
 
 
251 aa  91.7  1e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0177  tol-pal system protein YbgF  39.32 
 
 
300 aa  90.9  2e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.46859  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2017  tol system periplasmic component  39.32 
 
 
305 aa  90.5  3e-17  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.2216  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2084  hypothetical protein  31.58 
 
 
254 aa  90.5  3e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  3.61839e-09  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  34.5 
 
 
269 aa  90.1  4e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  3.06098e-05  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  34.5 
 
 
269 aa  90.1  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  34.5 
 
 
269 aa  90.1  4e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  6.55346e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1396  tetratricopeptide TPR_2  27.27 
 
 
261 aa  89  8e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  1.08782e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2900  tol-pal system protein YbgF  38.98 
 
 
272 aa  88.6  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  1.43705e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  31.6 
 
 
236 aa  88.6  1e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2457  tol-pal system protein YbgF  28.38 
 
 
249 aa  87.8  2e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.184119  normal  0.990213 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1281  tol-pal system protein YbgF  40.18 
 
 
266 aa  88.2  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  2.95525e-10  decreased coverage  4.50337e-06 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  40.35 
 
 
242 aa  87.4  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0757  tol-pal system protein YbgF  28.77 
 
 
252 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.677323  normal  0.641804 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2124  Tol-Pal system YbgF  27.95 
 
 
301 aa  85.5  8e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.186495  normal  0.327311 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  38.46 
 
 
239 aa  85.5  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  8.93452e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3922  putative transmembrane protein  27.83 
 
 
249 aa  85.1  1e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.111011  hitchhiker  0.00736661 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1529  TPR repeat-containing protein  29.11 
 
 
240 aa  85.1  1e-15  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  2.57088e-08  normal  0.395847 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1371  hypothetical protein  28.12 
 
 
249 aa  84  2e-15  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1427  hypothetical protein  30.7 
 
 
254 aa  84.3  2e-15  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  6.10917e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0240  hypothetical protein  27.35 
 
 
278 aa  83.6  4e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1859  TPR repeat-containing protein  28.64 
 
 
242 aa  83.6  4e-15  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  1.36736e-06  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2729  tol-pal system protein YbgF  38.26 
 
 
243 aa  83.6  4e-15  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  6.99161e-08  hitchhiker  2.35132e-05 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1951  tol-pal system protein YbgF  27.68 
 
 
249 aa  83.2  5e-15  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3205  tol-pal system protein YbgF  27.68 
 
 
249 aa  83.2  5e-15  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3243  tol-pal system protein YbgF  27.68 
 
 
249 aa  83.2  5e-15  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2659  hypothetical protein  27.68 
 
 
249 aa  83.2  5e-15  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.238854  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0825  hypothetical protein  27.68 
 
 
249 aa  83.2  5e-15  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3258  TPR repeat-containing protein  27.68 
 
 
249 aa  83.2  5e-15  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2083  hypothetical protein  27.68 
 
 
234 aa  82.4  7e-15  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2694  tol-pal system protein YbgF  29.91 
 
 
249 aa  82.4  8e-15  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.799703  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2562  Tol-Pal system YbgF  37.29 
 
 
241 aa  81.3  2e-14  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  4.29972e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1464  hypothetical protein  28.78 
 
 
245 aa  80.9  2e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  1.3069e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0301  tol-pal system protein YbgF  28.84 
 
 
243 aa  80.9  2e-14  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.658955  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0675  hypothetical protein  28.63 
 
 
249 aa  81.3  2e-14  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0840445  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  31.08 
 
 
279 aa  80.5  3e-14  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01613  hypothetical protein  30.58 
 
 
188 aa  80.1  4e-14  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1609  tetratricopeptide domain-containing protein  29.67 
 
 
249 aa  80.1  4e-14  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  6.16267e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0692  tol-pal system protein YbgF  27.31 
 
 
249 aa  79  8e-14  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.000467208  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0568  tol-pal system protein YbgF  28.85 
 
 
276 aa  79  8e-14  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.124562  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0465  TPR repeat-containing protein  36.17 
 
 
377 aa  78.6  1e-13  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.992619 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  30.57 
 
 
248 aa  78.6  1e-13  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3887  hypothetical protein  28.19 
 
 
249 aa  78.2  1e-13  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2589  tol-pal system protein YbgF  26.43 
 
 
249 aa  77.4  2e-13  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1748  TPR repeat-containing protein  38.26 
 
 
249 aa  77  3e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.56054e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1744  Tol-Pal system YbgF  38.26 
 
 
249 aa  77  3e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  2.01827e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2536  tol-pal system protein YbgF  38.26 
 
 
249 aa  77  3e-13  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.11459e-10  hitchhiker  0.000142623 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>