More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1089 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_1089  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  597  1e-169  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1694  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.47 
 
 
295 aa  375  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.184749 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3169  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  60.63 
 
 
292 aa  371  1e-102  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1957  ABC transporter substrate binding inner membrane protein  56.71 
 
 
299 aa  364  1e-99  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.104929  normal  0.206974 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0093  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  59.72 
 
 
289 aa  361  7.0000000000000005e-99  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3691  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.44 
 
 
293 aa  359  3e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.778407  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2415  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.29 
 
 
309 aa  359  4e-98  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.20816  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3816  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  59.65 
 
 
293 aa  358  5e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0253995  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0692  sugar ABC transporter, permease protein, putative  59.65 
 
 
349 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.0072223  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0647  putative sugar ABC transporter, permease protein  59.65 
 
 
349 aa  357  1.9999999999999998e-97  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.63 
 
 
302 aa  353  2e-96  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.125531  normal  0.687942 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3934  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.59 
 
 
302 aa  352  2.9999999999999997e-96  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.227216  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0629  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.61 
 
 
313 aa  351  8.999999999999999e-96  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.373339  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1096  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.89 
 
 
294 aa  348  7e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0124615  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_22990  putative permease of ABC sugar transporter  54.76 
 
 
310 aa  346  3e-94  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.155335 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1940  sugar ABC transporter permease  54.76 
 
 
310 aa  346  3e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4350  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.94 
 
 
309 aa  345  4e-94  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0310559  hitchhiker  0.000856592 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3405  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  58.68 
 
 
290 aa  342  5e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.22 
 
 
312 aa  341  7e-93  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0213749  normal  0.0773532 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4208  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.51 
 
 
302 aa  341  7e-93  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1016  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.51 
 
 
302 aa  341  8e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1054  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.51 
 
 
302 aa  341  8e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  hitchhiker  0.00469845  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1293  glucose ABC transporter, permease protein, putative  54.61 
 
 
302 aa  341  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1014  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.51 
 
 
302 aa  339  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1114  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  54.27 
 
 
302 aa  339  4e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.549163 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4369  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  53.58 
 
 
302 aa  339  4e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.276416  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3450  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  54.92 
 
 
312 aa  338  5.9999999999999996e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000968646  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1379  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.38 
 
 
317 aa  336  2.9999999999999997e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1554  ABC transporter, membrane permease  54.11 
 
 
357 aa  335  3.9999999999999995e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.562494  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.38 
 
 
317 aa  335  3.9999999999999995e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0490  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.77 
 
 
312 aa  335  5e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.320358  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0969  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.77 
 
 
312 aa  335  5e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0829  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.11 
 
 
312 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.278344  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0841  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  54.11 
 
 
292 aa  334  9e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3084  ABC transporter, membrane permease  53.77 
 
 
312 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4072  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  53.77 
 
 
312 aa  334  1e-90  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0117098  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0930  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.77 
 
 
292 aa  334  1e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0784  carbohydrate ABC transporter permease  53.77 
 
 
312 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.142967  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2616  carbohydrate ABC transporter permease  53.77 
 
 
312 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.1033  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2996  carbohydrate ABC transporter permease  53.77 
 
 
312 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.847023  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3050  carbohydrate ABC transporter permease  53.77 
 
 
312 aa  334  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1996  carbohydrate ABC transporter permease  53.77 
 
 
312 aa  334  1e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3785  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.36 
 
 
317 aa  333  2e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.573592  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2429  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.42 
 
 
292 aa  333  2e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.163293  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1483  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  52.36 
 
 
317 aa  332  4e-90  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.135276  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1525  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
319 aa  325  5e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.183894  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.56 
 
 
319 aa  325  5e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.510445 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6962  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  55.2 
 
 
309 aa  323  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3574  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  51.75 
 
 
288 aa  307  1.0000000000000001e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  decreased coverage  0.0059104  normal  0.876214 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.13 
 
 
301 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.485351  normal  0.187232 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2336  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  45.13 
 
 
301 aa  262  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.499107  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5886  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.59 
 
 
314 aa  255  6e-67  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2082  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  44.71 
 
 
313 aa  252  6e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.785308  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5436  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.47 
 
 
318 aa  251  7e-66  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.184378 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  42.56 
 
 
305 aa  251  1e-65  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.634323 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1727  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  43 
 
 
302 aa  251  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0276286  normal  0.845621 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4322  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.9 
 
 
304 aa  248  8e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.709279 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2400  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  41.75 
 
 
300 aa  245  6e-64  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.239524  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1807  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.61 
 
 
295 aa  244  9e-64  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1109  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.61 
 
 
298 aa  239  4e-62  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0514652  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9199  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  43.01 
 
 
290 aa  236  4e-61  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3455  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.37 
 
 
302 aa  231  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.473055  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.72 
 
 
323 aa  226  4e-58  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  38.28 
 
 
335 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6356  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.12 
 
 
295 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4569  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.06 
 
 
295 aa  220  1.9999999999999999e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.101772  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3303  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.45 
 
 
323 aa  218  1e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1923  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  40.34 
 
 
307 aa  217  2e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.372981  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0819  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  41.16 
 
 
306 aa  216  4e-55  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1173  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 
330 aa  206  5e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.848651  normal  0.375032 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0802  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  39.45 
 
 
330 aa  205  8e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.817571  normal  0.701036 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7938  ABC transporter (permease)  34.81 
 
 
295 aa  201  9e-51  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.520551  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0883  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.12 
 
 
302 aa  171  9e-42  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.634184 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1823  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
328 aa  162  7e-39  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_26620  carbohydrate ABC transporter membrane protein  32.34 
 
 
300 aa  157  1e-37  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4501  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
321 aa  157  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.824924  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1304  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.85 
 
 
298 aa  157  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.857292  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1814  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.36 
 
 
329 aa  157  2e-37  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3263  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.94 
 
 
298 aa  150  2e-35  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.52678 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20510  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.18 
 
 
290 aa  150  3e-35  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0790749  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.02 
 
 
333 aa  147  2.0000000000000003e-34  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.145825  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.16 
 
 
348 aa  145  9e-34  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.519073 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0627  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.18 
 
 
294 aa  144  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000558297  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4750  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.05 
 
 
299 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.62916  normal  0.701692 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2000  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.18 
 
 
319 aa  140  3e-32  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4663  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.42 
 
 
299 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.456499 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3493  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.4 
 
 
298 aa  139  6e-32  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0463237 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0941  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.91 
 
 
313 aa  137  3.0000000000000003e-31  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  normal  0.737632 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0949  permease protein of sugar ABC transporter  32.96 
 
 
292 aa  135  6.0000000000000005e-31  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.688345  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.52 
 
 
294 aa  134  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2392  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.18 
 
 
318 aa  132  6e-30  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.488692  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2048  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.85 
 
 
332 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1151  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.52 
 
 
314 aa  131  1.0000000000000001e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.59424  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27710  permease component of ABC-type sugar transporter  32.07 
 
 
294 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4882  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.39 
 
 
313 aa  129  4.0000000000000003e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.115668  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0419  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  28.86 
 
 
296 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29020  carbohydrate ABC transporter membrane protein  31.32 
 
 
275 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3686  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.76 
 
 
310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0870  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.92 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.800905  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0830  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.33 
 
 
309 aa  128  1.0000000000000001e-28  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>