More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1506 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007498  Pcar_1506  biopolymer transport protein  100 
 
 
136 aa  274  2e-73  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  1.78844e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1742  biopolymer transport protein ExbD/TolR  39.26 
 
 
141 aa  90.9  5e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3753  biopolymer transport exbD protein  34.92 
 
 
133 aa  84  7e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.677985  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1613  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.8 
 
 
142 aa  82.4  2e-15  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.921592  normal  0.194939 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3973  biopolymer transport exbD protein  33.59 
 
 
136 aa  82.8  2e-15  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1247  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.57 
 
 
140 aa  81.6  3e-15  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1435  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.12 
 
 
137 aa  80.1  8e-15  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.559612  normal  0.665441 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_3007  biopolymer transport protein ExbD/TolR  36.36 
 
 
143 aa  80.5  8e-15  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02811  Biopolymer transport protein  30.16 
 
 
132 aa  78.2  3e-14  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0477065  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1151  TonB system transport protein ExbD2  32.8 
 
 
134 aa  78.6  3e-14  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.717092  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14750  Biopolymer transport protein ExbD  34.53 
 
 
142 aa  78.2  3e-14  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.227679  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0902  TonB system transport protein ExbD3  33.6 
 
 
134 aa  78.2  4e-14  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2987  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.16 
 
 
133 aa  77.8  5e-14  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.369399  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1063  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
135 aa  77.8  5e-14  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4176  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.07 
 
 
142 aa  77.4  6e-14  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0268987  normal  0.49506 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
134 aa  77.4  6e-14  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00147196  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000845  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.95 
 
 
134 aa  77  7e-14  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03432  Biopolymer transport protein  30.89 
 
 
135 aa  77.4  7e-14  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2715  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.78 
 
 
134 aa  77  8e-14  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0091845  hitchhiker  6.99577e-08 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0273  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.09 
 
 
136 aa  76.3  1e-13  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1628  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.426629  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1643  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.158333  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0114  TonB system transport protein ExbD2  33.6 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06757  hypothetical protein  30.95 
 
 
134 aa  76.6  1e-13  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0594  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.41 
 
 
143 aa  76.6  1e-13  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  3.95657e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1665  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  76.3  1e-13  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.283534  normal  0.123341 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2674  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
140 aa  76.6  1e-13  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3216  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.39 
 
 
141 aa  75.5  2e-13  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.300081  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2060  GTP cyclohydrolase I  32.85 
 
 
143 aa  75.5  3e-13  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.552907 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0592  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.34 
 
 
141 aa  74.3  5e-13  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.127488 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2475  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  74.3  5e-13  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.71842  hitchhiker  4.57301e-05 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1827  TonB system transport protein ExbD2  30.23 
 
 
134 aa  74.3  5e-13  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3076  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.36 
 
 
134 aa  74.3  6e-13  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000935089  hitchhiker  1.53595e-05 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1520  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  74.3  6e-13  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1257  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.01 
 
 
134 aa  73.9  7e-13  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.529196  hitchhiker  0.000136221 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2461  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
134 aa  72.8  1e-12  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.086318  hitchhiker  4.63213e-07 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0646  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
134 aa  72.8  1e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.419547  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2531  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
134 aa  72.8  1e-12  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.103764  unclonable  2.46582e-05 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2623  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
134 aa  72.8  1e-12  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00138445  hitchhiker  1.06541e-06 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0486  biopolymer transport protein, ExbD/TolR family  28.46 
 
 
134 aa  72.8  1e-12  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.244667  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3209  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.15 
 
 
137 aa  72.4  2e-12  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  5.37129e-08  normal  0.265512 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2649  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 
134 aa  72.4  2e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00438318  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0536  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.94 
 
 
143 aa  72.8  2e-12  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  1.96939e-07  hitchhiker  9.05807e-07 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1574  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.58 
 
 
134 aa  72.8  2e-12  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0927503  normal  0.0158805 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3869  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.01 
 
 
136 aa  72.8  2e-12  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2422  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.23 
 
 
134 aa  72  3e-12  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00108653  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0355  branched-chain amino acid aminotransferase I  29.92 
 
 
134 aa  71.2  5e-12  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00931363  normal  0.438435 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3522  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.57 
 
 
133 aa  70.9  6e-12  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0455  biopolymer transport protein (ExbD2)  32.52 
 
 
134 aa  70.5  7e-12  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0057258  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4069  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.21 
 
 
135 aa  69.7  1e-11  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1634  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.53 
 
 
143 aa  69.3  1e-11  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0335583  normal  0.448537 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1730  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.06 
 
 
132 aa  69.7  1e-11  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2237  biopolymer ExbD/TolR family transporter  33.61 
 
 
134 aa  69.7  1e-11  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.271991  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2554  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.71 
 
 
141 aa  70.1  1e-11  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00133317 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2529  biopolymer transport EXBD-like transmembrane protein  30.3 
 
 
143 aa  69.3  2e-11  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.161438  normal  0.0831127 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1370  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  35.66 
 
 
140 aa  68.9  2e-11  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2151  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.53 
 
 
140 aa  69.3  2e-11  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0691787  normal  0.335965 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1028  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.61 
 
 
138 aa  68.6  3e-11  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  hitchhiker  3.74903e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0395  biopolymer transport protein ExbD/TolR  31.71 
 
 
151 aa  68.2  4e-11  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.30482  hitchhiker  0.000338676 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1563  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.89 
 
 
135 aa  68.2  4e-11  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2806  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.79 
 
 
142 aa  67.8  4e-11  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  decreased coverage  0.0047121  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0632  biopolymer ExbD/TolR family transporter  27.21 
 
 
141 aa  68.2  4e-11  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00634  biopolymer transport protein  30.77 
 
 
135 aa  67.8  5e-11  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0560  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.13 
 
 
137 aa  67.4  7e-11  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.326497 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1656  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.92 
 
 
142 aa  67  8e-11  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.310193  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1618  biopolymer transport protein ExbD/TolR  26.09 
 
 
136 aa  66.6  9e-11  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.272583  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0438  biopolymer ExbD/TolR family transporter  29.23 
 
 
137 aa  66.6  1e-10  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.744335  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.1 
 
 
142 aa  65.9  2e-10  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2155  biopolymer transport protein ExbD/TolR  29.37 
 
 
134 aa  65.9  2e-10  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2155  biopolymer transport protein (ExbD2)  29.91 
 
 
136 aa  65.9  2e-10  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3846  biopolymer transport protein ExbD/TolR family  29.77 
 
 
143 aa  65.9  2e-10  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.661546  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_25500  hypothetical protein  29.51 
 
 
146 aa  65.9  2e-10  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.236019  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2891  biopolymer transport protein ExbD/TolR  34.26 
 
 
135 aa  65.9  2e-10  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140985 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2484  putative biopolymer transport exbD-related transmembrane protein  27.54 
 
 
147 aa  65.5  3e-10  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0200822  normal  0.641899 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2400  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.03 
 
 
142 aa  64.7  4e-10  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0584856  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0609  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.2 
 
 
136 aa  65.1  4e-10  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000633887  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2179  hypothetical protein  28.69 
 
 
146 aa  64.3  6e-10  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1397  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.36 
 
 
140 aa  64.3  6e-10  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0453  biopolymer transport protein ExbD/TolR  32.81 
 
 
134 aa  63.9  7e-10  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00775346  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0169  biopolymer transport protein ExbD/TolR  37.74 
 
 
137 aa  63.5  8e-10  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.967133  normal  0.35841 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  33.6 
 
 
144 aa  63.2  1e-09  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4892  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.36 
 
 
144 aa  63.2  1e-09  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.310639 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  28.57 
 
 
145 aa  62.8  1e-09  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.12 
 
 
149 aa  62.4  2e-09  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1924  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.6 
 
 
144 aa  62.4  2e-09  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.645056  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00589  biopolymer transport protein  27.34 
 
 
154 aa  61.6  3e-09  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.265658  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.1 
 
 
140 aa  61.6  3e-09  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.364458  normal  0.851984 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  27.59 
 
 
147 aa  62  3e-09  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0388  biopolymer transport protein  28.46 
 
 
145 aa  61.2  4e-09  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0352  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.46 
 
 
145 aa  61.2  4e-09  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2305  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.1 
 
 
134 aa  61.6  4e-09  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.47 
 
 
144 aa  61.2  5e-09  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  30.83 
 
 
134 aa  61.2  5e-09  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2304  biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.36 
 
 
141 aa  60.8  5e-09  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0677093  normal  0.134165 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001859  biopolymer transport protein ExbD/TolR  30.36 
 
 
116 aa  61.2  5e-09  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  26.23 
 
 
153 aa  61.2  5e-09  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1555  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  28.36 
 
 
141 aa  60.8  5e-09  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.304522  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0871  biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.73 
 
 
135 aa  60.8  6e-09  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3016  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 
133 aa  60.8  6e-09  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3106  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  27.34 
 
 
133 aa  60.8  6e-09  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0993721  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>