More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2458 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2458  ribokinase  100 
 
 		 302 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3232  ribokinase  96.03 
 
 		 302 aa  577  1e-164  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.493529  normal  0.585828 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3488  ribokinase  94.7 
 
 		 302 aa  576  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.232463  normal  0.188896 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1960  ribokinase  83.11 
 
 		 302 aa  499  1e-140  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0122509  normal  0.0586965 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1923  ribokinase  67 
 
 		 305 aa  372  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.254632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2155  carbohydrate kinase, PfkB  64 
 
 		 306 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00604172  normal  0.881399 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39280  ribokinase  64 
 
 		 308 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145597  normal  0.325767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3342  ribokinase  63.67 
 
 		 308 aa  365  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.133779  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2371  ribokinase  64.33 
 
 		 306 aa  340  1e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0559074  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4749  ribokinase  59.53 
 
 		 309 aa  321  9.999999999999999e-87  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.396985 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1526  ribokinase  60.07 
 
 		 308 aa  318  6e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.395922  normal  0.909431 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1507  ribokinase  59.73 
 
 		 308 aa  318  7e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0576  putative ribokinase  57.72 
 
 		 312 aa  313  1.9999999999999998e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.588326 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4160  ribokinase  56.04 
 
 		 310 aa  310  2e-83  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.233177 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1587  ribokinase  58.72 
 
 		 311 aa  302  4.0000000000000003e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.338475  normal  0.646425 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1130  ribokinase  58.72 
 
 		 311 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1610  ribokinase  58.72 
 
 		 311 aa  301  6.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.231434  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2471  ribokinase  60.9 
 
 		 297 aa  297  1e-79  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1627  ribokinase  60.96 
 
 		 310 aa  292  5e-78  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1858  ribokinase  61.74 
 
 		 324 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1233  ribokinase  58.86 
 
 		 309 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.567948  normal  0.0906963 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1871  ribokinase  61.41 
 
 		 324 aa  279  4e-74  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.215166  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1013  putative ribokinase protein  52.01 
 
 		 315 aa  269  5e-71  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.340196  normal  0.195927 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2023  ribokinase  61.25 
 
 		 297 aa  267  1e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0878  ribokinase  52.68 
 
 		 321 aa  266  2e-70  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0605401  normal  0.165576 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0943  ribokinase  53.69 
 
 		 321 aa  266  2.9999999999999995e-70  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.826251  normal  0.172047 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4591  ribokinase  54.51 
 
 		 295 aa  261  8.999999999999999e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1343  ribokinase  51.52 
 
 		 309 aa  258  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1383  ribokinase  51.52 
 
 		 309 aa  256  3e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7623  ribokinase  52.19 
 
 		 308 aa  249  3e-65  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.921063  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3765  ribokinase  53.38 
 
 		 304 aa  249  4e-65  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0637373 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3280  ribokinase  51.35 
 
 		 305 aa  246  4.9999999999999997e-64  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3869  ribokinase  47.81 
 
 		 299 aa  242  3.9999999999999997e-63  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.559054 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2526  ribokinase  44.93 
 
 		 301 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0354  ribokinase  47.35 
 
 		 308 aa  236  5.0000000000000005e-61  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0518  ribokinase  44.67 
 
 		 307 aa  233  3e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4640  ribokinase  46.92 
 
 		 305 aa  232  6e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.162899  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5761  ribokinase  50.5 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6126  ribokinase  50.5 
 
 		 308 aa  232  6e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.425434 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3631  ribokinase  41.55 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6608  ribokinase  50.5 
 
 		 308 aa  230  2e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.487327  normal  0.393887 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3225  ribokinase  39.4 
 
 		 311 aa  229  3e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.195342  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1368  ribokinase  44.67 
 
 		 305 aa  227  2e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.176905  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1603  ribokinase  40.13 
 
 		 310 aa  225  8e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.0000677641  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1884  ribokinase  40.13 
 
 		 310 aa  223  3e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0118065  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2909  ribokinase  48.33 
 
 		 302 aa  223  4e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0179509 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0344  ribokinase  44.07 
 
 		 308 aa  222  4.9999999999999996e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2120  PfkB domain protein  38.33 
 
 		 290 aa  221  9.999999999999999e-57  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0162  ribokinase  39.06 
 
 		 309 aa  218  1e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1312  ribokinase  44.78 
 
 		 299 aa  218  1e-55  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2689  ribokinase  39.34 
 
 		 345 aa  217  2e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1980  ribokinase  42 
 
 		 302 aa  216  4e-55  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0865  ribokinase  39.86 
 
 		 305 aa  215  8e-55  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.657252 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2649  ribokinase  42.81 
 
 		 319 aa  213  1.9999999999999998e-54  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.0000212257  normal  0.357458 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0225  ribokinase  41.67 
 
 		 317 aa  213  2.9999999999999995e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0200  ribokinase  45.05 
 
 		 313 aa  212  4.9999999999999996e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.933367 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000338  ribokinase  44 
 
 		 305 aa  212  5.999999999999999e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1612  ribokinase family sugar kinase  37 
 
 		 340 aa  212  5.999999999999999e-54  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0874983  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3350  hypothetical protein  44.83 
 
 		 315 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.373497 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0252  ribokinase  43.99 
 
 		 307 aa  212  7.999999999999999e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.377165  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1048  ribokinase  41.2 
 
 		 301 aa  211  7.999999999999999e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0008  ribokinase  42.81 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000914124  normal  0.985734 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04580  Ribokinase  38.49 
 
 		 306 aa  210  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0008  ribokinase  42.81 
 
 		 308 aa  210  2e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0252287  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4209  ribokinase  42.81 
 
 		 308 aa  210  3e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.847437  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06142  ribokinase  43.33 
 
 		 305 aa  209  4e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1285  ribokinase  39.53 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000150833  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3974  ribokinase  41.08 
 
 		 308 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00187599  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3179  ribokinase  40.26 
 
 		 303 aa  207  2e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0404  ribokinase  38.85 
 
 		 307 aa  206  3e-52  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.00000000422627  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3167  ribokinase  43.29 
 
 		 295 aa  206  4e-52  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0556  ribokinase family sugar kinase  36.91 
 
 		 308 aa  206  4e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.987541  hitchhiker  0.0000000000000234776 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0939  ribokinase  41.41 
 
 		 302 aa  206  6e-52  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000942042  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0007  ribokinase  42.67 
 
 		 306 aa  205  6e-52  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.328015  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3580  ribokinase  41.72 
 
 		 303 aa  206  6e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4171  ribokinase  41.41 
 
 		 310 aa  205  7e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000241058  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4200  ribokinase  43.43 
 
 		 326 aa  205  8e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4182  ribokinase  40.07 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4019  ribokinase  40.07 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3771  ribokinase  41.72 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4003  ribokinase  40.07 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4074  ribokinase  40.07 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.532803  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4124  ribokinase  40.07 
 
 		 306 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0659  ribokinase  41.72 
 
 		 303 aa  204  1e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3307  ribokinase  41.53 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0646  ribokinase  41.53 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.497411 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3477  ribokinase  41.53 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3648  ribokinase  41.39 
 
 		 303 aa  204  2e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.16351  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4897  ribokinase  43.14 
 
 		 318 aa  202  7e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00647815  hitchhiker  0.000000886041 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4234  ribokinase  42.09 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000102528  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1789  ribokinase  40.13 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000225274  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0220  ribokinase  45.51 
 
 		 305 aa  201  1.9999999999999998e-50  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.328501  normal  0.180212 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1119  ribokinase  40.86 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.970785  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3332  ribokinase  41.55 
 
 		 297 aa  199  3e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0259  ribokinase  38.82 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0253  ribokinase  38.82 
 
 		 304 aa  199  5e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1818  ribokinase-like domain-containing protein  39 
 
 		 308 aa  199  6e-50  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.72818  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0696  ribokinase  44 
 
 		 304 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2837  ribokinase  41.12 
 
 		 302 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3738  carbohydrate kinase  44.57 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0822309  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>