More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_1225 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_1225  radical SAM domain protein  100 
 
 		 215 aa  446  1e-125  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.879338 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1254  radical SAM domain-containing protein  100 
 
 		 215 aa  446  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.04187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4193  radical SAM domain-containing protein  98.14 
 
 		 215 aa  440  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3990  radical SAM domain-containing protein  96.28 
 
 		 215 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4399  radical SAM family protein  88.84 
 
 		 215 aa  403  1e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.102594  normal  0.8927 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1418  radical SAM family protein  83.72 
 
 		 215 aa  384  1e-106  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3969  radical SAM domain protein  82.79 
 
 		 215 aa  380  1e-105  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0978763  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1280  radical SAM domain-containing protein  84.11 
 
 		 226 aa  383  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.281332  normal  0.805859 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_51680  radical activating enzyme  81.78 
 
 		 264 aa  371  1e-102  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000000920323  hitchhiker  0.00150868 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4533  radical activating enzyme  80.84 
 
 		 215 aa  371  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_36610  Radical SAM protein  74.61 
 
 		 193 aa  305  3e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.506067  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2024  hypothetical protein  65.12 
 
 		 217 aa  298  4e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3116  Radical SAM domain protein  67.3 
 
 		 233 aa  296  1e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.353505  normal  0.670144 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2019  hypothetical protein  64.65 
 
 		 217 aa  294  8e-79  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2016  queuosine biosynthesis protein  65.73 
 
 		 213 aa  291  5e-78  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.708443  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0178  radical SAM domain-containing protein  65.73 
 
 		 213 aa  291  5e-78  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.866793  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0952  radical SAM domain-containing protein  64.45 
 
 		 217 aa  288  4e-77  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0717091  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2526  putative radical activating enzyme  65.12 
 
 		 216 aa  288  4e-77  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0292086  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1071  radical activating enzyme  63.98 
 
 		 217 aa  287  9e-77  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0749004  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01567  radical activating enzyme  64.93 
 
 		 213 aa  284  7e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2226  putative radical activating enzyme  64.79 
 
 		 227 aa  281  5.000000000000001e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0148  radical SAM domain-containing protein  64.93 
 
 		 213 aa  280  9e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0779  Radical SAM domain protein  64.93 
 
 		 223 aa  280  1e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.141038  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0069  radical SAM domain protein  62.15 
 
 		 214 aa  274  6e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0070  Radical SAM domain protein  62.15 
 
 		 214 aa  274  6e-73  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.457092  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1232  radical activating enzyme family protein  65.58 
 
 		 215 aa  269  2e-71  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.248382  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2203  radical activating enzyme  60.85 
 
 		 216 aa  266  2e-70  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000727675 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2336  radical SAM family protein  58.49 
 
 		 212 aa  265  5e-70  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0000000650219  normal  0.0607632 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0896  radical SAM domain-containing protein  56 
 
 		 245 aa  264  7e-70  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  0.116029 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0569  Radical SAM domain protein  62.09 
 
 		 232 aa  263  2e-69  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.241409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0736  radical activating enzyme  54.22 
 
 		 244 aa  261  6.999999999999999e-69  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.114676  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0538  Radical SAM domain protein  61.14 
 
 		 227 aa  260  1e-68  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0128544  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0724  radical SAM family protein  53.78 
 
 		 244 aa  258  7e-68  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4050  radical SAM family protein  58.29 
 
 		 212 aa  257  1e-67  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2711  radical SAM family protein  58.02 
 
 		 234 aa  254  6e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0497  radical SAM domain-containing protein  46.7 
 
 		 212 aa  189  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1985  radical SAM domain-containing protein  47.62 
 
 		 215 aa  189  2e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2467  radical SAM domain-containing protein  45.15 
 
 		 210 aa  182  4.0000000000000006e-45  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1979  radical SAM domain-containing protein  43.4 
 
 		 223 aa  181  5.0000000000000004e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1702  Radical SAM domain protein  43.52 
 
 		 222 aa  180  1e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.86531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3107  radical SAM family protein  42.31 
 
 		 210 aa  179  2.9999999999999997e-44  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0505  radical activating enzyme, putative  41.36 
 
 		 226 aa  178  5.999999999999999e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.759738  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1298  radical SAM family protein  43.69 
 
 		 210 aa  178  7e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2658  Radical SAM domain protein  44.17 
 
 		 210 aa  177  1e-43  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0802797  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4643  radical SAM family Fe-S protein  42.34 
 
 		 226 aa  177  1e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.726839  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2562  Radical SAM domain protein  43.69 
 
 		 210 aa  176  2e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  decreased coverage  0.00464069  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1879  Radical SAM domain protein  43.78 
 
 		 223 aa  177  2e-43  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00268762 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1766  Radical SAM domain protein  42.13 
 
 		 220 aa  171  6.999999999999999e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.988544  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3632  Radical SAM domain protein  44.34 
 
 		 211 aa  163  2.0000000000000002e-39  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.597891 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2280  Radical SAM domain protein  39.25 
 
 		 223 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.28532  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0430  radical activating enzyme, putative  41.04 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1450  Radical SAM domain protein  37.74 
 
 		 209 aa  152  2.9999999999999998e-36  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0267  radical SAM domain-containing protein  40.49 
 
 		 202 aa  148  5e-35  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.953431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1617  hypothetical protein  40.98 
 
 		 202 aa  145  4.0000000000000006e-34  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2209  radical SAM domain-containing protein  40.29 
 
 		 202 aa  141  9e-33  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2832  radical SAM family protein  37.02 
 
 		 234 aa  135  5e-31  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.641503  normal  0.195448 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0196  Radical SAM domain protein  32.38 
 
 		 225 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00186135  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0283  Radical SAM domain protein  36.1 
 
 		 202 aa  118  4.9999999999999996e-26  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.173391  normal  0.103255 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1950  Radical SAM domain protein  34.8 
 
 		 253 aa  110  1.0000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0591  Radical SAM domain protein  31.82 
 
 		 258 aa  108  9.000000000000001e-23  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_3058  Radical SAM domain protein  33.19 
 
 		 258 aa  105  5e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0569  Radical SAM domain protein  40 
 
 		 220 aa  98.6  7e-20  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1687  Radical SAM domain protein  30.29 
 
 		 208 aa  93.6  2e-18  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2341  Radical SAM domain protein  29.01 
 
 		 280 aa  93.2  3e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0635  radical SAM domain-containing protein  31.4 
 
 		 195 aa  91.7  9e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1392  Radical SAM domain protein  30.24 
 
 		 274 aa  90.5  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1943  Radical SAM domain protein  33.15 
 
 		 260 aa  86.7  3e-16  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.228441  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1974  radical SAM domain-containing protein  29.33 
 
 		 210 aa  85.5  6e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1091  radical SAM domain-containing protein  30.91 
 
 		 216 aa  84.3  0.000000000000001  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  1  normal  0.598204 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1116  hypothetical protein  30.77 
 
 		 205 aa  80.1  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1145  radical activating enzyme  30.77 
 
 		 205 aa  80.5  0.00000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.723359 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3790  7-cyano-7-deazaguanosine (preQ0) biosynthesis protein QueE  29.67 
 
 		 242 aa  79.7  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0080  hypothetical protein  30.81 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000003  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.557073  normal  0.147757 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0634  radical SAM domain-containing protein  37.74 
 
 		 204 aa  79  0.00000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4124  radical SAM domain-containing protein  27.66 
 
 		 230 aa  78.2  0.0000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1878  Radical SAM domain protein  28.71 
 
 		 192 aa  77.8  0.0000000000001  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.315788  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2614  organic radical activating-like protein  37.1 
 
 		 211 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3056  organic radical activating enzyme-like protein  34.92 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.133958  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1877  radical activating enzyme  26.87 
 
 		 222 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.460246  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3173  organic radical activating enzyme-like protein  34.92 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.655462  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2061  radical SAM domain-containing protein  27.11 
 
 		 222 aa  77  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6469  organic radical activating-like protein  34.96 
 
 		 210 aa  77.4  0.0000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1753  radical SAM family protein  30.17 
 
 		 251 aa  77  0.0000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.55771 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0034  radical SAM domain-containing protein  29.52 
 
 		 216 aa  77.4  0.0000000000002  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0318  Radical SAM domain protein  35.71 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4406  hypothetical protein  35.71 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.798286 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_0949  radical SAM domain-containing protein  43.56 
 
 		 216 aa  76.6  0.0000000000003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  hitchhiker  0.00254529  hitchhiker  0.000124279 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3115  organic radical activating enzyme-like protein  34.96 
 
 		 210 aa  76.6  0.0000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.369286  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0044  radical SAM domain-containing protein  34.92 
 
 		 210 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0088  hypothetical protein  29.95 
 
 		 193 aa  75.9  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3134  organic radical activating enzyme-like protein  34.96 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.260686 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2504  organic radical activating enzymes-like  34.96 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160261  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3118  organic radical activating enzymes-like protein  34.96 
 
 		 210 aa  76.3  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.174394  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0862  radical SAM domain-containing protein  38.1 
 
 		 231 aa  75.5  0.0000000000005  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02724  radical activating enzyme  28.09 
 
 		 224 aa  75.1  0.0000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2254  radical activating enzyme  28.38 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.499803  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4540  hypothetical protein  28.38 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2883  radical SAM domain-containing protein  25.65 
 
 		 222 aa  73.9  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.470396  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2947  hypothetical protein  24.03 
 
 		 226 aa  73.6  0.000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.500667  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1959  radical SAM family protein  42.86 
 
 		 235 aa  73.6  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>