More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PG1936 on replicon NC_002950
Organism: Porphyromonas gingivalis W83



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002950  PG1936  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
97 aa  192  9e-49  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0195  50S ribosomal protein L23  56.7 
 
 
95 aa  105  3e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.323191 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0395  50S ribosomal protein L23  54.64 
 
 
96 aa  102  2e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0604  Ribosomal protein L25/L23  52.58 
 
 
96 aa  100  6e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1617  Ribosomal protein L25/L23  53.68 
 
 
99 aa  100  8e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3160  50S ribosomal protein L23  53.61 
 
 
95 aa  98.2  4e-20  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal  0.581688 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05725  50S ribosomal protein L23  45.36 
 
 
96 aa  93.6  9e-19  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.261745  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0844  Ribosomal protein L25/L23  47.96 
 
 
100 aa  86.3  1e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4345  Ribosomal protein L25/L23  46.81 
 
 
95 aa  85.9  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000178584  normal  0.183841 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2255  50S ribosomal protein L23  51.58 
 
 
96 aa  85.5  2e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000014312  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0291  50S ribosomal protein L23  43.01 
 
 
103 aa  84.3  5e-16  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1763  50S ribosomal protein L23  49.47 
 
 
96 aa  83.2  0.000000000000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00961532  normal  0.39775 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0182  50S ribosomal protein L23  43.01 
 
 
103 aa  82.4  0.000000000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  hitchhiker  0.0000184382  normal  0.668364 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2712  50S ribosomal protein L23  48.96 
 
 
97 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2397  50S ribosomal protein L23  48.96 
 
 
97 aa  82.4  0.000000000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00942315  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1149  Ribosomal protein L25/L23  47.42 
 
 
95 aa  82.4  0.000000000000002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.00000523481  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1709  50S ribosomal protein L23  44.68 
 
 
98 aa  81.6  0.000000000000003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.182173  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5785  Ribosomal protein L25/L23  42.27 
 
 
95 aa  80.5  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal  0.0742289 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2227  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
103 aa  80.5  0.000000000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000627291  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_2062  50S ribosomal protein L23  43.48 
 
 
109 aa  80.1  0.00000000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.0000372125  normal  0.225776 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4917  50S ribosomal protein L23  48.42 
 
 
98 aa  79.7  0.00000000000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0776922  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2421  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
103 aa  80.1  0.00000000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00215934  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2294  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
109 aa  79  0.00000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.0336822  normal  0.0105282 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1849  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
103 aa  77  0.00000000000008  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.310449  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0257  ribosomal protein L23  42.55 
 
 
98 aa  76.3  0.0000000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0081  50S ribosomal protein L23  46.32 
 
 
96 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.158855 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0456  50S ribosomal protein L23  45.74 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0420406  unclonable  0.000000164588 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4747  50S ribosomal protein L23  45.74 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  hitchhiker  0.000334762  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0489  50S ribosomal protein L23  45.74 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000000019112  normal  0.107844 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0486  50S ribosomal protein L23  45.74 
 
 
99 aa  75.1  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  hitchhiker  0.00438289  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2458  50S ribosomal protein L23  43.16 
 
 
96 aa  74.3  0.0000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0767433 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0217  50S ribosomal protein L23  47.42 
 
 
95 aa  74.3  0.0000000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000142731  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0227  ribosomal protein L25/L23  46.32 
 
 
95 aa  73.6  0.0000000000009  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2644  50S ribosomal protein L23  48.91 
 
 
96 aa  73.2  0.000000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.302905  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3907  50S ribosomal protein L23  43.62 
 
 
99 aa  73.2  0.000000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.104737  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2442  50S ribosomal protein L23  44.21 
 
 
98 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.369477  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl125  50S ribosomal protein L23  44.21 
 
 
94 aa  72.8  0.000000000002  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000058644  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2220  50S ribosomal protein L23  45.26 
 
 
98 aa  72.4  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2125  50S ribosomal protein L23  43.16 
 
 
98 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.966187  normal  0.432558 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2164  50S ribosomal protein L23  44.21 
 
 
98 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.561642 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0424  50S ribosomal protein L23  46.32 
 
 
95 aa  71.6  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000240996  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0267  50S ribosomal protein L23  44.09 
 
 
99 aa  71.6  0.000000000003  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000129072  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  42.55 
 
 
98 aa  71.6  0.000000000003  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  45.65 
 
 
101 aa  72  0.000000000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2738  ribosomal protein L25/L23  44.21 
 
 
96 aa  71.6  0.000000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217238  normal  0.259663 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0407  50S ribosomal protein L23P  43.62 
 
 
101 aa  71.6  0.000000000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000028308  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1342  Ribosomal protein L25/L23  38.95 
 
 
98 aa  70.9  0.000000000005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1182  Ribosomal protein L25/L23  44.57 
 
 
98 aa  70.9  0.000000000005  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000210962  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0662  50S ribosomal protein L23  37.89 
 
 
96 aa  70.9  0.000000000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000319643  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0628  ribosomal protein L23  41.49 
 
 
99 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.0000267442  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4546  50S ribosomal protein L23  41.49 
 
 
99 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.215144  normal  0.061023 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5077  50S ribosomal protein L23  41.49 
 
 
99 aa  70.5  0.000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000053863  normal  0.27163 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3022  50S ribosomal protein L23  44.57 
 
 
94 aa  70.5  0.000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.395888  hitchhiker  0.00706162 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1522  Ribosomal protein L25/L23  44.21 
 
 
94 aa  70.5  0.000000000007  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.800617  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2772  50S ribosomal protein L23  38.95 
 
 
96 aa  70.5  0.000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0118683  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1392  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 
100 aa  70.5  0.000000000008  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000409295  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1294  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 
100 aa  70.5  0.000000000008  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000021109  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06270  50S ribosomal protein L23  43.62 
 
 
99 aa  70.1  0.000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0219554  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2709  Ribosomal protein L25/L23  45.16 
 
 
95 aa  70.1  0.000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000605336  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1944  50S ribosomal protein L23  44.21 
 
 
113 aa  69.7  0.00000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17140  50S ribosomal protein L23  47.83 
 
 
101 aa  69.7  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.538328  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0769  50S ribosomal protein L23  45.16 
 
 
94 aa  68.9  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000223701  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4319  Ribosomal protein L25/L23  44.57 
 
 
99 aa  68.9  0.00000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10000  LSU ribosomal protein L23P  44.68 
 
 
95 aa  69.3  0.00000000002  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00605072  hitchhiker  0.00000000356611 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1910  50S ribosomal protein L23  42.11 
 
 
98 aa  68.9  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000483337  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3705  50S ribosomal protein L23  40 
 
 
110 aa  68.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01190  Ribosomal protein L25/L23  43.01 
 
 
96 aa  68.6  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0110234  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0351  50S ribosomal protein L23  42.11 
 
 
98 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  43.48 
 
 
98 aa  68.6  0.00000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1088  50S ribosomal protein L23  42.11 
 
 
100 aa  68.6  0.00000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.0934088 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  42.55 
 
 
99 aa  68.6  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0308  50S ribosomal protein L23P  42.39 
 
 
98 aa  68.6  0.00000000003  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193354 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4003  Ribosomal protein L25/L23  39.25 
 
 
109 aa  68.6  0.00000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0908312  normal  0.68966 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4274  50S ribosomal protein L23  46.74 
 
 
98 aa  68.2  0.00000000004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000576147  unclonable  0.00000000000382148 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2153  50S ribosomal protein L23P  42.11 
 
 
95 aa  68.2  0.00000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0455845  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2838  50S ribosomal protein L23  43.01 
 
 
104 aa  67.8  0.00000000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000238806  normal  0.241874 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0196  LSU ribosomal protein L23P  44.68 
 
 
93 aa  67.4  0.00000000006  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00208833  normal  0.0650448 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2855  50S ribosomal protein L23  47.31 
 
 
94 aa  67.4  0.00000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0878449  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2630  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000225404  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0250  50S ribosomal protein L23  40 
 
 
100 aa  67.4  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3480  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000357625  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3774  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518594  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3449  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000244074  normal  0.012759 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0690  Ribosomal protein L25/L23  45.26 
 
 
103 aa  67.4  0.00000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0278  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000301066  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3066  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000181446  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0584  50S ribosomal protein L23  41.3 
 
 
98 aa  67.4  0.00000000006  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.746591  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3744  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000010751  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0329  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000104942  normal  0.0187974 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3802  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00374922  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2757  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000300049  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1926  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000597608  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0269  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000217193  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0247  50S ribosomal protein L23  40 
 
 
100 aa  67.4  0.00000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.925224  normal  0.80387 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0350  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162065  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0251  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000396316  normal  0.0882759 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3167  50S ribosomal protein L23  41.94 
 
 
104 aa  67.4  0.00000000006  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000145787  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2322  ribosomal L23 protein  43.01 
 
 
98 aa  67.4  0.00000000007  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000600083  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0839  50S ribosomal protein L23  41.76 
 
 
99 aa  67  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08870  50S ribosomal protein L23  41.76 
 
 
99 aa  67  0.00000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.679116  hitchhiker  0.00894178 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>