More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0257 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0257  ribosomal protein L23  100 
 
 		 98 aa  199  9.999999999999999e-51  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1709  50S ribosomal protein L23  91.84 
 
 		 98 aa  186  1e-46  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.182173  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4319  Ribosomal protein L25/L23  60.82 
 
 		 99 aa  122  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5126  Ribosomal protein L25/L23  65.17 
 
 		 96 aa  122  2e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3903  50S ribosomal protein L23  57.73 
 
 		 101 aa  120  5e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2644  50S ribosomal protein L23  60 
 
 		 96 aa  117  4.9999999999999996e-26  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.302905  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0564  Ribosomal protein L25/L23  60.2 
 
 		 100 aa  117  7e-26  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0308  50S ribosomal protein L23P  60 
 
 		 98 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00193354 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1307  50S ribosomal protein L23  62.24 
 
 		 100 aa  115  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.433832  normal  0.153426 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3921  ribosomal protein L25/L23  57.73 
 
 		 100 aa  113  7.999999999999999e-25  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2685  50S ribosomal protein L23  60.64 
 
 		 101 aa  113  7.999999999999999e-25  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.85807 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2973  50S ribosomal protein L23  60.64 
 
 		 101 aa  113  7.999999999999999e-25  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.505088  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4313  ribosomal protein L25/L23  57.73 
 
 		 100 aa  113  7.999999999999999e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.689927  hitchhiker  0.00977905 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6047  50S ribosomal protein L23  60.23 
 
 		 98 aa  112  1.0000000000000001e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.201216 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1015  50S ribosomal protein L23  60.2 
 
 		 100 aa  112  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.509304  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1042  50S ribosomal protein L23  60.2 
 
 		 100 aa  112  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1032  50S ribosomal protein L23  60.2 
 
 		 100 aa  112  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.606959 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0629  Ribosomal protein L25/L23  56.12 
 
 		 100 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04000  50S ribosomal protein L23  59.79 
 
 		 103 aa  112  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10717  50S ribosomal protein L23  58.16 
 
 		 100 aa  112  2.0000000000000002e-24  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.215764 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17140  50S ribosomal protein L23  57.89 
 
 		 101 aa  111  3e-24  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.538328  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_23790  LSU ribosomal protein L23P  56.7 
 
 		 100 aa  111  4.0000000000000004e-24  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0584  50S ribosomal protein L23  60.23 
 
 		 98 aa  110  4.0000000000000004e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.746591  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_5047  50S ribosomal protein L23  60.2 
 
 		 100 aa  110  5e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.185864  normal  0.262037 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2657  Ribosomal protein L25/L23  57.14 
 
 		 100 aa  110  7.000000000000001e-24  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_20850  LSU ribosomal protein L23P  57.45 
 
 		 107 aa  110  8.000000000000001e-24  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0589  Ribosomal protein L25/L23  55.67 
 
 		 100 aa  109  1.0000000000000001e-23  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.185358  normal  0.768573 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0690  Ribosomal protein L25/L23  61.11 
 
 		 103 aa  109  1.0000000000000001e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.417493 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3433  Ribosomal protein L25/L23  59.55 
 
 		 103 aa  108  2.0000000000000002e-23  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0933  Ribosomal protein L25/L23  58.33 
 
 		 111 aa  108  2.0000000000000002e-23  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.173206  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1088  50S ribosomal protein L23  58.16 
 
 		 100 aa  108  3e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0934088 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6612  50S ribosomal protein L23  55.91 
 
 		 99 aa  107  6e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4505  Ribosomal protein L25/L23  56.7 
 
 		 100 aa  107  8.000000000000001e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_29720  LSU ribosomal protein L23P  54.17 
 
 		 101 aa  106  9.000000000000001e-23  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.363975 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3141  Ribosomal protein L25/L23  58.89 
 
 		 103 aa  106  1e-22  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.457141  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1125  Ribosomal protein L25/L23  61.11 
 
 		 98 aa  102  2e-21  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3756  Ribosomal protein L25/L23  53.61 
 
 		 101 aa  101  4e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.267631  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1187  Ribosomal protein L25/L23  54.08 
 
 		 104 aa  96.3  1e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.102596 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1182  Ribosomal protein L25/L23  55.06 
 
 		 98 aa  95.5  2e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000210962  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2712  50S ribosomal protein L23  50.56 
 
 		 97 aa  94.7  4e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2397  50S ribosomal protein L23  50.56 
 
 		 97 aa  94.7  4e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00942315  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0227  ribosomal protein L25/L23  50.56 
 
 		 95 aa  93.6  8e-19  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0217  50S ribosomal protein L23  50.54 
 
 		 95 aa  92  2e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000142731  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0721  50S ribosomal protein L23  52.27 
 
 		 97 aa  92  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000131875  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1522  Ribosomal protein L25/L23  51.14 
 
 		 94 aa  92  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.800617  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1616  50S ribosomal protein L23  54.02 
 
 		 98 aa  90.9  5e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129787 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  55.29 
 
 		 98 aa  90.5  6e-18  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1676  50S ribosomal protein L23  54.02 
 
 		 97 aa  89.4  2e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.62104  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16220  LSU ribosomal protein L23P  50 
 
 		 95 aa  89.4  2e-17  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.491689  decreased coverage  0.0000000109599 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2617  50S ribosomal protein L25/L23  54.65 
 
 		 96 aa  88.2  4e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0277949  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0703  50S ribosomal protein L23  47.83 
 
 		 95 aa  87.8  5e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000032639  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10000  LSU ribosomal protein L23P  51.14 
 
 		 95 aa  87.4  5e-17  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  hitchhiker  0.00605072  hitchhiker  0.00000000356611 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4917  50S ribosomal protein L23  49.47 
 
 		 98 aa  87  7e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.0776922  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2738  ribosomal protein L25/L23  50.57 
 
 		 96 aa  86.3  1e-16  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217238  normal  0.259663 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5068  50S ribosomal protein L23  52.75 
 
 		 99 aa  86.7  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.509861  normal  0.304969 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0964  Ribosomal protein L25/L23  50 
 
 		 93 aa  85.5  2e-16  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  hitchhiker  0.0000679303  hitchhiker  0.000000000153425 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1342  Ribosomal protein L25/L23  50.56 
 
 		 98 aa  85.9  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1958  50S ribosomal protein L23  52.87 
 
 		 97 aa  85.9  2e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1793  50S ribosomal protein L23  50.57 
 
 		 98 aa  85.5  2e-16  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346044  normal  0.0641385 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0682  50S ribosomal protein L23  51.69 
 
 		 94 aa  85.5  2e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.633867  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2905  Ribosomal protein L25/L23  48.84 
 
 		 96 aa  85.1  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1231  50S ribosomal protein L23  52.87 
 
 		 97 aa  85.1  3e-16  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244915  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl125  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 		 94 aa  85.1  3e-16  Mesoplasma florum L1  Bacteria  hitchhiker  0.00000058644  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0248  50S ribosomal protein L23  51.72 
 
 		 98 aa  85.1  3e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.529844  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1194  50S ribosomal protein L23  52.87 
 
 		 97 aa  85.1  3e-16  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2855  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 		 94 aa  84.3  4e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0878449  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1432  50S ribosomal protein L23  51.72 
 
 		 97 aa  84.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11483  normal  0.0319487 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0988  50S ribosomal protein L23  51.72 
 
 		 97 aa  84.7  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137365  normal  0.02544 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1865  50S ribosomal protein L23  49.41 
 
 		 95 aa  84.7  4e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0212066  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1334  50S ribosomal protein L23  51.72 
 
 		 97 aa  84.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212671  normal  0.17449 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0700  50S ribosomal protein L23  52.87 
 
 		 97 aa  84.3  5e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000143862  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1910  50S ribosomal protein L23  50.55 
 
 		 98 aa  84.3  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000483337  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0668  50S ribosomal protein L23  52.87 
 
 		 97 aa  84.3  5e-16  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000142276  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2164  50S ribosomal protein L23  49.45 
 
 		 98 aa  84  6e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.561642 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2125  50S ribosomal protein L23  50.55 
 
 		 98 aa  84  6e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.966187  normal  0.432558 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2442  50S ribosomal protein L23  49.45 
 
 		 98 aa  84  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.369477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1842  50S ribosomal protein L23  52.87 
 
 		 97 aa  84  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00948056  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3446  50S ribosomal protein L23  51.65 
 
 		 99 aa  84  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.947767  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0351  50S ribosomal protein L23  50.55 
 
 		 98 aa  83.6  8e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0288  Ribosomal protein L25/L23  48.31 
 
 		 94 aa  83.6  8e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0208072  normal  0.0234601 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  50 
 
 		 97 aa  83.2  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2686  50S ribosomal protein L23  48.28 
 
 		 104 aa  83.2  0.000000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0258195  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0717  Ribosomal protein L25/L23  51.06 
 
 		 99 aa  82.8  0.000000000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0628  50S ribosomal protein L23  46.07 
 
 		 94 aa  82  0.000000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000116587  hitchhiker  0.000000000000956309 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3665  50S ribosomal protein L23  50.55 
 
 		 99 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2297  50S ribosomal protein L23  49.45 
 
 		 99 aa  82  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0585  50S ribosomal protein L23  50.57 
 
 		 98 aa  82.4  0.000000000000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.720688 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3182  50S ribosomal protein L23  49.45 
 
 		 99 aa  82  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1159  Ribosomal protein L25/L23  46.81 
 
 		 99 aa  82.4  0.000000000000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00000025981  hitchhiker  0.000000476583 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4024  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 		 94 aa  82.4  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.707217  hitchhiker  0.0000264859 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4274  50S ribosomal protein L23  50.56 
 
 		 98 aa  82  0.000000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000576147  unclonable  0.00000000000382148 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0694  50S ribosomal protein L23  46.07 
 
 		 94 aa  81.6  0.000000000000003  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2458  50S ribosomal protein L23  46.59 
 
 		 96 aa  82  0.000000000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0767433 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2220  50S ribosomal protein L23  48.35 
 
 		 98 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0769  50S ribosomal protein L23  44.32 
 
 		 94 aa  81.3  0.000000000000004  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.000223701  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3326  50S ribosomal protein L23  46.07 
 
 		 94 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.23257e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0935  50S ribosomal protein L23  46.07 
 
 		 94 aa  81.3  0.000000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000134151  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0278  50S ribosomal protein L23  50.57 
 
 		 98 aa  81.3  0.000000000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1348  50S ribosomal protein L23  46.07 
 
 		 94 aa  80.9  0.000000000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2153  50S ribosomal protein L23P  50.56 
 
 		 95 aa  81.3  0.000000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0455845  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>