More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU2855 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU2855  50S ribosomal protein L23  100 
 
 
94 aa  186  1e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0878449  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0628  50S ribosomal protein L23  85.11 
 
 
94 aa  168  2e-41  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000116587  hitchhiker  0.000000000000956309 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1069  50S ribosomal protein L23  77.42 
 
 
94 aa  145  1.0000000000000001e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000947106  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3326  50S ribosomal protein L23  76.34 
 
 
94 aa  143  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.23257e-16 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0935  50S ribosomal protein L23  76.34 
 
 
94 aa  143  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000000134151  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1348  50S ribosomal protein L23  68.09 
 
 
94 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0682  50S ribosomal protein L23  69.15 
 
 
94 aa  135  1e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.633867  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0703  50S ribosomal protein L23  64.13 
 
 
95 aa  124  3e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000032639  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0710  50S ribosomal protein L23  56.99 
 
 
95 aa  113  8.999999999999998e-25  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.58529  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1557  ribosomal protein L25/L23  61.11 
 
 
97 aa  111  3e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.271789  normal  0.935147 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1944  50S ribosomal protein L23  55.79 
 
 
97 aa  105  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1935  50S ribosomal protein L23  55.79 
 
 
97 aa  105  3e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2020  50S ribosomal protein L23  55.79 
 
 
97 aa  105  3e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1913  50S ribosomal protein L23  54.74 
 
 
97 aa  103  9e-22  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.263974 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0499  50S ribosomal protein L23  55.68 
 
 
97 aa  101  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.173851  hitchhiker  0.00000000336824 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0329  50S ribosomal protein L23  55.68 
 
 
97 aa  101  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  53.85 
 
 
99 aa  101  3e-21  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  56.67 
 
 
98 aa  100  5e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0871  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 
100 aa  100  1e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1183  50S ribosomal protein L23  53.76 
 
 
94 aa  98.6  3e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0471  50S ribosomal protein L23  57.3 
 
 
100 aa  98.6  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.00000000395002  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4542  50S ribosomal protein L23  52.22 
 
 
100 aa  97.8  4e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000000172317  hitchhiker  0.00176531 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03169  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000759178  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0395  Ribosomal protein L25/L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000225919  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3703  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225733  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3634  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00980054  normal  0.223242 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3613  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000847098  hitchhiker  0.00309782 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3742  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.344368  normal  0.0150111 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3707  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000802937  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3512  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000392959  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3805  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000686351  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3634  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000000793915  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4641  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0287124  normal  0.0460173 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0395  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000080861  hitchhiker  0.00030352 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03120  hypothetical protein  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000565358  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3801  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  96.3  1e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000749996  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0586  50S ribosomal protein L23  51.11 
 
 
100 aa  95.9  2e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108369  normal  0.186609 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3749  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  95.9  2e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000048697  hitchhiker  0.00429034 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3820  50S ribosomal protein L23  52.22 
 
 
100 aa  95.9  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000460172  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3913  50S ribosomal protein L23  51.11 
 
 
100 aa  95.9  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.78804e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0285  50S ribosomal protein L23  51.11 
 
 
100 aa  95.9  2e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000248684  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4024  50S ribosomal protein L23  52.69 
 
 
94 aa  95.5  2e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.707217  hitchhiker  0.0000264859 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3999  50S ribosomal protein L23  52.22 
 
 
100 aa  95.9  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000101961  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0325  50S ribosomal protein L23  51.11 
 
 
100 aa  95.1  3e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000118373  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0061  50S ribosomal protein L23  52.75 
 
 
101 aa  95.1  3e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  unclonable  0.000000000105028  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  51.69 
 
 
97 aa  94.7  4e-19  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0407  50S ribosomal protein L23  51.69 
 
 
100 aa  94.7  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00180319  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1182  Ribosomal protein L25/L23  52.63 
 
 
98 aa  94.7  4e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000000210962  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0407  50S ribosomal protein L23P  57.3 
 
 
101 aa  94.4  5e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000028308  normal  0.141179 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3522  ribosomal protein L25/L23  52.81 
 
 
99 aa  94  6e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00000457129  hitchhiker  0.00000622944 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0281  50S ribosomal protein L23  55.06 
 
 
102 aa  94  7e-19  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000000000926616  hitchhiker  0.00000149946 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2709  Ribosomal protein L25/L23  53.76 
 
 
95 aa  94  7e-19  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.0000605336  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0428  50S ribosomal protein L23  54.44 
 
 
116 aa  92.8  1e-18  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000291057  decreased coverage  0.00000564548 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3177  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
104 aa  93.2  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.000279852  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1416  ribosomal protein L25/L23  52.17 
 
 
98 aa  93.2  1e-18  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3315  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
104 aa  93.2  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.0000000957307  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0248  50S ribosomal protein L23  58.62 
 
 
98 aa  93.2  1e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.529844  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_01190  Ribosomal protein L25/L23  50.56 
 
 
96 aa  93.2  1e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0110234  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0585  50S ribosomal protein L23  58.62 
 
 
98 aa  92.4  2e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.720688 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0849  50S ribosomal protein L23P  45.16 
 
 
99 aa  92.4  2e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000828313  decreased coverage  0.0000112275 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2712  50S ribosomal protein L23  51.11 
 
 
97 aa  92  3e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2397  50S ribosomal protein L23  51.11 
 
 
97 aa  92  3e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00942315  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2172  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  91.7  3e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000267938  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3017  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
104 aa  91.3  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000000878321  decreased coverage  0.0020306 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2322  ribosomal L23 protein  51.09 
 
 
98 aa  91.3  4e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.0000600083  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00447  50S ribosomal protein L23  64.79 
 
 
79 aa  90.9  5e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000740057  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  52.81 
 
 
100 aa  90.9  5e-18  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000423409  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
100 aa  90.9  5e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0215  50S ribosomal protein L23  55.06 
 
 
100 aa  90.9  6e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000957762  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1944  50S ribosomal protein L23  53.93 
 
 
113 aa  90.5  7e-18  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0662  50S ribosomal protein L23  51.06 
 
 
96 aa  90.5  8e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00000319643  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0491  50S ribosomal protein L23  48.89 
 
 
116 aa  90.5  8e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000310283  hitchhiker  0.00323784 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0486  50S ribosomal protein L23  48.89 
 
 
116 aa  90.5  8e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  unclonable  0.000000945976  normal  0.0263712 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0278  50S ribosomal protein L23  57.47 
 
 
98 aa  90.1  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  51.65 
 
 
98 aa  89.7  1e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06270  50S ribosomal protein L23  51.69 
 
 
99 aa  89.4  2e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0219554  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3295  50S ribosomal protein L23  51.69 
 
 
104 aa  89.4  2e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  unclonable  0.00000000040814  hitchhiker  0.0000223362 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0258  50S ribosomal protein L23  47.19 
 
 
108 aa  89.4  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000322493  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2948  50S ribosomal protein L23  51.69 
 
 
104 aa  89.4  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  hitchhiker  0.000296107  hitchhiker  0.000000753496 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3336  50S ribosomal protein L23  50.56 
 
 
101 aa  89  2e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000112822  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
101 aa  88.6  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0201  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
101 aa  88.6  3e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000698801  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
101 aa  88.6  3e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0340  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 
104 aa  88.6  3e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.00586276  hitchhiker  0.000885961 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
101 aa  88.6  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0202  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
101 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000251497  unclonable  0.00000770372 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0186  50S ribosomal protein L23  51.69 
 
 
100 aa  87.8  4e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000102577  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4054  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
101 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000001282  unclonable  0.00000000000566696 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3757  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
101 aa  88.2  4e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228479  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4168  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
101 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000463544  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0198  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
101 aa  88.2  4e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000795974  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3793  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 
108 aa  87.8  5e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0844484  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0839  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 
99 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.225205  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4911  50S ribosomal protein L23  48.31 
 
 
111 aa  87.8  5e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.0000771327  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08870  50S ribosomal protein L23  49.44 
 
 
99 aa  87.8  5e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.679116  hitchhiker  0.00894178 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3441  50S ribosomal protein L23  51.69 
 
 
104 aa  87.4  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.0000520161  normal  0.334367 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0196  LSU ribosomal protein L23P  50 
 
 
93 aa  87.4  6e-17  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00208833  normal  0.0650448 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0160  50S ribosomal protein L23  51.69 
 
 
99 aa  87.4  6e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000144621  decreased coverage  0.0000412321 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0316  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
104 aa  86.7  9e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000511744  decreased coverage  0.00276856 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3642  50S ribosomal protein L23  52.81 
 
 
104 aa  86.7  9e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101067  hitchhiker  0.0000000000169859 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>