More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_2738 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_2738  ribosomal protein L25/L23  100 
 
 		 96 aa  194  3e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.217238  normal  0.259663 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2297  50S ribosomal protein L23  73.96 
 
 		 99 aa  148  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.192968 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3182  50S ribosomal protein L23  73.96 
 
 		 99 aa  148  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3446  50S ribosomal protein L23  75 
 
 		 99 aa  147  5e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.947767  normal  0.59426 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1366  50S ribosomal protein L23  75 
 
 		 98 aa  146  8e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.263915  normal  0.542737 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3665  50S ribosomal protein L23  72.92 
 
 		 99 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1547  50S ribosomal protein L23  73.96 
 
 		 98 aa  144  3e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5068  50S ribosomal protein L23  73.96 
 
 		 99 aa  144  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.509861  normal  0.304969 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0578  Ribosomal protein L25/L23  71.88 
 
 		 102 aa  142  2e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1910  50S ribosomal protein L23  72.63 
 
 		 98 aa  141  3e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000483337  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0351  50S ribosomal protein L23  72.63 
 
 		 98 aa  140  4e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.368334  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2220  50S ribosomal protein L23  72.63 
 
 		 98 aa  141  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1676  50S ribosomal protein L23  74.19 
 
 		 97 aa  140  5e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.62104  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1231  50S ribosomal protein L23  75 
 
 		 97 aa  140  7e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.244915  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1194  50S ribosomal protein L23  75 
 
 		 97 aa  140  7e-33  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.79866  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1958  50S ribosomal protein L23  75 
 
 		 97 aa  139  9.999999999999999e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0171198  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1356  ribosomal protein L25/L23  70.53 
 
 		 103 aa  137  7e-32  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.385939  normal  0.0499735 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1842  50S ribosomal protein L23  70.97 
 
 		 97 aa  135  2e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  hitchhiker  0.00948056  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1432  50S ribosomal protein L23  69.89 
 
 		 97 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.11483  normal  0.0319487 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1334  50S ribosomal protein L23  69.89 
 
 		 97 aa  135  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.212671  normal  0.17449 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1681  50S ribosomal protein L23  73.12 
 
 		 102 aa  134  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0570438  hitchhiker  0.0000115816 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0988  50S ribosomal protein L23  69.89 
 
 		 97 aa  134  4e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.137365  normal  0.02544 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2164  50S ribosomal protein L23  70.53 
 
 		 98 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.561642 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2442  50S ribosomal protein L23  70.53 
 
 		 98 aa  132  9.999999999999999e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.369477  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0668  50S ribosomal protein L23  67.37 
 
 		 97 aa  131  3e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000142276  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0700  50S ribosomal protein L23  67.37 
 
 		 97 aa  131  3e-30  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000143862  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2125  50S ribosomal protein L23  69.47 
 
 		 98 aa  131  3e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.966187  normal  0.432558 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1616  50S ribosomal protein L23  67.74 
 
 		 98 aa  129  1.0000000000000001e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.129787 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2686  50S ribosomal protein L23  69.47 
 
 		 104 aa  128  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0258195  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0278  50S ribosomal protein L23  66.67 
 
 		 98 aa  125  2.0000000000000002e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0761  50S ribosomal protein L23  68.09 
 
 		 98 aa  125  2.0000000000000002e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0679128  normal  0.485655 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1944  50S ribosomal protein L23  67.37 
 
 		 113 aa  122  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0248  50S ribosomal protein L23  64.52 
 
 		 98 aa  122  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.529844  normal  0.684158 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2816  50S ribosomal protein L23  63.54 
 
 		 102 aa  121  3e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.947427  normal  0.439693 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0585  50S ribosomal protein L23  65.22 
 
 		 98 aa  118  1.9999999999999998e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.720688 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1793  50S ribosomal protein L23  66.3 
 
 		 98 aa  118  1.9999999999999998e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.346044  normal  0.0641385 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2968  50S ribosomal protein L23  64.89 
 
 		 111 aa  117  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.307651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1251  50S ribosomal protein L23  60.42 
 
 		 100 aa  117  7e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.781143  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1351  50S ribosomal protein L23  57.29 
 
 		 104 aa  114  3.9999999999999997e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.144858 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1718  50S ribosomal protein L23  68.82 
 
 		 98 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0786377  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0363  50S ribosomal protein L23  68.82 
 
 		 98 aa  107  5e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.674139  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0325  Ribosomal protein L25/L23  54.35 
 
 		 97 aa  105  1e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  unclonable  0.00000179883  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2532  50S ribosomal protein L23  69.89 
 
 		 98 aa  103  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.128178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00732  50S ribosomal protein L23  58.51 
 
 		 100 aa  99.8  1e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001740  LSU ribosomal protein L23p (L23Ae)  58.51 
 
 		 100 aa  99.8  1e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000423409  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0460  50S ribosomal protein L23P  52.13 
 
 		 99 aa  97.1  7e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2172  50S ribosomal protein L23  56.38 
 
 		 100 aa  96.7  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000267938  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2167  Ribosomal protein L25/L23  49.47 
 
 		 98 aa  95.9  2e-19  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  hitchhiker  0.00207145  normal  0.264777 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0322  50S ribosomal protein L23  55.32 
 
 		 100 aa  95.1  3e-19  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00637694  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0856  50S ribosomal protein L23  54.64 
 
 		 98 aa  94.7  4e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.483725  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0721  50S ribosomal protein L23  52.69 
 
 		 97 aa  94  7e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.0000131875  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0962  50S ribosomal protein L23  55.91 
 
 		 98 aa  93.6  8e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000402083  hitchhiker  0.00000137402 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0871  50S ribosomal protein L23  56.67 
 
 		 100 aa  92  2e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0849  50S ribosomal protein L23P  48.94 
 
 		 99 aa  91.7  3e-18  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000828313  decreased coverage  0.0000112275 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0201  50S ribosomal protein L23  53.19 
 
 		 101 aa  91.3  4e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000118285  hitchhiker  0.00000000127878 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0758  50S ribosomal protein L23  49.46 
 
 		 99 aa  90.5  7e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000156644  normal  0.0173378 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0297  ribosomal L23 protein  48.89 
 
 		 98 aa  89.7  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000230523  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0172  50S ribosomal protein L23  52.13 
 
 		 100 aa  89.7  1e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243767  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0201  50S ribosomal protein L23  52.13 
 
 		 101 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000698801  unclonable  0.0000000000184888 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0196  50S ribosomal protein L23  52.13 
 
 		 101 aa  89.7  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000848979  decreased coverage  0.000284829 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3336  50S ribosomal protein L23  48.42 
 
 		 101 aa  90.1  1e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  decreased coverage  0.000000112822  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0215  50S ribosomal protein L23  54.44 
 
 		 100 aa  89.4  1e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000000957762  unclonable  0.00000693674 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2838  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  90.1  1e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000238806  normal  0.241874 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0198  50S ribosomal protein L23  52.13 
 
 		 101 aa  89  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000795974  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3913  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 100 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  1.78804e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0233  50S ribosomal protein L23  52.13 
 
 		 101 aa  89.4  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2630  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0000000225404  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3167  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000145787  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0278  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000301066  normal  0.113282 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3802  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  hitchhiker  0.00374922  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3774  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000000518594  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4054  50S ribosomal protein L23  52.13 
 
 		 101 aa  89  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000001282  unclonable  0.00000000000566696 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3449  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  unclonable  0.00000000000244074  normal  0.012759 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0586  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 100 aa  89  2e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000000108369  normal  0.186609 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0329  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.000000104942  normal  0.0187974 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0251  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.000000396316  normal  0.0882759 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0202  50S ribosomal protein L23  52.13 
 
 		 101 aa  89  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000000251497  unclonable  0.00000770372 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1522  Ribosomal protein L25/L23  52.75 
 
 		 94 aa  89  2e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.800617  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3066  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.0000000181446  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3757  50S ribosomal protein L23  52.13 
 
 		 101 aa  89  2e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000000228479  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1926  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.0000000597608  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2757  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.0000000300049  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4168  50S ribosomal protein L23  52.13 
 
 		 101 aa  89  2e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000000463544  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0269  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000217193  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0285  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 100 aa  89  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000248684  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0350  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  decreased coverage  0.0000000162065  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3744  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.000000010751  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3480  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 104 aa  89  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  hitchhiker  0.00000357625  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4274  50S ribosomal protein L23  51.61 
 
 		 98 aa  88.2  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00000576147  unclonable  0.00000000000382148 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3642  50S ribosomal protein L23  48.91 
 
 		 104 aa  87.4  5e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.0000000101067  hitchhiker  0.0000000000169859 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0316  50S ribosomal protein L23  48.91 
 
 		 104 aa  87.4  5e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.0000000511744  decreased coverage  0.00276856 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0186  50S ribosomal protein L23  50 
 
 		 100 aa  87.8  5e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000102577  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0395  Ribosomal protein L25/L23  48.94 
 
 		 100 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000225919  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3512  50S ribosomal protein L23  48.94 
 
 		 100 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000000392959  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0395  50S ribosomal protein L23  48.94 
 
 		 100 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.0000080861  hitchhiker  0.00030352 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3703  50S ribosomal protein L23  48.94 
 
 		 100 aa  87.4  6e-17  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000225733  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3613  50S ribosomal protein L23  48.94 
 
 		 100 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000847098  hitchhiker  0.00309782 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3801  50S ribosomal protein L23  48.94 
 
 		 100 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000749996  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03120  hypothetical protein  48.94 
 
 		 100 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000565358  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4641  50S ribosomal protein L23  48.94 
 
 		 100 aa  87.4  6e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0287124  normal  0.0460173 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>