More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nwi_0037 on replicon NC_007406
Organism: Nitrobacter winogradskyi Nb-255



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_0045  glycolate reductase  93.09 
 
 
333 aa  639  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0037  2-hydroxyacid dehydrogenase  100 
 
 
333 aa  674  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.256698 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0426  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  87.99 
 
 
333 aa  605  1e-172  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0616  glycolate reductase  87.39 
 
 
333 aa  604  1e-172  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.164009  normal  0.739165 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0217  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  87.39 
 
 
333 aa  603  1e-171  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.660632  normal  0.0271451 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0354  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  86.19 
 
 
333 aa  595  1e-169  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0073  putative glyoxylate reductase  86.19 
 
 
333 aa  594  1e-169  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.692518 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4126  glyoxylate reductase  74.7 
 
 
333 aa  512  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.23218  normal  0.483261 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3943  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  72.67 
 
 
333 aa  508  1e-143  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0734  glyoxylate reductase  72.59 
 
 
334 aa  495  1e-139  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.995552  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2177  2-hydroxyacid dehydrogenase  72.59 
 
 
334 aa  496  1e-139  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2089  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  72.59 
 
 
360 aa  495  1e-139  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2232  glyoxylate reductase  72.89 
 
 
334 aa  493  1e-138  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.770624  normal  0.0720055 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0378  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  71.69 
 
 
334 aa  490  1e-137  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0491  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  72.07 
 
 
334 aa  485  1e-136  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.159466 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4409  Glyoxylate reductase  71.3 
 
 
333 aa  484  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2485  Glyoxylate reductase  71 
 
 
331 aa  486  1e-136  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0454  Glyoxylate reductase  71.47 
 
 
334 aa  483  1e-135  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.461257  normal  0.15119 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0421  glyoxylate reductase  71.47 
 
 
334 aa  483  1e-135  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.370797 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3380  glyoxylate reductase  71 
 
 
357 aa  483  1e-135  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254511  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2688  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  70.91 
 
 
332 aa  484  1e-135  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.265599  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4089  Glyoxylate reductase  71.9 
 
 
333 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0511  glyoxylate reductase  70.39 
 
 
331 aa  483  1e-135  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.503847  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0314  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenases family protein  69.49 
 
 
334 aa  474  1e-133  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907206  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5058  glyoxylate reductase  69.3 
 
 
328 aa  476  1e-133  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.378671 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3643  glyoxylate reductase  67.88 
 
 
330 aa  454  1e-126  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  3.07425e-10 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3790  glycolate reductase  66.67 
 
 
328 aa  436  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0480  glycolate reductase  63.64 
 
 
328 aa  429  1e-119  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.330194  normal  0.55388 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0915  glycolate reductase  63.69 
 
 
328 aa  424  1e-117  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2970  glyoxylate reductase  64.92 
 
 
328 aa  423  1e-117  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1941  glyoxylate reductase  65.85 
 
 
336 aa  408  1e-113  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0819733  decreased coverage  0.00730231 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2187  glyoxylate reductase  65.54 
 
 
328 aa  400  1e-110  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.521168  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0987  glyoxylate reductase  65.23 
 
 
328 aa  399  1e-110  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2313  2-hydroxyacid dehydrogenase  65.23 
 
 
328 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.48395  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0778  glycolate reductase  56.31 
 
 
332 aa  358  6e-98  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4583  glyoxylate reductase  56.31 
 
 
332 aa  335  5e-91  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2308  glycolate reductase  49.85 
 
 
339 aa  328  8e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1407  2-hydroxyacid dehydrogenase  43.38 
 
 
323 aa  264  2e-69  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1815  glycolate reductase  43.69 
 
 
323 aa  256  3e-67  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.802319  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1872  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  44.24 
 
 
319 aa  255  7e-67  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3322  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  43.87 
 
 
323 aa  254  1e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.390598 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2390  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.68 
 
 
324 aa  253  3e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.129625 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0089  Glyoxylate reductase  43.04 
 
 
319 aa  246  3e-64  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1522  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.77 
 
 
320 aa  246  4e-64  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.417299  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1147  glyoxylate reductase  42.19 
 
 
317 aa  242  8e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2807  glyoxylate reductase  42.11 
 
 
321 aa  241  2e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.949498 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1344  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.19 
 
 
338 aa  233  3e-60  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  9.16966e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2897  Glyoxylate reductase  42.86 
 
 
327 aa  232  7e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000351696  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0731  Glyoxylate reductase  43.65 
 
 
322 aa  232  7e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21840  glycerate dehydrogenase  44.77 
 
 
274 aa  224  2e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0628061  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3914  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.94 
 
 
327 aa  224  2e-57  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.430325 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0025  lactate dehydrogenase related enzyme  38.12 
 
 
319 aa  224  2e-57  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1954  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.81 
 
 
329 aa  223  5e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0249135 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2820  Glyoxylate reductase  37.99 
 
 
334 aa  222  9e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  5.66306e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0619  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding protein  42.64 
 
 
327 aa  220  3e-56  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5902  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic region:D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.54 
 
 
327 aa  220  3e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0476763  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5009  Glyoxylate reductase  45.43 
 
 
345 aa  219  4e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5114  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.3 
 
 
323 aa  219  6e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.803501 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2957  Glyoxylate reductase  40 
 
 
320 aa  219  7e-56  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  8.53458e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2029  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  41.05 
 
 
331 aa  218  9e-56  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.658247 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12970  lactate dehydrogenase-like oxidoreductase  41.85 
 
 
321 aa  214  2e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2082  putative glyoxylate reductase  40.75 
 
 
311 aa  214  2e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2388  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  38.99 
 
 
323 aa  213  5e-54  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00285003  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3011  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.99 
 
 
315 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3042  Glyoxylate reductase  41.12 
 
 
324 aa  209  4e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1325  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.75 
 
 
315 aa  209  5e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0823  glyoxylate reductase  38.7 
 
 
339 aa  209  6e-53  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0625  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.52 
 
 
322 aa  208  8e-53  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.464742 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3366  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase  40.99 
 
 
315 aa  208  9e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3073  Glyoxylate reductase  38.39 
 
 
322 aa  207  2e-52  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0551614  normal  0.953247 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0052  Glyoxylate reductase  40.31 
 
 
316 aa  206  4e-52  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0350  Glyoxylate reductase  39.51 
 
 
319 aa  206  5e-52  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2490  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.36 
 
 
326 aa  205  9e-52  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.56603  normal  0.0359578 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1370  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  38.36 
 
 
326 aa  205  9e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.399391  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2536  Glyoxylate reductase  39.13 
 
 
318 aa  204  1e-51  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.400778  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0592  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  35.98 
 
 
326 aa  204  1e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.80162  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1078  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.29 
 
 
323 aa  205  1e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0216  glyoxylate reductase  39.46 
 
 
340 aa  204  2e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0892  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  40.31 
 
 
318 aa  203  4e-51  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0266088  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3049  Glyoxylate reductase  38.39 
 
 
322 aa  203  4e-51  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4738  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  37.35 
 
 
335 aa  202  8e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.373917 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2643  putative glycerate dehydrogenase  40.68 
 
 
316 aa  201  1e-50  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2196  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.2 
 
 
316 aa  201  1e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00601884  normal  0.940122 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3326  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  38.08 
 
 
316 aa  201  2e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.428897 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4324  glyoxylate reductase  39.16 
 
 
341 aa  200  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0151043  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0384  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  37.54 
 
 
338 aa  199  8e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0476  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  39.32 
 
 
319 aa  198  1e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.292673  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1989  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  36.53 
 
 
332 aa  198  1e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  5.14509e-07 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1299  glycerate dehydrogenase  40.94 
 
 
323 aa  196  5e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1298  glycerate dehydrogenase  40.62 
 
 
323 aa  196  6e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.952061  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1337  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  39.62 
 
 
323 aa  196  7e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05388  2-hydroxyacid dehydrogenase  37.57 
 
 
331 aa  195  8e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0846  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  40.61 
 
 
326 aa  194  1e-48  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.908652  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2855  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  37.92 
 
 
345 aa  195  1e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1434  glycerate dehydrogenase  40.94 
 
 
323 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.215188  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1506  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase family protein  40.94 
 
 
339 aa  194  2e-48  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0180022 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6081  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  43.08 
 
 
320 aa  194  2e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.582344 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1325  glycerate dehydrogenase  40.94 
 
 
323 aa  194  2e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.470821  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0948  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  36.68 
 
 
319 aa  193  3e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0929  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  36.68 
 
 
319 aa  193  3e-48  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>