More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_4789 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_4789  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 308 aa  604  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.537076  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1309  LysR family transcriptional regulator  92.18 
 
 		 308 aa  514  1.0000000000000001e-145  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.220752 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4731  LysR family transcriptional regulator  82.08 
 
 		 307 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2188  transcriptional regulator, LysR family  50.84 
 
 		 329 aa  301  1e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2070  LysR family transcriptional regulator  51.19 
 
 		 328 aa  298  7e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.518674  normal  0.284138 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 300 aa  288  9e-77  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 300 aa  288  9e-77  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2079  LysR family transcriptional regulator  50.85 
 
 		 303 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0843078  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5891  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 302 aa  284  2.0000000000000002e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.504448  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6676  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 313 aa  280  3e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2178  transcriptional regulator, LysR family  49.83 
 
 		 307 aa  276  2e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6666  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 304 aa  274  2.0000000000000002e-72  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0841  LysR family transcriptional regulator  41.41 
 
 		 309 aa  236  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.697299  normal  0.209982 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3715  LysR family transcriptional regulator  37.88 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.782463  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4822  putative transcriptional regulatory protein (nitrogen assimilation control protein)  32.06 
 
 		 331 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.672498  normal  0.337818 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0330  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 336 aa  144  2e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 335 aa  142  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1351  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 325 aa  138  8.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  32.18 
 
 		 324 aa  138  1e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1431  transcriptional regulator  31.12 
 
 		 318 aa  136  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0464  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 316 aa  135  6.0000000000000005e-31  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 303 aa  135  8e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.53 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0798  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 305 aa  132  7.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0942  nitrogen assimilation transcriptional regulator  35.02 
 
 		 313 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.787087 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 328 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2564  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.93 
 
 		 305 aa  130  4.0000000000000003e-29  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000767636  normal  0.0977076 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1459  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 311 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.828972  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2549  LysR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 619 aa  129  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.33908  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 310 aa  127  2.0000000000000002e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 319 aa  127  3e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5219  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.07 
 
 		 295 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6361  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.33 
 
 		 323 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.594028  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 343 aa  125  1e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5279  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 308 aa  124  2e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.328918  normal  0.21823 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  35.42 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 302 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 332 aa  122  6e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  31.16 
 
 		 307 aa  122  8e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1366  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 292 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.320453 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3058  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3012  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 296 aa  121  9.999999999999999e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01898  DNA-binding transcriptional dual regulator of nitrogen assimilation  29 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0024282  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1667  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000420428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1136  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000000190292  hitchhiker  0.000106963 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  28.08 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4550  transcriptional regulator, LysR family  29.94 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.597489  normal  0.103743 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01887  hypothetical protein  29 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.0017445  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2270  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000041726  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2832  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.33 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000572709  normal  0.465707 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6369  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.120934  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2111  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.1125e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0795  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1657  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.000208245  hitchhiker  0.00930832 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7296  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 309 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.343468  normal  0.377846 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0970  nitrogen assimilation transcriptional regulator  29.96 
 
 		 307 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000000000243153  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2501  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 308 aa  119  6e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.507839 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 329 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  24.24 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 299 aa  116  3.9999999999999997e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5149  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 308 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.785397  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4227  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 345 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3816  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.898253 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 341 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1553  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 305 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  32.23 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0663  LysR family transcriptional regulator  28.91 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.650838 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2923  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  30.1 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00510012  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04720  Transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 299 aa  113  3e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.245931  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5877  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 313 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.673502  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 320 aa  113  4.0000000000000004e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3833  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 312 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2940  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 301 aa  112  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0170064  decreased coverage  0.0000113665 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  28.09 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8569  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 316 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2590  nitrogen assimilation transcriptional regulator  25.86 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 313 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0401  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 307 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06880  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 292 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0196299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0629  putative transcriptional regulator  31.14 
 
 		 292 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.641371  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  30.17 
 
 		 290 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4600  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 297 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1657  putative DNA-binding transcriptional regulator  28.52 
 
 		 290 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0307226  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4831  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.496731  normal  0.988121 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 295 aa  110  2.0000000000000002e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6300  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6151  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 323 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0371  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.45787  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0397  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.7885  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>