More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0047 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0047  histidine kinase  100 
 
 
508 aa  1006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0054  histidine kinase  69.31 
 
 
215 aa  276  6e-73  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.666913 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  50.59 
 
 
1352 aa  236  6e-61  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1052  sensory transduction histidine kinase  48.29 
 
 
1046 aa  229  1e-58  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0950  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.67 
 
 
911 aa  228  3e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.666627 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3213  PAS/PAC sensor Signal transduction histidine kinase  53.02 
 
 
778 aa  224  3e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0083  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.99 
 
 
763 aa  223  7e-57  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.172925  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3431  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.44 
 
 
844 aa  220  5e-56  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.737925 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2018  ATP-binding region, ATPase-like  47.83 
 
 
771 aa  218  2e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.88254  normal  0.468508 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3699  histidine kinase  41.19 
 
 
998 aa  216  1e-54  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0213  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.92 
 
 
974 aa  215  1e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0934932  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1816  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  39.42 
 
 
977 aa  214  3e-54  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.218789  normal  0.39116 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3362  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  35.04 
 
 
575 aa  214  4e-54  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.516975 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0956  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  52.38 
 
 
600 aa  213  5e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3007  two component system histidine kinase  47.39 
 
 
729 aa  213  8e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.0422303  hitchhiker  0.00299589 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1100  PAS  46.54 
 
 
576 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.897667  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3270  histidine kinase  46.06 
 
 
565 aa  212  1e-53  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0639  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  45.34 
 
 
456 aa  211  2e-53  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3436  histidine kinase  46.64 
 
 
771 aa  211  4e-53  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.416045  normal  0.0284383 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1200  Signal transduction histidine kinase  48.48 
 
 
779 aa  210  5e-53  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3009  histidine kinase  44.35 
 
 
603 aa  210  6e-53  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.176735  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2725  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.94 
 
 
568 aa  210  6e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0644  GAF sensor hybrid histidine kinase  48.5 
 
 
754 aa  209  7e-53  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1373  two component sensor kinase  46.98 
 
 
790 aa  209  7e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1449  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  48.48 
 
 
775 aa  209  8e-53  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  decreased coverage  0.00109411  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2944  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  47.48 
 
 
573 aa  209  1e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2901  GAF sensor hybrid histidine kinase  46.58 
 
 
733 aa  207  3e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.248575  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1884  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  48.76 
 
 
389 aa  207  4e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.329348  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2148  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.64 
 
 
769 aa  207  4e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2788  histidine kinase  46.47 
 
 
576 aa  207  5e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0641  multi-sensor signal transduction histidine kinase  46.35 
 
 
772 aa  207  5e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.544021 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2403  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  43.04 
 
 
371 aa  207  5e-52  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1935  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.53 
 
 
523 aa  206  8e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.345754 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1119  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.99 
 
 
502 aa  206  8e-52  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.092302  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1626  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.6 
 
 
770 aa  206  9e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.255804  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0204  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  49.57 
 
 
687 aa  205  1e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.478023 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1427  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  42.16 
 
 
717 aa  206  1e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1847  multi-sensor signal transduction histidine kinase  45.42 
 
 
775 aa  205  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0491237  normal  0.422245 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3522  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.91 
 
 
1287 aa  204  2e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2148  Cache sensor hybrid histidine kinase  36.07 
 
 
937 aa  205  2e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.198843 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1078  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.98 
 
 
769 aa  204  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459877  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0929  multi-sensor signal transduction histidine kinase  47.41 
 
 
769 aa  204  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0582666 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1418  GAF sensor hybrid histidine kinase  44.94 
 
 
853 aa  204  3e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.237881  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3217  ATP-binding region ATPase domain protein  37.88 
 
 
576 aa  203  5e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.644054  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1526  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.93 
 
 
975 aa  203  5e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3446  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  41.38 
 
 
791 aa  203  6e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.285515  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4701  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.31 
 
 
1274 aa  203  6e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0613664  normal  0.609464 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2689  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.35 
 
 
646 aa  203  6e-51  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.119288 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0169  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.51 
 
 
1168 aa  202  9e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3094  two-component sensor histidine kinase  49.35 
 
 
774 aa  202  1e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1700  multi-sensor signal transduction histidine kinase  41.73 
 
 
798 aa  202  2e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0658643 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1834  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.03 
 
 
569 aa  202  2e-50  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1096  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.53 
 
 
1548 aa  201  3e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.363033 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2663  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44 
 
 
784 aa  201  4e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.501852  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3152  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.15 
 
 
468 aa  200  4e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.229393  normal  0.25439 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1576  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.18 
 
 
1267 aa  201  4e-50  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1616  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.89 
 
 
1240 aa  200  6e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.98218  normal  0.696471 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3552  Cache sensor hybrid histidine kinase  46.06 
 
 
970 aa  200  6e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4843  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  33.5 
 
 
574 aa  200  6e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2805  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  47.41 
 
 
927 aa  199  7e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2119  multisensor signal transduction histidine kinase  40.87 
 
 
582 aa  199  8e-50  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03837  Signal transduction histidine kinase  39.02 
 
 
623 aa  199  8e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3600  histidine kinase  44.02 
 
 
548 aa  199  1e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.94225  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0955  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.61 
 
 
765 aa  199  1e-49  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1200  hybrid sensory histidine kinase BarA  36.34 
 
 
933 aa  199  1e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.930165  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1168  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  46.55 
 
 
676 aa  199  1e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0419  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.18 
 
 
1260 aa  198  2e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.784662  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0215  sensor histidine kinase  43.64 
 
 
470 aa  198  2e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  hitchhiker  0.00343195  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0616  sensory box histidine kinase  44.96 
 
 
783 aa  197  3e-49  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.260748  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0615  sensory box histidine kinase  44.96 
 
 
783 aa  197  3e-49  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0884  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.53 
 
 
513 aa  197  3e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.683034  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0905  multi-sensor signal transduction histidine kinase  44.49 
 
 
774 aa  197  3e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.226148  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2202  histidine kinase  43.57 
 
 
613 aa  197  4e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.143763  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4515  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  41.54 
 
 
386 aa  196  6e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  2.38922e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0327  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  47.5 
 
 
620 aa  196  6e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4154  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.48 
 
 
750 aa  196  6e-49  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.22479  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3764  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.24 
 
 
917 aa  196  6e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.432635  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.72 
 
 
765 aa  196  7e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1611  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.41 
 
 
442 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1586  GAF sensor signal transduction histidine kinase  37.41 
 
 
442 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1885  multi-sensor signal transduction histidine kinase  43.4 
 
 
792 aa  196  1e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1707  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.97 
 
 
1313 aa  195  2e-48  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2590  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 
1959 aa  195  2e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0694001 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2445  response regulator receiver  42.37 
 
 
1172 aa  195  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00053345 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0380  histidine kinase  41.88 
 
 
235 aa  194  3e-48  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.0756156  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5204  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  42.16 
 
 
969 aa  194  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.299525  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07038  histidine kinase  37.31 
 
 
641 aa  194  4e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0791  ATP-binding region ATPase domain protein  44.53 
 
 
2051 aa  194  4e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.417988  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4177  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  44.53 
 
 
490 aa  194  4e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2954  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.52 
 
 
1127 aa  194  5e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0561  GAF sensor signal transduction histidine kinase  45.45 
 
 
640 aa  193  6e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.393536  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5476  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  46.19 
 
 
782 aa  193  7e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2711  Hpt sensor hybrid histidine kinase  37.5 
 
 
818 aa  193  8e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0181892 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3000  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.7 
 
 
968 aa  193  8e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5353  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.19 
 
 
1143 aa  192  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.385348 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0135  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  43.62 
 
 
858 aa  192  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.711395  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0664  ATP-binding region, ATPase-like protein  35.63 
 
 
853 aa  192  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0899  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  46.9 
 
 
562 aa  192  1e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.000736499  normal  0.0870171 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4225  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.74 
 
 
1322 aa  192  1e-47  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1215  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
944 aa  192  1e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.960151  normal  0.101285 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>