More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Francci3_0162 on replicon NC_007777
Organism: Frankia sp. CcI3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007777  Francci3_0162  MerR family transcriptional regulator  100 
 
 		 119 aa  242  9.999999999999999e-64  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  58.41 
 
 		 138 aa  136  8.999999999999999e-32  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9141  putative transcriptional regulator, MerR family  60.53 
 
 		 124 aa  136  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6549  transcriptional regulator, MerR family  57.89 
 
 		 128 aa  132  9.999999999999999e-31  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135068  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2262  MerR family transcriptional regulator  58.04 
 
 		 150 aa  127  5.0000000000000004e-29  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.142473  normal  0.0766241 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0947  transcriptional regulator, MerR family  58.65 
 
 		 137 aa  119  9.999999999999999e-27  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5312  transcriptional regulator, MerR family  43.86 
 
 		 117 aa  87.4  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2357  MerR family transcriptional regulator  45.83 
 
 		 136 aa  84  6e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.120567 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4283  MerR family transcriptional regulator  41.07 
 
 		 113 aa  81.6  0.000000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.85164  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2182  transcriptional regulator, MerR family  38.79 
 
 		 123 aa  80.9  0.000000000000006  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.0034846  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0129  MerR family transcriptional regulator  44.95 
 
 		 127 aa  80.5  0.000000000000007  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.684226 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1062  regulatory protein, MerR  43.62 
 
 		 112 aa  78.2  0.00000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4100  MerR family transcriptional regulator  39.64 
 
 		 127 aa  76.6  0.0000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.686135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3524  MerR family transcriptional regulator  42 
 
 		 120 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24080  transcriptional regulator, MerR family  40.68 
 
 		 140 aa  73.6  0.000000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4949  putative transcriptional regulator, MerR family  35 
 
 		 147 aa  72  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0118636  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2962  transcriptional regulator  40 
 
 		 126 aa  72.8  0.000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23560  transcriptional regulator, MerR family  41.59 
 
 		 138 aa  71.6  0.000000000003  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.346447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5050  putative transcriptional regulator, MerR family  36.28 
 
 		 131 aa  72  0.000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999579  normal  0.135086 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2008  transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 148 aa  71.2  0.000000000004  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.505788  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0486  MerR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 113 aa  70.5  0.000000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.277411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7238  putative transcriptional regulator, MerR family  39.13 
 
 		 122 aa  70.5  0.000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6606  MerR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 142 aa  69.7  0.00000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2841  transcriptional regulator, MerR family  40.19 
 
 		 125 aa  70.1  0.00000000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.429169  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4426  putative transcriptional regulator, MerR family  37.38 
 
 		 135 aa  68.9  0.00000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911048 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3704  MerR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 116 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 122 aa  68.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  35.54 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  35.54 
 
 		 133 aa  68.6  0.00000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1885  MerR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 113 aa  68.6  0.00000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.375979 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3434  MerR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.87421  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7395  MerR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 138 aa  67.4  0.00000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6110  MerR family transcriptional regulator  39.13 
 
 		 128 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.772914  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5026  MerR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 121 aa  67  0.00000000008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8431  transcriptional regulator, MerR family  52.17 
 
 		 133 aa  67  0.00000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5407  MerR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 121 aa  67  0.00000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1646  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 133 aa  67  0.00000000008  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6523  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 128 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0471751  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  37.39 
 
 		 138 aa  67  0.00000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6757  MerR family transcriptional regulator  34.23 
 
 		 128 aa  67  0.00000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.288009  normal  0.0279244 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5281  MerR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4871  MerR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5264  transcriptional regulator, MerR family  33.63 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6009  transcriptional regulator, MerR family  36.94 
 
 		 129 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.241161  normal  0.0668881 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0677  MerR family transcriptional regulator  36 
 
 		 116 aa  66.6  0.0000000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00486381  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6346  MerR family transcriptional regulator  40.58 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.240028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5339  transcriptional regulator, MerR family  33.63 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2026  putative transcriptional regulator, MerR family  34.43 
 
 		 123 aa  66.6  0.0000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.108228 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5255  MerR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 128 aa  66.2  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107337  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4137  MerR family transcriptional regulator  33.04 
 
 		 138 aa  66.6  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6614  MerR family transcriptional regulator  31 
 
 		 128 aa  65.9  0.0000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4735  transcriptional regulator, MerR family  36.61 
 
 		 123 aa  65.5  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4970  MerR family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 122 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7157  transcriptional regulator, MerR family  36.94 
 
 		 129 aa  65.9  0.0000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.267404  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3841  MerR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 123 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1357  MerR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 342 aa  65.1  0.0000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.744828  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3996  MerR family transcriptional regulator  34.58 
 
 		 143 aa  65.1  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5294  transcriptional regulator, MerR family  32.74 
 
 		 122 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2081  MerR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 117 aa  64.7  0.0000000004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.665595  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4856  MerR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 122 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5663  transcriptional regulator, MerR family  32.74 
 
 		 122 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 149 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_29010  MerR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 162 aa  63.5  0.0000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000144199 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 149 aa  63.5  0.0000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  33.64 
 
 		 148 aa  63.5  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  33.64 
 
 		 148 aa  63.5  0.0000000009  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1930  MerR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 123 aa  63.5  0.0000000009  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3623  MerR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0802  MerR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 165 aa  63.5  0.000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.0285806 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1260  transcriptional regulator  47.76 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.332121  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4304  MerR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 164 aa  63.2  0.000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.614703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  37.38 
 
 		 133 aa  63.2  0.000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0137  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 145 aa  63.2  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009957  Dshi_3961  MerR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 142 aa  62.8  0.000000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.146237  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002186  zinc-responsive transcriptional regulator  35.19 
 
 		 132 aa  62.4  0.000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00879391  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3912  zinc-responsive transcriptional regulator  38.89 
 
 		 171 aa  62  0.000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1407  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 133 aa  62.8  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3410  hypothetical protein  38.46 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2176  transcriptional regulator, MerR family  35.09 
 
 		 125 aa  62  0.000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0135147  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0421  zinc-responsive transcriptional regulator  38.89 
 
 		 176 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4035  zinc-responsive transcriptional regulator  38.89 
 
 		 176 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1854  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 166 aa  62  0.000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.674161  normal  0.0887351 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3839  zinc-responsive transcriptional regulator  38.89 
 
 		 171 aa  62  0.000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.231012 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1304  zinc-responsive transcriptional regulator  38.83 
 
 		 140 aa  62  0.000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 182 aa  61.2  0.000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  36.52 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0077  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 391 aa  61.2  0.000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2165  MerR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 343 aa  61.6  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.123028  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1687  MerR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 129 aa  60.8  0.000000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4498  MerR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 129 aa  61.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 166 aa  61.2  0.000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1768  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 166 aa  61.2  0.000000005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1498  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 163 aa  61.2  0.000000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1029  redox-sensitive transcriptional activator SoxR  44.59 
 
 		 161 aa  61.2  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352753  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2107  regulatory protein, MerR:Albicidin resistance  31.36 
 
 		 342 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.814054  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1739  MerR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 141 aa  60.8  0.000000006  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  0.784519 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3662  transcriptional regulator, MerR family  36.54 
 
 		 146 aa  60.8  0.000000006  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2298  MerR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 343 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 149 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6249  MerR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 166 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.256623  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>