More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_2962 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_2962  transcriptional regulator  100 
 
 		 126 aa  256  7e-68  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4100  MerR family transcriptional regulator  56.78 
 
 		 127 aa  146  7e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.686135  normal  1 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7395  MerR family transcriptional regulator  40.98 
 
 		 138 aa  102  2e-21  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4137  MerR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 138 aa  98.6  2e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5312  transcriptional regulator, MerR family  46.22 
 
 		 117 aa  98.6  2e-20  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0486  MerR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 113 aa  94.4  5e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.277411  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4283  MerR family transcriptional regulator  40.54 
 
 		 113 aa  92  2e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.85164  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7954  putative transcriptional regulator, MerR family  42.48 
 
 		 119 aa  90.1  9e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1062  regulatory protein, MerR  47.73 
 
 		 112 aa  86.3  1e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1885  MerR family transcriptional regulator  38.74 
 
 		 113 aa  86.3  1e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.375979 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4426  putative transcriptional regulator, MerR family  36.52 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00911048 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4949  putative transcriptional regulator, MerR family  38.39 
 
 		 147 aa  82.8  0.000000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0118636  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23560  transcriptional regulator, MerR family  36.75 
 
 		 138 aa  81.3  0.000000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.346447  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24080  transcriptional regulator, MerR family  40.87 
 
 		 140 aa  80.1  0.000000000000009  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9141  putative transcriptional regulator, MerR family  37.5 
 
 		 124 aa  79.7  0.00000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  36.61 
 
 		 138 aa  79.7  0.00000000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6606  MerR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 142 aa  78.6  0.00000000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  38.02 
 
 		 129 aa  77  0.00000000000007  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2262  MerR family transcriptional regulator  37.1 
 
 		 150 aa  76.3  0.0000000000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.142473  normal  0.0766241 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5050  putative transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 		 131 aa  75.9  0.0000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999579  normal  0.135086 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2152  putative transcriptional regulator, MerR family  35.65 
 
 		 121 aa  75.5  0.0000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  37.7 
 
 		 129 aa  74.7  0.0000000000004  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1003  transcriptional regulator, MerR family  38.98 
 
 		 125 aa  73.6  0.0000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0162  MerR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 119 aa  73.2  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2458  transcriptional regulator, MerR family  39.13 
 
 		 119 aa  72.4  0.000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4290  transcriptional regulator, MerR family  35.9 
 
 		 130 aa  72  0.000000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.66586 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0140  putative transcriptional regulator, MerR family  35.04 
 
 		 126 aa  70.5  0.000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0752186 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0947  transcriptional regulator, MerR family  35 
 
 		 137 aa  70.1  0.000000000009  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2182  transcriptional regulator, MerR family  36.04 
 
 		 123 aa  70.1  0.00000000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.0034846  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7238  putative transcriptional regulator, MerR family  35.4 
 
 		 122 aa  69.7  0.00000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8431  transcriptional regulator, MerR family  35.29 
 
 		 133 aa  69.3  0.00000000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1150  transcriptional regulator, MerR family  39.5 
 
 		 135 aa  68.6  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00496019 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2357  MerR family transcriptional regulator  39.83 
 
 		 136 aa  68.2  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.120567 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2176  transcriptional regulator, MerR family  36.84 
 
 		 125 aa  67.4  0.00000000007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0135147  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4970  MerR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 122 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3524  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 120 aa  66.2  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2841  transcriptional regulator, MerR family  35.14 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.429169  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  35.83 
 
 		 129 aa  66.2  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4464  MerR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4295  MerR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008539  Arth_4195  MerR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 130 aa  65.5  0.0000000003  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2134  MerR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.17623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5545  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 139 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.71393 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2255  MerR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.198615  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2026  putative transcriptional regulator, MerR family  39.74 
 
 		 123 aa  64.7  0.0000000004  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.108228 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5294  transcriptional regulator, MerR family  33.05 
 
 		 122 aa  64.3  0.0000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  35.54 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0749  transcriptional regulator, heavy metal-dependent  32.77 
 
 		 133 aa  63.9  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5663  transcriptional regulator, MerR family  30.51 
 
 		 122 aa  63.9  0.0000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5860  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13367  MerR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 146 aa  63.9  0.0000000007  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.272142  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2217  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1967  MerR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 141 aa  63.5  0.0000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.775323  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3404  MerR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 155 aa  63.2  0.000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2241  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 134 aa  63.5  0.000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.388969  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2256  MerR family transcriptional regulator  37.84 
 
 		 144 aa  63.5  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5264  transcriptional regulator, MerR family  32.2 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5281  MerR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3434  MerR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 128 aa  62.8  0.000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.87421  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5339  transcriptional regulator, MerR family  32.2 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4066  MerR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 152 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5026  MerR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 121 aa  62  0.000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4871  MerR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 122 aa  62.4  0.000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1155  transcriptional regulator, MerR family  36.89 
 
 		 128 aa  62  0.000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0258201  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5407  MerR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 121 aa  62  0.000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2152  MerR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 137 aa  62.4  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.845816  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1961  MerR family transcriptional regulator  31.62 
 
 		 134 aa  62.4  0.000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.778807  normal  0.944936 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5255  MerR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 128 aa  62.4  0.000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107337  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_009467  Acry_3237  MerR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 137 aa  62  0.000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1060  MerR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.089973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2041  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35 
 
 		 134 aa  62  0.000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  hitchhiker  0.00900822  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  32.43 
 
 		 133 aa  61.6  0.000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0085  transcriptional regulator, MerR family  41.84 
 
 		 118 aa  61.2  0.000000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1484  MerR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.944176  normal  0.368372 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4579  MerR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 134 aa  61.2  0.000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.923905  decreased coverage  0.00324593 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6549  transcriptional regulator, MerR family  29.91 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135068  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  32.2 
 
 		 145 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2494  transcriptional regulator, MerR family  39.22 
 
 		 148 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.453842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3620  transcriptional regulator, MerR family  39.22 
 
 		 148 aa  61.2  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3455  MerR family transcriptional regulator  38.02 
 
 		 152 aa  60.8  0.000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.340256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008573  Shewana3_4158  MerR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 135 aa  61.2  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.144769 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0596  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.83 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1913  Cu(I)-responsive transcriptional regulator  35.83 
 
 		 134 aa  60.8  0.000000006  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0400556  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001159  transcriptional regulator  35.34 
 
 		 145 aa  60.5  0.000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0630  MerR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 136 aa  60.5  0.000000007  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000318098 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 149 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 149 aa  60.5  0.000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3161  MerR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 155 aa  60.5  0.000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.309754 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1387  transcriptional regulator, MerR family  36.61 
 
 		 140 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.124433  hitchhiker  0.00107932 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4856  MerR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 122 aa  59.7  0.00000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3133  MerR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 139 aa  59.7  0.00000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.845727  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 149 aa  60.1  0.00000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1156  regulatory protein, MerR  47.89 
 
 		 116 aa  59.7  0.00000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1534  MerR family transcriptional regulator  30.36 
 
 		 182 aa  60.1  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0993  MerR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 137 aa  59.7  0.00000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.335093  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2847  transcriptional regulator, MerR family  30.36 
 
 		 169 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.444422  hitchhiker  0.0000160217 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1504  MerR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 166 aa  59.7  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3680  transcriptional regulator, MerR family  33.63 
 
 		 133 aa  60.1  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.446637  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2990  MerR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 159 aa  58.9  0.00000002  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.645103  normal  0.0838821 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6110  MerR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 128 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.772914  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>