More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_24080 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013521  Sked_24080  transcriptional regulator, MerR family  100 
 
 
140 aa  280  7.000000000000001e-75  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23560  transcriptional regulator, MerR family  55.15 
 
 
138 aa  142  1e-33  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.346447  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8431  transcriptional regulator, MerR family  58.62 
 
 
133 aa  135  2e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2026  putative transcriptional regulator, MerR family  54.7 
 
 
123 aa  129  2.0000000000000002e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.108228 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5050  putative transcriptional regulator, MerR family  48.92 
 
 
131 aa  99.8  1e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.999579  normal  0.135086 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7238  putative transcriptional regulator, MerR family  44.54 
 
 
122 aa  97.4  5e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.142428 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2176  transcriptional regulator, MerR family  41.22 
 
 
125 aa  90.9  5e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0135147  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1003  transcriptional regulator, MerR family  46.79 
 
 
125 aa  89.7  1e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4426  putative transcriptional regulator, MerR family  40.98 
 
 
135 aa  89  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00911048 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6606  MerR family transcriptional regulator  43.7 
 
 
142 aa  88.2  3e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2458  transcriptional regulator, MerR family  44.35 
 
 
119 aa  88.2  3e-17  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2357  MerR family transcriptional regulator  44.27 
 
 
136 aa  85.5  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.120567 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4949  putative transcriptional regulator, MerR family  41.38 
 
 
147 aa  85.5  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0118636  normal  0.199786 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4290  transcriptional regulator, MerR family  44.17 
 
 
130 aa  84.7  4e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.66586 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7954  putative transcriptional regulator, MerR family  42.98 
 
 
119 aa  84.3  5e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3524  MerR family transcriptional regulator  57.97 
 
 
120 aa  83.6  9e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2152  putative transcriptional regulator, MerR family  40.71 
 
 
121 aa  82.4  0.000000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2841  transcriptional regulator, MerR family  45.45 
 
 
125 aa  82.4  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.429169  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2182  transcriptional regulator, MerR family  42.31 
 
 
123 aa  82.4  0.000000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.0034846  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0140  putative transcriptional regulator, MerR family  40.31 
 
 
126 aa  81.3  0.000000000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0752186 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1156  regulatory protein, MerR  39.66 
 
 
116 aa  79.7  0.00000000000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4100  MerR family transcriptional regulator  42.02 
 
 
127 aa  79.7  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.686135  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4735  transcriptional regulator, MerR family  41.53 
 
 
123 aa  79.3  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_10880  predicted transcriptional regulator  37.98 
 
 
145 aa  79.3  0.00000000000002  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2962  transcriptional regulator  41.67 
 
 
126 aa  78.2  0.00000000000004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1062  regulatory protein, MerR  39.47 
 
 
112 aa  78.2  0.00000000000004  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0129  MerR family transcriptional regulator  43.59 
 
 
127 aa  76.6  0.0000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.684226 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9141  putative transcriptional regulator, MerR family  38.18 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000006  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0117  transcriptional regulator, MerR family  42.48 
 
 
138 aa  73.9  0.0000000000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.809023  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0947  transcriptional regulator, MerR family  43.14 
 
 
137 aa  73.9  0.0000000000007  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2262  MerR family transcriptional regulator  38.05 
 
 
150 aa  73.9  0.0000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.142473  normal  0.0766241 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0162  MerR family transcriptional regulator  40.68 
 
 
119 aa  73.6  0.000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5312  transcriptional regulator, MerR family  38.6 
 
 
117 aa  71.2  0.000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06140  predicted transcriptional regulator  39.55 
 
 
129 aa  69.7  0.00000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0486  MerR family transcriptional regulator  39.5 
 
 
113 aa  68.6  0.00000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.277411  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4283  MerR family transcriptional regulator  37.82 
 
 
113 aa  67.8  0.00000000004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.85164  normal  0.1781 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_25610  predicted transcriptional regulator  37.14 
 
 
129 aa  67.8  0.00000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4970  MerR family transcriptional regulator  46.38 
 
 
122 aa  67  0.00000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4856  MerR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
122 aa  67  0.00000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5281  MerR family transcriptional regulator  36.27 
 
 
122 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5026  MerR family transcriptional regulator  46.38 
 
 
121 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4871  MerR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
122 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5339  transcriptional regulator, MerR family  32.74 
 
 
122 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5407  MerR family transcriptional regulator  46.38 
 
 
121 aa  66.2  0.0000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5264  transcriptional regulator, MerR family  32.74 
 
 
122 aa  66.6  0.0000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4137  MerR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
138 aa  66.2  0.0000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4509  transcriptional regulator, MerR family  36.57 
 
 
129 aa  65.5  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0125189 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_7395  MerR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
138 aa  65.9  0.0000000002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6549  transcriptional regulator, MerR family  35.66 
 
 
128 aa  65.1  0.0000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.135068  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3828  MerR family transcriptional regulator  45.63 
 
 
122 aa  65.1  0.0000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5294  transcriptional regulator, MerR family  31.86 
 
 
122 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5663  transcriptional regulator, MerR family  44.93 
 
 
122 aa  64.7  0.0000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_00890  predicted transcriptional regulator  37.29 
 
 
129 aa  64.3  0.0000000005  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_00240  predicted transcriptional regulator  49.28 
 
 
114 aa  63.9  0.0000000007  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_2008  transcriptional regulator, MerR family  38.6 
 
 
148 aa  63.5  0.0000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.505788  n/a   
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4947  regulatory protein, MerR  35.71 
 
 
129 aa  63.5  0.0000000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.459947  decreased coverage  0.00286067 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1885  MerR family transcriptional regulator  47.06 
 
 
113 aa  62.8  0.000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal  0.375979 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2454  transcriptional regulator, MerR family  47.76 
 
 
159 aa  62.8  0.000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.589296  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1517  MerR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
342 aa  62  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.242009 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5038  MerR family transcriptional regulator  39.42 
 
 
342 aa  61.6  0.000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.99192 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1443  MerR family transcriptional regulator  38.79 
 
 
179 aa  62  0.000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.278253  normal  0.0519631 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1808  transcriptional regulator, MerR family  33.82 
 
 
131 aa  61.2  0.000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.306071  normal  0.126025 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3841  MerR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
123 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1930  MerR family transcriptional regulator  37.39 
 
 
123 aa  60.8  0.000000006  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.127523  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1854  MerR family transcriptional regulator  36.36 
 
 
166 aa  60.1  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.674161  normal  0.0887351 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3082  transcriptional regulator, MerR family  36.21 
 
 
117 aa  60.1  0.00000001  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.1323  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1823  transcriptional regulator, MerR family  37.04 
 
 
183 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.8156  normal  0.10618 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3453  MerR family transcriptional regulator  32.73 
 
 
163 aa  58.9  0.00000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0445527  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1663  MerR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
343 aa  59.3  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.350781  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1663  MerR family transcriptional regulator  36.54 
 
 
343 aa  58.9  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1777  MerR family transcriptional regulator  36.13 
 
 
145 aa  58.9  0.00000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4910  putative transcriptional regulator, MerR family  35.51 
 
 
334 aa  59.3  0.00000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.48977  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2821  MerR family transcriptional regulator  33.09 
 
 
138 aa  58.5  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.353313 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4650  transcriptional regulator, MerR family  39.18 
 
 
354 aa  58.5  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.637642  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2256  MerR family transcriptional regulator  36.04 
 
 
144 aa  58.2  0.00000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3218  MerR family transcriptional regulator  46.03 
 
 
336 aa  57.8  0.00000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5131  MerR family transcriptional regulator  37.93 
 
 
166 aa  57.8  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.533425  normal  0.589756 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2059  transcriptional regulator, MerR family  28.57 
 
 
145 aa  57.8  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.477962 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7478  MerR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
149 aa  57.4  0.00000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1667  regulatory protein, MerR  41.86 
 
 
136 aa  57.4  0.00000007  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3212  MerR family transcriptional regulator  41.35 
 
 
129 aa  57.4  0.00000007  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0356219  normal  0.122177 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4528  transcriptional regulator, MerR family  41.46 
 
 
129 aa  57.4  0.00000007  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.355526 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6249  MerR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
166 aa  57  0.00000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.256623  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5255  MerR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
128 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.107337  normal  0.171715 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2451  transcriptional regulator, MerR family  39.51 
 
 
339 aa  57.4  0.00000007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3434  MerR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
128 aa  57.4  0.00000007  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.87421  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1830  MerR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
166 aa  57  0.00000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.00524998  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1768  MerR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
166 aa  57  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3477  MerR family transcriptional regulator  42.86 
 
 
120 aa  57  0.00000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.137212  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2364  MerR family transcriptional regulator  45.71 
 
 
188 aa  56.6  0.0000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0143687  normal  0.157085 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2655  zinc-responsive transcriptional regulator  32.56 
 
 
133 aa  56.6  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4286  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4396  transcriptional regulator, MerR family  33.33 
 
 
133 aa  56.2  0.0000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.742321  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4498  MerR family transcriptional regulator  36.88 
 
 
129 aa  56.6  0.0000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.119505  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5683  MerR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
149 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6337  MerR family transcriptional regulator  40.24 
 
 
342 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0531  transcriptional regulator, MerR family  32.74 
 
 
155 aa  56.2  0.0000001  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1742  MerR family transcriptional regulator  40.24 
 
 
342 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6047  MerR family transcriptional regulator  42.03 
 
 
149 aa  56.2  0.0000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.790418 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2211  MerR family transcriptional regulator  48.48 
 
 
166 aa  55.8  0.0000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.132223  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>