More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Fnod_1732 on replicon NC_009718
Organism: Fervidobacterium nodosum Rt17-B1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009718  Fnod_1732  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  100 
 
 		 66 aa  134  5e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.0000000000101176  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0028  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  78.79 
 
 		 66 aa  116  9.999999999999999e-26  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  unclonable  0.00000000000670362  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0945  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 66 aa  108  3e-23  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000276652  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0923  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  72.73 
 
 		 66 aa  108  3e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000200134  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0278  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  77.78 
 
 		 65 aa  107  8.000000000000001e-23  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  unclonable  0.0000000141015  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0979  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 66 aa  100  7e-21  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000188175  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1151  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.21 
 
 		 66 aa  100  7e-21  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00000468526  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2100  CSD family cold shock protein  69.23 
 
 		 67 aa  99.4  1e-20  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0010  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.84 
 
 		 65 aa  98.2  3e-20  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  unclonable  0.00000000102405  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2630  cold-shock DNA-binding domain protein  70.49 
 
 		 66 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.681724  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1235  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.49 
 
 		 66 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008505  LACR_C47  cold-shock DNA-binding protein family protein  70 
 
 		 66 aa  95.1  2e-19  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2724  cold-shock DNA-binding domain protein  70.49 
 
 		 66 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.720009  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0982  cold-shock DNA-binding domain protein  68.85 
 
 		 83 aa  95.1  3e-19  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000734957  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1376  cold-shock DNA-binding protein family protein  71.67 
 
 		 67 aa  94.4  5e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.128629  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0310  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000124748 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6113  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 66 aa  94  6e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0268  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.62 
 
 		 67 aa  94  6e-19  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00110044 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0226  cold-shock DNA-binding protein family protein  70.97 
 
 		 65 aa  93.6  8e-19  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000017804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2532  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.85 
 
 		 65 aa  93.6  8e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.19716  normal  0.287944 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1523  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.35 
 
 		 66 aa  93.6  9e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.478782  normal  0.638647 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00593  cold shock protein E  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.337159  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3002  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0574427  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0670  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00211319  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0208  cold-shock DNA-binding domain protein  71.88 
 
 		 66 aa  93.2  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  unclonable  0.000000000807689  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0744  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.231158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05396  hypothetical protein  69.84 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1083  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 		 69 aa  92.8  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0320  cold-shock DNA-binding protein family  67.16 
 
 		 68 aa  92.8  1e-18  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.673011 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5040  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4870  cold shock protein  67.74 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0675  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000000392249  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4885  cold shock protein  67.74 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00582  hypothetical protein  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.287726  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1159  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.752683 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0712  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0018015  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0788  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0838453  normal  0.873226 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0730  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0648  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00594526  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0538  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0174  cold-shock DNA-binding protein family protein  66.13 
 
 		 65 aa  92.8  1e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.0000215085  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0756  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.74 
 
 		 66 aa  92.8  1e-18  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.000688666  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0684  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4985  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  67.74 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0644  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0784428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5280  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 67 aa  92.8  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000584465 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3021  cold shock protein CspE  71.43 
 
 		 69 aa  93.2  1e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0130834  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5298  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4019  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.88 
 
 		 66 aa  92  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000020604  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4020  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.75 
 
 		 66 aa  92.4  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.0000000000184454  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0201  cold shock protein  61.54 
 
 		 66 aa  92.4  2e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000435671  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3159  cold shock protein CspE  66.67 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  unclonable  0.00000139034  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5424  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 65 aa  92.4  2e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.491326  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0754  cold-shock DNA-binding domain protein  63.64 
 
 		 66 aa  92  2e-18  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0880  cold shock protein  66.67 
 
 		 66 aa  92.4  2e-18  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.000035682  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5310  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 65 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.156889  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5356  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 67 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1172  cold shock protein CspE  66.67 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000586616  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3973  cold-shock DNA-binding domain protein  69.23 
 
 		 65 aa  92.4  2e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.000000000342931  unclonable  0.0000000000681945 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_1092  cold shock DNA-binding domain-containing protein  66.15 
 
 		 69 aa  92  2e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000741991  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5647  cold shock protein CspC  67.74 
 
 		 65 aa  92.4  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000135799 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3031  cold shock protein CspE  69.84 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.036334  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0372  cold shock protein  68.85 
 
 		 66 aa  91.7  3e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  2.69681e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2974  cold shock protein CspE  69.84 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0637761  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2958  cold shock protein CspE  69.84 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0282333  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2290  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  68.18 
 
 		 68 aa  91.7  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.388252  hitchhiker  0.00970612 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0191  cold-shock DNA-binding domain protein  70.31 
 
 		 66 aa  92  3e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  8.97537e-36 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1858  cold shock protein CspE  69.84 
 
 		 69 aa  91.7  3e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0644498  normal  0.32354 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05400  putative cold-shock DNA-binding domain protein  70 
 
 		 67 aa  91.7  3e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  4.33246e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2197  cold-shock DNA-binding domain protein  73.77 
 
 		 66 aa  91.7  3e-18  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000000106738  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3299  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.5 
 
 		 66 aa  91.7  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.301257  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8123  cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 67 aa  91.3  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0644  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  65.57 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000000253244  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0387  cold-shock DNA-binding domain protein  63.93 
 
 		 67 aa  90.9  5e-18  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  unclonable  0.000000000327706  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1853  cold-shock DNA-binding protein family protein  67.21 
 
 		 66 aa  90.9  5e-18  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  decreased coverage  0.00000000550442  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2963  cold-shock DNA-binding domain protein  64.62 
 
 		 65 aa  90.5  7e-18  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0261  cold shock protein CspE  69.84 
 
 		 69 aa  90.5  7e-18  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8911  putative cold-shock DNA-binding domain protein  60.94 
 
 		 66 aa  90.5  7e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3080  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  69.35 
 
 		 65 aa  90.5  7e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000356634  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2806  cold shock proteins  67.74 
 
 		 85 aa  90.5  8e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  5.72104e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2129  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 		 70 aa  90.1  9e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1840  cold-shock DNA-binding domain protein  71.43 
 
 		 70 aa  89.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1905  cold shock domain-contain protein  68.85 
 
 		 66 aa  89.4  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00000974395  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1505  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.85 
 
 		 66 aa  89.4  1e-17  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.248091  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3728  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  64.52 
 
 		 65 aa  89.7  1e-17  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.484525  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0581  cold-shock domain-contain protein  72.13 
 
 		 66 aa  89  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1189  cold shock protein CspE  68.25 
 
 		 69 aa  89  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0340  cold-shock DNA-binding protein family protein  68.25 
 
 		 66 aa  89  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  3.6796e-20  unclonable  6.2466300000000005e-24 
 
 
 
NC_007517  Gmet_1266  cold-shock DNA-binding protein family protein  69.35 
 
 		 66 aa  89.4  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  2.7573e-18  decreased coverage  0.00000000000100442 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_5001  cold shock protein  66.67 
 
 		 69 aa  88.6  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.56924e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3670  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  71.67 
 
 		 66 aa  89  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.000000000254143  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2122  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 70 aa  89  2e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2822  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 		 69 aa  88.6  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000720852  decreased coverage  0.000019593 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001460  cold shock protein CspE  66.67 
 
 		 69 aa  88.6  2e-17  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0368  cold-shock DNA-binding domain protein  68.18 
 
 		 68 aa  88.6  2e-17  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  2.16983e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2474  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 		 69 aa  88.6  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00166025  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2178  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  62.9 
 
 		 65 aa  89  2e-17  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01793  stress protein, member of the CspA-family  66.67 
 
 		 69 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000145825  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3065  cold-shock DNA-binding domain-containing protein  66.67 
 
 		 66 aa  88.2  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000279167  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1294  cold shock-like protein CspC  66.67 
 
 		 69 aa  88.6  3e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000632959  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>