174 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1408 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1408  NUDIX hydrolase  100 
 
 
178 aa  363  1e-100  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.797387  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0346  NUDIX hydrolase  56.44 
 
 
182 aa  183  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0239643 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1991  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  44.31 
 
 
184 aa  148  4e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1553  NUDIX hydrolase  41.57 
 
 
182 aa  126  1.0000000000000001e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1126  dimethyladenosine transferase  37.31 
 
 
459 aa  85.1  4e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0870793  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07000  NUDIX hydrolase  38.6 
 
 
177 aa  83.6  0.000000000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5561  hypothetical protein  45.74 
 
 
178 aa  80.9  0.000000000000009  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0666  NUDIX hydrolase  37.95 
 
 
173 aa  80.1  0.00000000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000195734  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64010  hypothetical protein  42.55 
 
 
178 aa  77.4  0.00000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1174  NUDIX hydrolase  31.18 
 
 
181 aa  75.5  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.510002  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0610  NUDIX hydrolase  40.22 
 
 
178 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0690731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0565  NUDIX hydrolase  40.22 
 
 
177 aa  73.9  0.000000000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0604  NUDIX hydrolase  40.22 
 
 
177 aa  73.6  0.000000000001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0625  NUDIX hydrolase  38.14 
 
 
185 aa  71.6  0.000000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4840  mutT/nudix family protein  34.69 
 
 
180 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2826  NUDIX hydrolase  34.21 
 
 
185 aa  70.5  0.00000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4600  NUDIX hydrolase  38.04 
 
 
178 aa  70.9  0.00000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0447936 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4379  NUDIX hydrolase  34.01 
 
 
181 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.312753  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3318  NUDIX hydrolase  27.39 
 
 
185 aa  69.3  0.00000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000044442  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2376  NUDIX hydrolase  40.23 
 
 
197 aa  68.9  0.00000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.278695  normal  0.316272 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1708  NUDIX hydrolase  30.54 
 
 
170 aa  65.5  0.0000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1185  NUDIX hydrolase  30.94 
 
 
187 aa  65.1  0.0000000005  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3117  NUDIX hydrolase  34.51 
 
 
178 aa  63.9  0.000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.129541  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2848  NUDIX hydrolase  27.44 
 
 
184 aa  63.2  0.000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000562976  normal  0.434056 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0725  NUDIX hydrolase  35.87 
 
 
178 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1436  NUDIX family hydrolase  28.21 
 
 
182 aa  59.7  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000974563  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0345  NUDIX family hydrolase  28.21 
 
 
182 aa  59.7  0.00000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  decreased coverage  0.00000000116771  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1545  NUDIX hydrolase  28.21 
 
 
182 aa  59.7  0.00000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.0000000233987  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3389  NUDIX hydrolase  29.38 
 
 
181 aa  59.3  0.00000003  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3251  NUDIX hydrolase  33.91 
 
 
178 aa  58.5  0.00000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.0000109349  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0674  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  32.22 
 
 
177 aa  57.8  0.00000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.90735  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2201  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  27.61 
 
 
179 aa  57.8  0.00000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.43573  hitchhiker  0.00000497991 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2561  NUDIX hydrolase  26.99 
 
 
201 aa  57  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  unclonable  0.000000630284  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1499  Mut/nudix family protein, putative isopentenyl-diphosphate isomerase  41.1 
 
 
170 aa  55.1  0.0000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  9.38166e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1383  NUDIX hydrolase  26.09 
 
 
203 aa  53.5  0.000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000123288  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5294  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  35.58 
 
 
190 aa  53.9  0.000001  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2575  nudix hydrolase 3  29.56 
 
 
184 aa  52.8  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  decreased coverage  0.00000332741  normal  0.705838 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2696  nudix hydrolase 3  29.56 
 
 
184 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.000172824  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2487  nudix hydrolase 3  29.56 
 
 
184 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000000530906  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2533  nudix hydrolase 3  29.56 
 
 
184 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.0000206294  normal  0.801308 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2587  nudix hydrolase 3  29.56 
 
 
184 aa  53.1  0.000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  unclonable  0.0000345832  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02224  predicted NUDIX hydrolase  26.38 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000212424  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1357  NUDIX hydrolase  26.38 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  2.43085e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_13638  putative isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.03 
 
 
174 aa  52.4  0.000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.279506  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3439  hydrolase, NUDIX family protein  26.38 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000227212  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0269  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.45 
 
 
175 aa  52.8  0.000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02184  hypothetical protein  26.38 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.000000358279  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2449  NUDIX family hydrolase  26.38 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  2.25281e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2593  NUDIX family hydrolase  26.38 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.000000000000583084  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0313  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  22.86 
 
 
216 aa  52.4  0.000003  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.814228 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1353  NUDIX hydrolase  26.38 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000000289722  normal  0.985207 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2455  NUDIX family hydrolase  26.38 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000626304  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2675  hydrolase, NUDIX family protein  26.38 
 
 
180 aa  52.4  0.000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  9.90885e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0276  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  30.32 
 
 
177 aa  52.4  0.000004  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1919  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  30.32 
 
 
181 aa  52  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.353354 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1019  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  29.61 
 
 
181 aa  52.4  0.000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.123527  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5187  NUDIX hydrolase  40 
 
 
171 aa  51.6  0.000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.466723  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1481  NUDIX hydrolase  26.75 
 
 
216 aa  51.2  0.000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000381919  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2736  hypothetical protein  31.86 
 
 
196 aa  50.8  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.155618  normal  0.467171 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2782  NUDIX hydrolase  26.75 
 
 
216 aa  50.8  0.000009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000698062  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3209  NUDIX hydrolase  35.87 
 
 
134 aa  50.8  0.000009  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.663648  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4564  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  32.2 
 
 
196 aa  50.8  0.000009  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.669276  hitchhiker  0.00145949 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4870  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  31.82 
 
 
185 aa  50.8  0.00001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0257995  normal  0.425035 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20640  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  27.78 
 
 
213 aa  50.8  0.00001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1582  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.37 
 
 
181 aa  50.1  0.00002  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.196336  normal  0.154748 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2043  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  29.89 
 
 
172 aa  49.7  0.00002  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.82849  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0504  NUDIX hydrolase  35.64 
 
 
101 aa  49.7  0.00002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.163605  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2914  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  27.27 
 
 
179 aa  49.7  0.00002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3527  isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  30.82 
 
 
176 aa  50.1  0.00002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.750561 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5942  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  33.33 
 
 
176 aa  49.7  0.00002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.934933  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0830  NUDIX hydrolase  35.43 
 
 
291 aa  49.7  0.00002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9366  Isopentenyl-diphosphate Delta-isomerase  30.17 
 
 
193 aa  50.1  0.00002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.706923 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2458  NUDIX hydrolase  28.57 
 
 
138 aa  49.3  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4299  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  40 
 
 
197 aa  49.3  0.00003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.651923  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1548  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.67 
 
 
179 aa  49.3  0.00003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.51389  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2276  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  25.16 
 
 
176 aa  49.3  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00103129 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0990  NUDIX hydrolase  39.29 
 
 
173 aa  48.5  0.00004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000363849  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1593  NUDIX hydrolase  41.82 
 
 
189 aa  47  0.0001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_21260  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  30.22 
 
 
209 aa  47.4  0.0001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.682268  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4928  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  35.61 
 
 
199 aa  47.4  0.0001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.358749  normal  0.255355 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1536  NUDIX hydrolase  40.35 
 
 
331 aa  47  0.0001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.137745  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5041  NUDIX hydrolase  30.43 
 
 
148 aa  47  0.0002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.216707 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5566  NUDIX hydrolase  28.76 
 
 
153 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.600891  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2032  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  26.03 
 
 
171 aa  46.6  0.0002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2861  NUDIX hydrolase  47.62 
 
 
142 aa  46.6  0.0002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.510666  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1623  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  34.15 
 
 
175 aa  46.2  0.0002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1687  pyrimidine (deoxy)nucleoside triphosphate pyrophosphohydrolase  36.36 
 
 
140 aa  46.6  0.0002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13780  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.79 
 
 
180 aa  46.6  0.0002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.201595  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3219  NUDIX hydrolase  38.1 
 
 
149 aa  47  0.0002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.223702  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1120  NUDIX hydrolase  28.57 
 
 
178 aa  46.6  0.0002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3045  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase, type 1  35.45 
 
 
180 aa  45.4  0.0004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_04480  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  30.23 
 
 
200 aa  45.4  0.0004  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0397  mutator MutT protein  30.5 
 
 
347 aa  45.8  0.0004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.527818 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12740  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.5 
 
 
196 aa  45.4  0.0004  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.251434  normal 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0346  NUDIX hydrolase  34.52 
 
 
169 aa  45.1  0.0005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.408953  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3195  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.46 
 
 
181 aa  45.1  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.376007  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3270  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.46 
 
 
181 aa  44.7  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3375  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.46 
 
 
181 aa  44.7  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.923272  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0168  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  29.29 
 
 
176 aa  45.1  0.0006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3207  isopentenyl-diphosphate delta-isomerase  31.46 
 
 
181 aa  44.7  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.321651 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>