More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_1109 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_1109  biopolymer transport TolR  100 
 
 		 134 aa  261  2e-69  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00176605  normal  0.311844 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0971  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.9 
 
 		 137 aa  196  1.0000000000000001e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0684  biopolymer transport protein ExbD/TolR  69.4 
 
 		 154 aa  191  2e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.508331  normal  0.11063 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2367  biopolymer transport protein ExbD/TolR  70.45 
 
 		 162 aa  186  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0560  biopolymer transport protein ExbD/TolR  73.77 
 
 		 156 aa  177  4.999999999999999e-44  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0671  ExbD/TolR family protein  72.13 
 
 		 156 aa  175  2e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045773  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2324  biopolymer transport protein ExbD/TolR  72.13 
 
 		 156 aa  175  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0663066  normal  0.292388 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1216  biopolymer transport TolR  59.5 
 
 		 150 aa  151  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.212808  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2418  biopolymer transport protein ExbD/TolR  64.46 
 
 		 144 aa  152  2e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1699  ExbD/TolR family TonB system transport protein  59.5 
 
 		 150 aa  151  4e-36  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1641  protein TolR  59.5 
 
 		 150 aa  151  4e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.436956  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2120  biopolymer transport TolR  61.79 
 
 		 152 aa  149  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0523748  normal  0.245656 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3173  biopolymer transport protein ExbD/TolR  61.16 
 
 		 149 aa  147  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.673251  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2629  biopolymer transport TolR  55.37 
 
 		 149 aa  137  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3619  protein TolR  53.33 
 
 		 152 aa  137  4.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.65 
 
 		 149 aa  137  6e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3498  protein TolR  55.74 
 
 		 151 aa  134  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.124794 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3203  protein TolR  55.74 
 
 		 151 aa  134  3.0000000000000003e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.349327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3058  biopolymer transport TolR  52.42 
 
 		 152 aa  134  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0312035  normal  0.159163 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4429  protein TolR  55.91 
 
 		 173 aa  134  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.681247 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2719  biopolymer transport protein ExbD/TolR  58.06 
 
 		 151 aa  134  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.746273  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3514  biopolymer transport protein ExbD/TolR  57.26 
 
 		 151 aa  133  9.999999999999999e-31  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262132  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1092  biopolymer transport protein ExbD/TolR  52.38 
 
 		 166 aa  126  8.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0753  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.28 
 
 		 144 aa  120  5e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0347505  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0391  biopolymer transport protein ExbD/TolR  53.54 
 
 		 159 aa  120  5e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3389  protein TolR  49.18 
 
 		 145 aa  120  7e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.436196  normal  0.250194 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1213  protein TolR  49.18 
 
 		 147 aa  119  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1619  protein TolR  48.8 
 
 		 153 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.1444  normal  0.157176 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0330  biopolymer transport protein ExbD/TolR  55.2 
 
 		 173 aa  118  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.175992  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3580  protein TolR  47.97 
 
 		 139 aa  119  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2135  biopolymer transport, TolR  50.4 
 
 		 167 aa  117  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4434  protein TolR  48.36 
 
 		 147 aa  117  4.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0620039  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1617  protein TolR  48 
 
 		 153 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.776263  hitchhiker  0.0037279 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1899  protein TolR  48 
 
 		 153 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.937922 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3511  protein TolR  46.34 
 
 		 139 aa  116  9.999999999999999e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0114553  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0746  protein TolR  46.72 
 
 		 148 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2901  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.08 
 
 		 147 aa  115  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  hitchhiker  0.00149833  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1587  protein TolR  51.56 
 
 		 138 aa  115  1.9999999999999998e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.437138  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3309  TonB system transport protein ExbD  53.78 
 
 		 141 aa  115  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.537817  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0272  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.9 
 
 		 149 aa  114  3.9999999999999997e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.512888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3136  protein TolR  44 
 
 		 146 aa  113  6.9999999999999995e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5304  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.08 
 
 		 149 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.159444  normal  0.423662 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4762  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.26 
 
 		 149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.718124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5229  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.26 
 
 		 149 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.334933  normal  0.0672636 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3166  protein TolR  49.18 
 
 		 158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0527  protein TolR  48.41 
 
 		 155 aa  112  2.0000000000000002e-24  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3416  biopolymer transport protein ExbD  48.36 
 
 		 141 aa  111  3e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2215  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.85 
 
 		 154 aa  110  8.000000000000001e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0470  biopolymer transport protein ExbD/TolR  45.9 
 
 		 141 aa  109  1.0000000000000001e-23  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.923665 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5556  biopolymer transport protein ExbD  49.58 
 
 		 142 aa  109  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0027  TolR protein  44.26 
 
 		 139 aa  109  2.0000000000000002e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.200658  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0704  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.67 
 
 		 156 aa  109  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.486388 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2039  biopolymer transport protein ExbD/TolR  51.67 
 
 		 156 aa  108  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.827879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3406  biopolymer transport protein ExbD  49.18 
 
 		 141 aa  108  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.479649 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3507  biopolymer transport protein ExbD  48.36 
 
 		 141 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3332  biopolymer transport protein ExbD  48.36 
 
 		 141 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3412  biopolymer transport protein ExbD  48.36 
 
 		 141 aa  107  6e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0922  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.26 
 
 		 148 aa  107  6e-23  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.219154 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3538  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.26 
 
 		 139 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000000031299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3341  biopolymer transport protein ExbD  48.36 
 
 		 141 aa  107  7.000000000000001e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.620363 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2995  biopolymer transport protein ExbD/TolR  47.9 
 
 		 142 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.310145  normal  0.213252 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0748  protein TolR  45.6 
 
 		 155 aa  106  1e-22  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.031429  normal  0.177174 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2977  TolR protein  45.67 
 
 		 144 aa  106  1e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3630  biopolymer ExbD/TolR family transporter  46.72 
 
 		 146 aa  106  1e-22  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1015  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48 
 
 		 150 aa  106  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.228328  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0748  biopolymer transport protein ExbD/TolR  50.83 
 
 		 152 aa  105  1e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1255  TonB system transport protein ExbD type-1  48.48 
 
 		 169 aa  106  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.51439  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0374  TonB system transport protein ExbD type-1  50.82 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1908  ExbD/TolR family protein  43.75 
 
 		 141 aa  105  2e-22  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4541  biopolymer transport protein ExbD/TolR  46.46 
 
 		 142 aa  105  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0166  biopolymer transport protein ExbD  47.5 
 
 		 142 aa  105  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0981914 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1308  biopolymer transport exbD protein  48 
 
 		 151 aa  105  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.47684  normal  0.431843 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02879  membrane spanning protein in TonB-ExbB-ExbD complex  46.72 
 
 		 141 aa  104  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0693  TonB system transport protein ExbD  46.72 
 
 		 141 aa  104  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5307  biopolymer transport protein ExbD  48.33 
 
 		 142 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.153689 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3290  biopolymer transport protein ExbD  46.72 
 
 		 141 aa  104  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02829  hypothetical protein  46.72 
 
 		 141 aa  104  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0234  TonB system transport protein ExbD  48.31 
 
 		 177 aa  105  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.617554 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4316  biopolymer transport protein ExbD  46.72 
 
 		 141 aa  104  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3474  biopolymer transport protein ExbD  46.72 
 
 		 141 aa  104  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0690  biopolymer transport protein ExbD  46.72 
 
 		 141 aa  104  3e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3433  biopolymer transport protein ExbD  46.72 
 
 		 141 aa  104  3e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3184  biopolymer transport protein ExbD  46.72 
 
 		 141 aa  104  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0586  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.78 
 
 		 136 aa  105  3e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0531481  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5216  biopolymer transport protein ExbD  48.33 
 
 		 142 aa  105  3e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.421083 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0564  protein TolR  47.29 
 
 		 150 aa  104  4e-22  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.434395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1147  TonB system transport protein ExbD type-1  46.4 
 
 		 141 aa  104  4e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.103894  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3640  biopolymer transport protein ExbD/TolR  48.33 
 
 		 150 aa  104  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2154  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.72 
 
 		 155 aa  104  5e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.8914  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2212  biopolymer transport TolR  45.9 
 
 		 140 aa  103  1e-21  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.000000000948089  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5355  biopolymer transport protein ExbD  47.5 
 
 		 142 aa  103  1e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.610359  normal  0.681563 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1132  TonB system transport protein ExbD  50.83 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0856  protein TolR  51.24 
 
 		 157 aa  102  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0204  biopolymer transport protein ExbD  45.6 
 
 		 141 aa  102  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1460  Biopolymer transport protein ExbD/TolR  41.79 
 
 		 158 aa  102  2e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0705  biopolymer transport protein ExbD/TolR  43.17 
 
 		 152 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.105618  normal  0.350278 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0661  biopolymer transport protein ExbD/TolR  44.8 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.602006  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0506  biopolymer transport protein ExbD/TolR  49.17 
 
 		 154 aa  102  2e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.529067  hitchhiker  0.000695312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2419  TonB system transport protein ExbD  47.06 
 
 		 145 aa  102  2e-21  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0695  protein TolR  44.8 
 
 		 150 aa  102  2e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>