289 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0088 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0088  rRNA large subunit methyltransferase  100 
 
 		 156 aa  310  4.999999999999999e-84  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0114414  normal  0.53865 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2505  rRNA large subunit methyltransferase  71.15 
 
 		 156 aa  242  9.999999999999999e-64  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.945711  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0866  rRNA large subunit methyltransferase  69.23 
 
 		 155 aa  215  2e-55  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2526  rRNA large subunit methyltransferase  68.59 
 
 		 155 aa  213  9e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.631198  normal  0.935869 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0155  rRNA large subunit methyltransferase  69.87 
 
 		 155 aa  212  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2517  rRNA large subunit methyltransferase  60.65 
 
 		 155 aa  192  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148651  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0378  hypothetical protein  65.94 
 
 		 137 aa  179  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1475  hypothetical protein  55.35 
 
 		 160 aa  176  9e-44  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.710814  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3014  rRNA large subunit methyltransferase  52.83 
 
 		 160 aa  153  8e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0634983  normal  0.903693 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3883  rRNA large subunit methyltransferase  47.5 
 
 		 160 aa  148  3e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.320389  normal  0.0327662 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2794  hypothetical protein  49.03 
 
 		 156 aa  147  4e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1059  rRNA large subunit methyltransferase  47.8 
 
 		 160 aa  147  7e-35  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4277  rRNA large subunit methyltransferase  45.91 
 
 		 160 aa  146  8e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4722  rRNA large subunit methyltransferase  52.26 
 
 		 154 aa  146  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.168406  normal  0.108427 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4207  rRNA large subunit methyltransferase  46.25 
 
 		 160 aa  146  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0164  rRNA large subunit methyltransferase  45.4 
 
 		 160 aa  137  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0523  rRNA large subunit methyltransferase  47.8 
 
 		 160 aa  137  7e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.238061  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1840  rRNA large subunit methyltransferase  43.35 
 
 		 174 aa  134  5e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0256  rRNA large subunit methyltransferase  46.54 
 
 		 160 aa  134  5e-31  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0447  rRNA large subunit methyltransferase  45.91 
 
 		 160 aa  134  6.0000000000000005e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.399021  normal  0.903772 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1773  rRNA large subunit methyltransferase  43.45 
 
 		 169 aa  132  1.9999999999999998e-30  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0100  rRNA large subunit methyltransferase  48.12 
 
 		 164 aa  132  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.465557 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3453  rRNA large subunit methyltransferase  43.56 
 
 		 159 aa  130  6.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0162  rRNA large subunit methyltransferase  45.28 
 
 		 160 aa  129  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2933  rRNA large subunit methyltransferase  43.4 
 
 		 170 aa  129  2.0000000000000002e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2061  rRNA large subunit methyltransferase  49.06 
 
 		 160 aa  128  3e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.895166  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0568  rRNA large subunit methyltransferase  45.91 
 
 		 185 aa  128  4.0000000000000003e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0416  rRNA large subunit methyltransferase  42.77 
 
 		 160 aa  127  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.852231 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4731  rRNA large subunit methyltransferase  42.77 
 
 		 162 aa  126  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.14241  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4221  rRNA large subunit methyltransferase  42.77 
 
 		 162 aa  124  3e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.567617  normal  0.0594421 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0322  rRNA large subunit methyltransferase  38.99 
 
 		 160 aa  125  3e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2289  rRNA large subunit methyltransferase  43.75 
 
 		 165 aa  120  6e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.080755 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2564  rRNA large subunit methyltransferase  43.75 
 
 		 165 aa  120  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00528144 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0647  rRNA large subunit methyltransferase  43.4 
 
 		 160 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0130752 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2545  hypothetical protein  42.58 
 
 		 140 aa  119  9.999999999999999e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146464  normal  0.474294 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1235  hypothetical protein  44.65 
 
 		 152 aa  118  3e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2246  rRNA large subunit methyltransferase  41.88 
 
 		 165 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.37412  normal  0.418544 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0613  rRNA large subunit methyltransferase  40.76 
 
 		 147 aa  110  8.000000000000001e-24  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0057  hypothetical protein  41.29 
 
 		 141 aa  108  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2326  rRNA large subunit methyltransferase  34.55 
 
 		 159 aa  107  7.000000000000001e-23  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000881248  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2393  rRNA large subunit methyltransferase  46.67 
 
 		 156 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.147472  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1993  rRNA large subunit methyltransferase  46.67 
 
 		 156 aa  105  3e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.350093  normal  0.83098 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2337  rRNA large subunit methyltransferase  48.74 
 
 		 156 aa  105  3e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.390809  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2069  rRNA large subunit methyltransferase  47.01 
 
 		 156 aa  104  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.608211  normal  0.214177 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5626  rRNA large subunit methyltransferase  38.79 
 
 		 156 aa  104  4e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3859  protein of unknown function DUF163  37.97 
 
 		 154 aa  104  4e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.161132 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1242  rRNA large subunit methyltransferase  50.49 
 
 		 135 aa  104  4e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2322  rRNA large subunit methyltransferase  38.79 
 
 		 156 aa  103  7e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.810756  normal  0.749932 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1687  rRNA large subunit methyltransferase  38.79 
 
 		 156 aa  103  7e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2299  rRNA large subunit methyltransferase  38.79 
 
 		 156 aa  103  7e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0979  rRNA large subunit methyltransferase  39.39 
 
 		 156 aa  103  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0495213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2216  rRNA large subunit methyltransferase  38.79 
 
 		 156 aa  103  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1296  rRNA large subunit methyltransferase  47.5 
 
 		 156 aa  103  9e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.433807  normal  0.073248 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2195  rRNA large subunit methyltransferase  46.67 
 
 		 156 aa  103  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1551  hypothetical protein  41.67 
 
 		 158 aa  102  2e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.923861  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0291  rRNA large subunit methyltransferase  30.91 
 
 		 159 aa  102  2e-21  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.191259  normal  0.200135 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0556  rRNA large subunit methyltransferase  30.91 
 
 		 159 aa  102  3e-21  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3264  rRNA large subunit methyltransferase  51.92 
 
 		 156 aa  101  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1183  hypothetical protein  42.21 
 
 		 144 aa  100  5e-21  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0576  hypothetical protein  38.71 
 
 		 142 aa  101  5e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.262239 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3387  rRNA large subunit methyltransferase  32.73 
 
 		 159 aa  100  7e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2126  protein of unknown function DUF163  50.5 
 
 		 156 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.933959  normal  0.0354668 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0171  rRNA large subunit methyltransferase  37.27 
 
 		 156 aa  99  2e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0486  hypothetical protein  45.19 
 
 		 145 aa  99  2e-20  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000178654  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1010  rRNA large subunit methyltransferase  48.54 
 
 		 156 aa  99.4  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3775  protein of unknown function DUF163  36.71 
 
 		 154 aa  99  2e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000000455884  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1082  protein of unknown function DUF163  43.31 
 
 		 152 aa  98.6  3e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0797  rRNA large subunit methyltransferase  48.54 
 
 		 156 aa  97.8  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3525  rRNA large subunit methyltransferase  37.8 
 
 		 155 aa  97.8  5e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.144296  normal  0.0487834 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1889  rRNA large subunit methyltransferase  48.54 
 
 		 156 aa  97.8  5e-20  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.841126  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0353  rRNA large subunit methyltransferase  48.54 
 
 		 156 aa  97.8  5e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.389517  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1235  rRNA large subunit methyltransferase  48.54 
 
 		 156 aa  97.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1379  rRNA large subunit methyltransferase  48.54 
 
 		 156 aa  97.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.588338  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1070  rRNA large subunit methyltransferase  48.54 
 
 		 156 aa  97.8  5e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503879  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1226  rRNA large subunit methyltransferase  48.54 
 
 		 156 aa  97.8  5e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2624  rRNA large subunit methyltransferase  40.25 
 
 		 155 aa  97.8  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0866518  normal  0.117363 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01218  rRNA large subunit methyltransferase  38.27 
 
 		 156 aa  97.1  8e-20  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19420  hypothetical protein  35.8 
 
 		 156 aa  97.1  9e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000114035 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0108  hypothetical protein  33.73 
 
 		 160 aa  96.7  1e-19  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0254  hypothetical protein  42.24 
 
 		 153 aa  95.5  2e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3202  hypothetical protein  35.44 
 
 		 154 aa  95.5  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  unclonable  2.69553e-19  unclonable  6.7014e-24 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0780  rRNA large subunit methyltransferase  54.02 
 
 		 159 aa  95.9  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.329962  normal  0.230436 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2467  hypothetical protein  32.14 
 
 		 159 aa  95.9  2e-19  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.574307  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2907  rRNA large subunit methyltransferase  52.13 
 
 		 156 aa  95.9  2e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20240  conserved hypothetical protein TIGR00246  33.33 
 
 		 159 aa  95.1  3e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2927  rRNA large subunit methyltransferase  30.3 
 
 		 159 aa  95.1  3e-19  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2610  rRNA large subunit methyltransferase  30.3 
 
 		 159 aa  95.1  3e-19  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_2001  rRNA large subunit methyltransferase  35.54 
 
 		 159 aa  95.1  3e-19  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.554964  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2139  hypothetical protein  38.65 
 
 		 154 aa  95.1  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.895316  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0291  protein of unknown function DUF163  32.93 
 
 		 160 aa  95.5  3e-19  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.0186032  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3199  rRNA large subunit methyltransferase  37.2 
 
 		 155 aa  94.7  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0492492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4128  hypothetical protein  35.44 
 
 		 153 aa  94.7  4e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00000000167091  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0544  protein of unknown function DUF163  42.04 
 
 		 155 aa  94.4  5e-19  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3402  protein of unknown function DUF163  33.33 
 
 		 159 aa  94.4  5e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000153536  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0655  protein of unknown function DUF163  32.7 
 
 		 157 aa  94.4  5e-19  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0910  rRNA large subunit methyltransferase  32.73 
 
 		 159 aa  94.4  6e-19  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.0000000742092  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0255  protein of unknown function DUF163  41.77 
 
 		 153 aa  94  7e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0353542  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0233  hypothetical protein  41.77 
 
 		 153 aa  94  8e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.585462  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2529  rRNA large subunit methyltransferase  33.14 
 
 		 159 aa  93.2  1e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.0000224859  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1622  rRNA large subunit methyltransferase  29.09 
 
 		 159 aa  93.2  1e-18  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>