More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dred_2238 on replicon NC_009253
Organism: Desulfotomaculum reducens MI-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009253  Dred_2238  inner-membrane translocator  100 
 
 		 326 aa  635    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2500  inner-membrane translocator  65.35 
 
 		 317 aa  379  1e-104  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.193513 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3055  inner-membrane translocator  54.21 
 
 		 324 aa  343  2.9999999999999997e-93  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2554  inner-membrane translocator  57.37 
 
 		 322 aa  335  3.9999999999999995e-91  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1386  inner-membrane translocator  59.81 
 
 		 312 aa  319  5e-86  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0934  inner-membrane translocator  52.51 
 
 		 327 aa  302  6.000000000000001e-81  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000511533  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1580  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  49.38 
 
 		 317 aa  271  1e-71  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.571371  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0535  inner-membrane translocator  43.15 
 
 		 401 aa  258  9e-68  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000217655 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3534  inner-membrane translocator  47.24 
 
 		 333 aa  256  3e-67  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2016  inner-membrane translocator  48.14 
 
 		 318 aa  255  7e-67  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.292526 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0482  ABC transporter permease  48.3 
 
 		 324 aa  253  3e-66  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2111  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  48.81 
 
 		 298 aa  253  4.0000000000000004e-66  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0400  ABC transporter permease  46.03 
 
 		 316 aa  249  5e-65  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1944  inner-membrane translocator  46.9 
 
 		 297 aa  246  4e-64  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1722  inner-membrane translocator  47.06 
 
 		 300 aa  246  4e-64  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0174624  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0462  inner-membrane translocator  45.26 
 
 		 331 aa  246  4.9999999999999997e-64  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4414  inner-membrane translocator  52.6 
 
 		 359 aa  245  6.999999999999999e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.743887  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1129  inner-membrane translocator  48.11 
 
 		 299 aa  244  9.999999999999999e-64  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4259  ABC branched-chain amino acid transporter, inner membrane subunit  52.84 
 
 		 352 aa  242  5e-63  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2430  inner-membrane translocator  44.87 
 
 		 340 aa  243  5e-63  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.106551  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1893  branched-chain amino acid ABC transporter permease  45.66 
 
 		 362 aa  241  9e-63  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.00991478  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4393  inner-membrane translocator  52.07 
 
 		 352 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4414  inner-membrane translocator  52.84 
 
 		 352 aa  238  1e-61  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2308  inner-membrane translocator  44.51 
 
 		 372 aa  233  4.0000000000000004e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3393  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  43.62 
 
 		 307 aa  232  6e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2271  inner-membrane translocator  44.64 
 
 		 297 aa  226  6e-58  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.900398 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1390  inner-membrane translocator  42.12 
 
 		 334 aa  221  9.999999999999999e-57  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0637  inner-membrane translocator  40.41 
 
 		 347 aa  218  7.999999999999999e-56  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000477005  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0613  inner-membrane translocator  43.71 
 
 		 345 aa  218  8.999999999999998e-56  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0267  inner-membrane translocator  45.64 
 
 		 357 aa  217  2e-55  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000311573  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3103  inner-membrane translocator  41.59 
 
 		 340 aa  216  2.9999999999999998e-55  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.60376 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1608  inner-membrane translocator  40.8 
 
 		 356 aa  211  1e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0142848  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2933  inner-membrane translocator  40.83 
 
 		 356 aa  209  4e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1674  inner-membrane translocator  42.3 
 
 		 358 aa  209  7e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1164  inner-membrane translocator  37.65 
 
 		 358 aa  204  1e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01987  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  41.05 
 
 		 299 aa  199  3.9999999999999996e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.130303  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1067  inner-membrane translocator  40.53 
 
 		 346 aa  199  6e-50  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0499919  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0564  inner-membrane translocator  37.07 
 
 		 358 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.00158487  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1427  inner-membrane translocator  39.93 
 
 		 286 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.732914  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1480  inner-membrane translocator  39.48 
 
 		 407 aa  196  6e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2365  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  38.61 
 
 		 339 aa  195  7e-49  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.554509  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4924  inner-membrane translocator  41.1 
 
 		 358 aa  193  3e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.150164  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1471  inner-membrane translocator  36.5 
 
 		 353 aa  193  4e-48  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.0927911  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0477  inner-membrane translocator  38.64 
 
 		 345 aa  192  6e-48  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  unclonable  0.0000000104814  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1035  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.38 
 
 		 350 aa  191  2e-47  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.977456  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2395  inner-membrane translocator  37.58 
 
 		 407 aa  190  2.9999999999999997e-47  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0858  inner-membrane translocator  36.77 
 
 		 345 aa  188  8e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1160  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  37.69 
 
 		 350 aa  188  9e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.625358  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0772  high affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36.76 
 
 		 350 aa  187  3e-46  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.136837  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3795  inner-membrane translocator  42.48 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.189427 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3908  inner-membrane translocator  42.48 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1113  branched-chain amino-acid ABC transporter, permease protein  37.25 
 
 		 343 aa  184  1.0000000000000001e-45  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1679  inner-membrane translocator  40.93 
 
 		 317 aa  181  1e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3772  inner-membrane translocator  37.21 
 
 		 372 aa  181  2e-44  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  decreased coverage  0.00496124  hitchhiker  0.00284039 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2609  inner-membrane translocator  39.35 
 
 		 415 aa  181  2e-44  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6000  branched-chain amino acid transport system permease protein  42.26 
 
 		 321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.108703  normal  0.0256137 
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3293  hypothetical protein  37.82 
 
 		 339 aa  180  2.9999999999999997e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.015254 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1471  inner-membrane translocator  36.27 
 
 		 376 aa  179  8e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.959824  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2128  inner-membrane translocator  37.5 
 
 		 337 aa  179  8e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1259  inner-membrane translocator  40.18 
 
 		 357 aa  178  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0406  inner-membrane translocator  39.78 
 
 		 327 aa  177  2e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0311713  normal  0.305027 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0260  branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  36 
 
 		 322 aa  177  3e-43  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0520  inner-membrane translocator  37.39 
 
 		 358 aa  176  6e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0065  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 282 aa  175  9e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.123483 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0997  inner-membrane translocator  37.16 
 
 		 321 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.915307  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0612  inner-membrane translocator  37.8 
 
 		 347 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2500  inner-membrane translocator  43.07 
 
 		 407 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.62609  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3337  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.63 
 
 		 423 aa  173  2.9999999999999996e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1673  inner-membrane translocator  39.64 
 
 		 319 aa  172  5.999999999999999e-42  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0685  inner-membrane translocator  36.67 
 
 		 290 aa  172  6.999999999999999e-42  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00962366  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2977  inner-membrane translocator  33.42 
 
 		 454 aa  172  6.999999999999999e-42  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1139  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.2 
 
 		 418 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.268722  normal  0.229928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1173  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.2 
 
 		 418 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.556835  normal  0.907427 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4278  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.2 
 
 		 418 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.264378  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4333  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.51 
 
 		 412 aa  170  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.546398  normal  0.109331 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1395  inner-membrane translocator  37.32 
 
 		 293 aa  171  2e-41  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1837  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  38.14 
 
 		 423 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.53398  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2958  ABC-type branched-chain amino acid transport system permease component-like protein  35.53 
 
 		 389 aa  171  2e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1156  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.2 
 
 		 418 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.652627  normal  0.0268072 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2269  inner-membrane translocator  41.73 
 
 		 281 aa  170  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.458004  normal  0.0109079 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0527  inner-membrane translocator  39.62 
 
 		 562 aa  169  5e-41  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.142697  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1407  inner-membrane translocator  36.82 
 
 		 332 aa  169  8e-41  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.14353  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3847  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.18 
 
 		 421 aa  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0194014  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19630  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.91 
 
 		 418 aa  167  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.000188502  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3840  inner-membrane translocator  36.75 
 
 		 349 aa  167  2.9999999999999998e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0125888  normal  0.96964 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4110  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, permease protein  35.53 
 
 		 421 aa  166  4e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.015431  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0836  inner-membrane translocator  34.97 
 
 		 318 aa  166  4e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.997362 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3727  inner-membrane translocator  35.58 
 
 		 334 aa  166  5e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0972645  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4071  inner-membrane translocator  35.09 
 
 		 327 aa  166  5.9999999999999996e-40  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.23992 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  36.52 
 
 		 418 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.6169 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4305  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.25 
 
 		 417 aa  165  8e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2116  inner-membrane translocator  37.2 
 
 		 387 aa  165  9e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.771311  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3514  ABC transporter membrane spanning protein (branched chain amino acid)  36.63 
 
 		 463 aa  164  1.0000000000000001e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0246  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.92 
 
 		 428 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3972  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  35.92 
 
 		 428 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.640531  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0333  inner-membrane translocator  40.55 
 
 		 281 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3071  inner-membrane translocator  35.64 
 
 		 463 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.730301  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1135  inner-membrane translocator  37.92 
 
 		 298 aa  163  3e-39  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.433507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0230  leucine/isoleucine/valine transporter permease subunit  37.3 
 
 		 427 aa  163  4.0000000000000004e-39  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.733178 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3206  inner-membrane translocator  36.46 
 
 		 318 aa  163  4.0000000000000004e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>