More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dole_0373 on replicon NC_009943
Organism: Desulfococcus oleovorans Hxd3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  100 
 
 
452 aa  914  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  59.73 
 
 
448 aa  531  1e-149  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  58.63 
 
 
450 aa  521  1e-146  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.97198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  56.44 
 
 
453 aa  504  1e-142  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  7.66532e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  54.39 
 
 
454 aa  496  1e-139  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  55.82 
 
 
450 aa  495  1e-139  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  55.9 
 
 
449 aa  488  1e-137  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  54.53 
 
 
484 aa  489  1e-137  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  54.89 
 
 
460 aa  487  1e-136  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.85269e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  53.35 
 
 
452 aa  484  1e-135  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  53.58 
 
 
457 aa  484  1e-135  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  49.78 
 
 
457 aa  476  1e-133  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  52.77 
 
 
453 aa  476  1e-133  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  51 
 
 
457 aa  478  1e-133  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  52.63 
 
 
458 aa  474  1e-132  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  52.19 
 
 
458 aa  471  1e-132  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  52.63 
 
 
458 aa  474  1e-132  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  52.19 
 
 
458 aa  472  1e-132  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  52.19 
 
 
458 aa  472  1e-132  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  52.41 
 
 
458 aa  474  1e-132  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  52.19 
 
 
458 aa  472  1e-132  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  53.1 
 
 
453 aa  474  1e-132  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  52.19 
 
 
458 aa  472  1e-132  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  52.19 
 
 
458 aa  472  1e-132  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  52.19 
 
 
458 aa  472  1e-132  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  52.19 
 
 
458 aa  471  1e-131  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  52 
 
 
454 aa  463  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  52 
 
 
454 aa  463  1e-129  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  49.89 
 
 
457 aa  463  1e-129  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  50.89 
 
 
454 aa  463  1e-129  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  54.73 
 
 
462 aa  460  1e-128  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 
457 aa  458  1e-128  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  51.32 
 
 
470 aa  461  1e-128  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  52.65 
 
 
449 aa  459  1e-128  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  50 
 
 
453 aa  452  1e-126  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3606  DNA repair protein RadA  54.07 
 
 
462 aa  447  1e-124  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 
459 aa  447  1e-124  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02144e-10 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  51.68 
 
 
449 aa  445  1e-124  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  51.76 
 
 
448 aa  441  1e-122  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3182  DNA repair protein RadA  51.97 
 
 
465 aa  439  1e-122  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.540345 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3538  DNA repair protein RadA  54.07 
 
 
462 aa  437  1e-121  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  49 
 
 
489 aa  434  1e-120  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  48.12 
 
 
451 aa  434  1e-120  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.21912e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  51.12 
 
 
445 aa  431  1e-119  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3565  DNA repair protein RadA  53.16 
 
 
471 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.946618  normal  0.041039 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  50 
 
 
451 aa  430  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  47.56 
 
 
476 aa  430  1e-119  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2366  DNA repair protein RadA  47.34 
 
 
451 aa  427  1e-118  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  2.62714e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  48 
 
 
452 aa  427  1e-118  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  47.79 
 
 
465 aa  426  1e-118  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  45.93 
 
 
458 aa  427  1e-118  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2065  DNA repair protein RadA  46.81 
 
 
446 aa  428  1e-118  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0567358  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  48.34 
 
 
457 aa  423  1e-117  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1189  DNA repair protein RadA  52.1 
 
 
466 aa  422  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.380692  normal  0.618003 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  49.01 
 
 
455 aa  423  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  49.1 
 
 
466 aa  422  1e-117  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  48.14 
 
 
461 aa  423  1e-117  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0158  DNA repair protein RadA  47.45 
 
 
456 aa  423  1e-117  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00234882  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  46.81 
 
 
455 aa  421  1e-117  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0251  DNA repair protein RadA  49.13 
 
 
462 aa  424  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.336717  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1348  DNA repair protein RadA  49.67 
 
 
460 aa  421  1e-116  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 
456 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  49.01 
 
 
453 aa  420  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 
456 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  47.71 
 
 
457 aa  421  1e-116  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  50.82 
 
 
453 aa  421  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  49.45 
 
 
477 aa  421  1e-116  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  49.56 
 
 
456 aa  419  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  50.59 
 
 
467 aa  418  1e-116  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1044  DNA repair protein RadA  51.17 
 
 
466 aa  419  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0052  DNA repair protein RadA  48.01 
 
 
464 aa  415  1e-115  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.980062  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2178  DNA repair protein RadA  51.4 
 
 
463 aa  417  1e-115  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.965225  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0839  DNA repair protein RadA  47.48 
 
 
458 aa  415  1e-115  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2458  DNA repair protein RadA  44.42 
 
 
450 aa  415  1e-115  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0575  DNA repair protein RadA  48.24 
 
 
451 aa  416  1e-115  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  48.89 
 
 
453 aa  418  1e-115  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0058  DNA repair protein RadA  47.35 
 
 
462 aa  412  1e-114  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  47.79 
 
 
453 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_58  DNA repair protein RadA  47.35 
 
 
462 aa  412  1e-114  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1582  DNA repair protein RadA  48 
 
 
451 aa  414  1e-114  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  6.55938e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1803  DNA repair protein RadA  50.97 
 
 
415 aa  414  1e-114  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  48.35 
 
 
455 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  48.12 
 
 
453 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  44.86 
 
 
453 aa  413  1e-114  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  48.03 
 
 
455 aa  414  1e-114  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0776  DNA repair protein RadA  42.44 
 
 
448 aa  409  1e-113  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1806  DNA repair protein RadA  47.69 
 
 
453 aa  411  1e-113  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.75981  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  49.41 
 
 
447 aa  411  1e-113  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  46.46 
 
 
453 aa  411  1e-113  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  46.46 
 
 
453 aa  410  1e-113  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1392  DNA repair protein RadA  46.71 
 
 
446 aa  405  1e-112  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0489  DNA repair protein RadA  49.18 
 
 
457 aa  408  1e-112  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.665667  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  47.11 
 
 
452 aa  405  1e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0406  DNA repair protein RadA  52.27 
 
 
469 aa  407  1e-112  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1145  DNA repair protein RadA  47.36 
 
 
458 aa  405  1e-112  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3485  DNA repair protein RadA  50.58 
 
 
474 aa  407  1e-112  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.692018 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  48.03 
 
 
464 aa  406  1e-112  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  46.14 
 
 
482 aa  407  1e-112  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  47.11 
 
 
452 aa  405  1e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  48.33 
 
 
448 aa  407  1e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>