More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_2009 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_2009  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 126 aa  259  1e-68  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.950634 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2591  30S ribosomal protein S6  63.33 
 
 		 121 aa  162  1.0000000000000001e-39  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1114  ribosomal protein S6  60.83 
 
 		 124 aa  158  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.263419  normal  0.860444 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0739  ribosomal protein S6  61.54 
 
 		 119 aa  153  9e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0945845  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1666  30S ribosomal protein S6  60.36 
 
 		 113 aa  144  3e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15324  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0595  30S ribosomal protein S6  58.97 
 
 		 117 aa  138  3e-32  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3482  30S ribosomal protein S6  56.07 
 
 		 113 aa  134  5e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.676473  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0399  30S ribosomal protein S6  47.54 
 
 		 127 aa  118  1.9999999999999998e-26  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09978  30S ribosomal protein S6  52.53 
 
 		 112 aa  117  6e-26  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.410175  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6993  ribosomal protein S6  48.65 
 
 		 116 aa  113  7.999999999999999e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.140903 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1689  ribosomal protein S6  41.94 
 
 		 104 aa  84.7  4e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3188  ribosomal protein S6  40.43 
 
 		 147 aa  80.9  0.000000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.514903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4806  ribosomal protein S6  37.07 
 
 		 176 aa  80.5  0.000000000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0010  30S ribosomal protein S6  39.66 
 
 		 168 aa  80.5  0.000000000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.490507  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1660  30S ribosomal protein S6  33.87 
 
 		 137 aa  75.9  0.0000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0007  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 		 98 aa  74.3  0.0000000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000068559  hitchhiker  0.0000000000002413 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0600  ribosomal protein S6  33.65 
 
 		 144 aa  73.6  0.0000000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 95 aa  72.4  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1094  ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 106 aa  72.8  0.000000000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.380454  normal  0.02861 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0758  30S ribosomal protein S6  39.78 
 
 		 129 aa  72  0.000000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000104725  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  37.39 
 
 		 131 aa  71.2  0.000000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1772  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 135 aa  70.9  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0139  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  33.66 
 
 		 134 aa  70.9  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2097  ribosomal protein S6  37.11 
 
 		 96 aa  70.9  0.000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000774697  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2844  30S ribosomal protein S6  35.35 
 
 		 118 aa  70.5  0.000000000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000534713  hitchhiker  0.0000000000000955305 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2072  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 108 aa  70.1  0.00000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.994303  hitchhiker  0.00328308 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1352  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 132 aa  70.1  0.00000000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105388  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0007  30S ribosomal protein S6  31.58 
 
 		 98 aa  68.9  0.00000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000000132561  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2186  30S ribosomal protein S6  38.95 
 
 		 117 aa  68.6  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0012  30S ribosomal protein S6  39.33 
 
 		 107 aa  68.2  0.00000000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.142702  normal  0.115485 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  31.68 
 
 		 134 aa  68.6  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0849  SSU ribosomal protein S6P  39.13 
 
 		 147 aa  68.2  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.759966  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002332  SSU ribosomal protein S6p  38.32 
 
 		 129 aa  67.8  0.00000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.257781  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 127 aa  67.8  0.00000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  38.95 
 
 		 128 aa  67.8  0.00000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 133 aa  67.8  0.00000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0665  30S ribosomal protein S6  35.79 
 
 		 117 aa  67.4  0.00000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  37.23 
 
 		 145 aa  67.4  0.00000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  41.76 
 
 		 122 aa  67.4  0.00000000007  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00023  30S ribosomal protein S6  36.94 
 
 		 129 aa  67  0.00000000008  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4504  ribosomal protein S6  34.29 
 
 		 210 aa  67  0.00000000008  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0951  30S ribosomal protein S6  38.84 
 
 		 124 aa  67  0.00000000009  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.77513  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0891  30S ribosomal protein S6  38.3 
 
 		 131 aa  67  0.00000000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  37.23 
 
 		 155 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  37.23 
 
 		 155 aa  66.6  0.0000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18431  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 172 aa  66.6  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.800944 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3678  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 128 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0325198  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2607  30S ribosomal protein S6  36.26 
 
 		 122 aa  66.6  0.0000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00172521  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0742  30S ribosomal protein S6  33.06 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.035409  normal  0.774483 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1728  30S ribosomal protein S6  34.41 
 
 		 96 aa  66.2  0.0000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00000419207  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23360  ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 95 aa  65.9  0.0000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.28748e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  37.23 
 
 		 153 aa  65.9  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0713  30S ribosomal protein S6  33.06 
 
 		 124 aa  65.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30071  30S ribosomal protein S6  36.84 
 
 		 124 aa  65.5  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.319395 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4893  30S ribosomal protein S6  39.13 
 
 		 108 aa  65.5  0.0000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  35.11 
 
 		 156 aa  65.1  0.0000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1438  30S ribosomal protein S6  39.8 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000003  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0054631  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  35.11 
 
 		 148 aa  64.7  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  36.73 
 
 		 132 aa  64.7  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  29.03 
 
 		 136 aa  64.7  0.0000000004  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3419  ribosomal protein S6  38.46 
 
 		 133 aa  64.3  0.0000000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797124  normal  0.172954 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  37.76 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2187  SSU ribosomal protein S6P  38.14 
 
 		 95 aa  64.3  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000662537  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2306  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 		 126 aa  64.3  0.0000000006  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  37.76 
 
 		 130 aa  64.3  0.0000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0653  30S ribosomal protein S6  38.26 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0757  30S ribosomal protein S6  38.46 
 
 		 139 aa  63.9  0.0000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.228949  hitchhiker  0.00000160404 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1088  30S ribosomal protein S6  38.26 
 
 		 125 aa  64.3  0.0000000006  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3284  30S ribosomal protein S6  39.56 
 
 		 135 aa  63.9  0.0000000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0114214  hitchhiker  0.000227969 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2766  30S ribosomal protein S6  39.56 
 
 		 126 aa  63.5  0.0000000008  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.431916  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1999  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 115 aa  63.5  0.0000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0575699  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4014  30S ribosomal protein S6  38.81 
 
 		 95 aa  63.9  0.0000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.208118  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3586  30S ribosomal protein S6  41.94 
 
 		 137 aa  63.5  0.0000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0940753  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0582  30S ribosomal protein S6  35.79 
 
 		 119 aa  63.5  0.0000000008  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.147466  hitchhiker  0.0000000000000103542 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1970  ribosomal protein S6  31.25 
 
 		 98 aa  63.9  0.0000000008  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00222496  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1585  30S ribosomal protein S6  35.2 
 
 		 142 aa  63.5  0.0000000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4212  30S ribosomal protein S6  39.56 
 
 		 139 aa  63.5  0.0000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  hitchhiker  0.000271078 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04067  30S ribosomal protein S6  37.76 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3793  ribosomal protein S6  37.76 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00794169  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5662  30S ribosomal protein S6  38.81 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4949  ribosomal protein S6  35.42 
 
 		 96 aa  63.2  0.000000001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5584  30S ribosomal protein S6  38.81 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.72731e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5327  30S ribosomal protein S6  38.81 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000278233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5155  30S ribosomal protein S6  38.81 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000255569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5171  30S ribosomal protein S6  38.81 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000742686  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0413  30S ribosomal protein S6  29.79 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000259691  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  35.11 
 
 		 155 aa  63.2  0.000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5723  30S ribosomal protein S6  38.81 
 
 		 96 aa  62.8  0.000000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000611758  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4733  30S ribosomal protein S6  37.76 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.387811  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1951  30S ribosomal protein S6  30.83 
 
 		 125 aa  63.2  0.000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.380092  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26590  SSU ribosomal protein S6P  36.36 
 
 		 95 aa  62.8  0.000000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.175156 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4761  30S ribosomal protein S6  37.76 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3813  30S ribosomal protein S6  37.76 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04029  hypothetical protein  37.76 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5716  30S ribosomal protein S6  37.76 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.394601  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1998  30S ribosomal protein S6  35.54 
 
 		 139 aa  63.2  0.000000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4671  30S ribosomal protein S6  37.76 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980923  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  35.79 
 
 		 117 aa  63.2  0.000000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0424  30S ribosomal protein S6  29.79 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.0000000892295  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>