More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_6993 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_6993  ribosomal protein S6  100 
 
 		 116 aa  241  3e-63  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.140903 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1114  ribosomal protein S6  50.88 
 
 		 124 aa  121  3e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.263419  normal  0.860444 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2009  30S ribosomal protein S6  48.65 
 
 		 126 aa  113  6.9999999999999995e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.950634 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0739  ribosomal protein S6  47.62 
 
 		 119 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0945845  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2591  30S ribosomal protein S6  43.86 
 
 		 121 aa  108  3e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0595  30S ribosomal protein S6  46.15 
 
 		 117 aa  103  1e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0399  30S ribosomal protein S6  42.86 
 
 		 127 aa  97.8  4e-20  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1666  30S ribosomal protein S6  35.85 
 
 		 113 aa  90.1  8e-18  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.15324  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3482  30S ribosomal protein S6  34.95 
 
 		 113 aa  83.6  8e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.676473  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09978  30S ribosomal protein S6  38.78 
 
 		 112 aa  83.6  9e-16  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.410175  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0600  ribosomal protein S6  37.96 
 
 		 144 aa  75.9  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3188  ribosomal protein S6  37.36 
 
 		 147 aa  72.8  0.000000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.514903  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1363  30S ribosomal protein S6  39.13 
 
 		 97 aa  72.4  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000000620601  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  38.71 
 
 		 95 aa  72.8  0.000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4181  ribosomal protein S6  42.35 
 
 		 96 aa  69.3  0.00000000001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1689  ribosomal protein S6  38.46 
 
 		 104 aa  69.7  0.00000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4339  ribosomal protein S6  40 
 
 		 98 aa  68.2  0.00000000004  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4120  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 101 aa  67.8  0.00000000005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3561  30S ribosomal protein S6  38.1 
 
 		 96 aa  67.4  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.642829 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0849  SSU ribosomal protein S6P  39.56 
 
 		 147 aa  67.4  0.00000000006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.759966  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3355  ribosomal protein S6  38.82 
 
 		 98 aa  67  0.00000000007  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2133  SSU ribosomal protein S6P  38.82 
 
 		 96 aa  67  0.00000000007  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4949  ribosomal protein S6  40 
 
 		 96 aa  67  0.00000000008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3308  30S ribosomal protein S6  34.83 
 
 		 95 aa  66.6  0.0000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000490454  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3891  30S ribosomal protein S6  36.36 
 
 		 101 aa  65.9  0.0000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.202922 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4169  ribosomal protein S6  41.18 
 
 		 94 aa  65.5  0.0000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5369  ribosomal protein S6  37.65 
 
 		 102 aa  65.5  0.0000000002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_26590  SSU ribosomal protein S6P  38.37 
 
 		 95 aa  65.9  0.0000000002  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.175156 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31780  SSU ribosomal protein S6P  35.16 
 
 		 96 aa  65.9  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10052  30S ribosomal protein S6  37.23 
 
 		 96 aa  65.5  0.0000000003  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.00129452  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1094  ribosomal protein S6  32.22 
 
 		 106 aa  65.1  0.0000000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.380454  normal  0.02861 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_6034  30S ribosomal protein S6  36.56 
 
 		 96 aa  65.1  0.0000000003  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.342744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5746  30S ribosomal protein S6  38.3 
 
 		 96 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.37623 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5370  30S ribosomal protein S6  38.3 
 
 		 96 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5459  30S ribosomal protein S6  38.3 
 
 		 96 aa  64.7  0.0000000004  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.544177  normal  0.0132428 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0758  30S ribosomal protein S6  38.64 
 
 		 129 aa  64.3  0.0000000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000104725  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  31.58 
 
 		 98 aa  64.3  0.0000000006  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0874  30S ribosomal protein S6  35.48 
 
 		 96 aa  63.5  0.0000000008  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3700  ribosomal protein S6  36.47 
 
 		 97 aa  63.2  0.000000001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4355  30S ribosomal protein S6  34.41 
 
 		 95 aa  63.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0650  ribosomal protein S6  36.26 
 
 		 94 aa  63.2  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0145579  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0308  ribosomal protein S6  38.1 
 
 		 98 aa  63.2  0.000000001  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.052599 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0045  ribosomal protein S6  38.46 
 
 		 112 aa  62.8  0.000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_37810  SSU ribosomal protein S6P  37.65 
 
 		 95 aa  63.2  0.000000001  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.188789  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  33.7 
 
 		 95 aa  62.4  0.000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1585  30S ribosomal protein S6  34.31 
 
 		 142 aa  62.4  0.000000002  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0951  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 124 aa  62.4  0.000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.77513  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3095  30S ribosomal protein S6  40 
 
 		 96 aa  61.6  0.000000003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0478466  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1998  30S ribosomal protein S6  34.31 
 
 		 139 aa  62  0.000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_2525  ribosomal protein S6  34.07 
 
 		 95 aa  62  0.000000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.863645  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9357  30S ribosomal protein S6  35.71 
 
 		 96 aa  62  0.000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.569899 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_39390  SSU ribosomal protein S6P  38.82 
 
 		 111 aa  61.2  0.000000004  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.549892 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  34.74 
 
 		 134 aa  61.6  0.000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0653  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 125 aa  61.2  0.000000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1088  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 125 aa  61.2  0.000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  31.18 
 
 		 155 aa  61.2  0.000000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3417  30S ribosomal protein S6  35.48 
 
 		 95 aa  60.8  0.000000006  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000905863  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1219  30S ribosomal protein S6  38.1 
 
 		 96 aa  60.5  0.000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4740  ribosomal protein S6  37.65 
 
 		 93 aa  60.5  0.000000008  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3678  30S ribosomal protein S6  35.87 
 
 		 128 aa  60.5  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0325198  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2844  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 118 aa  60.5  0.000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000534713  hitchhiker  0.0000000000000955305 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3546  30S ribosomal protein S6  31.82 
 
 		 95 aa  60.1  0.000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0241  30S ribosomal protein S6  31.37 
 
 		 145 aa  59.7  0.00000001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1660  30S ribosomal protein S6  35.48 
 
 		 137 aa  59.7  0.00000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5068  30S ribosomal protein S6  37.65 
 
 		 96 aa  59.7  0.00000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000139658 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 134 aa  59.7  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5584  30S ribosomal protein S6  32.95 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.72731e-16 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5327  30S ribosomal protein S6  32.95 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000278233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5155  30S ribosomal protein S6  32.95 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000255569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5171  30S ribosomal protein S6  32.95 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000742686  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5662  30S ribosomal protein S6  32.95 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5723  30S ribosomal protein S6  32.95 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000611758  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5267  30S ribosomal protein S6  32.95 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000406973  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4556  30S ribosomal protein S6  37.65 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.158034  normal  0.78601 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1131  30S ribosomal protein S6  32.35 
 
 		 128 aa  58.9  0.00000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.999974  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1213  30S ribosomal protein S6  32.35 
 
 		 125 aa  58.5  0.00000003  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.58007  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_23260  30S ribosomal protein S6  34.52 
 
 		 101 aa  58.5  0.00000003  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2216  ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 94 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4664  SSU ribosomal protein S6P  33.33 
 
 		 96 aa  58.5  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.663648  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0778  ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 98 aa  58.2  0.00000004  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0665  30S ribosomal protein S6  32.22 
 
 		 117 aa  57.8  0.00000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5334  30S ribosomal protein S6  31.82 
 
 		 96 aa  58.2  0.00000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000242081  hitchhiker  0.000000688979 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2607  30S ribosomal protein S6  33.71 
 
 		 122 aa  58.2  0.00000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00172521  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_5068  ribosomal protein S6  39.29 
 
 		 95 aa  58.2  0.00000004  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.330379  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5601  30S ribosomal protein S6  31.82 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4014  30S ribosomal protein S6  30.68 
 
 		 95 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.208118  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5625  30S ribosomal protein S6  31.82 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000119733  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4844  ribosomal protein S6  36.9 
 
 		 96 aa  57.8  0.00000005  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  31.18 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  31.18 
 
 		 155 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  29.03 
 
 		 145 aa  57.4  0.00000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2512  30S ribosomal protein S6  34.78 
 
 		 126 aa  57  0.00000007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 160 aa  57  0.00000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3038  30S ribosomal protein S6  33.7 
 
 		 161 aa  56.2  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0451  30S ribosomal protein S6  32.18 
 
 		 112 aa  56.2  0.0000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000202528  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2024  30S ribosomal protein S6  28.89 
 
 		 102 aa  55.8  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.359562  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0165  ribosomal protein S6  32.18 
 
 		 94 aa  56.2  0.0000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  decreased coverage  0.00000000256198  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7039  ribosomal protein S6  35.29 
 
 		 118 aa  55.8  0.0000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0127  30S ribosomal protein S6  34.12 
 
 		 96 aa  55.5  0.0000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0286248 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  30.11 
 
 		 153 aa  55.5  0.0000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>