More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_0068 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013131  Caci_0068  two component transcriptional regulator, LytTR family  100 
 
 		 244 aa  482  1e-135  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  decreased coverage  0.00288448  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2133  LytTR family two component transcriptional regulator  58.02 
 
 		 248 aa  266  2e-70  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.565653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6324  response regulator receiver protein  57.55 
 
 		 253 aa  261  4.999999999999999e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.48372 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4494  LytTr DNA-binding region  56.36 
 
 		 250 aa  253  1.0000000000000001e-66  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.0706486  normal  0.304613 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2762  response regulator receiver protein  56.02 
 
 		 254 aa  250  1e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.330347  normal  0.784413 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_5008  LytTR family two component transcriptional regulator  55.04 
 
 		 250 aa  250  2e-65  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.135227  hitchhiker  0.0000288771 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5278  two component transcriptional regulator, LytTR family  54.12 
 
 		 281 aa  246  3e-64  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3172  two component transcriptional regulator, LytTR family  56.22 
 
 		 258 aa  244  6e-64  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00901875  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1330  LytTR family two component transcriptional regulator  55.04 
 
 		 261 aa  243  1.9999999999999999e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.80792  hitchhiker  0.00674538 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0357  response regulator receiver  55.74 
 
 		 249 aa  243  3e-63  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0699  response regulator receiver  49.22 
 
 		 275 aa  233  1.0000000000000001e-60  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1375  response regulator receiver protein  50.63 
 
 		 239 aa  228  6e-59  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4280  response regulator receiver protein  48.61 
 
 		 269 aa  222  4.9999999999999996e-57  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1393  two component transcriptional regulator, LytTR family  50.43 
 
 		 238 aa  221  8e-57  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000160197 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4051  response regulator receiver protein  48.21 
 
 		 269 aa  219  3e-56  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.243327  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4126  response regulator receiver protein  48.21 
 
 		 269 aa  219  3e-56  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.217512  normal  0.408771 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2858  response regulator receiver  50.6 
 
 		 264 aa  214  8e-55  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_00870  response regulator of the LytR/AlgR family  46.48 
 
 		 272 aa  212  2.9999999999999995e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2143  response regulator receiver protein  50.82 
 
 		 265 aa  211  7.999999999999999e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.390763  normal  0.164671 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3377  two component transcriptional regulator, LytTR family  52.97 
 
 		 319 aa  209  3e-53  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4560  response regulator receiver protein  48.18 
 
 		 269 aa  208  6e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.850639 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1153  two component transcriptional regulator, LytTR family  45.02 
 
 		 299 aa  207  1e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_12140  response regulator of the LytR/AlgR family  50.21 
 
 		 255 aa  206  4e-52  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1065  response regulator receiver protein  49.16 
 
 		 249 aa  201  7e-51  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.251377  normal  0.725191 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4129  two component transcriptional regulator, LytTR family  46.41 
 
 		 271 aa  195  5.000000000000001e-49  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0067  two component transcriptional regulator, LytTR family  43.4 
 
 		 275 aa  191  8e-48  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_1323  two component transcriptional regulator, LytTR family  38.6 
 
 		 237 aa  152  2.9999999999999998e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.0540721  normal  0.0273831 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1761  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.89 
 
 		 251 aa  149  4e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_00400  response regulator of the LytR/AlgR family  36.71 
 
 		 237 aa  146  3e-34  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.132657  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_01160  response regulator of the LytR/AlgR family  37.29 
 
 		 238 aa  145  5e-34  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0137  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.86 
 
 		 237 aa  144  9e-34  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2172  LytR/AlgR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 252 aa  144  2e-33  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721488  normal  0.0255714 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4408  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.09 
 
 		 268 aa  140  3e-32  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_69470  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  38.15 
 
 		 248 aa  138  7e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.184834  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3773  two component transcriptional regulator, LytTR family  34.24 
 
 		 260 aa  138  8.999999999999999e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.10961  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6007  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  38.55 
 
 		 248 aa  138  8.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0031  response regulator receiver protein  36.18 
 
 		 243 aa  135  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2697  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 240 aa  135  5e-31  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10420  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.6 
 
 		 253 aa  134  9.999999999999999e-31  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000460621  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3958  LytTR family two component transcriptional regulator  32.65 
 
 		 246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0704  LytTR family two component transcriptional regulator  37.02 
 
 		 276 aa  133  1.9999999999999998e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.674394 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2920  LytTR family two component transcriptional regulator  33.33 
 
 		 245 aa  133  3e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.106094 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0231  LytR/AlgR family transcriptional regulator  41.87 
 
 		 254 aa  132  3.9999999999999996e-30  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.740894 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4495  LytTR family two component transcriptional regulator  38.79 
 
 		 245 aa  132  5e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0898  two component transcriptional regulator, LytTR family  36.29 
 
 		 265 aa  131  7.999999999999999e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0127  alginate biosynthesis regulatory protein AlgR  36.25 
 
 		 248 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0119  response regulator receiver protein  34.45 
 
 		 249 aa  130  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0480  response regulator receiver domain-containing protein  33.78 
 
 		 265 aa  129  3e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0057  response regulator receiver protein  32.35 
 
 		 243 aa  129  3e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000048418  decreased coverage  0.0000000648872 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0055  response regulator receiver protein  32.35 
 
 		 243 aa  129  3e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000989316  hitchhiker  0.000468323 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0063  response regulator receiver:LytTr DNA-binding region  35.86 
 
 		 248 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5142  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.84 
 
 		 244 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.546377  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04138  two-component system regulatory protein  36.63 
 
 		 245 aa  128  6e-29  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.739319  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02291  predicted response regulator in two-component system withYpdA  33.2 
 
 		 244 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1276  two component transcriptional regulator, LytTR family  33.2 
 
 		 244 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.435037  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2671  response regulator  33.2 
 
 		 244 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2518  response regulator  33.2 
 
 		 244 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2791  LytTR family two component transcriptional regulator  35.66 
 
 		 250 aa  128  9.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.073585  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2750  response regulator  33.2 
 
 		 244 aa  128  9.000000000000001e-29  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3613  response regulator  33.2 
 
 		 244 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.560415 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1288  LytTR family two component transcriptional regulator  33.2 
 
 		 244 aa  128  9.000000000000001e-29  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.524379  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0224  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.73 
 
 		 237 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0055  LytTR family two component transcriptional regulator  32.35 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.868518  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0059  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.93 
 
 		 243 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.182784  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0060  LytTR family two component transcriptional regulator  32.35 
 
 		 243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0478076  hitchhiker  0.000497336 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3416  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.29 
 
 		 237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329348  normal  0.0577965 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4299  LytTR family two component transcriptional regulator  32.35 
 
 		 243 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000001386  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1765  putative two-component response-regulatory protein YehT  35.19 
 
 		 232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.199181  hitchhiker  0.00544661 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2533  response regulator  32.39 
 
 		 244 aa  127  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0036  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.55 
 
 		 248 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0374  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.64 
 
 		 242 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5573  response regulator LytR  32.93 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5621  response regulator LytR  32.93 
 
 		 246 aa  126  3e-28  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4010  two component transcriptional regulator, LytTR family  31.56 
 
 		 231 aa  126  3e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0569074  decreased coverage  0.00157623 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0279  two-component response regulator AlgR  35.66 
 
 		 248 aa  126  3e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5295  response regulator LytR  32.93 
 
 		 246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5122  response regulator  32.93 
 
 		 246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5691  response regulator LytR  32.93 
 
 		 246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5536  response regulator LytR  32.93 
 
 		 246 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5137  response regulator  32.93 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2957  response regulator receiver protein  34.03 
 
 		 236 aa  125  5e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00954821  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3487  LytR/AlgR family transcriptional regulator  32.94 
 
 		 253 aa  125  6e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.76921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1113  LytR/AlgR family transcriptional regulator  40.08 
 
 		 256 aa  125  6e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45992  normal  0.29087 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0469  response regulator receiver protein  32.14 
 
 		 254 aa  125  8.000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1440  putative two-component response-regulatory protein YehT  34.55 
 
 		 236 aa  125  8.000000000000001e-28  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3670  LytR/AlgR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5234  LytTR family two component transcriptional regulator  32.11 
 
 		 246 aa  124  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5384  response regulator LytR  32.65 
 
 		 246 aa  124  2e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.662493  normal  0.485514 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2329  LytTR family two component transcriptional regulator  35.51 
 
 		 255 aa  124  2e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0531557  decreased coverage  0.00207881 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5565  response regulator LytR  32.24 
 
 		 246 aa  123  3e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5488  two-component response regulator AlgR  35.22 
 
 		 248 aa  123  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4282  LytTR family two component transcriptional regulator  28.76 
 
 		 232 aa  123  3e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.442781  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2594  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.63 
 
 		 236 aa  123  3e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0103906  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4846  LytTR family two component transcriptional regulator  35.1 
 
 		 246 aa  122  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.568582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1964  LytR/AlgR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 255 aa  122  4e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.777054 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2432  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.63 
 
 		 236 aa  122  4e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000158974  hitchhiker  0.00361478 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0488  response regulator receiver protein  34.82 
 
 		 252 aa  122  4e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2502  putative two-component response-regulatory protein YehT  32.63 
 
 		 236 aa  122  6e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00178929  normal  0.0452702 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2671  response regulator receiver protein  36.4 
 
 		 243 aa  122  6e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000586434 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2906  two component transcriptional regulator, LytTR family  32.93 
 
 		 245 aa  121  8e-27  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>