More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPF_1872 on replicon NC_008261
Organism: Clostridium perfringens ATCC 13124



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008261  CPF_1872  ATP-dependent DNA helicase UvrD  100 
 
 		 763 aa  1521    Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1591  ATP-dependent DNA helicase UvrD  98.69 
 
 		 763 aa  1501    Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.68447  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0895  superfamily I DNA helicase  37.08 
 
 		 755 aa  469  1.0000000000000001e-131  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.531504  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3423  superfamily I DNA helicase  35.83 
 
 		 760 aa  459  9.999999999999999e-129  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000327842  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2623  uvrD/Rep helicase family protein  36.69 
 
 		 689 aa  398  1e-109  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.000508135  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2539  UvrD/Rep helicase family protein  36.55 
 
 		 689 aa  396  1e-109  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.0000078955  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2814  uvrD/Rep helicase family protein  36.69 
 
 		 689 aa  398  1e-109  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  unclonable  0.0000000183326  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2821  uvrD/Rep helicase family protein  36.6 
 
 		 689 aa  398  1e-109  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000164243 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2615  UvrD/Rep helicase family protein  36.1 
 
 		 691 aa  397  1e-109  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.000204354  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2469  UvrD/Rep helicase family protein  35.98 
 
 		 691 aa  395  1e-108  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.00119782  normal  0.334322 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2839  uvrD/Rep helicase family protein  36.46 
 
 		 689 aa  391  1e-107  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000185117  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2572  UvrD/Rep helicase family protein  36.12 
 
 		 689 aa  390  1e-107  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000433537  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2861  uvrD/Rep helicase family protein  36.27 
 
 		 689 aa  392  1e-107  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000106246  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2823  UvrD/Rep helicase family protein  35.84 
 
 		 691 aa  392  1e-107  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.271387  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0875  hypothetical protein  31.82 
 
 		 712 aa  351  4e-95  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2268  ATP-dependent DNA helicase replicase  32.45 
 
 		 753 aa  323  6e-87  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000472116  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0566  helicase, putative  34.07 
 
 		 706 aa  313  9e-84  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.712813  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0580  putative helicase  34.07 
 
 		 706 aa  312  2e-83  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.937698  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3516  hypothetical protein  30.77 
 
 		 768 aa  286  7e-76  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1050  hypothetical protein  31.38 
 
 		 702 aa  285  2.0000000000000002e-75  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1632  ATP-dependent DNA helicase rep  30.43 
 
 		 703 aa  283  8.000000000000001e-75  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1990  UvrD/REP helicase  29.76 
 
 		 780 aa  283  1e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.486278  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0083  hypothetical protein  28.16 
 
 		 785 aa  281  2e-74  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1440  superfamily I DNA/RNA helicase  29.71 
 
 		 762 aa  269  2e-70  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1963  helicase  29.89 
 
 		 748 aa  268  2e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0973  UvrD/Rep family helicase  28.83 
 
 		 776 aa  268  2.9999999999999995e-70  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1040  UvrD/Rep family helicase  28.83 
 
 		 776 aa  268  2.9999999999999995e-70  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1118  helicase, UvrD/Rep family  28.53 
 
 		 776 aa  267  5e-70  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0603205 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0961  ATP-dependent DNA helicase replicase  28.23 
 
 		 776 aa  266  7e-70  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0951  ATP-dependent DNA helicase replicase  28.63 
 
 		 777 aa  266  1e-69  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0956  UvrD/REP helicase  28.25 
 
 		 778 aa  266  1e-69  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.161891  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1075  helicase, UvrD/Rep family  28.23 
 
 		 777 aa  266  1e-69  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1110  hypothetical protein  28.42 
 
 		 702 aa  265  2e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.924141 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4227  helicase, UvrD/Rep family  28.1 
 
 		 778 aa  264  4e-69  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00019989  hitchhiker  0.000557099 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1206  helicase, UvrD/Rep family  28.33 
 
 		 777 aa  264  4.999999999999999e-69  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1882  superfamily I DNA/RNA helicase  28.84 
 
 		 787 aa  258  3e-67  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1680  superfamily I DNA/RNA helicase  29.42 
 
 		 764 aa  256  8e-67  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.119697  hitchhiker  0.00309861 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1625  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  28.8 
 
 		 768 aa  246  9.999999999999999e-64  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0201  superfamily I DNA/RNA helicase-like protein  27.2 
 
 		 772 aa  237  6e-61  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_05840  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.02 
 
 		 698 aa  179  2e-43  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.0355773  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4871  hypothetical protein  24.04 
 
 		 666 aa  179  2e-43  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4146  putative ATP-dependent DNA helicase  24.41 
 
 		 717 aa  175  2.9999999999999996e-42  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1829  ATP-dependent DNA helicase  24.15 
 
 		 706 aa  172  3e-41  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4077  hypothetical protein  25.34 
 
 		 695 aa  171  3e-41  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0451671 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2397  putative ATP/GTP binding protein  23.11 
 
 		 727 aa  169  2e-40  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.115029  normal  0.0547233 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4092  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  22.15 
 
 		 670 aa  169  2e-40  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.445905  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3297  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  23.61 
 
 		 659 aa  168  2.9999999999999998e-40  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.925836 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21750  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.04 
 
 		 695 aa  168  4e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.114546 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8108  ATP-dependent DNA helicase  24.23 
 
 		 719 aa  165  2.0000000000000002e-39  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0489  hypothetical protein  22.09 
 
 		 692 aa  162  2e-38  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0388236 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4508  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  23.41 
 
 		 693 aa  161  5e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00160  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.08 
 
 		 706 aa  160  6e-38  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.805287 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0164  ATP-dependent DNA helicase  24.93 
 
 		 684 aa  158  3e-37  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.532739 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22980  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.48 
 
 		 741 aa  158  3e-37  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.51647  normal  0.435822 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0360  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  23.84 
 
 		 736 aa  158  3e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1900  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  23.68 
 
 		 724 aa  153  8.999999999999999e-36  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3607  ATP-dependent DNA helicase  22.41 
 
 		 759 aa  151  4e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0408041 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2447  putative ATP-dependent DNA helicase  23.37 
 
 		 792 aa  150  7e-35  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.250058  normal  0.190451 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5052  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  23.95 
 
 		 733 aa  150  1.0000000000000001e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.540758  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_10650  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.49 
 
 		 747 aa  150  1.0000000000000001e-34  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.85506  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24030  DNA/RNA helicase, superfamily I  24.93 
 
 		 710 aa  148  3e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3796  putative helicase  23.69 
 
 		 735 aa  147  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0962  hypothetical protein  23.13 
 
 		 703 aa  143  9e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.916066  normal  0.251911 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1059  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  23.18 
 
 		 732 aa  141  4.999999999999999e-32  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.394879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14320  DNA/RNA helicase, superfamily I  23.56 
 
 		 758 aa  140  8.999999999999999e-32  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00598075  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2679  Superfamily I DNA and RNA helicase  22.3 
 
 		 1048 aa  137  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.357877  normal  0.0252741 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0025  UvrD/Rep helicase family protein  24.46 
 
 		 852 aa  136  9.999999999999999e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2547  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  21.05 
 
 		 861 aa  128  4.0000000000000003e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0101417  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4104  AAA ATPase  35.24 
 
 		 799 aa  126  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.133628  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3388  hypothetical protein  34.34 
 
 		 706 aa  126  2e-27  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.667328 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3352  superfamily I DNA and RNA helicase  21.72 
 
 		 715 aa  122  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1438  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  31.34 
 
 		 767 aa  122  3.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.0481652  normal  0.535977 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2428  ATP-dependent DNA helicase  31.23 
 
 		 726 aa  121  6e-26  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0523427  normal  0.292743 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1224  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  30.68 
 
 		 645 aa  120  7.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.188464 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2835  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  32.56 
 
 		 716 aa  120  9.999999999999999e-26  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3817  hypothetical protein  33.22 
 
 		 765 aa  120  9.999999999999999e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3630  hypothetical protein  35.35 
 
 		 705 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000100418 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09430  DNA/RNA helicase, superfamily I  32.09 
 
 		 705 aa  119  3e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.260549 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_0108  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  29.08 
 
 		 804 aa  118  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2903  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  22.68 
 
 		 732 aa  118  3.9999999999999997e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0195315  hitchhiker  0.0000337224 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1575  UvrD/REP helicase  34.58 
 
 		 750 aa  118  3.9999999999999997e-25  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0191582 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5645  putative helicase  34.07 
 
 		 724 aa  117  6e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.577217  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16000  DNA/RNA helicase, superfamily I  37.56 
 
 		 813 aa  117  7.999999999999999e-25  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2425  hypothetical protein  35.59 
 
 		 771 aa  117  7.999999999999999e-25  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.548064  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5266  putative helicase  32.96 
 
 		 724 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5355  putative helicase  32.96 
 
 		 724 aa  116  1.0000000000000001e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0765  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  35.27 
 
 		 832 aa  116  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.360581  normal  0.192195 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4482  hypothetical protein  32.61 
 
 		 680 aa  115  3e-24  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5818  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  37.91 
 
 		 766 aa  115  3e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.814611 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2598  putative helicase  30.21 
 
 		 734 aa  115  3e-24  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.75582 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0171  superfamily I DNA and RNA helicase  32.74 
 
 		 759 aa  115  4.0000000000000004e-24  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0576  DNA or RNA helicase, Superfamily I family protein  26.29 
 
 		 758 aa  115  4.0000000000000004e-24  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.0841204 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2694  hypothetical protein  28.42 
 
 		 679 aa  114  6e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.129277 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1262  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  32.34 
 
 		 757 aa  114  9e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.188499  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0952  putative helicase  34.55 
 
 		 829 aa  114  9e-24  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.249866 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1135  hypothetical protein  28.4 
 
 		 269 aa  112  2.0000000000000002e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0285416  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8908  Superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  28.73 
 
 		 672 aa  113  2.0000000000000002e-23  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_4154  superfamily I DNA and RNA helicase  31.03 
 
 		 742 aa  112  2.0000000000000002e-23  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.534763  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5043  superfamily I DNA and RNA helicase-like protein  30.94 
 
 		 685 aa  112  3e-23  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1826  superfamily I DNA and RNA helicase  29.14 
 
 		 716 aa  111  5e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.200376  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>