More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_3614 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  68.05 
 
 
458 aa  646  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  73.67 
 
 
457 aa  699  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  70.22 
 
 
461 aa  693  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  100 
 
 
455 aa  932  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  63.6 
 
 
457 aa  622  1e-177  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  66.67 
 
 
453 aa  620  1e-176  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  64 
 
 
453 aa  609  1e-173  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1168  DNA repair protein RadA  62.26 
 
 
463 aa  598  1e-170  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.215526 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  62.5 
 
 
454 aa  591  1e-168  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0227  DNA repair protein RadA  54.17 
 
 
461 aa  504  1e-141  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  51.88 
 
 
457 aa  484  1e-135  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  51.2 
 
 
457 aa  474  1e-132  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  52.08 
 
 
458 aa  472  1e-132  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  52.55 
 
 
458 aa  473  1e-132  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  53.01 
 
 
458 aa  472  1e-132  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  52.08 
 
 
458 aa  469  1e-131  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  52.08 
 
 
458 aa  470  1e-131  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  52.08 
 
 
458 aa  469  1e-131  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  52.08 
 
 
458 aa  470  1e-131  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  52.08 
 
 
458 aa  470  1e-131  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  52.08 
 
 
458 aa  469  1e-131  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  51.73 
 
 
453 aa  471  1e-131  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  52.08 
 
 
458 aa  469  1e-131  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  51.22 
 
 
459 aa  468  1e-130  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  1.02144e-10 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  51.62 
 
 
458 aa  467  1e-130  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  49.78 
 
 
484 aa  462  1e-129  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  49.89 
 
 
449 aa  452  1e-126  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  48.23 
 
 
457 aa  451  1e-125  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  47.71 
 
 
470 aa  450  1e-125  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  50.23 
 
 
454 aa  449  1e-125  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  52.08 
 
 
453 aa  449  1e-125  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  50.23 
 
 
454 aa  449  1e-125  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  50.35 
 
 
454 aa  445  1e-124  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  50.33 
 
 
451 aa  448  1e-124  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  1.21912e-15  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  49.01 
 
 
450 aa  441  1e-122  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  1.97198e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  50.8 
 
 
454 aa  440  1e-122  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  45.8 
 
 
460 aa  435  1e-121  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.85269e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  47.23 
 
 
452 aa  435  1e-121  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0182  DNA repair protein RadA  52.16 
 
 
449 aa  435  1e-121  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  48.16 
 
 
465 aa  437  1e-121  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  49.3 
 
 
457 aa  437  1e-121  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  49.53 
 
 
448 aa  432  1e-120  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  47.25 
 
 
453 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  48.02 
 
 
448 aa  432  1e-120  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  48.15 
 
 
489 aa  429  1e-119  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  48.5 
 
 
453 aa  430  1e-119  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  7.66532e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  45.45 
 
 
520 aa  429  1e-119  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  46.42 
 
 
455 aa  429  1e-119  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  47.03 
 
 
453 aa  431  1e-119  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  46.61 
 
 
453 aa  429  1e-119  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  48.83 
 
 
450 aa  430  1e-119  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  46.41 
 
 
453 aa  428  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  45.61 
 
 
514 aa  425  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  45.99 
 
 
455 aa  427  1e-118  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  46.42 
 
 
455 aa  427  1e-118  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  45.61 
 
 
514 aa  425  1e-118  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  47.66 
 
 
457 aa  426  1e-118  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0182  DNA repair protein RadA  47.09 
 
 
445 aa  425  1e-118  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.28154  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  46.85 
 
 
476 aa  422  1e-117  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  49.41 
 
 
453 aa  420  1e-116  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  47.44 
 
 
449 aa  420  1e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  44.81 
 
 
456 aa  415  1e-115  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  44.87 
 
 
507 aa  418  1e-115  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  45.05 
 
 
453 aa  416  1e-115  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0373  DNA repair protein RadA  46.48 
 
 
452 aa  416  1e-115  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0711643  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  44.81 
 
 
456 aa  415  1e-115  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1348  DNA repair protein RadA  49.23 
 
 
460 aa  418  1e-115  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  44.81 
 
 
456 aa  415  1e-115  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  48.46 
 
 
447 aa  416  1e-115  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  46.19 
 
 
462 aa  415  1e-115  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0778  DNA repair protein RadA  48.35 
 
 
454 aa  415  1e-114  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  44.69 
 
 
477 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02051  DNA repair protein RadA  47.54 
 
 
459 aa  410  1e-113  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.169271  normal  0.619218 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0729  DNA repair protein RadA  46.85 
 
 
467 aa  408  1e-113  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.634843 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0589  DNA repair protein RadA  44.74 
 
 
451 aa  410  1e-113  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.268839  hitchhiker  1.37134e-16 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0626  DNA repair protein RadA  44.54 
 
 
459 aa  409  1e-113  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.478337  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1204  DNA repair protein RadA  48.73 
 
 
457 aa  409  1e-113  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1507  DNA repair protein RadA  45.24 
 
 
466 aa  410  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0927  DNA repair protein RadA  43.82 
 
 
482 aa  409  1e-113  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1499  DNA repair protein RadA  47.54 
 
 
459 aa  410  1e-113  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01471  DNA repair protein RadA  45.63 
 
 
461 aa  410  1e-113  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1487  DNA repair protein RadA  44.12 
 
 
481 aa  409  1e-113  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.652724  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002636  DNA repair protein RadA  44.66 
 
 
459 aa  408  1e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00949545  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  46.46 
 
 
448 aa  406  1e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1111  DNA repair protein RadA  47.8 
 
 
457 aa  406  1e-112  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  46.12 
 
 
452 aa  405  1e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  46.12 
 
 
452 aa  405  1e-112  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  44.23 
 
 
457 aa  405  1e-112  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  45.27 
 
 
452 aa  402  1e-111  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04230  hypothetical protein  44.06 
 
 
460 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5903  DNA repair protein RadA  44.06 
 
 
460 aa  402  1e-111  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4624  DNA repair protein RadA  44.06 
 
 
460 aa  402  1e-111  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4936  DNA repair protein RadA  44.06 
 
 
460 aa  402  1e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4938  DNA repair protein RadA  44.06 
 
 
460 aa  402  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.664332 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3667  DNA repair protein RadA  44.06 
 
 
460 aa  402  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.696085 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0827  DNA repair protein RadA  44.88 
 
 
482 aa  404  1e-111  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04265  predicted repair protein  44.06 
 
 
460 aa  402  1e-111  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4988  DNA repair protein RadA  44.06 
 
 
460 aa  402  1e-111  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03370  DNA repair protein RadA  44.23 
 
 
459 aa  405  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  45.3 
 
 
453 aa  404  1e-111  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>