More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cag_0778 on replicon NC_007514
Organism: Chlorobium chlorochromatii CaD3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011059  Paes_1179  DNA repair protein RadA  74.51 
 
 		 457 aa  699    Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.595072 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0926  DNA repair protein RadA  78.15 
 
 		 455 aa  736    Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0778  DNA repair protein RadA  100 
 
 		 454 aa  925    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1443  DNA repair protein RadA  68.35 
 
 		 454 aa  637    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1111  DNA repair protein RadA  80.18 
 
 		 457 aa  718    Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1204  DNA repair protein RadA  83.66 
 
 		 457 aa  769    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0996  DNA repair protein RadA  78.87 
 
 		 456 aa  708    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2764  DNA repair protein RadA  49.34 
 
 		 460 aa  441  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000385269  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1786  DNA repair protein RadA  46.9 
 
 		 454 aa  435  1e-121  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000301687  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0301  DNA repair protein RadA  47.03 
 
 		 457 aa  431  1e-119  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0082  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 458 aa  425  1e-118  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0077  DNA repair protein RadA  48.47 
 
 		 458 aa  428  1e-118  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0082  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 458 aa  425  1e-118  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0079  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 458 aa  425  1e-118  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0078  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 458 aa  425  1e-118  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0092  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 458 aa  425  1e-118  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  6.92971e-61 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2341  DNA repair protein RadA  47.15 
 
 		 453 aa  426  1e-118  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0080  DNA repair protein RadA  47.28 
 
 		 484 aa  426  1e-118  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0112  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 458 aa  425  1e-118  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.328977  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0081  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 458 aa  425  1e-118  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5223  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 458 aa  428  1e-118  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00190969  unclonable  1.94383e-25 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3614  DNA repair protein RadA  48.35 
 
 		 455 aa  427  1e-118  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.356128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0318  DNA repair protein RadA  47.92 
 
 		 470 aa  427  1e-118  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3459  DNA repair protein RadA  48.05 
 
 		 452 aa  423  1e-117  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.261832  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0084  DNA repair protein RadA  47.28 
 
 		 457 aa  422  1e-117  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.391084  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0836  DNA repair protein RadA  47.33 
 
 		 457 aa  424  1e-117  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0984957  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0103  DNA repair protein RadA  48.25 
 
 		 458 aa  425  1e-117  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00530334  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0400  DNA repair protein RadA  48.46 
 
 		 450 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000197198  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0077  DNA repair protein RadA  47.38 
 
 		 458 aa  416  9.999999999999999e-116  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0130  DNA repair protein RadA  46.14 
 
 		 453 aa  415  9.999999999999999e-116  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000766532  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0285  DNA repair protein RadA  46.7 
 
 		 450 aa  413  1e-114  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0463822  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1987  DNA repair protein RadA  48.36 
 
 		 453 aa  414  1e-114  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.355792 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3277  DNA repair protein RadA  47.37 
 
 		 449 aa  415  1e-114  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.142573  normal  0.6246 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2490  DNA repair protein RadA  49.19 
 
 		 489 aa  414  1e-114  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.858464  normal  0.0874227 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0184  DNA repair protein RadA  48.14 
 
 		 476 aa  412  1e-114  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00274159  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3255  DNA repair protein RadA  47.75 
 
 		 465 aa  415  1e-114  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0776  DNA repair protein RadA  47.4 
 
 		 448 aa  409  1e-113  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0562  DNA repair protein RadA  45.35 
 
 		 454 aa  411  1e-113  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0548  DNA repair protein RadA  45.35 
 
 		 454 aa  411  1e-113  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5249  DNA repair protein RadA  46.27 
 
 		 453 aa  408  1e-113  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1707  DNA repair protein RadA  48.49 
 
 		 453 aa  409  1e-113  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0112208  normal  0.59861 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0263  DNA repair protein RadA  46.14 
 
 		 452 aa  410  1e-113  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.992448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2354  DNA repair protein RadA  45.32 
 
 		 514 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.561638  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1348  DNA repair protein RadA  49.23 
 
 		 460 aa  408  1.0000000000000001e-112  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2303  DNA repair protein RadA  45.32 
 
 		 514 aa  405  1.0000000000000001e-112  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4772  DNA repair protein RadA  46.02 
 
 		 457 aa  405  1.0000000000000001e-112  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000283378 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60990  DNA repair protein RadA  46.05 
 
 		 453 aa  408  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0423  DNA repair protein RadA  45.37 
 
 		 448 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2440  DNA repair protein RadA  48.09 
 
 		 452 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.526497  hitchhiker  0.000264442 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0166  DNA repair protein RadA  45.03 
 
 		 457 aa  402  1e-111  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2817  DNA repair protein RadA  48.09 
 
 		 452 aa  402  1e-111  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2739  DNA repair protein RadA  48.02 
 
 		 448 aa  404  1e-111  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00880  DNA repair protein RadA  47.44 
 
 		 451 aa  402  1e-111  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.00000000000000121912  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0841  DNA repair protein RadA  45.12 
 
 		 457 aa  400  9.999999999999999e-111  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0756  DNA repair protein RadA  46.29 
 
 		 453 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.752  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4640  DNA repair protein RadA  45.67 
 
 		 455 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2274  DNA repair protein RadA  45.18 
 
 		 450 aa  398  9.999999999999999e-111  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4275  DNA repair protein RadA  45.89 
 
 		 455 aa  399  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.783093  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4885  DNA repair protein RadA  45.32 
 
 		 455 aa  401  9.999999999999999e-111  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0828  DNA repair protein RadA  46.21 
 
 		 453 aa  400  9.999999999999999e-111  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0506  DNA repair protein RadA  46.88 
 
 		 461 aa  399  9.999999999999999e-111  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.382346  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41070  DNA repair protein RadA  46.51 
 
 		 453 aa  400  9.999999999999999e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.51547  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0422  DNA repair protein RadA  47.35 
 
 		 448 aa  400  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.00757431  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0125  DNA repair protein RadA  45.26 
 
 		 458 aa  399  9.999999999999999e-111  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0336  DNA repair protein RadA  45.85 
 
 		 459 aa  400  9.999999999999999e-111  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000102144 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4206  DNA repair protein RadA  44.35 
 
 		 520 aa  396  1e-109  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4644  DNA repair protein RadA  45.55 
 
 		 456 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.592741 
 
 
-
 
NC_002950  PG0227  DNA repair protein RadA  46.56 
 
 		 461 aa  396  1e-109  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0110  DNA repair protein RadA  46.37 
 
 		 454 aa  395  1e-109  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.242522  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0794  DNA repair protein RadA  45.65 
 
 		 477 aa  395  1e-109  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4506  DNA repair protein RadA  45.55 
 
 		 456 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4638  DNA repair protein RadA  45.55 
 
 		 456 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.854791  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1311  DNA repair protein RadA  46.81 
 
 		 456 aa  392  1e-108  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1385  DNA repair protein RadA  45.58 
 
 		 447 aa  394  1e-108  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.674348  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2246  DNA repair protein RadA  44.94 
 
 		 450 aa  394  1e-108  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_2129  DNA repair protein RadA  44.2 
 
 		 454 aa  394  1e-108  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.124782  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2476  DNA repair protein RadA  46.1 
 
 		 458 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0409258  hitchhiker  0.0000251063 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1168  DNA repair protein RadA  44.61 
 
 		 463 aa  394  1e-108  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.215526 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3455  DNA repair protein RadA  48.47 
 
 		 462 aa  393  1e-108  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02991  DNA repair protein RadA  43.36 
 
 		 455 aa  394  1e-108  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1245  DNA repair protein RadA  46.81 
 
 		 456 aa  393  1e-108  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.579553 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1280  DNA repair protein RadA  42.98 
 
 		 454 aa  394  1e-108  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0390  DNA repair protein RadA  46.83 
 
 		 449 aa  392  1e-108  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0198908  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2361  DNA repair protein RadA  45.9 
 
 		 453 aa  393  1e-108  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1877  DNA repair protein RadA  43.8 
 
 		 507 aa  389  1e-107  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.647793 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5347  DNA repair protein RadA  46.32 
 
 		 458 aa  389  1e-107  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.42403 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01540  DNA repair protein RadA  44.81 
 
 		 464 aa  389  1e-107  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.850923  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0646  DNA repair protein RadA  43.67 
 
 		 463 aa  388  1e-107  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0256  DNA repair protein RadA  45.88 
 
 		 457 aa  391  1e-107  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00319082  normal  0.307702 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1661  DNA repair protein RadA  46.32 
 
 		 458 aa  389  1e-107  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0578663  normal  0.050684 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0839  DNA repair protein RadA  43.91 
 
 		 458 aa  389  1e-107  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0510  DNA repair protein RadA  45.04 
 
 		 458 aa  390  1e-107  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.150975  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2178  DNA repair protein RadA  45.88 
 
 		 463 aa  389  1e-107  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.965225  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2743  DNA repair protein RadA  42.76 
 
 		 453 aa  391  1e-107  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2430  DNA repair protein RadA  42.76 
 
 		 453 aa  390  1e-107  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01480  putative DNA repair protein  46.93 
 
 		 453 aa  389  1e-107  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0731  DNA repair protein RadA  43.67 
 
 		 463 aa  388  1e-107  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2057  DNA repair protein RadA  45.89 
 
 		 458 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.168969  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0878  DNA repair protein RadA  45.62 
 
 		 457 aa  387  1e-106  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1803  DNA repair protein RadA  49.3 
 
 		 452 aa  385  1e-106  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>