More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bind_0029 on replicon NC_010581
Organism: Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010581  Bind_0029  short chain dehydrogenase  100 
 
 
278 aa  567  1e-161  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.148269  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0040  short chain dehydrogenase  93.53 
 
 
283 aa  535  1e-151  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.262261  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4288  short chain dehydrogenase  76.09 
 
 
287 aa  440  1e-122  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.861996 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1249  short chain dehydrogenase  73.19 
 
 
279 aa  420  1e-116  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2479  short chain dehydrogenase  71.38 
 
 
279 aa  410  1e-113  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5810  short chain dehydrogenase  59.06 
 
 
278 aa  350  1e-95  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.930868  normal  0.729107 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0909  short chain dehydrogenase  52.81 
 
 
273 aa  307  1e-82  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.34519  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5046  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  56 
 
 
291 aa  301  6e-81  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2448  short chain dehydrogenase  51.85 
 
 
277 aa  292  3e-78  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_10740  short chain dehydrogenase  50.56 
 
 
278 aa  280  2e-74  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.896736  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1406  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.26 
 
 
267 aa  278  5e-74  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0615665  normal  0.271714 
 
 
-
 
NC_003296  RS03890  short chain dehydrogenase  52.63 
 
 
276 aa  271  6e-72  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.606349 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2717  short chain dehydrogenase  52.42 
 
 
276 aa  271  8e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0983  short chain dehydrogenase  49.26 
 
 
277 aa  263  2e-69  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622863  normal 
 
 
-
 
NC_011885  Cyan7425_0007  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  46.64 
 
 
300 aa  233  2e-60  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  n/a    normal  0.67964 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1560  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  43.25 
 
 
272 aa  222  7e-57  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1001  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  43.8 
 
 
285 aa  208  7e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0101  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.24 
 
 
272 aa  208  1e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0736  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.3 
 
 
272 aa  206  4e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013744  Htur_3849  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.42 
 
 
314 aa  205  5e-52  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.0687851  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0069  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  42.59 
 
 
277 aa  202  4e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.367303  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6366  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.79 
 
 
280 aa  197  2e-49  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.152344 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0065  Short-chain dehydrogenase of various substrate specificities  41.83 
 
 
274 aa  197  2e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2968  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.62 
 
 
272 aa  192  4e-48  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.118258  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2581  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.93 
 
 
285 aa  191  8e-48  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.300574 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0964  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.68 
 
 
306 aa  190  2e-47  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1352  oxidoreductase  43.95 
 
 
275 aa  190  3e-47  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.904457  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.34 
 
 
278 aa  185  9e-46  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.719818  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0723  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  36.9 
 
 
275 aa  184  2e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.158642  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2582  short chain dehydrogenase  37.18 
 
 
291 aa  183  2e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0166341  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2806  short chain dehydrogenase  36.82 
 
 
291 aa  183  3e-45  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.928497  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0558  short chain dehydrogenase  39.55 
 
 
272 aa  182  4e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.449424 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2506  short chain dehydrogenase  36.46 
 
 
291 aa  182  5e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.444632 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2590  short chain dehydrogenase  36.79 
 
 
291 aa  180  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2787  short chain dehydrogenase  36.1 
 
 
291 aa  181  2e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2507  short chain dehydrogenase  36.43 
 
 
291 aa  180  3e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2783  short chain dehydrogenase  37.18 
 
 
291 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.0502462 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2778  short chain dehydrogenase  36.79 
 
 
281 aa  179  4e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.143428  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2827  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
291 aa  179  4e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.199916  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2944  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  51.98 
 
 
291 aa  179  5e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0718028  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5220  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.21 
 
 
279 aa  179  6e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2060  short chain dehydrogenase  41.7 
 
 
270 aa  176  4e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0498  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.55 
 
 
273 aa  176  6e-43  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  4.06118e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2541  short chain dehydrogenase  35.71 
 
 
291 aa  175  9e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  1.42979e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6615  short chain dehydrogenase  38.87 
 
 
271 aa  174  1e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.522985  normal  0.0823373 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0715  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
269 aa  173  2e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.965054  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1655  hypothetical protein  35.69 
 
 
283 aa  172  5e-42  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2049  short chain dehydrogenase  39.85 
 
 
286 aa  172  8e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  2.00632e-05 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1905  short chain dehydrogenase  36.36 
 
 
280 aa  171  1e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0945301  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1648  hypothetical protein  35.69 
 
 
283 aa  171  1e-41  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2175  short chain dehydrogenase  38.93 
 
 
272 aa  171  1e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.328635  hitchhiker  0.00607004 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4153  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.26 
 
 
273 aa  170  2e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.06 
 
 
276 aa  169  4e-41  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    decreased coverage  2.24332e-12 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6182  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.77 
 
 
271 aa  169  4e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0362247 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2942  short chain dehydrogenase  39.53 
 
 
280 aa  169  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.976984  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3107  short-chain alcohol-related dehydrogenase  34.93 
 
 
272 aa  169  5e-41  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6205  short chain dehydrogenase  39.35 
 
 
274 aa  169  6e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.218013  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6701  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.45 
 
 
271 aa  167  1e-40  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4155  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  37.36 
 
 
271 aa  167  1e-40  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1321  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.3 
 
 
271 aa  167  2e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.318083 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4568  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.94 
 
 
267 aa  166  3e-40  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0909607  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1733  short chain dehydrogenase  37.64 
 
 
286 aa  166  3e-40  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6445  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.81 
 
 
275 aa  166  4e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2393  short chain dehydrogenase  36.56 
 
 
344 aa  166  4e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.895738 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1126  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.5 
 
 
338 aa  166  6e-40  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2629  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.11 
 
 
317 aa  165  6e-40  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3209  short chain dehydrogenase  41.88 
 
 
268 aa  164  1e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.821388  normal  0.102605 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10768  putative oxidoreductase  36.76 
 
 
304 aa  164  1e-39  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.465871  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1586  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.59 
 
 
271 aa  163  3e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4099  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  36.84 
 
 
292 aa  163  3e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0934887  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0982  short chain dehydrogenase  38.87 
 
 
285 aa  162  4e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.31 
 
 
273 aa  163  4e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0700292  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2007  short chain dehydrogenase  47.85 
 
 
276 aa  162  5e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.372157  normal  0.691247 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0106  short chain dehydrogenase  40.47 
 
 
284 aa  162  7e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.417565  normal  0.806146 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4537  short chain dehydrogenase  47.06 
 
 
277 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.791689 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4114  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37 
 
 
273 aa  161  1e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.953941  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1687  short chain dehydrogenase  47.12 
 
 
279 aa  160  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5104  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.97 
 
 
284 aa  160  2e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1861  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  38.01 
 
 
270 aa  160  3e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0952097  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2279  short chain dehydrogenase  40.15 
 
 
272 aa  159  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.15727 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4702  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.57 
 
 
272 aa  159  4e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.315563  normal  0.0714958 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6919  short chain dehydrogenase  38.52 
 
 
276 aa  159  5e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2202  short chain dehydrogenase  46.24 
 
 
276 aa  159  6e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.516821  decreased coverage  0.00204142 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0942  short chain dehydrogenase  40.85 
 
 
268 aa  158  8e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_46420  short chain dehydrogenase  39.29 
 
 
277 aa  157  1e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000350021  hitchhiker  0.000971378 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0843  short chain dehydrogenase  38.89 
 
 
275 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.767433  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0086  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.04 
 
 
272 aa  156  4e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3545  short chain dehydrogenase  42.67 
 
 
268 aa  155  5e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.351676  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6377  short chain dehydrogenase  44.92 
 
 
277 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1451  short chain dehydrogenase  44.92 
 
 
277 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7041  short chain dehydrogenase  44.92 
 
 
277 aa  155  6e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.198805  normal  0.204999 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0301  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.47 
 
 
305 aa  155  9e-37  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0783167 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1004  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.57 
 
 
286 aa  154  2e-36  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.35 
 
 
267 aa  153  3e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0604  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.63 
 
 
268 aa  153  4e-36  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.710903  normal  0.301955 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0703  Short-chain alcohol dehydrogenase  44.57 
 
 
284 aa  152  5e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.465762  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4296  short chain dehydrogenase  44.39 
 
 
280 aa  152  5e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0295  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  37.25 
 
 
289 aa  152  6e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.312268  normal  0.0519409 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5725  short chain dehydrogenase  46.03 
 
 
277 aa  152  8e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.519964  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0206  short chain dehydrogenase  35.23 
 
 
284 aa  152  8e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>