More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_1960 on replicon NC_008390
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_0205  putative oxidoreductase  81.01 
 
 
574 aa  977    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321427  normal  0.765338 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1298  putative oxidoreductase  95.16 
 
 
579 aa  1146    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.10343 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4191  putative oxidoreductase  70.49 
 
 
580 aa  830    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3785  putative oxidoreductase/HEAT repeat-containing protein  59 
 
 
954 aa  667    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.824517  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4884  putative oxidoreductase  69.08 
 
 
578 aa  815    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.245713  normal  0.346185 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0678  putative oxidoreductase  67.49 
 
 
578 aa  801    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.434606 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4067  putative oxidoreductase  63.72 
 
 
569 aa  741    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.594531 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1887  putative oxidoreductase  99.48 
 
 
579 aa  1197    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217811  normal  0.846517 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3163  putative oxidoreductase  81.16 
 
 
576 aa  986    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.410228  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3676  putative oxidoreductase  69.61 
 
 
582 aa  826    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.545814  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5287  putative oxidoreductase  96.72 
 
 
579 aa  1170    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0886566 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4093  putative oxidoreductase  84.84 
 
 
574 aa  1014    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.668775  normal  0.807912 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1478  putative oxidoreductase  68.2 
 
 
591 aa  805    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6149  putative oxidoreductase  69.28 
 
 
583 aa  824    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4205  putative oxidoreductase  84.84 
 
 
574 aa  1014    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6105  putative oxidoreductase  96.72 
 
 
579 aa  1151    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224874  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1960  putative oxidoreductase  100 
 
 
579 aa  1204    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34900  putative oxidoreductase  81.18 
 
 
574 aa  986    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000183064  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1972  putative oxidoreductase  96.89 
 
 
579 aa  1152    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4196  putative oxidoreductase  69.65 
 
 
580 aa  820    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.616255  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1996  putative oxidoreductase  96.72 
 
 
579 aa  1149    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2801  putative oxidoreductase  68.64 
 
 
578 aa  828    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312547  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5013  putative oxidoreductase  81.36 
 
 
574 aa  988    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3351  putative oxidoreductase  69.43 
 
 
582 aa  825    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.583827  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2224  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  43.42 
 
 
610 aa  456  1e-127  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.559161 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0271  putative oxidoreductase  38.05 
 
 
573 aa  376  1e-103  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02120  adenylylsulfate reductase subunit alpha  29.64 
 
 
574 aa  254  3e-66  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0788  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  30.39 
 
 
579 aa  241  2e-62  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1710  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  31.09 
 
 
594 aa  236  1.0000000000000001e-60  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2057  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  31.09 
 
 
556 aa  223  9.999999999999999e-57  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1191  adenylylsulfate reductase subunit alpha  27.11 
 
 
563 aa  181  2.9999999999999997e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1830  adenylylsulfate reductase subunit alpha  27.17 
 
 
566 aa  170  6e-41  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2282  adenylylsulfate reductase subunit alpha  26.39 
 
 
622 aa  166  2.0000000000000002e-39  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0065  adenylylsulfate reductase, alpha subunit  25.98 
 
 
632 aa  160  5e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.683279  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0924  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  26.33 
 
 
590 aa  160  6e-38  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1048  adenylylsulfate reductase subunit alpha  26.13 
 
 
634 aa  156  1e-36  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0255965  normal  0.0162611 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0350  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25 
 
 
622 aa  154  5.9999999999999996e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.823555  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1428  adenylylsulfate reductase subunit alpha  27.83 
 
 
627 aa  146  9e-34  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.102541 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0430  succinate dehydrogenase subunit A  25.41 
 
 
568 aa  145  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3522  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  27.01 
 
 
564 aa  144  6e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000707251  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1080  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.91 
 
 
635 aa  143  9.999999999999999e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0998  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.48 
 
 
659 aa  137  4e-31  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000010424  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1114  succinate dehydrogenase subunit A  26.11 
 
 
573 aa  135  9.999999999999999e-31  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.358332  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0273  adenylylsulfate reductase subunit alpha  26.95 
 
 
635 aa  135  1.9999999999999998e-30  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000000319347  hitchhiker  0.0000001391 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1235  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.36 
 
 
629 aa  134  6e-30  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1889  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  23.51 
 
 
591 aa  132  2.0000000000000002e-29  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000177663  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0637  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.55 
 
 
624 aa  131  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5284  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  27.57 
 
 
563 aa  130  9.000000000000001e-29  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0677  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.69 
 
 
566 aa  127  4.0000000000000003e-28  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0486405  hitchhiker  0.0000605931 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1885  adenylylsulfate reductase subunit alpha  25.61 
 
 
629 aa  127  5e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00911706  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0210  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  24.96 
 
 
579 aa  127  7e-28  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0936  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.04 
 
 
578 aa  122  1.9999999999999998e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0039  adenylylsulfate reductase subunit alpha  24.43 
 
 
658 aa  121  3.9999999999999996e-26  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0540157  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11584  fumarate reductase flavoprotein subunit  26.31 
 
 
583 aa  120  7.999999999999999e-26  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal  0.532611 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1206  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  25.13 
 
 
596 aa  119  1.9999999999999998e-25  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3577  adenylylsulfate reductase subunit alpha  24.79 
 
 
625 aa  119  1.9999999999999998e-25  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000483589  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0174  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  26.74 
 
 
542 aa  118  3e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0476634  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1878  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  26.04 
 
 
591 aa  117  5e-25  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.178355  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1882  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.25 
 
 
575 aa  117  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.764609  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1856  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.25 
 
 
575 aa  117  7.999999999999999e-25  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3894  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.87 
 
 
605 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.197251  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2952  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  26.94 
 
 
600 aa  116  1.0000000000000001e-24  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.090106  decreased coverage  0.000187391 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4278  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.21 
 
 
605 aa  116  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.954448 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0170  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  24.33 
 
 
566 aa  115  2.0000000000000002e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1585  adenylylsulfate reductase subunit alpha  24.68 
 
 
657 aa  115  2.0000000000000002e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000155329  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3602  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.71 
 
 
605 aa  115  3e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.609874  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2474  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.98 
 
 
575 aa  115  3e-24  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  unclonable  0.00000557801  normal 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0258  succinate dehydrogenase or fumarate reductase flavoprotein subunit  25.44 
 
 
570 aa  115  3e-24  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.408248 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1384  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.81 
 
 
608 aa  114  6e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.0637899 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0571  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.78 
 
 
590 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.75977  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2241  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.78 
 
 
590 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0198056  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0669  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.09 
 
 
568 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1635  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein-like protein  24.78 
 
 
590 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1608  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.78 
 
 
590 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.325786  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3278  fumarate reductase flavoprotein subunit  22.79 
 
 
603 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0484  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  24.78 
 
 
590 aa  112  2.0000000000000002e-23  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.131154  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1612  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.95 
 
 
590 aa  112  3e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.244863 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0177  succinate dehydrogenase subunit A  26.64 
 
 
567 aa  110  6e-23  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4485  L-aspartate oxidase  27.08 
 
 
545 aa  110  6e-23  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1467  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  25.43 
 
 
587 aa  110  8.000000000000001e-23  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.38125  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1569  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.66 
 
 
575 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.272912  hitchhiker  0.000112727 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0312  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  25.94 
 
 
585 aa  109  1e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1687  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.44 
 
 
575 aa  109  1e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0263858 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5622  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  23.75 
 
 
591 aa  109  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.427862  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1661  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  23.75 
 
 
591 aa  109  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.729694  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_12591  succinate dehydrogenase  24.96 
 
 
584 aa  109  1e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.0949259  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1869  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.05 
 
 
598 aa  109  2e-22  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.462567  normal  0.466053 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3762  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.76 
 
 
590 aa  108  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1837  adenylylsulfate reductase subunit alpha  23.47 
 
 
658 aa  109  2e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000390023  normal  0.0111603 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2285  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  24.24 
 
 
601 aa  109  2e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0011  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.1 
 
 
589 aa  108  2e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2893  adenylylsulfate reductase subunit alpha  22.01 
 
 
665 aa  108  2e-22  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.127343 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2795  succinate dehydrogenase subunit A  24.24 
 
 
601 aa  109  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.0609564 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0785  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  25.14 
 
 
576 aa  108  3e-22  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0140  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.83 
 
 
542 aa  107  4e-22  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0284  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  25.6 
 
 
567 aa  107  5e-22  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  normal  0.947176 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2007  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.28 
 
 
590 aa  107  7e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.82203  normal  0.426549 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4191  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.76 
 
 
590 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1110  adenylylsulfate reductase subunit alpha  22.14 
 
 
664 aa  106  1e-21  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000990495  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1663  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.76 
 
 
590 aa  106  1e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>