183 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ppha_0039 on replicon NC_011060
Organism: Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0872  adenylylsulfate reductase subunit alpha  61.05 
 
 
673 aa  818    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1080  adenylylsulfate reductase subunit alpha  52.13 
 
 
635 aa  658    Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1585  adenylylsulfate reductase subunit alpha  92.98 
 
 
657 aa  1299    Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.000155329  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1110  adenylylsulfate reductase subunit alpha  58.54 
 
 
664 aa  783    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000990495  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2129  adenylylsulfate reductase subunit alpha  59.08 
 
 
662 aa  794    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3198  adenylylsulfate reductase subunit alpha  59.73 
 
 
663 aa  792    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000352538  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1885  adenylylsulfate reductase subunit alpha  54.6 
 
 
629 aa  662    Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00911706  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1966  adenylylsulfate reductase subunit alpha  58.9 
 
 
667 aa  799    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00115626 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1048  adenylylsulfate reductase subunit alpha  54.15 
 
 
634 aa  683    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0255965  normal  0.0162611 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2136  adenylylsulfate reductase subunit alpha  58.75 
 
 
664 aa  794    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.290576  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1837  adenylylsulfate reductase subunit alpha  92.25 
 
 
658 aa  1293    Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  unclonable  0.00000390023  normal  0.0111603 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0039  adenylylsulfate reductase subunit alpha  100 
 
 
658 aa  1379    Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0540157  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3577  adenylylsulfate reductase subunit alpha  53.41 
 
 
625 aa  664    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000483589  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0637  adenylylsulfate reductase subunit alpha  52.82 
 
 
624 aa  647    Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2893  adenylylsulfate reductase subunit alpha  57.95 
 
 
665 aa  773    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.127343 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0998  adenylylsulfate reductase subunit alpha  57.47 
 
 
659 aa  786    Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000010424  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0273  adenylylsulfate reductase subunit alpha  47.31 
 
 
635 aa  563  1.0000000000000001e-159  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  unclonable  0.00000000319347  hitchhiker  0.0000001391 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2282  adenylylsulfate reductase subunit alpha  45.92 
 
 
622 aa  538  1e-151  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0065  adenylylsulfate reductase, alpha subunit  44.27 
 
 
632 aa  533  1e-150  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.683279  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0350  adenylylsulfate reductase subunit alpha  45.45 
 
 
622 aa  535  1e-150  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.823555  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1428  adenylylsulfate reductase subunit alpha  44.33 
 
 
627 aa  528  1e-149  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.102541 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1235  adenylylsulfate reductase subunit alpha  44.8 
 
 
629 aa  528  1e-148  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0924  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  32.35 
 
 
590 aa  323  5e-87  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1889  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  31.27 
 
 
591 aa  312  1e-83  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000177663  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02120  adenylylsulfate reductase subunit alpha  31.28 
 
 
574 aa  302  1e-80  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1830  adenylylsulfate reductase subunit alpha  29.74 
 
 
566 aa  262  1e-68  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0788  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  30.95 
 
 
579 aa  261  2e-68  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1710  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  29.06 
 
 
594 aa  251  3e-65  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1191  adenylylsulfate reductase subunit alpha  28.71 
 
 
563 aa  241  4e-62  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3163  putative oxidoreductase  24.81 
 
 
576 aa  138  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.410228  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4067  putative oxidoreductase  24.57 
 
 
569 aa  133  1.0000000000000001e-29  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.594531 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4093  putative oxidoreductase  23.91 
 
 
574 aa  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.668775  normal  0.807912 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34900  putative oxidoreductase  24.57 
 
 
574 aa  125  2e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0000183064  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4205  putative oxidoreductase  23.91 
 
 
574 aa  125  2e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1887  putative oxidoreductase  24.76 
 
 
579 aa  122  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.217811  normal  0.846517 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2801  putative oxidoreductase  24.61 
 
 
578 aa  121  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.312547  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5287  putative oxidoreductase  24.4 
 
 
579 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0886566 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1960  putative oxidoreductase  24.43 
 
 
579 aa  121  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5013  putative oxidoreductase  24.4 
 
 
574 aa  119  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4884  putative oxidoreductase  24.72 
 
 
578 aa  119  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.245713  normal  0.346185 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1298  putative oxidoreductase  24.07 
 
 
579 aa  117  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.10343 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0205  putative oxidoreductase  24.04 
 
 
574 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.321427  normal  0.765338 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1996  putative oxidoreductase  23.87 
 
 
579 aa  113  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1972  putative oxidoreductase  23.87 
 
 
579 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6105  putative oxidoreductase  23.7 
 
 
579 aa  110  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224874  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6149  putative oxidoreductase  24.8 
 
 
583 aa  107  5e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3351  putative oxidoreductase  24.6 
 
 
582 aa  107  7e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.583827  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0678  putative oxidoreductase  24.25 
 
 
578 aa  103  1e-20  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.434606 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1478  putative oxidoreductase  22.41 
 
 
591 aa  103  1e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3676  putative oxidoreductase  24.44 
 
 
582 aa  103  1e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.545814  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4191  putative oxidoreductase  24.24 
 
 
580 aa  102  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.991116  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2057  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  24.51 
 
 
556 aa  101  4e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4196  putative oxidoreductase  23.93 
 
 
580 aa  99  2e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.616255  normal  0.708004 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0271  putative oxidoreductase  24.07 
 
 
573 aa  97.1  9e-19  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.144882 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2224  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain-containing protein  22.22 
 
 
610 aa  94.7  4e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.559161 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3785  putative oxidoreductase/HEAT repeat-containing protein  23.3 
 
 
954 aa  84.3  0.000000000000006  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.824517  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0379  twin-arginine translocation pathway signal  30.2 
 
 
641 aa  68.9  0.0000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0430  succinate dehydrogenase subunit A  23.21 
 
 
568 aa  65.1  0.000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1786  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.36 
 
 
588 aa  65.5  0.000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00696319  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2345  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  25.67 
 
 
588 aa  62.4  0.00000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.00170465  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3522  FAD-dependent pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase  22.73 
 
 
564 aa  62  0.00000004  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000707251  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2185  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.67 
 
 
588 aa  60.5  0.0000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00800222  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3156  L-aspartate oxidase  26.44 
 
 
534 aa  60.5  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00307505  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1653  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.34 
 
 
588 aa  60.5  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00109405  normal 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_66251  succinate dehydrogenase  21.42 
 
 
641 aa  59.7  0.0000002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_1869  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.17 
 
 
598 aa  58.5  0.0000003  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.462567  normal  0.466053 
 
 
-
 
NC_011671  PHATR_41812  succinate dehydrogenase flavoprotein  21.7 
 
 
638 aa  57.8  0.0000006  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0642  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.39 
 
 
588 aa  57.8  0.0000007  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.928685  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2517  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.18 
 
 
588 aa  57.4  0.0000008  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000102318  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1834  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.18 
 
 
588 aa  57.4  0.0000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00255629  normal  0.274846 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1425  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.52 
 
 
588 aa  57.4  0.0000009  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00837732  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2084  fumarate reductase/succinate dehydrogenase flavoprotein domain protein  22.09 
 
 
601 aa  57.4  0.0000009  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.774192  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1142  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.14 
 
 
589 aa  57.4  0.0000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.881943  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2630  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.18 
 
 
588 aa  56.6  0.000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0015925  normal  0.0726397 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3102  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24 
 
 
588 aa  57  0.000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1569  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.64 
 
 
575 aa  56.6  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.272912  hitchhiker  0.000112727 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_0677  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  21.84 
 
 
566 aa  57  0.000001  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.0486405  hitchhiker  0.0000605931 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2510  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.26 
 
 
588 aa  57  0.000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000247676  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00683  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.16 
 
 
588 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2912  succinate dehydrogenase, flavoprotein subunit  23.16 
 
 
588 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.303768  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2916  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  22.17 
 
 
588 aa  56.2  0.000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0736  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.16 
 
 
588 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2932  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.16 
 
 
588 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.606648  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1234  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  22.27 
 
 
588 aa  56.2  0.000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0815  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.16 
 
 
588 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.233209  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00672  hypothetical protein  23.16 
 
 
588 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0771  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.16 
 
 
588 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0750  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.16 
 
 
588 aa  55.8  0.000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2816  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  22.62 
 
 
588 aa  56.2  0.000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0572429  normal  0.870607 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0170  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  21.89 
 
 
566 aa  55.5  0.000003  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1224  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  22.72 
 
 
588 aa  55.5  0.000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0959958 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1928  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  24.17 
 
 
588 aa  55.1  0.000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1354  succinate dehydrogenase  21.74 
 
 
582 aa  55.1  0.000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.0715068  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1114  succinate dehydrogenase subunit A  22.86 
 
 
573 aa  54.7  0.000005  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.358332  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1675  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.22 
 
 
588 aa  54.3  0.000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.506283  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4759  L-aspartate oxidase  26.96 
 
 
538 aa  54.3  0.000008  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2093  Succinate dehydrogenase  22.17 
 
 
576 aa  53.9  0.000009  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1437  succinate dehydrogenase or fumarate reductase, flavoprotein subunit  23.18 
 
 
577 aa  53.9  0.000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.217137  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1708  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.84 
 
 
588 aa  53.5  0.00001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0194037  normal  0.398143 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1265  succinate dehydrogenase flavoprotein subunit  23.21 
 
 
588 aa  53.9  0.00001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.648217  normal  0.132874 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>