More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_2922 on replicon NC_010551
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010551  BamMC406_2922  DNA-binding transcriptional activator GcvA  100 
 
 		 294 aa  593  1e-169  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.554203 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3057  DNA-binding transcriptional activator GcvA  99.66 
 
 		 294 aa  592  1e-168  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3031  DNA-binding transcriptional activator GcvA  97.62 
 
 		 294 aa  581  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6358  DNA-binding transcriptional activator GcvA  96.94 
 
 		 294 aa  579  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.478035  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2398  DNA-binding transcriptional activator GcvA  96.94 
 
 		 294 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273893  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3012  DNA-binding transcriptional activator GcvA  96.94 
 
 		 294 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3007  DNA-binding transcriptional activator GcvA  95.24 
 
 		 294 aa  564  1e-160  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0477  DNA-binding transcriptional activator GcvA  86.94 
 
 		 293 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0293  DNA-binding transcriptional activator GcvA  86.94 
 
 		 293 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0253  DNA-binding transcriptional activator GcvA  86.6 
 
 		 293 aa  504  9.999999999999999e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208187  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0281  DNA-binding transcriptional activator GcvA  86.94 
 
 		 293 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6790  DNA-binding transcriptional activator GcvA  76.63 
 
 		 305 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0668323  hitchhiker  0.00000431754 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4417  DNA-binding transcriptional activator GcvA  74.15 
 
 		 307 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.838235  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2086  glycine cleavage system transcriptional activator  88.5 
 
 		 335 aa  405  1.0000000000000001e-112  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.606063  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3007  transcriptional regulator  88.5 
 
 		 335 aa  404  1e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2271  transcriptional regulator, LysR family  53.31 
 
 		 311 aa  297  2e-79  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1948  transcriptional regulator, LysR family  52.61 
 
 		 311 aa  295  5e-79  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.244059  normal  0.065003 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4415  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 295 aa  289  3e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5754  LysR family transcriptional regulator  49.15 
 
 		 300 aa  263  2e-69  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5998  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 300 aa  263  3e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.123891  normal  0.186417 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 301 aa  262  4e-69  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5325  LysR family transcriptional regulator  49.48 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.972364  normal  0.036575 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5893  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 295 aa  257  2e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3473  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 302 aa  256  5e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.878224 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  48.14 
 
 		 296 aa  253  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 296 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  48.63 
 
 		 296 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4194  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 		 302 aa  251  1e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0402435 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0010  LysR family transcriptional regulator  44.07 
 
 		 301 aa  243  1.9999999999999999e-63  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2479  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 		 316 aa  241  1e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.102884  hitchhiker  0.0063597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2422  transcriptional regulator, LysR family  43.3 
 
 		 300 aa  229  5e-59  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0409685 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2145  LysR substrate-binding  43.64 
 
 		 300 aa  228  7e-59  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.46623  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2105  transcriptional regulator, LysR family  44.83 
 
 		 300 aa  218  7e-56  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.289933 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1584  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 295 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.534905  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2465  LysR family transcriptional regulator  42.21 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.00000370846 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1048  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.540636  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3737  DNA-binding transcriptional activator GcvA  43.2 
 
 		 314 aa  209  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.42879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5947  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 321 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.287273 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2674  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 310 aa  209  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.910839 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5583  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 321 aa  209  5e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6448  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 318 aa  208  8e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7137  DNA-binding transcriptional activator GcvA  41.3 
 
 		 306 aa  207  1e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126779  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6419  LysR family transcriptional regulator  40.88 
 
 		 297 aa  207  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1086  LysR family transcriptional regulator  40.62 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.404999  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6131  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 310 aa  207  2e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3066  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 296 aa  206  4e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.249094  hitchhiker  0.00377983 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1341  transcriptional regulator, LysR family  43.06 
 
 		 305 aa  205  8e-52  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.281725  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2519  LysR family transcriptional regulator  42.71 
 
 		 305 aa  203  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  hitchhiker  0.00756718 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2171  LysR family transcriptional regulator  40.55 
 
 		 304 aa  202  5e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2452  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 320 aa  202  6e-51  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000000228881 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2706  transcriptional regulator, LysR family  39.1 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.173124  hitchhiker  0.000000993281 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1674  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.126025  normal  0.261555 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1637  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0994273  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2214  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 308 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1652  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 295 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.287567  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2565  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 303 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2522  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 320 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00304048  unclonable  0.0000288017 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2203  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.44 
 
 		 303 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0223993  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1529  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 301 aa  199  5e-50  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0983  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 300 aa  198  7.999999999999999e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.288934  normal  0.0876373 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0906  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 299 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.306914  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2614  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 320 aa  198  9e-50  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000000028926 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3270  LysR family transcriptional regulator  40.96 
 
 		 318 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.321515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2809  LysR family transcriptional regulator  39.24 
 
 		 315 aa  197  1.0000000000000001e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0000000226254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2215  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 317 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.230967  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2847  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 297 aa  195  7e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2169  LysR family regulatory protein  37.32 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.225103  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0814  LysR family transcriptional regulator  37.32 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.959289  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1533  DNA-binding transcriptional activator GcvA  38.06 
 
 		 303 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3150  transcriptional regulator, LysR family  39.18 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3377  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.649245  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0927  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.63 
 
 		 307 aa  194  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00141405  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2767  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 296 aa  194  1e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2795  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.72 
 
 		 303 aa  194  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.119571  normal  0.0711239 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1461  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 310 aa  194  1e-48  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1268  LysR family transcriptional regulator  41.69 
 
 		 317 aa  193  2e-48  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1282  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.72 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.433323  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2724  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.72 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000916948  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2783  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.02 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.029199  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2639  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2894  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.72 
 
 		 303 aa  193  3e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00417784  hitchhiker  0.00000518904 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2764  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.02 
 
 		 303 aa  192  6e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.872031  normal  0.426445 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  40.28 
 
 		 300 aa  192  6e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2429  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0671136  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2901  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 304 aa  191  1e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.108446  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1364  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0933505  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2996  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.174451  hitchhiker  0.00000205749 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1350  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.960187  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1389  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.37 
 
 		 303 aa  191  1e-47  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.13608 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24960  LysR family transcriptional regulator protein  37.07 
 
 		 304 aa  190  2e-47  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0906  LysR family transcriptional regulator  36.52 
 
 		 310 aa  190  2.9999999999999997e-47  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3322  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.02 
 
 		 303 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.00000222387  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1449  LysR family transcriptional regulator  40.68 
 
 		 305 aa  189  2.9999999999999997e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.828927  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0880  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.630361  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0904  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2984  DNA-binding transcriptional activator GcvA  37.72 
 
 		 303 aa  188  9e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0851103  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0383  DNA-binding transcriptional activator GcvA  42.51 
 
 		 320 aa  188  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3062  DNA-binding transcriptional activator GcvA  35.84 
 
 		 305 aa  188  9e-47  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  unclonable  0.00000000000000830878  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2151  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 312 aa  188  9e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.349903  normal  0.92042 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1725  LysR family transcriptional regulator  38.78 
 
 		 326 aa  188  9e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>