More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7110 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7110  transferase  100 
 
 
256 aa  524  1e-148  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0726  transferase, putative  44.72 
 
 
241 aa  219  4e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5514  nucleotidyl transferase  42.86 
 
 
237 aa  202  5e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.802769 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_29421  hypothetical protein  38.78 
 
 
244 aa  191  7e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0016  transferase, putative  37.4 
 
 
263 aa  150  2e-35  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0574328 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3392  transferase, putative  35.54 
 
 
253 aa  147  2e-34  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1415  putative sugar-1-phosphate nucleotidyltransferase  31.2 
 
 
253 aa  146  3e-34  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.136987  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1406  nucleotidyl transferase  32 
 
 
263 aa  144  2e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1749  putative sugar-1-phosphate nucleotidyltransferase  30.4 
 
 
253 aa  142  5e-33  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1632  sugar metabolism cluster protein  30.2 
 
 
247 aa  139  5e-32  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0662  hypothetical protein  30.15 
 
 
263 aa  132  4e-30  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.490316 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0773  nucleotidyl transferase  33.2 
 
 
249 aa  131  1e-29  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.924901  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0316  putative sugar nucleotidyltransferase  28.4 
 
 
253 aa  128  9e-29  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.923111  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1161  phosphoenolpyruvate phosphomutase  25.73 
 
 
545 aa  98.2  1e-19  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.654999  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1914  2,3-dimethylmalate lyase  29.41 
 
 
561 aa  94.4  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4016  phosphoenolpyruvate phosphomutase  29.41 
 
 
562 aa  92.8  5e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.213479  normal  0.855206 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4245  phosphoenolpyruvate phosphomutase  29.8 
 
 
561 aa  92.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4121  phosphoenolpyruvate phosphomutase  29.8 
 
 
561 aa  92.4  6e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0795198  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3535  phosphoenolpyruvate phosphomutase  29.69 
 
 
561 aa  92  7e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.268372  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3398  phosphoenolpyruvate phosphomutase  29.8 
 
 
561 aa  91.7  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2235  2,3-dimethylmalate lyase  28.73 
 
 
578 aa  90.1  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4471  phosphoenolpyruvate phosphomutase  27.84 
 
 
562 aa  89.7  4e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.111296  normal  0.670452 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1908  phosphoenolpyruvate phosphomutase  27.89 
 
 
562 aa  86.7  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1808  2,3-dimethylmalate lyase  29.18 
 
 
564 aa  86.3  5e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0185861  normal  0.0864763 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1815  putative nucleotidyl transferase  26.77 
 
 
241 aa  84  2e-15  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0253286  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0157  sugar nucleotidyltransferase-like protein  22.16 
 
 
247 aa  84  2e-15  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  1.4669e-07 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3822  phosphoenolpyruvate phosphomutase  28.46 
 
 
568 aa  82.8  4e-15  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.368368 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2026  phosphoenolpyruvate phosphomutase  26.42 
 
 
562 aa  81.3  1e-14  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1768  phosphoenolpyruvate phosphomutase  26.42 
 
 
562 aa  81.3  1e-14  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1051  phosphoenolpyruvate phosphomutase  26.42 
 
 
562 aa  81.3  1e-14  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0758  phosphoenolpyruvate phosphomutase  26.42 
 
 
562 aa  81.3  1e-14  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2065  phosphoenolpyruvate phosphomutase  26.42 
 
 
562 aa  81.3  2e-14  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.226403  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0691  phosphoenolpyruvate phosphomutase  26.42 
 
 
562 aa  81.3  2e-14  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5999  phosphoenolpyruvate phosphomutase  28 
 
 
581 aa  80.5  2e-14  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.297646 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0780  phosphoenolpyruvate phosphomutase  26.42 
 
 
562 aa  81.3  2e-14  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1317  phosphoenolpyruvate phosphomutase  25.7 
 
 
556 aa  77  3e-13  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1377  putative UTP--glucose-1-phosphate uridylyltransferase  31.58 
 
 
238 aa  76.3  4e-13  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3070  nucleotidyl transferase  29.08 
 
 
263 aa  75.9  7e-13  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.816945  normal  0.383027 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0871  sugar nucleotidyltransferase-like protein  24.79 
 
 
232 aa  74.3  2e-12  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3873  nucleotidyl transferase  33.59 
 
 
254 aa  74.3  2e-12  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.685638  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3867  Nucleotidyl transferase  28.05 
 
 
243 aa  73.6  3e-12  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.911834 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1583  nucleotidyl transferase  28.17 
 
 
411 aa  72  1e-11  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.605878  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0665  glucosamine-1-phosphate N-acetyltransferase / UDP-N-acetylglucosamine pyrophosphorylase  31.5 
 
 
374 aa  71.6  1e-11  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1601  putative nucleotide sugar-1-phosphate transferase  25.9 
 
 
270 aa  70.9  2e-11  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.659292  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1627  hypothetical protein  24.58 
 
 
250 aa  70.5  2e-11  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2534  putative nucleotide sugar-1-phosphate transferase  27.64 
 
 
243 aa  70.9  2e-11  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.398326  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_470  nucleoside-diphosphate-sugar pyrophosphorylase  25.97 
 
 
400 aa  69.7  4e-11  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0901  nucleotidyl transferase  35.16 
 
 
403 aa  69.7  5e-11  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0175  nucleotidyl transferase  33.96 
 
 
234 aa  69.3  5e-11  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.340342  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1354  sugar nucleotidyltransferase-like protein  26.42 
 
 
244 aa  68.9  7e-11  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2854  nucleotidyl transferase  28 
 
 
388 aa  68.6  1e-10  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal  0.233123 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1212  di-myo-inositol-1,3'-phosphate-1'-phosphate synthase / CTP:L-myo-inositol-1-phosphate cytidylyltransferase  28.93 
 
 
436 aa  67.4  2e-10  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0610  nucleotidyl transferase family protein  31.37 
 
 
227 aa  66.6  3e-10  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0596  licC protein  32.03 
 
 
227 aa  67  3e-10  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0505  nucleotidyl transferase  42.86 
 
 
400 aa  65.5  7e-10  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1304  Nucleotidyl transferase  32.35 
 
 
330 aa  64.3  2e-09  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2341  nucleotidyl transferase  29.77 
 
 
396 aa  63.9  2e-09  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00221584  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0529  glucose-1-phosphate thymidylyltransferase  42.86 
 
 
400 aa  63.9  2e-09  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0253  nucleotidyl transferase  37.33 
 
 
384 aa  64.3  2e-09  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0722  nucleotidyltransferase family protein  27.13 
 
 
243 aa  64.3  2e-09  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.646872  normal  0.0100327 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0513  nucleotidyl transferase  26.19 
 
 
411 aa  64.3  2e-09  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1671  nucleotidyltransferase family protein  27.75 
 
 
256 aa  63.9  3e-09  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0753313  normal  0.327567 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0313  Nucleotidyl transferase  30 
 
 
384 aa  63.2  4e-09  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.414969 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0472  CDP-alcohol phosphatidyltransferase  27.69 
 
 
428 aa  63.2  4e-09  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1749  aminotransferase class I and II  31.97 
 
 
630 aa  62.8  5e-09  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0788  nucleotidyl transferase  32.46 
 
 
249 aa  63.2  5e-09  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  7.72544e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0329  nucleotidyl transferase  26.75 
 
 
411 aa  62.4  6e-09  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.175272  hitchhiker  0.000673657 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0254  nucleotidyl transferase  24.9 
 
 
399 aa  62.4  6e-09  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0771  hypothetical protein  26.92 
 
 
1022 aa  62.4  6e-09  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2774  nucleotidyl transferase  26 
 
 
262 aa  62.4  7e-09  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4008  nucleotidyl transferase  27.14 
 
 
223 aa  62.4  7e-09  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1214  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  23.98 
 
 
357 aa  62.4  7e-09  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1050  hypothetical protein  27.35 
 
 
255 aa  62.4  8e-09  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1787  nucleotidyl transferase  44.12 
 
 
348 aa  62  8e-09  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0757  hypothetical protein  27.35 
 
 
260 aa  62  8e-09  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0692  hypothetical protein  27.35 
 
 
255 aa  62.4  8e-09  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1767  hypothetical protein  27.35 
 
 
255 aa  62.4  8e-09  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A2025  hypothetical protein  27.35 
 
 
255 aa  62.4  8e-09  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.458858  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7616  Nucleotidyl transferase  28.86 
 
 
364 aa  62  9e-09  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0702464  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1907  hypothetical protein  27.35 
 
 
255 aa  62  9e-09  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1318  hypothetical protein  25.91 
 
 
256 aa  61.2  1e-08  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2794  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  23.58 
 
 
354 aa  61.6  1e-08  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.181075 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1459  LicC protein  30.77 
 
 
232 aa  61.6  1e-08  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0843  nucleotidyl transferase  36.99 
 
 
222 aa  62  1e-08  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    hitchhiker  7.93597e-05 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7294  Nucleotidyl transferase  38.46 
 
 
330 aa  61.6  1e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1080  Nucleotidyl transferase  48.33 
 
 
391 aa  61.2  2e-08  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal  0.380619 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2143  glucose-1-phosphate thymidyltransferase  29.57 
 
 
357 aa  60.8  2e-08  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.591307  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0781  hypothetical protein  27.35 
 
 
255 aa  60.8  2e-08  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1260  cholinephosphate cytidylyltransferase/choline kinase  33.66 
 
 
522 aa  60.5  2e-08  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00193493  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5632  putative sugar-phosphate nucleotidyl transferase  25.62 
 
 
240 aa  60.8  2e-08  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2067  ADP-glucose pyrophosphorylase  27.35 
 
 
255 aa  60.8  2e-08  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.104928  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0425  nucleotidyl transferase  28.36 
 
 
261 aa  60.1  3e-08  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0809  Nucleotidyl transferase  25.42 
 
 
326 aa  60.1  3e-08  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5681  nucleotidyl transferase  26.42 
 
 
242 aa  60.1  3e-08  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.783415 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0285  Nucleotidyl transferase  42.86 
 
 
385 aa  60.5  3e-08  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2516  Nucleotidyl transferase  52.46 
 
 
388 aa  60.1  3e-08  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0666  hypothetical protein  37.88 
 
 
399 aa  59.7  4e-08  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1140  Nucleotidyl transferase  45 
 
 
247 aa  60.1  4e-08  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.497469  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1223  Nucleotidyl transferase  34.11 
 
 
392 aa  60.1  4e-08  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0910  nucleotidyl transferase  30.17 
 
 
222 aa  59.3  5e-08  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00048093  normal  0.372808 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>