More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_6249 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_6249  transcriptional regulator RpiR family  100 
 
 		 287 aa  588  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  decreased coverage  0.00357056  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6622  transcriptional regulator, RpiR family  70.38 
 
 		 287 aa  435  1e-121  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.360305  normal  0.736042 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5679  transcriptional regulator, RpiR family  70.03 
 
 		 287 aa  430  1e-119  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4651  RpiR family transcriptional regulator  69.69 
 
 		 287 aa  390  1e-107  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0360971  normal  0.0554389 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0550  RpiR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 287 aa  182  7e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5116  transcriptional regulator, RpiR family  37.98 
 
 		 286 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0416  helix-turn-helix protein RpiR:sugar isomerase (SIS)  37.28 
 
 		 286 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4899  RpiR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 287 aa  173  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0722  RpiR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 286 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.23938  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0365  RpiR family transcriptional regulator  36.93 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3892  RpiR family transcriptional regulator  39.21 
 
 		 293 aa  169  4e-41  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.134896  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0640  transcriptional regulator, RpiR family  36.01 
 
 		 296 aa  167  1e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.360416 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4059  RpiR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 295 aa  166  5e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.682861  normal  0.958773 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0695  RpiR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 305 aa  165  6.9999999999999995e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.674181  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0744  RpiR family transcriptional regulator  36.77 
 
 		 305 aa  165  6.9999999999999995e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.33357  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06356  glucokinase  32.64 
 
 		 287 aa  165  6.9999999999999995e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4306  transcriptional regulator, RpiR family  35.19 
 
 		 297 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.749076  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4196  transcriptional regulator, RpiR family  35.19 
 
 		 297 aa  162  4.0000000000000004e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0558  RpiR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 313 aa  161  1e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4021  RpiR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 306 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.766323  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03130  hypothetical protein  34.49 
 
 		 289 aa  158  8e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02633  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.73 
 
 		 284 aa  156  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2791  RpiR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 324 aa  155  6e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2658  RpiR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 324 aa  155  7e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0835  transcriptional regulator  37.8 
 
 		 297 aa  155  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0673  RpiR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2308  RpiR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2031  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.01 
 
 		 284 aa  154  1e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0294963  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6069  RpiR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 312 aa  154  1e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.961945 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0545  transcriptional regulator, putative  36.59 
 
 		 297 aa  154  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4771  putative RpiR family transcriptional regulator  34.46 
 
 		 301 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.978774  normal  0.852816 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2388  RpiR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2771  RpiR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0657  RpiR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 297 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.198724  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0718  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.73 
 
 		 284 aa  154  2e-36  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0177  transcriptional regulator, putative  37.46 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2767  RpiR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 312 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0423  RpiR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 287 aa  152  7e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2129  RpiR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 312 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2741  RpiR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 312 aa  152  8e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2280  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.03 
 
 		 282 aa  151  1e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.499915  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0092  RpiR family transcriptional regulator  34.27 
 
 		 287 aa  151  1e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2049  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.37 
 
 		 284 aa  150  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000665792  normal  0.388652 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1831  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.87 
 
 		 289 aa  150  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.197793  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7211  transcriptional regulator, RpiR family  31.16 
 
 		 287 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.84474  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1891  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.64 
 
 		 284 aa  149  5e-35  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1082  DNA-binding transcriptional regulator HexR  34.29 
 
 		 288 aa  149  5e-35  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.000000474941  unclonable  0.00000000000467577 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2080  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.98 
 
 		 286 aa  149  7e-35  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00496237  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2742  DNA-binding transcriptional regulator HexR  33.57 
 
 		 286 aa  148  8e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0969  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.29 
 
 		 284 aa  148  8e-35  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2047  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.56 
 
 		 284 aa  148  8e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.20632 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1928  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.56 
 
 		 284 aa  148  8e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0915843  normal  0.285781 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2152  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.56 
 
 		 284 aa  148  8e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.284863  normal  0.555524 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2490  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.56 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1865  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.63 
 
 		 284 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2336  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.56 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.760972  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2115  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.87 
 
 		 308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1813  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.91 
 
 		 284 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000867158  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2242  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.63 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2174  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.63 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.271639  normal  0.12603 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.63 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00123484  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2255  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.63 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000281724  hitchhiker  0.00000550313 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4528  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.63 
 
 		 284 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1835  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.61 
 
 		 290 aa  147  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0750  RpiR family transcriptional regulator  33.69 
 
 		 281 aa  146  3e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.414867  normal  0.513903 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2360  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.63 
 
 		 286 aa  146  4.0000000000000006e-34  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190607 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2069  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.21 
 
 		 284 aa  144  1e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000131353  hitchhiker  0.000414379 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2129  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.07 
 
 		 289 aa  144  2e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2540  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.21 
 
 		 284 aa  143  3e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0495107  normal  0.0835263 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2589  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.41 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00161066  normal  0.817634 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1333  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.41 
 
 		 289 aa  143  3e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0116463  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01824  predicted DNA-binding transcriptional regulator  32.07 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000364184  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1787  transcriptional regulator, RpiR family  32.07 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000522748  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1946  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.07 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.90466  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01812  hypothetical protein  32.07 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000387969  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1779  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.07 
 
 		 289 aa  142  5e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0686365  normal  0.239123 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1080  RpiR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 318 aa  142  7e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0801962  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27270  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.23 
 
 		 289 aa  142  8e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2137  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.06 
 
 		 289 aa  142  8e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00439922  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0672  transcriptional regulator, RpiR family  33.58 
 
 		 281 aa  142  9e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.654483  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2083  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.36 
 
 		 289 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.688583  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0652  RpiR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 281 aa  141  9.999999999999999e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.334737  normal  0.0629992 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2041  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.96 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1361  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.96 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.812613  hitchhiker  0.000131827 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2101  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.96 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.928102 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2046  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.96 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.45003 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0694  RpiR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 281 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00592918 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1124  RpiR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 282 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.673079  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1237  DNA-binding transcriptional regulator HexR  30.96 
 
 		 289 aa  140  1.9999999999999998e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.101978  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2422  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.27 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0329148  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2769  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.5 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0149863  hitchhiker  0.00789418 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2245  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.4 
 
 		 289 aa  140  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5676  RpiR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 323 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.321786 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4054  RpiR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 287 aa  139  7.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.544392  normal  0.902505 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2413  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.67 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000012699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2135  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.67 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1778  RpiR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 281 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.141472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2023  DNA-binding transcriptional regulator HexR  32.14 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.197371  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2747  RpiR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0592883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23060  DNA-binding transcriptional regulator HexR  31.77 
 
 		 285 aa  138  1e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00612438 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>