More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5042 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012854  Rleg_6411  ABC transporter related  74.3 
 
 
498 aa  760  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  5.54602e-07  normal  0.729468 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5042  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  100 
 
 
498 aa  998  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.650295  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4514  ABC transporter related  75.3 
 
 
498 aa  769  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0372056  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2713  ABC transporter related  50.1 
 
 
510 aa  484  1e-135  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.398062 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3885  ABC transporter related protein  50.7 
 
 
509 aa  478  1e-133  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3688  ABC transporter related  50.5 
 
 
509 aa  475  1e-133  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3929  ABC transporter-related protein  50.51 
 
 
517 aa  477  1e-133  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.992166  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3343  ABC transporter related  52.17 
 
 
505 aa  470  1e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.589852  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1593  ABC transporter related  54.85 
 
 
504 aa  460  1e-128  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.98451  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0763  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  46.08 
 
 
505 aa  449  1e-125  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.831413  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1683  ABC transporter related  41.26 
 
 
503 aa  368  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0305806  normal  0.363885 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50310  ABC transporter ATP-binding protein  40.52 
 
 
523 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.433727  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  38.66 
 
 
497 aa  358  1e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7809  ABC transporter related  39.24 
 
 
512 aa  353  3e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3489  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  39.07 
 
 
525 aa  353  4e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6012  ABC transporter related  39.84 
 
 
861 aa  353  6e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0164  ABC transporter related  36.46 
 
 
496 aa  352  1e-95  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2433  ribose import ATP-binding protein  38.96 
 
 
510 aa  352  1e-95  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6711  ABC transporter related  38.34 
 
 
511 aa  351  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.87316 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0813  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  36.92 
 
 
499 aa  351  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1890  ABC transporter related  39.53 
 
 
524 aa  351  2e-95  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.232644 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0061  ABC transporter related  39.92 
 
 
516 aa  351  2e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0813  ABC transporter related  36.92 
 
 
499 aa  351  2e-95  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3540  ABC transporter related protein  37.1 
 
 
504 aa  350  3e-95  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.285144  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0157  sugar ABC transporter ATP-binding protein  36.92 
 
 
499 aa  350  4e-95  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  9.63677e-06 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2725  ABC transporter related  40.32 
 
 
501 aa  350  4e-95  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5810  ABC transporter related  37.93 
 
 
511 aa  347  3e-94  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.644683  normal  0.0896237 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1667  ABC transporter related  37.2 
 
 
502 aa  345  8e-94  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.338027  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1601  ABC transporter related  38.89 
 
 
525 aa  345  1e-93  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3310  ABC transporter related  40.32 
 
 
505 aa  345  1e-93  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.156818  hitchhiker  0.00192862 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4608  ABC transporter related  39.11 
 
 
519 aa  344  2e-93  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0943  ABC transporter related  38.69 
 
 
524 aa  343  3e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.157228  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1425  ABC transporter related  38.69 
 
 
524 aa  343  3e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0484861  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4267  ABC transporter related  37.84 
 
 
513 aa  343  4e-93  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.844031  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1305  ABC transporter related  38.53 
 
 
524 aa  343  5e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1344  ABC transporter related  38.53 
 
 
524 aa  343  5e-93  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4569  ABC sugar transporter, ATPase subunit  38.43 
 
 
527 aa  343  5e-93  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1403  ABC transporter related  38.48 
 
 
524 aa  342  1e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2211  ABC transporter-related protein  37.5 
 
 
535 aa  341  1e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.139274 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3312  ABC transporter-related protein  37.84 
 
 
515 aa  342  1e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3264  ABC transporter  37.85 
 
 
525 aa  342  1e-92  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000839316  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4658  ABC transporter related  39.88 
 
 
497 aa  340  2e-92  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4183  ABC transporter related  36.79 
 
 
513 aa  341  2e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2851  ABC transporter related protein  40.66 
 
 
504 aa  340  2e-92  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.291073  normal  0.688126 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4527  D-ribose transporter ATP binding protein  37.02 
 
 
501 aa  340  3e-92  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0169315  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3855  ABC transporter related  36.59 
 
 
513 aa  340  4e-92  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.585208  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4237  D-ribose transporter ATP binding protein  36.92 
 
 
501 aa  339  7e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0287863  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1049  ABC transporter related protein  37.78 
 
 
496 aa  339  8e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0501  ABC transporter related  38.72 
 
 
511 aa  339  8e-92  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00548503 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1882  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  35.51 
 
 
501 aa  338  1e-91  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.102904  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0779  ABC transporter related protein  39.43 
 
 
528 aa  338  2e-91  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.63436  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0946  ABC transporter related  40.72 
 
 
499 aa  336  5e-91  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0298167  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1242  sugar ATP-binding ABC transporter protein  37.84 
 
 
518 aa  336  5e-91  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2304  ABC transporter related protein  39.84 
 
 
505 aa  336  5e-91  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2808  ABC transporter related  38.59 
 
 
501 aa  335  8e-91  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1986  ABC transporter related  36.11 
 
 
501 aa  335  1e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.437257  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2172  ABC transporter-like  38.65 
 
 
517 aa  335  1e-90  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.327318  normal  0.453102 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0226  ABC transporter related  38.73 
 
 
503 aa  335  1e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.973654  normal  0.104566 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1601  ribose transport ATP-binding protein rbsA  35.31 
 
 
501 aa  335  1e-90  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0126293  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2929  ABC transporter related  38.85 
 
 
521 aa  335  1e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.180289 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2279  ABC transporter related  39.31 
 
 
500 aa  333  5e-90  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.488082  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2787  ABC transporter for sugar (aldose) ATP-binding protein  35.95 
 
 
495 aa  332  7e-90  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0149064  normal  0.48477 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1212  ABC transporter related  36.99 
 
 
511 aa  332  9e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6267  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  36.71 
 
 
511 aa  332  1e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1962  ABC transporter-related protein  37.6 
 
 
494 aa  332  1e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0299142 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0415  ABC transporter related  36.09 
 
 
503 aa  330  2e-89  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  1.10391e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1644  ABC transporter related  37.18 
 
 
495 aa  331  2e-89  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2823  ABC transporter related  36.95 
 
 
511 aa  331  2e-89  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4174  D-ribose transporter ATP binding protein  37.15 
 
 
501 aa  330  3e-89  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.283711  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3235  ABC transporter related  38.63 
 
 
506 aa  330  3e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.365394  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3003  ABC transporter related  38.54 
 
 
495 aa  330  4e-89  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.00261146  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0046  sugar ABC transporter ATPase  38.1 
 
 
513 aa  330  4e-89  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0138528  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4900  D-ribose transporter ATP binding protein  36.97 
 
 
501 aa  329  6e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.200163  hitchhiker  9.93507e-07 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0975  ABC transporter related  35.44 
 
 
495 aa  329  6e-89  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220508  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5471  ABC transporter related  37.85 
 
 
520 aa  329  8e-89  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428158  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2524  ABC transporter related  35.89 
 
 
505 aa  328  1e-88  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1060  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  36.58 
 
 
506 aa  328  1e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4850  ABC transporter related  39.4 
 
 
503 aa  328  1e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.616228  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3218  ribose import ATP-binding protein RbsA  35.66 
 
 
501 aa  328  1e-88  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3977  D-ribose transporter ATP binding protein  35.9 
 
 
501 aa  328  1e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.443134  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4071  ABC transporter related  35.56 
 
 
500 aa  328  2e-88  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.414928  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1029  ABC transporter-related protein  37.9 
 
 
506 aa  328  2e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.724261 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22700  ABC transporter related  34.27 
 
 
501 aa  328  2e-88  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00201717  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0809  ABC transporter related  37.2 
 
 
509 aa  327  3e-88  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2444  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  35.94 
 
 
506 aa  327  3e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4265  D-ribose transporter ATP binding protein  37.35 
 
 
501 aa  327  3e-88  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02078  fused methyl-galactoside transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  35.94 
 
 
506 aa  327  3e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.833223  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3166  ABC transporter related  35.33 
 
 
500 aa  327  3e-88  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3282  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  36.15 
 
 
506 aa  327  3e-88  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.684279 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0921  ABC transporter related  36.9 
 
 
496 aa  327  3e-88  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02037  hypothetical protein  35.94 
 
 
506 aa  327  3e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.656876  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1509  ABC transporter related protein  35.94 
 
 
506 aa  327  4e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.521077  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2283  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  35.94 
 
 
506 aa  327  4e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2296  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  35.94 
 
 
506 aa  327  4e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0020685 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1499  galactose/methyl galaxtoside transporter ATP-binding protein  35.94 
 
 
506 aa  327  4e-88  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4117  D-ribose transporter ATP binding protein  37.14 
 
 
501 aa  326  5e-88  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.159229 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4218  ABC transporter related protein  37.14 
 
 
501 aa  326  5e-88  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03580  hypothetical protein  37.14 
 
 
501 aa  326  6e-88  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.550483  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3965  D-ribose transporter ATP binding protein  37.14 
 
 
501 aa  326  6e-88  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03635  fused D-ribose transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  37.14 
 
 
501 aa  326  6e-88  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.483932  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>