More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3688 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3885  ABC transporter related protein  98.23 
 
 		 509 aa  1016    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0763  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  66.13 
 
 		 505 aa  684    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.831413  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3929  ABC transporter-related protein  90.89 
 
 		 517 aa  908    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.992166  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3688  ABC transporter related  100 
 
 		 509 aa  1035    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6411  ABC transporter related  52.23 
 
 		 498 aa  487  1e-136  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.000000554602  normal  0.729468 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4514  ABC transporter related  51.82 
 
 		 498 aa  484  1e-135  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0372056  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5042  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (sugar)  50.82 
 
 		 498 aa  470  1.0000000000000001e-131  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.650295  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2713  ABC transporter related  48.07 
 
 		 510 aa  460  9.999999999999999e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.398062 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3343  ABC transporter related  50 
 
 		 505 aa  457  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.589852  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1593  ABC transporter related  49.8 
 
 		 504 aa  430  1e-119  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.98451  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4608  ABC transporter related  40.75 
 
 		 519 aa  359  6e-98  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0946  ABC transporter related  39.88 
 
 		 499 aa  345  8.999999999999999e-94  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0298167  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3330  ABC transporter related protein  37.18 
 
 		 497 aa  339  5.9999999999999996e-92  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5471  ABC transporter related  37.72 
 
 		 520 aa  337  3.9999999999999995e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.428158  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2905  ABC transporter related  38.42 
 
 		 497 aa  335  9e-91  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.077452 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0164  ABC transporter related  33.81 
 
 		 496 aa  333  5e-90  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3264  ABC transporter  37.07 
 
 		 525 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000839316  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0779  ABC transporter related protein  37.83 
 
 		 528 aa  328  1.0000000000000001e-88  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.63436  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2808  ABC transporter related  39.47 
 
 		 501 aa  327  3e-88  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2172  ABC transporter-like  37.76 
 
 		 517 aa  326  5e-88  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.327318  normal  0.453102 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0061  ABC transporter related  36.78 
 
 		 516 aa  325  9e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1254  ABC transporter related  36.67 
 
 		 515 aa  325  1e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0341  D-ribose transporter ATP binding protein  35.31 
 
 		 501 aa  325  1e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1508  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  36.2 
 
 		 496 aa  324  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.106354  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1612  ABC transporter related  36.2 
 
 		 496 aa  324  3e-87  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1760  ribose ABC transporter ATP-binding protein  36.2 
 
 		 496 aa  323  3e-87  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.185473  hitchhiker  0.0000761209 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3489  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  38.1 
 
 		 525 aa  323  4e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2787  ABC transporter for sugar (aldose) ATP-binding protein  34.76 
 
 		 495 aa  323  5e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0149064  normal  0.48477 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0975  ABC transporter related  36.25 
 
 		 495 aa  322  9.000000000000001e-87  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000220508  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6474  ABC transporter related  37.03 
 
 		 514 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.891446  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6709  ABC transporter related  37.03 
 
 		 514 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.268301  normal  0.306288 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1683  ABC transporter related  35.86 
 
 		 503 aa  322  9.999999999999999e-87  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0305806  normal  0.363885 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02652  conserved hypothetical protein  35.66 
 
 		 499 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1882  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  34.96 
 
 		 501 aa  321  1.9999999999999998e-86  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.102904  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1228  ABC transporter related  36.33 
 
 		 517 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1800  ABC-type sugar transport system, ATPase component  34.28 
 
 		 492 aa  321  1.9999999999999998e-86  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.225071  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02613  hypothetical protein  35.66 
 
 		 499 aa  321  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6315  ABC transporter related  36.83 
 
 		 514 aa  320  5e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.681428  normal  0.300453 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6345  ABC transporter related  36.78 
 
 		 516 aa  320  6e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.174321  normal  0.144091 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2723  ABC transporter related  39.12 
 
 		 515 aa  318  1e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4598  ABC transporter related  38.68 
 
 		 506 aa  318  1e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0392025 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4174  D-ribose transporter ATP binding protein  35.98 
 
 		 501 aa  318  1e-85  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.283711  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3328  ABC transporter related  37.43 
 
 		 512 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1684  ABC transporter related  37.75 
 
 		 519 aa  318  2e-85  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.200207  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1601  ribose transport ATP-binding protein rbsA  34.76 
 
 		 501 aa  318  2e-85  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0126293  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1915  ABC transporter related  37.38 
 
 		 502 aa  318  2e-85  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.483253  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5039  ABC transporter related  37.43 
 
 		 512 aa  317  2e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0010  D-ribose transporter ATP binding protein  35.91 
 
 		 500 aa  318  2e-85  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0515  D-ribose transporter ATP binding protein  36.33 
 
 		 501 aa  317  3e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6012  ABC transporter related  37.37 
 
 		 861 aa  317  3e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50310  ABC transporter ATP-binding protein  37.23 
 
 		 523 aa  317  3e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.433727  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000341  ribose ABC transport system ATP-binding protein RbsA  35.44 
 
 		 501 aa  317  4e-85  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3279  ABC transporter related  34.06 
 
 		 505 aa  316  5e-85  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4900  D-ribose transporter ATP binding protein  36.29 
 
 		 501 aa  316  7e-85  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.200163  hitchhiker  0.000000993507 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5245  ABC transporter related  36.86 
 
 		 514 aa  316  8e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.835189 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4335  ABC transporter related  38.08 
 
 		 511 aa  315  9.999999999999999e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.975481  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2823  ABC transporter related  35.6 
 
 		 511 aa  315  9.999999999999999e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4569  ABC sugar transporter, ATPase subunit  35.21 
 
 		 527 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0624  ABC sugar transporter, ATPase subunit  37.06 
 
 		 512 aa  315  1.9999999999999998e-84  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3534  ABC transporter related  36.29 
 
 		 523 aa  314  1.9999999999999998e-84  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.116696 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1711  ABC transporter related  36.87 
 
 		 517 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0318504 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5135  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein (ribose)  34.46 
 
 		 524 aa  314  2.9999999999999996e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4109  D-ribose transporter ATP binding protein  35.89 
 
 		 516 aa  314  2.9999999999999996e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.114584  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2458  ABC transporter-related protein  39.36 
 
 		 498 aa  313  3.9999999999999997e-84  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1305  ABC transporter related  35.21 
 
 		 524 aa  313  3.9999999999999997e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1399  ABC transporter ATP-binding protein  40.44 
 
 		 508 aa  313  3.9999999999999997e-84  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.172278 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4215  D-ribose transporter ATP binding protein  35.69 
 
 		 516 aa  313  3.9999999999999997e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.777457 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2808  ABC transporter ATP-binding protein  35.47 
 
 		 510 aa  313  3.9999999999999997e-84  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1338  ABC transporter related  35.43 
 
 		 515 aa  313  4.999999999999999e-84  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.224173  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0415  ABC transporter related  35.56 
 
 		 503 aa  313  4.999999999999999e-84  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00000110391  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2492  ABC transporter related protein  34.58 
 
 		 498 aa  313  5.999999999999999e-84  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4527  D-ribose transporter ATP binding protein  34.62 
 
 		 501 aa  313  6.999999999999999e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0169315  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4183  ABC transporter related  35.01 
 
 		 513 aa  313  6.999999999999999e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4218  ABC transporter related protein  35.66 
 
 		 501 aa  312  7.999999999999999e-84  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4117  D-ribose transporter ATP binding protein  35.66 
 
 		 501 aa  312  7.999999999999999e-84  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.159229 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03635  fused D-ribose transporter subunits of ABC superfamily: ATP-binding components  35.66 
 
 		 501 aa  312  9e-84  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.483932  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3965  D-ribose transporter ATP binding protein  35.66 
 
 		 501 aa  312  9e-84  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3855  ABC transporter related  35.01 
 
 		 513 aa  312  9e-84  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.585208  normal  0.343425 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03580  hypothetical protein  35.66 
 
 		 501 aa  312  9e-84  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.550483  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0157  sugar ABC transporter ATP-binding protein  36.09 
 
 		 499 aa  311  1e-83  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000963677 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4265  D-ribose transporter ATP binding protein  35.66 
 
 		 501 aa  311  1e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0146477  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0813  sugar ABC transporter, ATP-binding protein  36.09 
 
 		 499 aa  312  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4165  D-ribose transporter ATP binding protein  35.68 
 
 		 501 aa  312  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.846402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4274  D-ribose transporter ATP binding protein  35.68 
 
 		 516 aa  312  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5318  ABC transporter related  36.55 
 
 		 508 aa  311  1e-83  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.398307  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4094  D-ribose transporter ATP binding protein  35.68 
 
 		 516 aa  312  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0813  ABC transporter related  36.09 
 
 		 499 aa  312  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06145  D-ribose transporter ATP binding protein  34.96 
 
 		 501 aa  311  2e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3104  ABC transporter related protein  36.29 
 
 		 511 aa  311  2e-83  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0796  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  35.96 
 
 		 494 aa  311  2e-83  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000104514  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0873  ABC transporter related  36.75 
 
 		 514 aa  311  2e-83  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.304732  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1344  ABC transporter related  35.21 
 
 		 524 aa  311  2e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4237  D-ribose transporter ATP binding protein  34.37 
 
 		 501 aa  311  2e-83  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0287863  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0577  ribose ABC transporter, ATP-binding protein  36.16 
 
 		 494 aa  310  2.9999999999999997e-83  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2999  ABC transporter related protein  35.97 
 
 		 515 aa  310  4e-83  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.776135  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1644  ABC transporter related  34.94 
 
 		 495 aa  310  4e-83  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.121193  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1465  ABC transporter related  36.49 
 
 		 517 aa  310  4e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.748698  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4115  D-ribose transporter ATP binding protein  36.21 
 
 		 501 aa  310  4e-83  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.684938  normal  0.0182067 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4245  D-ribose transporter ATP binding protein  34.58 
 
 		 501 aa  310  5e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0036959 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1487  ABC transporter related protein  33.27 
 
 		 498 aa  310  5e-83  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>