More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_3854 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_3854  hypothetical protein  100 
 
 		 301 aa  601  1.0000000000000001e-171  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0943127  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3386  hypothetical protein  57.24 
 
 		 295 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1431  protein of unknown function DUF6 transmembrane  50.69 
 
 		 293 aa  308  5.9999999999999995e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.516158 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1608  protein of unknown function DUF6 transmembrane  50.34 
 
 		 293 aa  304  2.0000000000000002e-81  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.646472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2983  hypothetical protein  50.52 
 
 		 313 aa  292  5e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000000753467  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0141  hypothetical protein  46.48 
 
 		 289 aa  255  7e-67  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0143  hypothetical protein  45.33 
 
 		 294 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0706  hypothetical protein  48.36 
 
 		 319 aa  243  3e-63  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.227695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2538  hypothetical protein  46.02 
 
 		 294 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.228552  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0877  RhaT family transporter  46.02 
 
 		 294 aa  241  7.999999999999999e-63  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.160305  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0148  hypothetical protein  45.23 
 
 		 295 aa  241  1e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0292713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  45.16 
 
 		 292 aa  231  1e-59  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2777  hypothetical protein  41.18 
 
 		 320 aa  200  3e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2443  protein of unknown function DUF6 transmembrane  32.87 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3253  hypothetical protein  32.89 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2944  hypothetical protein  34.06 
 
 		 311 aa  145  1e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0954249 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4189  protein of unknown function DUF6 transmembrane  33.93 
 
 		 313 aa  142  5e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.437089  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0323  hypothetical protein  32.59 
 
 		 292 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0577567  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02970  hypothetical protein  32.03 
 
 		 292 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000670946 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2212  hypothetical protein  32.06 
 
 		 315 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.193478  normal  0.474349 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2128  hypothetical protein  31.8 
 
 		 295 aa  129  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00862531  normal  0.346233 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4908  hypothetical protein  31.54 
 
 		 292 aa  129  7.000000000000001e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2233  hypothetical protein  31.52 
 
 		 292 aa  128  9.000000000000001e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2825  hypothetical protein  33.45 
 
 		 317 aa  128  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3670  hypothetical protein  31.11 
 
 		 292 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.232107  normal  0.0162168 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2059  hypothetical protein  30.71 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_09840  hypothetical protein  31.79 
 
 		 295 aa  124  2e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2229  hypothetical protein  31.11 
 
 		 292 aa  124  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.551408 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2643  hypothetical protein  31.58 
 
 		 289 aa  123  4e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.432967  normal  0.0247231 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3194  hypothetical protein  34.13 
 
 		 310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.684444 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0080  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.82 
 
 		 328 aa  119  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.109193 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3713  hypothetical protein  33.45 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.991979  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1274  hypothetical protein  32.96 
 
 		 308 aa  117  3e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.154699  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1796  hypothetical protein  34.41 
 
 		 317 aa  117  3e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0618522 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1906  hypothetical protein  33.46 
 
 		 304 aa  117  3e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2344  hypothetical protein  31.8 
 
 		 288 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0601  protein of unknown function DUF6 transmembrane  31.42 
 
 		 305 aa  115  7.999999999999999e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0826683 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1133  hypothetical protein  30.4 
 
 		 294 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000153397  normal  0.186068 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1872  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.47 
 
 		 318 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.102364  normal  0.0795178 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2504  permease  30.53 
 
 		 312 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.524899  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00805  integral membrane protein  34.1 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0905837  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2075  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.67 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0163  hypothetical protein  29.08 
 
 		 317 aa  105  7e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.397417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0131  hypothetical protein  31.94 
 
 		 321 aa  105  8e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0556  hypothetical protein  29.14 
 
 		 297 aa  105  9e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0315  hypothetical protein  29.35 
 
 		 319 aa  105  9e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.25781  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4275  hypothetical protein  30.94 
 
 		 331 aa  105  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.122751  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1323  hypothetical protein  31.66 
 
 		 293 aa  104  1e-21  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.10369  normal  0.959808 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0590  hypothetical protein  29.14 
 
 		 309 aa  103  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3656  hypothetical protein  29.43 
 
 		 309 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.896528  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4022  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.43 
 
 		 325 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1004  putative transmembrane protein  29.72 
 
 		 301 aa  99.8  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.583779  hitchhiker  0.00109211 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0858  RhaT family transporter  27.67 
 
 		 317 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04178  drug/metabolite transporter superfamily protein  30.18 
 
 		 291 aa  98.6  1e-19  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.291687  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2517  hypothetical protein  27.67 
 
 		 317 aa  98.6  1e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4418  hypothetical protein  29.39 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1388  hypothetical protein  31.36 
 
 		 337 aa  96.7  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2623  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.33 
 
 		 318 aa  96.3  6e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.876782 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0158  hypothetical protein  29.79 
 
 		 301 aa  95.9  8e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2883  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.64 
 
 		 318 aa  94.4  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.750898  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5151  protein of unknown function DUF6 transmembrane  27.41 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00128195  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4573  hypothetical protein  34.16 
 
 		 305 aa  94.7  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.202635 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2120  hypothetical protein  29.8 
 
 		 317 aa  94  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.495986 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5428  protein of unknown function DUF6 transmembrane  25.6 
 
 		 305 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0743422  hitchhiker  0.00836248 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3761  hypothetical protein  25.52 
 
 		 318 aa  93.2  5e-18  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49940  DUF6 family membrane protein  30.1 
 
 		 288 aa  92.4  7e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.363771  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3918  hypothetical protein  28.31 
 
 		 285 aa  92.4  7e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.20856  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1583  hypothetical protein  28.19 
 
 		 302 aa  92  1e-17  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0899842  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0666  hypothetical protein  27.68 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0870  hypothetical protein  29.18 
 
 		 347 aa  90.9  2e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0477491 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0441  hypothetical protein  28.32 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.406892  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0830  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.35 
 
 		 333 aa  89.7  5e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.181944 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1548  hypothetical protein  24.53 
 
 		 291 aa  89.7  5e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.756376  normal  0.308445 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0796  protein of unknown function DUF6 transmembrane  28.62 
 
 		 339 aa  89.4  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0746717 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38160  hypothetical protein  29.76 
 
 		 288 aa  89.4  7e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.863568  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4826  hypothetical protein  29.97 
 
 		 307 aa  88.2  1e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0418  hypothetical protein  28.32 
 
 		 306 aa  89  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02987  hypothetical protein  29.01 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0991563  normal  0.534543 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5037  hypothetical protein  28.52 
 
 		 295 aa  88.2  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2583  hypothetical protein  28.9 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00791641 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1547  hypothetical protein  27.41 
 
 		 289 aa  87  4e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.190164  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2668  hypothetical protein  29.93 
 
 		 320 aa  86.7  5e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1854  hypothetical protein  28.17 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.185322  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3772  hypothetical protein  26.39 
 
 		 306 aa  86.3  6e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.758129  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2145  hypothetical protein  31 
 
 		 311 aa  86.3  7e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0364  protein of unknown function DUF6 transmembrane  30.22 
 
 		 295 aa  85.9  8e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0758833  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3486  protein of unknown function DUF6 transmembrane  29.31 
 
 		 298 aa  85.5  0.000000000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.736924 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1798  hypothetical protein  32.72 
 
 		 286 aa  85.1  0.000000000000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.404133  normal  0.483155 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0643  hypothetical protein  30.15 
 
 		 312 aa  84.3  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.254759  normal  0.394325 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3275  hypothetical protein  29.55 
 
 		 301 aa  84.3  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0564956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3586  hypothetical protein  27.24 
 
 		 299 aa  84.7  0.000000000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2060  hypothetical protein  31.22 
 
 		 311 aa  84.3  0.000000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.810367  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3237  hypothetical protein  26.85 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0373  hypothetical protein  29.78 
 
 		 295 aa  83.6  0.000000000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4050  membrane protein  29.93 
 
 		 317 aa  82.8  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.146235  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2932  permease  27.31 
 
 		 342 aa  82.8  0.000000000000007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2376  hypothetical protein  26.86 
 
 		 317 aa  82  0.00000000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.545392 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2368  hypothetical protein  26.45 
 
 		 311 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1559  hypothetical protein  31.34 
 
 		 316 aa  81.3  0.00000000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3305  protein of unknown function DUF6  28.09 
 
 		 313 aa  80.9  0.00000000000002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>