More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_0110 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004310  BR0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  62.15 
 
 
602 aa  706    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0330154  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4077  DNA polymerase III subunits gamma and tau  70.93 
 
 
626 aa  843    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0034  DNA polymerase III subunits gamma and tau  61.99 
 
 
602 aa  703    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.330023  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4397  DNA polymerase III subunits gamma and tau  71.84 
 
 
625 aa  860    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4057  DNA polymerase III subunits gamma and tau  59.84 
 
 
600 aa  690    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.495634  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0021  DNA polymerase III subunits gamma and tau  62.75 
 
 
605 aa  703    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00653224  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3432  DNA polymerase III subunits gamma and tau  72.83 
 
 
625 aa  865    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0110  DNA polymerase III subunits gamma and tau  100 
 
 
631 aa  1274    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.801093  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7346  DNA polymerase III subunits gamma and tau  56.2 
 
 
613 aa  614  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1238  DNA polymerase III subunits gamma and tau  51.82 
 
 
634 aa  611  1e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0369  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.35 
 
 
611 aa  607  9.999999999999999e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.797615 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0462  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.17 
 
 
615 aa  602  1.0000000000000001e-171  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2196  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  56.25 
 
 
626 aa  598  1e-170  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1861  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  56.16 
 
 
628 aa  601  1e-170  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.33363  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0087  DNA polymerase III subunits gamma and tau  53.54 
 
 
624 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.818033  normal  0.0455941 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0619  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.23 
 
 
623 aa  594  1e-168  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1812  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  56.45 
 
 
623 aa  593  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.181409  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2168  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  53.47 
 
 
622 aa  586  1e-166  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.531905  normal  0.517298 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0274  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  50 
 
 
628 aa  555  1e-157  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.077817 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0255  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  54.29 
 
 
623 aa  556  1e-157  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0256  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  47.62 
 
 
651 aa  535  1e-151  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0966021  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4848  DNA polymerase III subunits gamma and tau  65.08 
 
 
618 aa  525  1e-148  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.4336  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4752  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  66.49 
 
 
605 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.169989  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0668  DNA polymerase III subunits gamma and tau  65.44 
 
 
627 aa  507  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.365881 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3142  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  63.98 
 
 
637 aa  503  1e-141  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0650  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.51 
 
 
587 aa  489  1e-137  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0107119  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4243  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  66.15 
 
 
605 aa  486  1e-136  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00557596 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3649  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.43 
 
 
592 aa  486  1e-136  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.89772  normal  0.739746 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2365  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.65 
 
 
580 aa  473  1e-132  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.153654 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0435  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.55 
 
 
606 aa  470  1.0000000000000001e-131  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.853663  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3876  DNA polymerase III subunits gamma and tau  46.35 
 
 
584 aa  465  9.999999999999999e-131  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.151315 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0710  DNA polymerase III subunits gamma and tau  48.65 
 
 
582 aa  463  1e-129  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2000  DNA polymerase III subunits gamma and tau  47.39 
 
 
614 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0166  DNA polymerase III subunits gamma and tau  61 
 
 
608 aa  456  1e-127  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0055  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  60.57 
 
 
582 aa  449  1e-125  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0628794  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3473  DNA polymerase III subunits gamma and tau  61.1 
 
 
659 aa  447  1.0000000000000001e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0521  DNA polymerase III subunits gamma and tau  59.79 
 
 
582 aa  442  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.067552  normal  0.421793 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2909  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.89 
 
 
687 aa  407  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0213338 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0796  DNA polymerase III subunits gamma and tau  54.34 
 
 
565 aa  406  1.0000000000000001e-112  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.0481374 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1357  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.1 
 
 
573 aa  372  1e-101  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0803491  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD1060  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  35.51 
 
 
533 aa  320  5e-86  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.077321  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1738  DNA polymerase III, gamma subunit / DNA polymerase III, tau subunit  46.88 
 
 
605 aa  315  1.9999999999999998e-84  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0751015  normal  0.0509359 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0942  DNA-directed DNA polymerase  41.73 
 
 
491 aa  312  1e-83  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0014  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.71 
 
 
505 aa  312  1e-83  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.547641  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3422  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  40.94 
 
 
582 aa  301  2e-80  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.087707  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0857  DNA polymerase III subunits gamma and tau  45.16 
 
 
681 aa  301  2e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1826  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.63 
 
 
893 aa  299  9e-80  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.297137 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2361  DNA-directed DNA polymerase  42.26 
 
 
957 aa  299  1e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.832917  normal  0.216131 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0951  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  44.9 
 
 
793 aa  298  2e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.127107  normal  0.667155 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0094  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  37.65 
 
 
579 aa  296  1e-78  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02443  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.3 
 
 
698 aa  295  2e-78  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1335  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.37 
 
 
690 aa  295  2e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0235479  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0212  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.91 
 
 
582 aa  291  2e-77  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.783119  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1851  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.08 
 
 
793 aa  291  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.51542  normal  0.226661 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1793  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.11 
 
 
911 aa  292  2e-77  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00315607  hitchhiker  0.000000397841 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1613  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.37 
 
 
637 aa  291  3e-77  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  unclonable  0.0000410993  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2852  DNA-directed DNA polymerase  42.11 
 
 
955 aa  290  5.0000000000000004e-77  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00013426  hitchhiker  0.000000946714 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2013  DNA polymerase III, gamma and tau subunits  37.23 
 
 
1002 aa  290  8e-77  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4327  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.65 
 
 
579 aa  288  2e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.923822  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0195  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.33 
 
 
579 aa  288  2e-76  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.92139e-31 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1765  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.8 
 
 
824 aa  288  2e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.163097  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1738  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.8 
 
 
813 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.206235  normal  0.0482422 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1805  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.82 
 
 
696 aa  287  2.9999999999999996e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5128  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.8 
 
 
791 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00417503  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1508  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.11 
 
 
948 aa  288  2.9999999999999996e-76  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000466847  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1446  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.08 
 
 
821 aa  288  2.9999999999999996e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.223161  normal  0.14614 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1769  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.66 
 
 
1115 aa  286  7e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000438447  hitchhiker  0.00599619 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2219  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.08 
 
 
812 aa  286  7e-76  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.373497  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1123  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.08 
 
 
825 aa  286  9e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.496963  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2647  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.82 
 
 
692 aa  286  9e-76  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.377545  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1361  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.08 
 
 
825 aa  286  9e-76  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.926406  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2206  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.08 
 
 
826 aa  286  9e-76  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.236828  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0045  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.08 
 
 
825 aa  286  9e-76  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.787094  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1851  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.08 
 
 
825 aa  286  9e-76  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0281713  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2373  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.08 
 
 
822 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2593  DNA-directed DNA polymerase  44.2 
 
 
529 aa  285  1.0000000000000001e-75  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.11541  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6252  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.53 
 
 
787 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.554361  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2407  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.47 
 
 
939 aa  286  1.0000000000000001e-75  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000837393  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1827  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.53 
 
 
787 aa  286  1.0000000000000001e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.203884  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2235  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  41.71 
 
 
1113 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00400296  decreased coverage  0.0000493259 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2244  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.08 
 
 
825 aa  285  2.0000000000000002e-75  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.748475  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3646  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.54 
 
 
743 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.923315  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1825  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.54 
 
 
736 aa  285  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1399  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.73 
 
 
716 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.289832  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2615  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.58 
 
 
1137 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000443473  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0529  DNA-directed DNA polymerase  38.38 
 
 
696 aa  285  2.0000000000000002e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  0.000000000324921  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2254  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.38 
 
 
1071 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000102262  normal  0.239994 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2326  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.38 
 
 
1045 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00214919  hitchhiker  0.000897105 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2690  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.31 
 
 
1137 aa  285  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00745534  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1454  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  43.84 
 
 
751 aa  284  3.0000000000000004e-75  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000325473  normal  0.0490605 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2574  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.03 
 
 
1147 aa  284  3.0000000000000004e-75  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000534901  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4269  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.09 
 
 
691 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2129  DNA polymerase III subunits gamma and tau  44.66 
 
 
795 aa  283  5.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.25169  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1599  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.09 
 
 
692 aa  283  5.000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0852408 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2446  DNA polymerase III, subunits gamma and tau  42.11 
 
 
1040 aa  283  5.000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00022165  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19830  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.82 
 
 
694 aa  283  8.000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3834  DNA polymerase III subunits gamma and tau  43.37 
 
 
687 aa  283  9e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.471872 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1858  DNA-directed DNA polymerase  43.78 
 
 
580 aa  283  9e-75  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3801  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.54 
 
 
681 aa  282  1e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1200  DNA polymerase III subunits gamma and tau  42.02 
 
 
667 aa  282  1e-74  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>