More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_3040 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_3040  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 339 aa  663    Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1756  transcriptional regulator, LacI family  60.37 
 
 		 357 aa  346  3e-94  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6927  LacI family transcription regulator  59.46 
 
 		 345 aa  343  2e-93  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.13747 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0802  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.79 
 
 		 333 aa  314  9.999999999999999e-85  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.889959 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0975  transcriptional regulator, LacI family  54.95 
 
 		 338 aa  309  4e-83  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6713  transcriptional regulator, LacI family  52.21 
 
 		 342 aa  305  9.000000000000001e-82  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.781502  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3608  transcriptional regulator, LacI family  54.01 
 
 		 339 aa  299  5e-80  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.024376  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1943  transcriptional regulator, LacI family  52.08 
 
 		 347 aa  298  9e-80  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.102269 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4388  LacI family transcription regulator  52.28 
 
 		 329 aa  295  6e-79  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4475  LacI family transcription regulator  52.28 
 
 		 329 aa  295  6e-79  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4769  LacI family transcription regulator  52.28 
 
 		 329 aa  295  6e-79  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6552  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  49.1 
 
 		 376 aa  288  1e-76  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.245793  hitchhiker  0.0000198251 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3109  transcriptional regulator, LacI family  47.45 
 
 		 337 aa  280  2e-74  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2719  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  50.3 
 
 		 337 aa  278  1e-73  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0694395  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3698  transcriptional regulator, LacI family  49.24 
 
 		 337 aa  278  1e-73  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.375251  normal  0.395947 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3308  LacI family transcription regulator  48.08 
 
 		 346 aa  276  3e-73  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05790  transcriptional regulator  47.37 
 
 		 347 aa  273  2.0000000000000002e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3283  transcriptional regulator, LacI family  46.31 
 
 		 354 aa  271  1e-71  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.371514 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4417  transcriptional regulator, LacI family  45.83 
 
 		 351 aa  268  1e-70  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.68385 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_29660  transcriptional regulator, LacI family  45.35 
 
 		 336 aa  259  4e-68  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3025  transcriptional regulator, LacI family  45.91 
 
 		 347 aa  254  2.0000000000000002e-66  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0880  transcriptional regulator, LacI family  47.49 
 
 		 338 aa  248  9e-65  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2867  transcriptional regulator, LacI family  46.11 
 
 		 336 aa  246  4e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0458283 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0426  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  47.76 
 
 		 366 aa  236  4e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  43.62 
 
 		 350 aa  221  9e-57  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2305  transcriptional regulator, LacI family  43.24 
 
 		 349 aa  218  1e-55  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  34.24 
 
 		 333 aa  202  7e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.34 
 
 		 336 aa  199  7.999999999999999e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  32.94 
 
 		 331 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28330  transcriptional regulator  39.88 
 
 		 382 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  39.09 
 
 		 334 aa  196  5.000000000000001e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  32.74 
 
 		 340 aa  195  1e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.32 
 
 		 342 aa  192  8e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  40 
 
 		 346 aa  187  2e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  36.31 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 342 aa  187  3e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  38.02 
 
 		 353 aa  187  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.71 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  39.66 
 
 		 349 aa  182  6e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  35.54 
 
 		 340 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4111  transcriptional repressor RbsR  33.63 
 
 		 333 aa  182  8.000000000000001e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0488485  normal  0.0159443 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  32.62 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  37.42 
 
 		 333 aa  181  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  34.44 
 
 		 340 aa  181  1e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  34.55 
 
 		 337 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  35.82 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  31.95 
 
 		 347 aa  181  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  33.73 
 
 		 331 aa  181  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  33.53 
 
 		 337 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  34.14 
 
 		 333 aa  179  7e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  33.82 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  35 
 
 		 347 aa  179  8e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  34.73 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20530  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 341 aa  177  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  34.23 
 
 		 338 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  32.23 
 
 		 330 aa  177  3e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  33.83 
 
 		 328 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  35.65 
 
 		 337 aa  177  3e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  37.31 
 
 		 334 aa  176  6e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  33.93 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 		 333 aa  176  7e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  31.93 
 
 		 330 aa  175  8e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  31.93 
 
 		 330 aa  175  8e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 338 aa  175  9e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  33.04 
 
 		 332 aa  174  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  31.93 
 
 		 330 aa  175  9.999999999999999e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 		 333 aa  175  9.999999999999999e-43  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  33.04 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  31.93 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  33.04 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  31.63 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  31.93 
 
 		 330 aa  174  1.9999999999999998e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0114  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.25 
 
 		 406 aa  174  1.9999999999999998e-42  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0975768 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 346 aa  174  2.9999999999999996e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0919  LacI family transcription regulator  28.4 
 
 		 327 aa  174  2.9999999999999996e-42  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 343 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 343 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  32.74 
 
 		 332 aa  173  5e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 343 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1067  transcriptional regulator, LacI family  35.53 
 
 		 349 aa  173  5e-42  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0326258  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 343 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 343 aa  173  5e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 343 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.33 
 
 		 333 aa  172  5.999999999999999e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 343 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  30.63 
 
 		 341 aa  172  6.999999999999999e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  32.01 
 
 		 339 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  29.2 
 
 		 334 aa  172  9e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  30.88 
 
 		 336 aa  172  1e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  33.53 
 
 		 338 aa  172  1e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 		 346 aa  171  1e-41  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  33.23 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2581  LacI family transcriptional regulator  35.95 
 
 		 331 aa  170  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.84 
 
 		 335 aa  171  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  29.5 
 
 		 334 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  33.23 
 
 		 343 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  33.23 
 
 		 343 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  33.23 
 
 		 343 aa  170  3e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>